雷震被注销其党籍，具体因与《自由中国》刊发一封有关台湾教育问题的“读者来信”有关。国民党在大陆失败后，在台湾进一步加强了对教育的全面控制。不仅在校园内散发反共宣传读物，还要求每一位学生都背诵“三民主义读本”、“总理遗训”、“总统训词”，其强制做法激起强烈反弹，学生、家长们无不怨声载道，这是继上世纪二三十年代以来“党化教育”在台湾社会的一种延续。1954年5月底，余燕人、黄厂风、广长白三位家长投书《自由中国》半月刊，对“党化教育”严重干扰校内正常教育，提出言辞激烈的批评：“……规定学生来念的课外东西太多了……眼看着我们的子女‘戴月披星’、‘三更眠、五更起’的愁眉苦脸的抱着这些书来啃，真正的课业，反而丢在一旁……我们的教育应该是自由的教育，而不是任何一党包办的党化教育……全省的公立学校，都是用纳税人的钱来办的。
教育当局和救国团不可借教育之名而行党化之实……” 是否刊发这封来信，《自由中国》社内部曾有过不小的争执。鉴于当时与国民党当局的关系已经恶化，有不少人不同意刊发此信。雷震、殷海光 、夏道平等则认为：这封来信不仅反映了台湾教育界的真实现状，还指出了诸如“救国团”这样的组织是非法的这一事实，进而可以深入检讨国民党的“党纪问题”。《自由中国》半月刊后来就是站在这个高度上刊发此信的。当局大为恼怒。1954年12月，蒋介石以“不守党纪，影响国民党名誉”为由，下令注销雷震的党籍，没有通知雷震本人，而是在《中央日报》上发了一则消息。殷海光从报上悉知后，1955年1月4日给雷震写了一封很短的信：“欣闻老前辈断尾（指被开除党籍，作者注），诚新春之一喜讯也，可祝可贺。从此先生更可本平民立场，为民主事业奋进不休也。” 洪兰友也上门拜访，向雷震道贺，称“今日之局势太危险了”，并对雷震及《自由中国》的勇敢作为表示“十分钦佩”。
雷震虽然知道自己与蒋介石的关系已然恶化，但实际情况却远比想象中的还要严重。1954年3月14日，《自由中国》社编委聂华苓 告诉雷震，美国政府新闻处已推荐他赴美考察，如果一切顺利，大约可在半年后动身。雷震当时未想到蒋介石会禁止自己出岛，于是做了许多赴美前的准备。8月31日，雷震去王世杰处，王对他说赴美之事“蒋先生可能不批准”。雷震问其理由，王说，他们怕你（指雷震）与美国有实质往来。时任“总统府”秘书长的张群 对雷震这次被邀请访美“未事先请准”也有所不满。为此，9月10日，雷震特意去青年团总部找蒋经国，“将美国邀请之事，详细说明，盼他报告总统准我去”，蒋经国未作任何允诺，只说了一个“好”字。9月28日，雷震又去张群处，先谈文化协会事，继谈赴美事。
张竟也劝雷震暂时不必作赴美访问的打算，而是续任中日文化经济协会干事长一职，过一些时候再说……雷震闷闷不乐，在日记中写道“……党部对我不好，认为我比胡先生（指胡适）对政府更坏。……谓胡先生原与党不相干，他可以批评，如果他说两句好话，他们很高兴。我是自己人，批评他们，他们就不高兴。……今日听说这一段话，我心中非常气闷。胡先生所说台湾年来有自由，《自由中国》之言论自由是我争得来的，可是我今日被人邀而不能出国，自由之谓何？真令人欲哭无泪也。” 雷震为此还与张群争辩，表示“沈焕昌（当时的“外长”，作者注）云，凡属中国人依照护照条例，无不准之理，何以不批准我？”张群手一摊，说：“今日不合理太多，我何能纠正？”雷震深感张群“完全离开是非”，进而感叹“生为今日中国之人，诚不幸之至”。后来当雷震面对许多朋友询问何时赴美时，“竟无法回答”，甚至感到厌烦，“只好敷衍答复”。胡适曾多次写信给蒋介石、张群等人从中说项并出面作保，也无济于事。几个月后，雷震就被注销其党籍了。
孙元锦自杀事件
雷震被注销了党籍，蒋介石并没有因此而息怒。
1955年1月3日晚，雷震等人在王新衡家中聚餐。席间，王告诉雷震，说老蒋在最近的宣传汇报会上公开骂他是“混账王八蛋”，并称雷震是美国武官处的间谍、是汉奸。不仅如此，陈诚在1月11日司法节十周年纪念会上也指称雷震等人为“文化流氓，文化败类，制造矛盾，为匪张目，假借民主自由之名，投机政客，恶意攻击政府” 。据陶百川回忆，在会议开始之前，陈诚曾向人（谢冠生、王亮畴）询问“在法律上有什么方法可对文化败类”，众人“笑而未答”。陈诚的问话，显见当时国民党高层对雷震及《自由中国》已有采取某些法律行动的意向。这一年6月，《自由中国》社收到一封教师来信，称台南农业职校校长滕咏延以教育厅命令审查书籍为由，将《自由中国》半月刊列为“言论不正确”的杂志，并交教务处保管，不准放在阅览室中。
