当时河水干涸，军舰不能通航，不料当夜河水暴涨，众军乘机一齐前进，在喊杀中进攻吴营，吴军一会儿便溃散，吴子阳等人仓皇逃走，其余的尽落入长江。王茂带着俘虏胜利归来。于是郢城、磐山二城已成孤立之势。
先前，东昏侯派冠军将军陈伯之镇守江州，与吴子阳等呼应。高祖对众将说：“征战讨伐不一定非要实力，主要靠威名罢了。现在敌军加湖败后，谁不慑服。陈虎牙是陈伯之的儿了，此战巾狼狈逃走，江州必定人心惶惶。
我敢断亩，九江只需发一传檄便可拿下。”于是命从俘虏中搜查，得陈伯之的幢王苏隆之，厚加赏赐，让他将传檄送去。不久，鲁山城主孙乐祖、郢城主程茂、薛元嗣相继请求投降。
先前，郢城封闭，城中将佐文武男女十余万人，得瘟疫死的有十之七八。城开之后，高祖都加以抚恤，已经死的命给以棺材安葬。
先前，汝南人胡文超在滠阳起义，请求攻打义阳、安陆等郡以向高祖效力，高祖又派军主唐修期攻随郡，两军都取得胜利。司州刺史王僧景把儿子王贞孙送来做人质，司州于是平定。
陈伯之派苏隆之前来复命，请求说不要进军。高祖说：“陈伯之的话，不可确信。我们趁他犹豫不决时，急进兵逼住他，他没有办法，必不会抵抗。”于是命邓元起率军，当日就沿江东下。八月，天子派黄门郎苏回慰劳军队。高祖上船，命众将依次出发，留上庸太守韦叡守郢城，负责州事。邓元起军将至浔阳，陈伯之还在疑虑害怕，于是收兵退保湖口，留其子陈虎牙守盆城。等高祖率军前来，只好缴械请罪。九月，天子诏命高祖平定东夏，并可以自由处理各事。当月，高祖留少府、长史郑绍叔守江州城。前军抵达芜湖，南豫州刺史申胄弃姑孰城逃走。大军到时便占领了姑孰城，叉派曹景宗、萧颖达率领骑兵、步兵进驻江宁。
东昏侯派征虏将军李居士率步军迎战，曹景宗将其击败。于是王茂、邓元起、吕僧珍占领赤鼻逻，曹景宗、陈伯之率兵打游击。那一天，新亭城主江道林率兵出战，众军在阵上将他生擒。大军抵达新林，高祖命王茂进占越城，曹景宗占皂荚桥，邓元起占道士墩，陈伯之驻守篱门。道林余敌退守火航南，起义军进逼，敌军又溃散逃走，退保朱雀，凭淮河之险以自保。
当时李居士还据守新亭垒，请东昏侯烧平南岸城镇房屋以作战场。于是大航往西、新亭往北，均焚为平地。
十月，东昏侯石头军主朱僧勇率水军两千人投降。东昏侯又派征虏将军王珍国率军主胡虎牙等在大航城南边的大路上摆开阵势，配备精兵利器，共十余万人。宦官王伥子持白虎幡督率各军，拆航桥以断大军后路，背水一战。
王茂、曹景宗等互成犄角之势，奋力拼杀，将士都殊死一战，喊杀声惊天动地。王珍国军一时间土崩瓦解，投淮河而死的尸体堆积与航桥等高，后来的人踩在上面渡河，于是朱雀各军尽数崩溃。起义军追到宣阳门，李居士献新亭垒、徐元瑜献东府城投降，石头、白下各军在一夜之间均崩溃。壬午日（二十一日），高祖镇守石头城，命众军围住六门，东昏侯放火把门内都烧了，然后驱赶营署官府都进入城中，聚众二十万。青州刺史桓和在东昏侯面前假称出战，却带兵投降了高祖。高祖命各军筑起长长的围困工事。
起初，起义军逼近，东昏侯派军主左僧庆镇守京口，常憎景镇守广陵，李叔献屯兵瓜步，到中胄从姑孰逃回，又让他屯兵破墩，从东北声援。现在，高祖派使者到各处游说，他们都率众投降了。于是高祖派弟辅国将军萧秀镇守京口，萧恢屯兵破墩，从弟宁朔将军萧景镇守广陵。吴郡太守蔡夤弃郡投奔义军。
十二月丙寅日（初六）早晨，兼卫尉张稷、北徐州刺史王珍国杀了东昏侯，将其首级送到义军手中。高祖命吕僧珍带兵封府库和图籍，收潘妃和凶党王咺之以下四十一人，一并杀死。宣德皇后命废涪陵王为东昏侯，根据汉代海昏侯的旧例行事，并封高祖为中书监、都督扬州、南徐州二地军事、大司马、录尚书、骠骑大将军、扬州刺史，封建安郡公，食邑万户，赐给班剑四十人，黄钺、侍中、征讨诸军事各职权一并保留，按晋朝武陵王司马遵承制的旧例。
