忽然来了四卷十二期的《再论经济管制的措施》，这必是你们受了外界压迫之后被逼写出的赔罪道歉文字！……我因此细想，《自由中国》不能有言论自由，不能有用负责的态度批评实际政治，这是台湾政治的最大耻辱……” 因此他在信中提出将辞去《自由中国》发行人之衔以表示自己的抗议。在此函空白处，胡适又附言：“此信（除去最后括号内的小注）可以发表在《自由中国》上吗？《自由中国》若不能发表‘发行人胡适’的抗议，还够得上称《自由中国》吗？” 《自由中国》创刊宗旨出自胡适本人之手，共有四条，其中最重要的一条是：“我们要向国民宣传自由与民主的真实价值，并要督促政府（各级的政府），切实改革经济，努力建立自由民主的社会……”从创刊号那天起，四条宗旨每期都刊登在杂志上，以表明雷震等人坚定的办刊方针。就其宗旨而言，其核心内容仍是对当时蒋介石领导地位的一种支持。自《政府不可诱民入罪》这篇社论与当局发生言论冲突及至重写社论以表示公开道歉，此事虽然得到了平息，但雷震内心却一直耿耿于怀。由于胡适的质问，雷震决定公开这封“抗议信”，以此来表明自己的真实态度。
殊不料，又引起了一场更为激烈的冲突，甚至引来一片指责之声。先是老上司、时任“总统府”秘书长的王世杰“对此甚为伤心”，这样一来就“弄到胡适之与政府对立”了；其次国民党改造委员会中很多人对雷震大为不满。彭孟缉也伺机四处散布流言说雷震曾套购外汇，甚至发来一张传票，要雷震去保安司令部军法处接受“质询”（雷震没有去，作者注）。这一轮新的冲突表明，在当时的台湾所谓的“言论自由”其实是很有限度的。像彭孟缉这样的人影响之大甚至超过了保安司令部总司令吴国桢，完全是因为他直接受命于蒋经国所主管的情治系统之缘故。到了后来，甚至连陈诚对保安司令部都有一种“莫可奈何之感” 。9月4日，胡适的这封信在《自由中国》半月刊发表不久，雷震被召至改造委员会，党内大腕要角集中对他进行了一次“公审”，雷震这样说：
我打算不出席公审大会，由萧自诚去搞吧。不料萧自诚因我不出席而大感气愤，认为抗命，接二连三的打电话至我家中，我请他“缺席判决”好了。此时我住在金山街，距离中央党部甚近，萧遂派员来传讯，我只有带病前往了。我一到“公审室”看到会场布置是匚形，主席坐在匚形的正中，其前面右侧摆有一张椅子，萧自诚命我坐下，显然把我视作被告了。匚形左边头两位，是彭孟缉和经济检查处长陈仙舟，似为原告的样子。接着为唐纵、蒋君章、李士英、谷凤翔、曾虚白、陶希圣、沈昌焕、胡健中、张其昀、周宏涛等……萧自诚任主席，谓胡适此信发表后，对自由中国（中国之意）损失甚大，责我不该发表，竟说我在捣乱。不料陶希圣竟说出：如胡适主编此刊物，则不会发表此信，并举出《独立评论》为证。我立告陶希圣说，此信系胡适亲笔所写，请陶不要搞错。陶又谓：“为什么要弄到胡适之和政府对立。”周宏涛态度恶劣，责我不识大体。
此时彭孟缉拿出一张照片传观，独不给我看，我知道其中必有鬼。经我一再要求，始给我一看，系省政府建设厅副厅长宋（字海涵）的名片，介绍我曾在中央军校教过的学生许超（字达侯），至某贸易行带一百美金至港交给我转交香港调景岭他的同学某君作来台旅费，余款给他买点东西。……这一年保安司令部藉实行金融管制之名，将全台所有贸易行搜查了一遍，宋这张片子，此时被搜去了，未作任何用途。现在彭孟缉要报复我，说我涉嫌“套汇”，就拿出来作证了。彭孟缉及部下也不想想，如果真正套汇，至少要一千或八百，谁人又去套汇一百美金呢？
这些人避重就轻，根本不谈在台湾是否应当有言论自由，只是一味顾及国民党自身利益，雷震公开胡适的来信，对他们来说简直就是一种“大逆不道”。这让雷震真实地预感到了《自由中国》在今后的处境将会更加被动和艰难。与第一次冲突时有所不同，这时批评雷震的人也渐渐多了起来。原先支持雷震的人在态度上发生了转变，包括王世杰也是如此。当时王确实有点不高兴，他托罗家伦给雷震打电话，转达自己的三点意见，其中有“既已答应以后不再发表这类不利于‘政府’的文章”，此次为什么没有事先通知他们，这无论如何于友谊上“说不过去”；并有“台湾今日风雨飘摇，受不起这个风波”云云。尽管如此，还是有人（如国民党前中央财政部副部长、交通银行董事周佩箴及友人张明等，作者注）打电话给雷震“说这封信很好，应该发表”，改造会秘书长张其昀也到雷府予以宽慰，表示支持。这时王世杰又认为应当给胡适有一个交待，“不可置之不理”，于是建议“行政院长”陈诚亲自给胡适写一封信，以缓和一下彼此之间的关系。
