以台湾著名学者薛化元的专著研究，他认为从1949年11月起至1960年9月止，《自由中国》半月刊在与国民党当局的互动关系中，先后经历了“由密切交融而磨擦，进而形成彼此关系的紧张，由紧张而破裂，最后导致彼此对抗”的五个时期，其中雷震作为《自由中国》半月刊的“火车头”（夏道平语），是最具影响力的一个关键人物。在《自由中国》创办初期，胡适只是形式上的发行人。根据当时法律规定，“发行人不得离开当地六个月”，胡适并没有立即返台的打算。在“省政府新闻处的注册上”，即注明了由雷震代行其发行人职责等字样。1953年12月7日，在台湾“内政部”审核其杂志的登记中，在“内警台志字第381号”批件中，《自由中国》半月刊发行人正式改为雷震，这时胡适才算真正卸去了形式上的“发行人”之衔，尽管后来他与雷震及《自由中国》半月刊仍保持一种十分密切的关系。
一，《政府不可诱民入罪》
当雷震与蒋介石的潜在矛盾甫显之时，他在主观上并没有想与最高当局发生冲突，只是在坚守民主政治这一大提前下，“纵然是在与执政者互动关系良好的时期，统治者的利害或是其左右的意见都是次要的选择” ，相对地，此时言论自由、宪政秩序、国民党的前途才应是最优先的一种考量。雷震的一些实际做法与自己的民主理念相一致，与蒋介石在政治上选择强人威权体制以图控制整个台湾社会，这两者之间的距离无疑又标示着雷震及《自由中国》半月刊与执政当局的关系步入一个新的转折点，也成为雷震在政治上与蒋介石渐行渐远的主要原因。
1951年6月，《自由中国》第四卷第十一期刊发由夏道平 执笔撰写的社论《政府不可诱民入罪》，对台湾保安司令部“有计划而大规模的诱人入罪的金融案” 提出了批评，社论本着实事求是的态度，主张：“我们为着爱护政府，为着政府今后的威信，特在这里呼吁政府有关当局勇于检讨，勇于认错，勇于把这件事的真象明白公告出来，并给这次案件的设计者以严重的行政处分” 。在同一期《给读者的报告》中也指出：“我们作此社论时，便想到这篇文章或许会激起某些人的不满与愤怒，但我们又觉得进忠言是舆论界的神圣使命，因此我们又无所惧的言其欲言”，希望“政府当局能有不以忠言为逆耳的雅量” 。
对于这一批评，军方的某些人失态了。由彭孟缉 领导下的保安司令部准备采取行动，拟逮捕《自由中国》杂志社的编辑。因公文被兼任台湾保安司令部司令的省主席吴国桢退回，才未发生捉人事件（据雷震回忆，吴国桢说：“我是保安司令部司令，彭孟缉不过是副司令，他成天捉人杀人，从未问过我。这一次要逮捕《自由中国》编辑人员，他倒要我做刽子手了。我由家中去省政府时，看到保安司令部送公文的人，手中拿了一个红色公文簿，这不是要件，必是急件，我打开一看，是要逮捕《自由中国》社的编辑人员，我一看十分光火，上面彭孟缉已经亲笔签了字，我看过，用笔在公文上打个大叉子，叫送公文的人拿回去。
我到省政府后就打了一个电话给三哥，说人是不捉了，其他我就不管了。” ）。6月8日，雷震去王世杰处，王对此至为关切，问雷震“如何了结此事”？雷震答：“……原定有二个办法，一为对方如果声明，则我方置之不理，二为他有声明，我有答辩，我打算采取第一途径的。”王世杰认为《自由中国》应再作一篇文章，并非违心之论，而是“并不反对经济管理与对办理人员之劳绩及操守廉洁”云云。政治人物的运思与纯粹的知识分子（雷震在其本质上应属于这类人物。作者语）毕竟有所不同，尽管王世杰曾任武汉大学校长，可从政多年后，对政治的“奥秘”已了如指掌，深谙其道。他之所以提出“再作一篇文章”，无非是想暂时缓和一下《自由中国》与情治单位的正面冲突，从策略上来讲，是很现实的。雷震接受了他的这一建议，彭孟缉却不肯罢休，四处扬言，称自己因此而“得罪了台湾人，今后台湾不可居”，并且说雷震身为“总统府国策顾问”，他的话有人相信，保安司令部的“威信”由此都被雷震给毁了。