己卯日（十九日），高祖屯兵阅武堂。
中兴二年（公元502年），正月戊戌日（初九），宣德皇后临朝，入居内殿。拜封和帝萧宝融为大司马，解除其皇权，但百官还要像以前一样致敬。诏命高祖都督中外各军事宜，带剑上殿，入朝不必先报，叩拜不必报名。加赐前后部羽葆鼓吹，设置左右长史、司马、从事中郎、掾、属各四人，仍旧举荐文士，其他一切如旧。
三月癸巳日（初五），高祖受命为粱王。于是高祖下令说：“不才我执掌国家大权，虽日夜勤政，一心希望天下治平，但在仁德和救民疾苦方面，还远未做到。本月初五日天黑之前，全国除犯死罪的，一律赦免。鳏寡孤独不能独立生活的，赐谷五斛。各府卅『辖地，也同样如此。”丙午日（十八日），诏令梁王冕冠可配十二旒，建天子旌旗，出入警戒，乘金根车，驾六马，备五时副车，置旌头云帘，乐舞用八佾，设钟虞宫具。王妃王子王女爵号，一律照1日例。
四月辛酉日（初三），宣德皇后下令说：“西帝诏令传至，皇帝按前代之例，将国权禅让给梁。明天可以派使者，授予玺印缓带，丈夫去世了的妃子归于别宫。”高祖呈表推辞，未获准。于是齐百官豫章王元琳等八百一十九人，受粱台侍中臣云等一百一十七人，都上表劝说高祖还是谦让不受。
这一天，太史令蒋道秀呈献天文符谶六十四条，上面说得很清楚。于是群臣再次上表恳求，高祖这才答应。
武帝天监元年（公元502年）四月丙寅口（初八），高祖在南郊即皇帝位。设坛行薪柴之祭，上告于天。祭礼结束，乘法驾到建康宫，登太极前殿。封齐和帝萧宝融为巴陵王，食邑一郡，用天子旌旗，乘五时副车，仍用齐的纪年。在郊外祭祀天地，礼乐制度，都用齐的典制。齐宣德皇后为齐文帝妃，齐皇后王氏为巴陵王妃。
冬十一月己未日（初五），立小庙。甲子日（初十），立萧统为太子。
十二月丙申日（十二日），任国子祭酒张稷为护军将军。辛亥日（二十七日），张稷又被免了护军将军一职。
这一年大旱，一斗米价五千，许多人饿死。
天监二年（公元503年）春，正月甲寅朔日（初一），高祖下诏说：“三讯五听之制，圣典有载，怜爱万民而亲自断狱，是重先前的诰敕。
总之是要谨慎用刑，成功立业。天下太平，无不由此而生。我还在藩国时，经常亲自审讯，求之于理，得之于情，大小案子必寻个水落石出。齐法网松弛，政策又有缺陷，案件积压，无从申诉。我奉天承运、君临天下，虽然在宫室也留心听断，但是天下之大，难以一一亲临。
深怕怀冤前来申诉的，不止一方。可通告各州，我每月亲临各地一次，广泛征求意见，择善而从，务求准确真实。”乙卯日（初二），任尚书仆射沈约为尚书左仆射，尚书令王亮为左光禄大夫，右卫将军柳庆远为中领军。丙辰日（初三），免新升任左光禄大夫的尚书令王亮职。
天监三年（公元504年）春，正月戊申日（初一），后将军、扬州刺电、临川王萧宏被晋升为中军将军。癸丑日（初六），任尚书右仆射王莹为尚书左仆射，太子詹事柳恢为尚书右仆射，前尚书左仆射沈约为镇军将军。
天监十年（公元511年）春，正月辛丑日（初四），皇上亲至南郊祠祭，大赦天下，居官任事者特赐加两年俸禄。癸卯日（初六），任尚书左仆射张稷为安北将军、青冀二州刺史，郢州刺史、鄱阳王萧恢为护军将军。甲辰日（初七），任南徐州刺史、豫章王萧综为郢州刺史，轻车将军、南康王萧绩为南徐州刺史。戊申日（十一日），任左民尚书王昧为吏部尚书。辛酉日（二十四），皇上到明堂祠祭。