《自由中国》发表社论以《抗议与申诉》为题，表明自己的态度。社论指出：所谓言论不正确，应该衡量一个正确标准，这标准是谁制定的？它如何取得“标准”的地位？《自由中国》“言论不正确”之处在哪里？《自由中国》作为合法发行的刊物，不知滕校长何以如此认定？ 此事后来因教育厅长刘先云道歉而了事，但还是发现其它一些学校里也有类似做法。这些事件表明当局对言论自由的压制这时已开始从军方漫延至校园内，雷震为避免事态扩大，有限度地进行了一些交涉。就在这时，“孙元锦自杀事件”再一次引起《自由中国》半月刊与保安司令部的直接冲突，保安司令部竟下令警察机关通知台北市所有书摊不准发售第十三卷第六期《自由中国》半月刊，这是多年来情治机关第一次公开查处《自由中国》半月刊，当时作为经营部经理的马之骕对此有一段回忆：
1955年9月16日，也就是《自由中国》例行出版的日子，早晨笔者刚上班，就接到台北市警察局的电话说：“你们《自由中国》这期内容有问题。希望暂缓发行，如已发出时，请尽快收回来，再商补救办法。”我们当然知道，一定是《关于孙元锦之死》这篇文章惹来的麻烦……稍后，警察局长刘国宪来社里拜访雷社长。当时雷社长尚未上班，由笔者招待他入座，并递上名片说：“雷社长今天上午不一定来，因为这期杂志刚出版，事情较少，他可能在家里休息一下，您若有什么事情交代，我也可以为您转为报告。”他顺手拿起一本杂志，一边翻一边说：“没关系、没关系！我是奉命来的，听说贵刊这一期的内容有些不妥，上级指示我一定要亲自来看看，千万不要发出去卖，有什么问题，都会解决的嘛！”我说：“我们接到贵局的电话之后，就决定外县市的先不发了，但台北市的是在昨天已经发到各书摊上去卖了，我们刚才已派人去收，不过多少总会卖出一些，不可能收回全数的，尚请刘局长见谅。”他说：“不客气、不客气！你们已经很合作了！”
《自由中国》社得知孙元锦自杀内幕是通过王新衡这个人。当时王新衡在蒋经国（王与蒋为当年留苏的同学，作者注）手下负责情报工作。孙元锦是台北毛绒厂经理，时年四十三岁。台北毛绒厂是当年上海章华毛绒纺织厂大股东程年彭意图迁厂未果而转换成的私人财产，交由孙元锦代管。1949年后，章华毛绒纺织厂的董事长刘鸿生留在大陆，保安司令部保安处经济组组长李基光据此欲迫使孙元锦承认程年彭的这份投资为章华的“逆产”，以便执行没收，从而领取巨额奖金。由于孙元锦不堪忍受保安司令部的淫威相逼，于1955年6月22日在台北济南路三段103巷54号宅内自杀。孙死后留有四封遗书，一对社会，二对母亲，三对妻子，四对儿子。孙元锦在遗嘱中写道：
想不到我一生正直，于国于家两无愧怼，然今日所得报应，竟如是之惨，岂皇天眼瞎耶！刘鸿生附匪与我何尤？为了财产问题强将无故之人纳入犯罪行为，以达到充公分配奖金的目的。自本月五日将同事张、严二人传去，至今扣押不放。在上星期李基光竟嘱张仲良出来迫我承认将程华之财产作为章华之财产并唆使两位太太每日每时迫我要人，我久病之躯如何忍受此种威胁，不得不放弃生命，听凭如何鱼肉我亦不见了。
就此事而论，“最多只牵涉到本为章华大股东程年彭处理公司在台资产的争议而已，而竟演变成孙元锦案，……正反映出当年台湾政治、经济的部分不合理现象” 。王新衡手头握有孙元锦的遗书及照片，但他并不希望由《自由中国》刊发这些原始材料，因为此时《自由中国》自身处境已十分险恶，王不想让雷震再卷入此事。《自由中国》社编委们对此案却愤愤不平，主张以社论加以抨击。
由夏道平执笔写出《从孙元锦之死想到的几个问题》一文，同时又有署名王大钧的通讯《关于孙元锦之死》及孙的亲笔遗书。夏道平的这篇社论，以推理的方法强调台湾经济应走正确的道路，建议当局“凡是大陆或海外来台的私人基金，只要现在不为附逆者所有，不为附逆者所运用，过去的关系，一律不予追究” ，同时在文中猛烈抨击了治安机关其奖金制度问题。由于保安司令部事先已下令台北所有书摊不准发售这一期《自由中国》，而台北之外又暂未发行，这一期《自由中国》的出版实际上受到了公开阻挠。其间，有关人士纷纷出面说项，既因此事牵涉到某些个朋友，同时也是为雷震与杂志着想。当时洪兰友派车将雷震接到自己的住处，见面就说：“三哥 ，你好大胆啊，你想坐牢了吗？
居然敢在太岁头上动土，真是胆大包天……你们的文章写得真好，有事实，有证据，正是胡适之先生所说的作法，不过，老兄也太胆大了一点，今天保安司令部的事情，连陈诚和行政院俞鸿钧都不敢过问啊！……国民党宣传的自由民主和言论自由，仅只是一块对外的招牌，你们也不察明真相，我看你们实在是太糊涂了，你们这样搞下去，终有一天他们会来收拾你们的……”由于此事牵涉到洪的一位朋友，洪在说完这番话之后，想让雷震能否考虑一下抽版改稿的事，雷震当时没有同意，说此类事情“都是由会议来决定的，从不独断专行，何况改版这样大事，又不是我一个人能办得通的。因为改版必须换几篇文章，由于时间关系，自非我一人之力所可及。”