冬，十月初三，北魏军队从四面向新野发起进攻，未能攻下。孝文帝下诏命令左右两军修筑起长长的堤坝，将新野城四面包围。十六日，孝文帝追惩已死的贞皇后林氏的过失，剥夺了她生前死后的所有封号，贬为平民。十一月十一日，南齐萧鸾的前军将军韩秀方、弋阳太守王副之，后军将军赵祖悦等十五位将领前来投降。十四日，北魏军队在沔水北岸大败南齐军队，生擒南齐军的将军王伏保等人。干是，当地的百姓重新安居乐业。孝文帝下诏向当地百姓宣布，当地年龄在九十岁以上的人，赠给郡守的名誉头衔。年龄在六十五岁以上的人，授予县令的名誉头衔。新野草民张睹聚众一万多户，构建营寨，顽强地抵抗北魏军队，北魏军队一时未能攻下。十二月初七，北魏军队攻破张睹的营寨，俘虏、杀死了一万多人。十四日，孝文帝下诏，要求有司对被判流放的囚犯，暂缓执行流放的处罚，让他们在登城作战时充当先锋以裁罪立功。十七日，孝文帝到达沔城，巡视沔水以东地区。二十五日，孝文帝返回新野。二十六日，孝文帝亲自前往军营，慰问抚恤六军将士。南齐萧鸾的将领王昙纷带领一万多军队进犯南青州的黄郭戍地，守将崔僧渊击败王昙纷，把他的士兵全部俘虏过来。同月，齐郡王的儿子元琛被过继给河间王元若为子。
高昌国派使臣入朝进贡。
太和二十二年春，正月初一，孝文帝在新野行宫宴请文武百官。初五，北魏军攻克新野，擒获南齐萧鸾的辅国将军、新野太守刘忌，并在宛城将他处死。初六，南齐萧鸾的守将蔡道福弃城南逃。初九，南齐萧鸾的赭阳守将成公期、军主胡松弃城南逃。初十，南齐萧鸾的辅国将军、舞阴守将黄瑶起和直周闷将军、台军主鲍举，南乡太守席谦等相继弃城南逃，黄瑶起，鲍举被北魏军士兵生擒。二十八日，孝文帝驾临南阳。二月三日，北魏军进攻宛城北城。十二日，一举攻克北城，南齐萧鸾的冠军将军、南阳太守房伯玉，捆绑自己的手脚，出城投降。十八日，孝文帝驾临新野。十九日，孝文帝下诏宣布，凡是带头归顺北魏并且始终忠于北魏的南阳百姓，免征三十年的田租，授予其居住地以“归义乡”的称号；紧跟着归顺的百姓，免征十五年的阳租。三月一日，北魏军队在邓城大败南齐萧鸾的平北将军崔惠景，黄门郎萧衍的军队，杀死、俘虏两万多人。初九，孝文帝驻留樊城，在襄沔检阅军队，炫耀一番武力后返回。后下诏在荆州、东荆州、鲁阳郡实行****。镇军将军王肃带军攻打南齐的义阳。南齐皇帝萧鸾派遣将领裴叔业领军进犯北魏的涡阳。十四日，孝文帝下诏命令将军郑思明、严虚敬、宇文福等带领三支军队，相继驰往涡阳救援。二十日，孝文帝抵达湖阳。二十四日，孝文帝在比阳驻留。二十七日，孝文帝下诏向荆州各郡的百姓宣布，凡是带头或紧跟其后归顺北魏的百姓，按照对南阳百姓所采取的办法予以赏赐。三十日，孝文帝驾临悬瓠。
夏。四月三日，孝文帝下诏宣布，凡是随军南征的武官提升三级，文官提升两级，编外官员提升一级。十九日，孝文帝征调各州郡士兵二十万人，限令他们在八月中旬到悬瓠集结。赵郡王元斡病逝。五月二十六日，幸文帝下诏宣布，凡是在守孝期间随军出征的文武官员，官衔在四品以下的，以及没有品级的，按等级赐给布帛。六月初十，孝文帝下诏，给予阵亡的王公贵族、各级将士以优厚的抚恤。
秋，七月初三，孝文帝下诏说：“鄙人德薄才少，却身负统一国家的重任，这次平定叛乱，确实仰仗各位英雄之力。要扫平南齐，应该节省自身的支出，以奖赏将士，鼓励他们建立更大的功绩。皇后私府的开支，可以减少一半；供给六宫妃嫔、五服之内的皇亲国戚的物品，也要减少一半。正在军队巾服役的皇亲国戚，则减少三分之一。”当月，南齐皇帝萧鸾病逝，他的儿子萧宝卷继位。八月二日，皇太子元恪从京师来到悬瓠，觐见孝文帝。初三，南齐萧宝卷奉朝廷之命请邓学带着齐兴郡的军民归附北魏。救勒族袁纥树者等部落相继叛变。孝文帝下诏命令平北将军、江阳王元继为都督北讨诸军事，带军讨伐。初十，高丽国派使臣入朝进贡。九月二十一日，孝文帝因南齐皇帝萧鸾逝世，遵照不征讨君主逝世的国家的古代礼教，下令北魏军队把军旗移到后面撤退。二十二日，孝文帝下令，继续讨伐在北方叛乱的敕勒人。二十八日，孝文帝从悬瓠出发北上。
