中间虽然给饭吃，但‘侦讯’则未间断！开始时以礼相待，称我‘马先生’，说：‘政治问题，政治解决’，‘问题不在你’，‘我们的对象不是你’，‘只要你合作，一切都好办’；继之则动粗，动粗的经过很惨，实非笔墨所能形容……” 一位姓李的副处长主要负责马之骕的案情，只有一句话：“没有什么好谈的了，你就是匪谍，不承认也不行。”后来对马之骕的侦讯突然中止，审讯人员的态度也变得“和蔼”起来，并说：“好了！你这部分就到此为止了，你放心不会有事的。”马之骕感到莫明其妙，接到起诉书后才恍然大悟，原来是刘子英招了，承认自己是“匪谍”，马之骕“痛心欲绝”……事后雷震并没有迁怒于刘子英，他说：“我并不深责刘子英，如果他不肯屈服，警备总部当会另找他人来陷害我的。国民党最高当局既作了决定，而又批准了时任台湾警备总司令部总司令黄杰的签呈，台湾警备主管人员，包括军事法庭在内，自会依照所批来胡干到底的……”
申请特赦落空
雷震于1960年11月24日被移至军人监狱受刑，他在警备总部看守所整整呆了八十天。对于复判结果，海内外舆论表示普遍不满，纷纷发表评论。其中包括《民主中国》和《民主潮》的《雷案复判以后》，《祖国周刊》的《雷案复判以后的感想》及牟力非先生的《国民党的三病与雷案因果》，贺兰的《雷案复判后的反应》等社论与专稿。1961年2月4日，包括胡适、蒋匀田、陈启天、胡秋原、张佛泉、成舍我、毛子水、沈云龙、徐复观、夏涛声、齐世英在内的四十六位社会名流上书蒋介石，替受诬入狱的雷震慷慨陈情，要求根据“宪法”第四十条规定，予以特赦。“这个文件是由某名报人立委主稿，其后也有其它签署的人略加润饰，全部用文言文写成，长约五百字” 。签名的社会名流有大学教授、立监委员、国大代表、在野党领袖等，其中大学教授八人、国大代表七人、立监委员二十八人，其余为政党领袖。若以党籍计，国民党二十人，民社党七人，青年党十一人，无党无派人士人八人。摘录如下：
《自由中国》半月刊发行人、总统府前国策顾问雷震，被控言论叛乱及掩护匪谍，经台湾警备总司令部军法处处刑十年，复判确定，已于十一月二十四移监执行。伏念雷震追随 钧座，献身革命，抗日戡乱，无役不从，奋励忠勤，垂三十年，……中原板荡，于上海垂陷之时，协赞汤故总司令恩伯，履危蹈险，万死不辞，淞沪撤守，随军转进，厦台之间，辛苦驱驰，承命规划，弥多献替。及 钧座俯顺舆情，再秉国策，□□□□，妄肆谤诽，以香港为枢轴，逞簧鼓之诡诈，人心惘惑，迷其归趋。雷震与国民党故中央委员洪兰友，驰往宣释，……收效颇宏，凡兹陈述，胥属实情。……今雷震以言论获罪，束身狱狴，暮年多病，旦夕堪虞。……大辟从减，既加恩于身后，一眚可原，盍邀恕于生前，况当中兴日近之时，益世举国一致之望，雷震如蒙矜宥，必能所知感奋。××等不揣冒渎，敢竭愚诚，谨联名吁恳 钧座依“宪法”第四十条，予雷震以特赦，宽仁旷荡，率土蒙庥，××等不胜屏营，翘企待命之至。
这份《陈情书》送达“总统府”后，蒋介石确实看到了，当时未做任何表态，仅发交给“行政院”去办理此事；“行政院”又将《陈情书》转至此案主办单位军法机关的主管部门——国防部。当时就有人指出：蒋介石如果不将此信发交“行政院”，即可直接予以特赦；而一旦发交给了“行政院”，则意味着特赦的希望十分渺茫。也就是说，只要蒋介石本人不发话，一切只有以“行政院”与“国防部”签办的意见为定了。1961年4月12日，上书者收到由“国防部”部长俞大维具名的公文，被告知“没有先例可援，而不予特赦”。与此同时，台湾云林县议会“请愿特赦雷震”的提案也遭到了拒绝。
