1952年5月，《自由中国》半月刊第六卷第九期发表徐复观 《“计划教育”质疑》一文，针对计划教育提出了批评，未料又造成《自由中国》半月刊与教育部门之间的一次磨擦。针对徐的这篇文章，省政府教育厅秘书朱汇森致函《自由中国》社，称“计划教育系据国父遣训、总统训示及陈院长任主席时之训示”，用今天的话讲，乃“凡是主义”。根据言论自由的原则，是否刊发这一篇文章，雷震先后与夏道平、毛子水等人商量。夏道平的看法是“本文……多属官话，官话如由官方负责提出，本刊似有照登之义务，但此文系私人投稿，私人投寄的官样文章，似应退还。”毛子水却说：“朱汇森一文，有许多地方，很多徐先生文章的毛病，我以为如果我们自己能‘民主’的话，这篇文章并不是绝对不能登的。”正当雷震犹豫之间，朱汇森又突然来函要求索回原稿，雷震只好在奉还时又附上一函，说明该稿件不足之处：“第一，宣传口气太浓厚；第二，今日世界除极权国家外，没有一个国家不许私人办学校的，中国过去白鹿洞书院及岳麓书院都是私人办的”。
实际上，朱汇森的这篇文章是在台湾省教育厅长陈雪屏 授意之下发过来的。开始时，雷震曾去过电话，表示拟不刊登此文。谁知陈手下的人接听后大为不悦，透露出此文不过是由朱汇森出面署名而已，其实是教育厅的意思。由于陈雪屏突然改变了主意，朱汇森这才又要求索还的。此事虽然没有酿成什么大的风波，但改造会核心人物陈雪屏却由此对雷震有了看法，否则也不至于将稿件抽回去。1952年9月16日，《自由中国》第七卷第六期以《对于我们教育的展望》为社论，对正在筹备中的青年救国团发出建言，指出办教育的人不能是“偏激的党员”，这显然与青年救国团筹备宗旨相抵触。刊物出版后，军中政治部下令禁止阅读《自由中国》，并派人将旧刊物撕去。“这是官方第一次以明显的行动查禁《自由中国》。虽然，采取行动的是军方，不过，这也标示了以往官方与《自由中国》的冲突都是在台面下的冲突，自此以后，官方才开始公开的限制《自由中国》流通，而官方与《自由中国》的磨擦自此正式浮上台面。” 雷震认为，军方政治部这种愚蠢的做法，“将会自毁军队的”。
这时国民党七大即将召开，雷震请毛子水写一篇社论，就是后来《对国民党七全大会的期望》一文，刊于1952年10月1日《自由中国》第七卷第七期上。9月26日，毛先生将稿子送来，雷震、罗诏鸿、夏道平三人作了一些修改，尤其是对文中党内民主与法治这两点，作了特别补充。雷震在当天日记中写道：“……所论或厉害一点，但是为了党前途着想，辞严而义正，我们觉得到了今天，应该不避斧钺了。”自《政府不能诱民入罪》事件发生后，雷震有过一段时间的自我克制，渐渐地又有了一些转变。尤其是在10月10日，蒋介石在一份文告中宣称“中正以待罪之身……任何责难都是箴规”之后，雷震认为蒋介石应当遵守自己的承诺，于是决定再发一篇徐复观对青年救国团的建言文章。
这篇文章措词较为温婉，虽未主张撤消救国团，却说救国团主任应由教育部长兼任，救国团可以进学校，但不能妨害正常教育……此文发表后，救国团团长蒋经国勃然大怒，他当着王新衡的面说：这是雷震有意与他过不去，为何在此之前不批评，而是待团章公布他本人担任了团长之后才发表……又何以说程天放（时接替杭立武为教育部长，作者注）可做团长，他就不配做么 ？王打电话告诉雷震，认为“文章所言是对的，但此时不宜讲，”劝雷震今后少刊登这类文章。蒋经国对此耿耿于怀，不久即公开诬蔑徐复观与雷震“有帮助共产党之嫌”。数日后，蒋介石也跟着放言，称“《自由中国》社内部有共产党” 。这些迹象都表明蒋氏父子对雷震已有了相当大的戒心。这一年年底，胡适回台湾讲学，并在《自由中国》创刊三周年茶会上发表演讲。
