十五日，慕容宝属下的辅国将军张骧、护军将军徐超献城归降。本月，鲜卑族的秃发乌孤自称为大单于、西平王。
二月九日，道武帝率大军驻扎在钜鹿的柏肆坞。当夜，慕容宝倾巢而出，前来偷袭魏军大营，放火，一直烧到行宫，魏国士兵们都被吓跑了。道武帝在惊慌中起床，来不及穿好衣服、戴好皇冠，就光着脚跑出去擂响了战鼓。
没多久，左右军和中军的将士都聚集到了一起。道武帝摆了一个奇怪的阵势，在营寨外面排列好烽火，命骑兵全力冲击敌军。慕容宝所率部大败，奔回中山，魏军缴获了各种军用器械几十万件。慕容宝属下的尚书闵亮、秘书监崔逞等前来归顺的人络绎不绝，道武帝分别赐给他们不等的爵位，给他们任命不同的官职。
三月十一日，道武帝的车驾抵达卢奴。慕容宝派人求和，请求送秦王拓跋觚回来，并愿把常山郡以西的土地割让给魏国，但要求保留中山以东的后燕国土。道武帝同意了他的请求。可是没多久，慕容宝便背弃了这个盟约。十三日，道武帝的车驾抵达中山，命令部队准备将中山城围住。慕容宝怕慕容麟会先占据和龙，便在十五日晚上向北逃去。中山城内的人共同拥立慕容普邻为君主。
夏，四月，道武帝因为军中粮草供应不上，下诏命东平公拓跋一义先解除对邺城的围困，将军队转移到巨鹿驻扎。五月初三，道武帝认为中山城里的人都是受慕容普邻胁迫而抵抗的，便劝告他们归降。初八，魏军在中山城外展示军威给城里的人看，又命各路兵马解除对中山城的围困，向南转移，以等待中山城内部发生变化。十七日，任命东平公拓跋仪为左丞相，封为卫王。又将襄城公拓跋题的爵位升至“王”这一级。
秋，七月，慕容普邻派乌丸人张骧率领五千多人出城寻找粮食，对灵寿进行侵扰。慕容麟通过丁零人进入张骧的军队，并利用他们再进入中山城，将慕容普邻杀了，自封为皇帝。
八月初一，道武帝的军队进至九门。这时，大瘟疫正在流行，百姓和马、牛死去了十分之五六，中山城依然在坚守顽抗，群臣都希望北归。
遘武帝知道后，告诉他们：“这本来是上天注定的，又能怎么办呢？全天下的人我都可以和他们一起建立国家，全在于进行安抚罢了，何必担心没有人呢？”文武百官这才不敢再说什么话了。九月，慕容麟为饥饿和穷困所迫，率领三万多人侵入新市。太史令晁崇上奏道：“这一仗不好。”道武帝问：“为什么？”晁崇回答：“殷纣王在甲子那一天败亡，所以兵家都忌讳这一天。”道武帝说：“周武王不正是在这一天打了胜仗吗？”晁崇无言以对。
冬，十月初二，道武帝进军新市，慕容麟退往泒水边，依靠着渐洳泽坚守。初十，道武帝亲自赶到，与慕容麟在义台交战，并大败他的军队。慕容麟孤身一人逃往邺城，被慕容德所杀。二十日，慕容麟任命的公卿、尚书、将军和士兵归降的有两万多人。他部下的将领张骧、李沈、慕容文过去都曾投降过魏军，没多久又逃回去了，这一天他们又被俘获，道武帝对他们都予以赦免，不追究他们的罪责。历代传下来的皇帝印玺、图书、府库里的各种珍宝也都被魏军缴获。中山城宣告平定。二十一日，襄城王拓跋题去世。