1961年3月18日，台湾云林县议会举行第五届第一次大会，通过了议员苏东启、廖郭凤、吕春木等人所提“临时动议案”，吁请蒋介石“依‘宪法’规定，对《自由中国》半月刊发行人雷震予以特赦”。提案内容主要有两点：一是雷震其人其事，本省民间地方人士知之甚稔；二是政府对异族尚且化敌为友，况对国家民族有贡献之雷氏？对此，1961年8月16日的《民主中国》半月刊评论道：“该提案人虽非国民党籍议员，若依据云林县议会议员党籍比例推论，即国民党籍多数议员也是同情的，否则，该提案是通不过的。
因此，……深盼国民党诸君子想想看，雷案的后果是什么？雷案的效果又是什么？” 雷震在入狱近一年时，香港《祖国周刊》发表了方芝的《雷震狱中生活点滴》、《怀雷震先生》，《民主中国》发表了牟力非的《我们哪一年才有言论自由——并怀念雷震先生系狱一年》，《自立晚报》发表了《“雷案”一周年》、《雷震?〈自由中国〉?反对党》等文章与社论。雷震入狱第三年时，《祖国周刊》又发表许冠三先生的专稿《雷儆寰先生入狱三周年——雷震?中国民主党?中国民主运动》，日本《中央公论》也发表了高木健夫《致蒋介石的公开信》。
针对“行政院”和“国防部”的“不予特赦”，雷震曾愤懑地说：“行政院所属机关?——国防部和警备总部，如此玩法弄权，陷害人民，贻笑中外，其监督机关的行政院，竟视而不见，听而不闻，装聋作哑，任其下属机关如此胡作非为，难道就不应当负其监督的责任吗？按查‘行政院组织法’第七条明明规定：‘行政院长综理院务，并监督所属机关’，那么，行政院的所属机关之不依照由立法院通过，总统公布的‘军事审判法’行使职权，甚至玩法迫害人民，行政院首长难道就没有责任吗？不过，话又说回来，在一党专政和个人绝对独裁的政治之下，行政院也可能是一个‘聋子的耳朵’罢了！”
“雷震案”背后
“雷震案”是“先抓人后侦讯”，完全证明台湾当局已失去了理智，不顾法律，更不恤人言。从2002年9月台湾“国史馆”公布的《雷震案史料汇编》中可以知道，无论是下令逮捕雷震或审判、调查，均受控于“最高当局”的直接指令。这种政治超越法律的行为，成为台湾“白色恐怖时期”最隐晦不堪的一页。从时间上来看，警备总司令部将雷震“科刑论罪”的准备工作，自1958年9月下旬就已经开始了，最初的构想是以“触犯惩治叛乱条例”对雷震等人进行起诉。后来却发现，这些“并不足以构成刑责”，有关部门于是向最高当局建议，“应在法律制裁途径之外另先觅适当对策”。
所谓“对策”包括：对雷震的处理将“充分准备广求事证、运用矛盾孤立首凶、制造环境提前行动”；“对《自由中国》社内部之较缓和者（毛子水、戴杜衡、胡适等），研究其利害关系，指出其矛盾所在并加以运用”，更以“分化胡适与雷之关系为主”，使其得不到支持；在海外反应方面，则要“运用关系使美国国务院远东问题顾问费正清等不再同情雷之活动。”1959年1月下旬正式确立的“田雨”（雷震两字拆出的代号，作者注）项目，更是以“假想作业”的方式在秘密进行着，并设有甲、乙两案。