冬，十月初一，孝文帝下诏****豫州、南豫州两州被判死刑以下的各类囚犯，免征百姓田租一年。十一月四日，孝文帝驾临邺城。十二月初七，江阳王元继平定敕勒人的叛乱，孝文帝下诏命令军队班师回朝。
太和二十三年春，正月初一，孝文帝朝见文武百官，群臣向孝文帝祝寿，祝贺他大病痊愈。孝文帝在澄鸾殿大宴群臣。初五，孝文帝前往西门豹的祠堂，后渡过漳水而归。
南齐萧宝卷派遣太尉陈显达领兵进犯荆州。
初六，孝文帝下诏命令前将军元英领兵前去讨伐。初八，孝文帝从邺城出发。二十一日，孝文帝从邺城返回洛阳。二十三日，孝文帝到宗庙祭祀祖先。二十六日，举行饮至、策勋典礼。二十七日，大赦天下。太保、齐郡王元简病逝。二月初五，孝文帝任命长兼太尉、成阳王元禧为正太尉。十七日，任命中军大将军、彭城王元勰为司徒，恢复元思誉乐陵王的爵位。二十七日，南齐将陈显达攻占马圈戌。三月初四，孝文帝率军南征。初七，军队驻扎在梁城。初八，因顺阳被南齐军围攻，形势危急，孝文帝下诏命令振武将军慕容平城带领五千人马前去增援。初十，孝文帝生病，司徒、彭城王元勰在行宫中照料，并且主持军政大事。二十一日，孝文帝驾临马圈戌，下诏命令镇南将军、广阳王元嘉占踞均口，切断陈显达的军队的归路。二十二日，北魏军队向陈显达发起多次进攻并打败他。当夜，陈显达和崔惠景、曹虎等人率军南逃。二十三日，北魏军队缴获南齐军队遗弃的军用物资数以亿计，孝文帝把它们全部分赐给将士们。北魏各将领率军追击南齐军，直到汉水，被斩杀，被俘虏或者落水淹死的南齐士兵，占其总人数的十分之八九，南齐左军将军张于达等被杀。南齐将领蔡道福、成公期带着几万人马放弃顺阳城，往南逃窜。
三月二十四日，孝文帝病重，北返洛阳，在谷塘原驻留。二十八日，孝文帝下诏，赐皇后冯润自尽。命令司徒元勰征召太子元恪到鲁阳继承帝位。下诏任命侍中、护军将军、北海王元详为司空公，镇南将军壬肃为尚书令，镇南大将军、广阳王元嘉为尚书左仆射，尚书宋弁为吏部尚书，命令他们与侍中、大尉公元禧，尚书右仆射、任城王元澄等总共六个人一起辅政。孝文帝回头对六位辅政大臣说：“诸位太尉、司空、尚书令、左右仆射、吏部尚书大人，我的太祖皇帝所创造的宏大基业，像天地万物一样昌盛。他多次作出圣明的决策，在愚昧的孤陋中得到巨大的历练。我一生兢兢业业，想着追随先圣的遗踪。后来把都城迁徙到洛阳，在河瀍地区巩固帝业，几乎在南边荡平吴越等地，让万国重新来朝见行礼。这些上可光宗耀祖，下可普济民众。虽然很早就消除了贫困，但我的志向不能永久得以推行。诸位公卿大臣要尽心地辅佐皇太子，让我们北魏宫室更为兴盛，这也是一桩善事，你们能不努力吗？”夏，四月初一，孝文帝在谷塘原行宫病逝，享年三十三岁。辅政大臣封锁孝文帝病逝的消，等皇太子到达鲁阳后才发丧。皇太子扶棺回到京师，给孝文帝元宏加上“孝文皇帝”的谥号，祭庙的名号为“高祖”。五月二十一日，将孝文帝安葬于长陵。
史臣评论说：北魏自在代、朔地区奠定基业后，不断南征，几乎荡平南夏，开疆拓土经历了儿代人，都以武力征伐为事业，至于伦理教化事业，则无暇顾及。高祖孝文帝元宏年幼时继承帝位，很早就显示出睿智英明的风范。
因为当时有皇太后统摄一切，孝文帝无从过问政事，过着悠闲自在的生活。在这期间博览群书，并时常从其中得出自己独到的体会，形成了出众的才智和品德。孝文帝的这种际遇，和冥冥中神灵的安排非常切合。孝文帝亲自总揽朝政后，日理万机，十多年里，未曾懈怠过。
国家统一大事的谋划，百姓难以做到的事情的排解，对高尚的伦理道德的追求，他都亲自加以实践。尽管身居皇帝的高位，也是如此。孝文帝博古通令，能协调天人关系。对以前的帝王所制定的礼仪典制、朝野人士所确立的法度，经过反复的思考后再进行取舍，所作的选择灿烂辉煌，全国的百姓都大开眼界。还有孝文帝一生雄才大略，喜欢奇特的事物，爱好结纳士人，看待下属和百姓如同看待自己身上的伤口一样，痛痒都存乎心间，严于律己，舍己利人。这也是无法用语言来称赞的。他治理国家，国家海晏河清，加给他“孝文”的谥号，怎能说是徒有虚名呢？