天兴元年（公元398年）春，正月，慕容德退据滑台，卫王拓跋仪攻取了邺城。初七，道武帝的车驾抵达真定，并前往邺城。对于百姓中那些因为年纪大、多病而无法自己生活下去的人，道武帝命地方官员加以救济和帮助。他到了邺城以后，巡视了殿阁楼台，将整个皇宫看了一遍，有在这里定都的打算，后在邺城建立了行台。接着道武帝返回中山，一路上慰问民众的疾苦，并下诏规定：几是大军经过的郡县，一律免除百姓一年的口赋，同时免除山东地区百姓一半的租赋。当道武帝的车驾即将北归时，又派出一万士卒修了笔直的道路，从望开始，开凿恒岭，一直通到代州，总共有五百多里长。道武帝担心自己走后，山东地区会有变故发生，便在中山城建立了行台，命卫王拓跋仪在此镇守，又派略阳公拓跋遵镇守渤海边的谷口。右军将军尹国原本在冀州督促征收租赋，听说道武帝准备北归，便打算造反，计划袭击信都郡。安南将军长孙嵩把他抓到并送来，道武帝将他处斩。二十八日，道武帝的车驾从中山启程，到达望都尧山。他下令将山东六州的官吏和民众，及徒何、高丽等各种少数民族人，与三十六署的百工、艺人共十多万人迁走，以充实京师。道武帝的车驾抵达恒山南面。博陵、渤海、章武等几个郡的盗贼纷纷活动起来，被略阳公拓跋遵等人平定。这个月，慕容德自封为燕王，占据着广固。
二月，道武帝的车驾从中山抵达京师，道武帝去了繁畤宫。对宫中的禁卫人员，道武帝重新进行挑选。他下令给刚迁来京城的民户配给耕牛，并根据人口分给田地。三月，将左丞相、卫王拓跋仪召回京城，命略阳公拓跋遵代为镇守中山。
夏，四月初一，道武帝命历阳公穆崇出任太尉，巨鹿公长孙嵩出任司徒，将略阳公拓跋遵晋升为常山王，南安公拓跋顺晋升为毗陵壬。道武帝在西郊祭天，旗帜比过去增加了许多。广平太守、辽西公拓跋意列图谋造反，并与同郡人韩奇假造了谶纬图谶，准备袭击邺城。道武帝下诏，命令将这些谋反的人一律就地处死。这个月，兰汗将慕容宝杀了。并自封为大单于、昌黎王。
六月十六日，道武帝命有关部门商议确定国号。群臣上奏道：“在周、秦以前，帝王在他的出生地居住，当他统治天下时，就沿用出生地的地名作为国号。现在我国是从云州、代州地区兴起的，应当以‘代’为国号。”道武帝下诏：“过去我的远祖统管幽都，控制边远地区，虽然已经称王，但并未平定天下。到了我这时，扫平了中原地区，铲除了凶恶之徒和叛逆，远近都归服，应当仍然沿用从前的国号，称为‘魏’。”秋，七月，道武帝把都城迁到中城，开始兴建宫殿，建造宗庙，建立社稷。慕容宝的儿子慕容盛杀了兰汗，自封为长乐王。八月，道武帝下诏，命令有关部门确定封畿的地理范围，划定郊服、旬服的地域，较正测量的方法，建立道、里的标记，平均五权，校正五量，审察确定五度。又派出使者去各郡国巡视，举奏不守法的地方官员，上报后并由道武帝亲自审查，然后给予降职和处罚。
冬，十月，建立天文殿。十一月十三日，道武帝下令：命尚书、吏部郎中邓元海负责制订官制，确定爵位和品级，审定音律，使各种音乐协和；命仪曹郎中董谧负责草拟有关祭祀、社稷、朝见和宴会的礼仪；命三公郎中王德制订法律条令、申明禁令；命太史令晁崇制造浑天仪，以考察天象；命吏部尚书最后负责裁决和确定上述事务。