在甲案中，是以“殷某”（殷海光）、“田雨”（雷震）为起诉对象；乙案则扩大到“张三”（夏道平）、张益弘等人，两案均以“田雨”为主要目标。 从后来的事实看，“假想作业”运作得也不十分理想，仍不能真正“构成刑责”。因此，采用“匪谍案”的模式在此时就被提了出来，成为最高当局在当时惟一可能制裁雷震的一种方式。在这个方案之外，逮捕对政治向无兴趣、也没有写过任何文章的马之骕和《自由中国》杂志社前会计刘子英，就成了“雷震案”中最为关键的一个伏笔，情治部门预设的“突破口”当时并不在政治背景颇有点复杂的刘子英，恰恰是在不谙政治的马之骕身上。结果马之骕未招，刘子英“说了”。
10月8日宣判当日上午，蒋介石亲自主持会议，为其审判定调。与会人员包括“副总统”陈诚，府、院、党三大秘书长张群、唐纵、谷凤翔，司法院长谢冠生、检察长赵琛、国防部军法覆判局局长汪道渊、外交部长沈昌焕以及陶希圣、曹圣芬等十四人。与逮捕雷震时一样，对雷震的宣判警备总部也拟就了甲、乙、丙三种方案。谷凤翔及警备总部主张采用甲案，即以惩治叛乱条例第二条第三项，预备以非法方法颠覆政府之罪名，判雷震有期徒刑十年；谢冠生、赵琛、汪道渊等人主张采用乙案，即以雷震明知刘子英为匪谍而不告密检举，依戡乱时期检肃匪谍条例第九条，判有期徒刑七年；以文字为有利于叛徒之宣传，依惩治叛乱条例第七条判有期徒刑八年；定执行有期徒刑十年。
奇怪的是“副总统”陈诚，这位雷震的老友竟主张采用丙案，即雷震包庇叛徒，依惩治叛乱条例第四条第一项第七款判有期徒刑十年，以文字为有利于叛徒之宣传，依同条例第七条判有期徒刑七年；定执行有期徒刑十二年。蒋介石在平衡了各方意见之后，当场作出四项指令：一、题目（指判决书）要平淡，须注意一般人的心理；二、雷刑期不得少于10年；三、《自由中国》半月刊一定要能撤销其登记；四、复判不能变更初审判决。会议行将结束时，蒋介石还是有点不放心，又问：“乙案能否撤销《自由中国》的登记？将来复判不可变动有无把握？”国防部军法复判局局长汪道渊当即站起来答道：“可以办到。” 从2003年公布的台湾警总司令黄杰工作日记中也可知道，当局在处理“雷震案”整个过程中，蒋介石的态度和决策发挥了最具关键的影响力。
黄杰在9月26日日记中写道：“总统称，处理本案，余之根本原则绝不变更，即必须交由军法审判，盖如交司法审理，不但刑法上无可资引用之适当条文，引起之反应与军法并无二致。”蒋又指示由端木恺出面做雷震的辩护律师，遭到了端木恺的拒绝；蒋又指示：此案在双十节前必须结案。 10月8日下午，军事法庭根据这些来自最高当局的指令，对雷震作了宣判。尽管此时监察院“雷案调查小组”的调查报告，已列举出该案在处理时诸多“不合或失当之处”，也提出了纠正案，但仍然无法改变初审的判决……雷震被捕之后，受押于警总军法处看守所内。有一天，他遇到了一件终生难忘的事情：“……睡不着出来纳凉（我的牢门二十四小时不关）时，忽有人来对我说：‘雷先生，你不要问我姓名，我对你很敬佩！你在政府搞过几十年，为什么对他们的作风还不明白？为什么要花钱去上诉？你上诉也是十年，不上诉也是十年！你今年已是六十四岁了，坐了十年牢也差不多了！你如果今年只有五十四岁，恐怕要判你无期徒刑啊！这都是国民党老先生批准的。’” 雷震闻后感慨不已，扼腕长叹。