他热情洋溢地说：雷先生为民主自由而奋斗，台湾的人应该给他造个铜像……这时有人认为：由于胡适的到来，对于当时压力日趋加重的《自由中国》将产生一种保护作用，雷公由此可以轻松一下了。雷震本人却有自己的想法：“……听到适之先生之言，当然愉快，不过我个人是会独立奋斗的，不必有什么靠山，过去之用适之先生为发行人，并非以他为招牌。”在此之前，国民党内部传出蒋介石意欲让胡适做“副总统”的消息，雷震闻之甚为悲观。11月12日，他对好友罗诏鸿说：“如果胡任了副总统，则渠历史地位一定减低，因为他无斗争性格，非政治人物，而政治则是一种斗争性的东西。”在场的蒋匀田也说，“我们对适之估价太高，……他的妥协性最大。”雷震又说，“对读书人讲民主，我也悲观，他们太无自信。”罗诏鸿究其原因：“这些东西不是中国固有的道德，他们信之不坚，所以不会殉道的。”这一段对话见诸雷震当天（12日）的日记。廖廖数语，对中国知识分子与民主自由之间的知与行关系，可谓一针见血。就其推进台湾民主宪政而言，雷震的作用在后来超越了他所尊敬的胡适先生。
在这一期间，《自由中国》半月刊的麻烦总是不断。1953年3月13日，国民党中央委员会第四组 致函雷震，针对《自由中国》半月刊第七卷第九期上《再期望于国民党者》、《监察院之将来（一）》两文提出了严重警告。对于前文，第四组认为有“故意歪曲题解，武断本党无意实行七全大会宣言”之意；而后文，则“监察院之职权，不过欧美上议院职权之扩大而已。……未发现如作者所说‘利则两争，害则互诿’或‘有时无人问，有时都来问’的现象。
”至于“国歌中‘吾党所宗’一语，其中‘党’字本应作‘人’字，……而作者偏说‘明明国民党，偏偏要他党他人在唱国歌的时候换党籍……以此挑拨性的词句，来破坏本党与民、青两友党的感情，其用意何在，实难揣测。” 对雷震与《自由中国》而言，“这篇文章可以被理解为希望执政党能够放弃自我本位，结合其它在野人士，并落实政治上的主张。但情治单位及执政者却未必认为这是善意的建议，甚至还认定它多少已逾越了可以接受的程度。” 3月19日一大早，雷震接到友人（熊鲁声）打来的电话，说老蒋看到这两篇文章后“赫然震怒”，下令免去雷震的“国策顾问”。王世杰知道后，提出让雷震主动辞职，“以免外面不好看”。雷未答应，“认为两文无错误，由他免职可也”。3月24日，雷震接到“总统府”人事室公函，告知被解除“国策顾问”一职。据雷震透露，他就此事曾给沈昌焕一信，表示对自己的办刊立场毫不动摇：
我们不办刊物则已，如办刊物，对自由中国在政治上之最重大事件，如第七次全国代表大会之召集，我们若不为文批评，有失办刊物之立场，如说话而不以良心来主张，一味歌功颂德，不仅于国事无补，亦失去独立之人格。
对于被免去“国策顾问”一职，雷震只说了一句，蒋介石“无容人之量”；3月25日，雷震给胡适一信，称当局打压党内自由派人士早有迹象，“可见过去大家之所顾虑者，自非杞人忧天之举”。不过，雷震又说：“此事只报告，先生知道就算了，不希先生有任何表示，惟本刊发行已有八十一期，先生迄未给本刊专写过一篇文章，我特向先生提出控诉的” 。从当时政治时空环境来看，并非仅仅就是这两篇文章触怒了蒋介石，而是可以解释为执政当局在政治上与自由派知识分子的分歧越来越大的一种具体表现。
这一年4月，一直蕴酿着要辞职的台湾省主席吴国桢，由于与“行政院长”陈诚不和，又与蒋经国发生冲突，终称病赴美不归；同月，台湾《自立晚报》因刊载有关孔祥熙的报导被处罚停刊七天，言论与新闻自由遭到严重打击；就在“一片自由紧缩声中”，王世杰还是想到了性格倔强的雷震，托洪兰友带信劝其“小心谨慎”；可到了11月17日，自己又因“陈纳德民航队欠款事件”被蒋免去了“总统府”秘书长一职。王世杰是国民党内部自由派中的一个重要人物，由于他的去职，意味着自由派人士与高层的关系从此失去了一条沟通的管道，雷、蒋二人之间的关系也就更加难以愈合了；1954年初，设计委员端木恺遭至开除党籍的处分，此时在美国的吴国桢严词抨击蒋介石政府 ；这一年底，雷震即被注销了党籍，同时被免去中央银行监事、国民大会筹备委员等职；之后，孙立人将军又因所谓郭廷亮“匪谍案”愤然辞职，从此遭到长期软禁。在短短两年之内，这一系列的内部冲突与整肃并非孤立的事件，“而是两种思维模式与治台路线的冲突”，从中也可看出国民党以威权政治控制其局面的态势明显加强，并逐渐以放弃重用党内自由派人物这一策略为代价，从而将台湾社会带入了一个“白色恐怖时期”。