闰十一月，左丞相、卫王拓跋仪与王公大臣们一起到皇宫前上书：“臣等听说太极位于中天，则各个星宿的运行轨道整齐；帝王顺应天象，则群臣有度可循。陛下的德行配得上两仪，道行高于三皇五帝，仁风吹遍天下，美好的教化布满天地之间，德泽遍及昆虫，恩惠之广连草木都受到浸润，人民对您歌功颂德，四方归服。而您却带头谦虚，退居身后，没有采用帝王的礼仪，没有使用皇帝的衣服，这不符合上天的意思，也不符合文武百官的拥戴之心。臣等谨冒死上谏。”道武帝几次谦让，这才同意了。
十二月初二，道武帝亲自来到天文殿，太尉和司徒送上皇帝的玉玺和印绶，群臣都高喊万岁。宣布大赦全国的囚徒，改年号为“天兴”，追尊成帝以后的祖先以皇帝、皇后的谥号，奏起《皇始之舞》的乐曲。道武帝下诏，命文武百官商议确定五行三序。尚书崔宏等人上奏：魏国应采用土德，衣服和旗帜的颜色用黄色，吉利的数字用“五”，在未时祖祭、辰时腊祭，祭祀时用白色的牲畜，在京师的五郊立令，宣布时令，将时间告诉给人民，使用夏历。又将六州二十二郡的地方官员、地方豪杰和官吏民众两千家迂到京师。
天兴三年（公元400年）春，正月初七，材官将军和突在辽西击败了卢溥，并将他俘虏，又将他和他的儿子卢涣一起送往京师，处以五马分尸的极刑。十二日，道武帝在北郊祭祀。分别任命各官员去各州郡巡视，观察民风民俗，视察并检举不法之徒。
二月初五，下诏命有关部门在东郊祭祀日神，并开始耕作籍田。二十日，皇帝的儿子拓跋聪去世。三月初六，立慕容氏为皇后。这个月，挖开京城南面的水渠通入城中，修建了东、西鱼池。
夏，四月，姚兴派遣使者来朝贡。五月十七日，道武帝命谒者仆射张济去见姚兴。十八日，道武帝的车驾往东巡视，于是到达了涿鹿，派出使者以太牢的礼节来祭祀尧帝庙和舜帝庙。又向西抵达了马邑，察看了漫水的源头。六月初一，发生了日食。
秋，七月，乞伏乾归被姚兴打得大败。初二，道武帝的车驾返回皇宫，开始兴建中天殿、云母堂、金华室。
天赐六年（公元409年）夏天，道武帝的身体不适。起初，道武帝服用“寒食散”，自从太医令阴羌死后，“寒食散”的药力经常发作，到这时候越发厉害。而灾害和变故又屡屡出现，道武帝为此忧愁不安，有时一连几日不吃饭，有时整夜不上床睡觉，经常把责任归罪于下面办事的人，喜好和愤怒与平时差别很大。
他认为文武百官和身边的人都不可以相信，担心会像天象显示的那样，在身旁出现难以预见的灾祸。他常常回想过去的成败得失，整日整夜地自言自语，就像在和身边的鬼魂对话一般。如果有大臣上前奏事，他便记起这个人以前的过错，把他诛杀。其他人或者因为神色不安，或者因为喘息不协调，或者因为走路时脚步不规范，或者讲话时有点混乱，道武帝就疑心他们不怀好意，于是就亲手痛击他们。被他打死的人都摆在天安殿前面。因此，朝廷内外人心不安，有关部门也都荒废和懈怠了，不再相互监督和管理。盗贼们也公开活动，街上行人也很稀少。皇帝也知逋了这些情况，但他却说：“我是故意放纵他们这么做的，等过了灾年，我自然会对他们进行清理和整治。”秋，七月，慕容氏的别支有一百多家谋划要外逃，被人发觉了，被处死的有三百多人。八月，卫壬拓跋仪图谋造反，被道武帝下令赐死。
十月十三日，清河王拓跋绍发动了叛乱，道武帝在天安殿驾崩，蔓年三十九岁。永兴二年（公元410年）九月初王，封谥号为“宣武皇帝”，埋葬于盛乐的金陵，庙号定为“太祖”。
泰常五年（公元420年），改谥号为“道武皇帝”。