王世杰显然是站在雷震这一边的，当彭孟缉给王世杰打电话，要求雷震及《自由中国》杂志社向保安司令部道歉时，王当场表示“不可”。王世杰对夏道平随后写的那篇（《再论经济管制的措施》）一文不甚满意，嘱其重写；这篇文章后来经国民党改造委员会分管宣传工作的核心人物陶希圣亲自修改后，发表在后一期的《自由中国》半月刊上。6月11日，雷震发现金山街《自由中国》社门口有武装特务二人盯梢，其时《公论报》总经理蒋伟之先生正好来访，“而该特务则立在墙外观看，毫不避人”。雷震愤怒至极，随即打电话给黄少谷、吴国桢二人，“请其转告彭孟缉不必如此”。对于这一次言论事件，美国驻台使馆人员也很关心，特意透过其管道（杨浚明先生）嘱咐雷震“勿停刊”。
这件事在国民党内部议论纷纷。6月16日上午九时，改造委员会设计委员会开会时，主席萧自诚提及此事，说“……不准保安司令部自由抓人”。
端木铸秋在发表意见时也涉及《自由中国》，“渠谓保安司令部这次行动本违法，而《自由中国》予以批评，该部又不依法办理，如直接行动，又是违法；大家在民主制度下而不能依法工作，这个国家焉有进步？” 之后，雷震起立发言，他希望改造会对于法律范围内之言论自由要切实主张，要造成健全之舆论，减少内幕新闻之作风，含沙射影的办法是不能形成健全舆论的，民主政治不是要大家天天献旗、发致敬电报，而是要人民监促政府、监督政府，且须鼓励人民向上，增加人民奋斗情绪，不要使人民走上消极悲观之路……雷震在发言中没有提及这次《自由中国》与保安司令部的冲突，但鉴于当局国民党高层对言论自由的态度仍不一致时，雷震在此时说这番话就显得十分必要了。这时改造委员会已正式发函给雷震，其中有“此事触及保安司令部之怒，事态严重，今后不得再有此类行动”之语，多少是在袒护彭孟缉等人。后在吴国桢、黄少谷等人的干预下，才迫使这些“特务狼狈而去” 。出于旧谊之故，当时为雷震及《自由中国》说话的人不在少数；或许也可以这样说，也是在朋友们善意的劝说之下，雷震在最后时刻也采取了一定的妥协和让步，才致使冲突没有进一步升级。
从客观上讲，《政府不可诱民入罪》一文本身并没有直接造成雷震及《自由中国》与当局之间的冲突，只是与政府机关之下保安司令部的一次言论对抗，但在此后与官方一系列的互动中却受到了或多或少的影响。就这篇文章及之后的平息过程而言，至少反映出雷震及《自由中国》半月刊在推进民主自由过程中的两个基本事实：一，《自由中国》不会因其有一定的官方背景而放弃对当局侵犯人权的忽视和批评。雷震这样说：“此次执法人员办法太坏，我不能不讲话，不然办刊物干什么？” 二，国民党内部其“改造”意见当时尚未整合完毕，反对“不择手段，只问目的”的党内自由派人士尚未受到打压或排挤，一些朋友敢于公开站出，对雷震援之以手，助其渡过难关，至少在当时还不存在着更多的风险……接下来的事态发展却大大出乎人们的预料，对当局来说，真可谓一波未平一波又起。
此事与胡适有关。《自由中国》每期寄给在美的胡适通常要两三个月的时间。当胡适在读到《政府不可诱民入罪》及至后一期的社论时，已是这一年的八月。8月15日，胡适从美国致函雷震，对军事机关干涉台湾言论自由表示了不满，他在信中说：“我今天正式提议你们取消‘发行人胡适’的一行字。这是有感而发的一个很诚恳的提议，请各位老朋友千万原谅。何所‘感’呢？……论《政府不可诱民入罪》，我看了此文，十分佩服，十分高兴。这篇文字有事实、有胆气，态度很严肃负责，用证据的方法也很细密，可以说是《自由中国》出版以来数一数二的好文字，够得上《自由中国》招牌。我正高兴，……