陈诚在信中对胡适说“……先生远道铮言，心意何切，当本‘有则改之无则加勉’之衷忱，欣然接受……”9月7日，曾是陈布雷秘书的萧自诚来《自由中国》社拜访雷震，谈了两个小时。在场的《自由中国》编委罗诏鸿对萧说：“胡先生函如不能发表，自由中国尚有言论自由乎？我们特为试验一下，现已试验完毕，即自由中国没有言论自由。” 萧自诚无语。这天下午，雷震去拜访老友吴国桢。吴对他说，老蒋这次生气了，认为刊发胡适的抗议信，是想“以停刊要挟”，吴国桢十分希望雷震能“为自己辩解一次”。雷震当场表示，绝无停刊之意，至于老蒋那里，自己“则不求谅解”。雷震又去沈昌焕 家，得遇胡健中 等人。胡健中将党内有关会议情况通报给雷震，让他哭笑不得。他在当天的日记中写道：“……老总认为我已卷入金融风潮 ，前次文章是报复。因调解后之文章怄了气，刊登胡先生来函，认为我不配做党员，要开除党籍，经渠等（胡健中、陈诚等，作者注）反对，改为警告。”
由于受到党内警告，雷震不愿出席改造委员会的任何会议。夏道平来劝，说还是应当去见一见王世杰，党部会议也应当照常出席。雷震则不予理会，说：“……党部方面既已决议我违反纪律，那我在改造会有何权威可以发言，除非改造会撤消，我将不出席也。这是关系人格问题，不可随便勉强。” 1952年元旦，雷震没有参加改造会及“总统府”团拜，这是他主动疏远蒋介石的又一具体行动。
据台湾学者张忠栋教授所著《胡适?雷震?殷海光》一书中披露，蒋经国在约见《自由中国》社经理部经理马之骕时，大骂雷震“不是反共而是反动……今日只有拥护蒋总统，拥护政府，别无其它路子可走了”，这都充分说明雷震与蒋氏父子的关系已到了一种无可挽回的田地。不过，让雷震最具不安的还是王世杰的态度。在公开胡适的“抗议信”之后，他在雷、蒋二人之间保持了一个相当谨慎的距离。有这样一件小事：1952年2月前后，北婆罗洲一青年致函雷震要求订阅《自由中国》半月刊，并表示愿意帮助推销其刊物，同时寄来蒋介石照片一张，托雷震让蒋给签个名。雷震这时已不与蒋介石接触，遂将照片送交王世杰，请其转呈。不日，接到王的复函。雷震在日记中写道：“今日接王来函，内附有如下一句，即：‘张君请题照片事，拟烦转告，迳函本府办理，原件附还’……”一副公事公办的态度，“真拒人于千里之外” 。
雷震踱步太叹，称自己“一日心中皆不舒服”。雷震曾数度登门拜访，王均“以病避而不见”。雷震无奈只好给这位老上司写了一信，王是这样回复的：“……杰所不安者，《自由中国》期刊，实际上系兄及编辑诸公负责，胡先生久不愿负责（海外来人屡传此讯），远居海外，于当地情形，自亦不尽了然，倘使胡先生因此刊纠纷而与政府发生裂痕，或使国际及一般中国社会发生误解，其责任不能由胡先生负之也……” 言下之意，既然胡适不可能负这个责任，只有你雷震一人来承担了。像王世杰这样的开明派在对待这件事的态度上亦复如此，此时在国民党内部，更遑论他人了。
《自由中国》半月刊在经历了这样一次言论风波之后，在台湾社会中的影响越来越大。不过，对于社里每一个人来说，当时都很紧张，“终日提心吊胆，认为‘雷公’斗不过他们，后果不堪设想，但亦无可奈何” 。雷震倡导言论自由立场坚定，但同时也做了一些妥协与让步，毕竟这些人中大多数还是自己的老朋友。“在忧谗畏忌之环境中”，雷震一度“力持与外界隔离，以免麻烦”，这是1952年元旦这一天，雷震在日记中写下的颇为伤感的字句。在这之前，即1951年10月6日，《自由中国》编辑会也作出决议“今后多写国际文章” ，对于这一决定，众人感到十分痛苦，夏道平当时一言不发。