当初，神宗时代，因为差役法实行了很长时间，所以产生了不少弊病。编户中服役的人越来越不习惯所服的差役，官府又暴虐地役使他们，导致了很多人破产，地多人少的地方有人终年得不到休息。王安石在神宗时任审相，把差役法改为免役法，根据户等的高低让他们出钱雇人服役。执行免役法的官吏向百姓索取超过规定的钱财，因此免役法成了百姓的祸患。司马光任宰相后，知道免役法的危害，但不知道它有利的一面，打算恢复差役法，选派官吏设置机构，苏轼被选中。苏轼说：“差役法、免役法，各有利弊。免役法的害处，在于聚敛民财，百姓十户九空，聚敛于上而下面却有钱荒之害。差役法的害处，在于百姓常在官府服役，不能集中精力务农，而贪官污吏得以乘机敲诈勒索。这二者危害的轻重程度，大致相等。”司马光说：“那你说怎么办呢？”苏轼|兑：“法律制度连续相承事情就容易办好，事情逐渐变化百姓就不会惊恐。远古三代的制度，兵农合一，到了桊胡才分开，等到唐朝中叶，把府兵垒部改变为比征健儿。从那时起，百姓不知道当兵，当兵的也不知道务农，农民出粮食布帛养活军队，军队出性命保卫农民，天下人都感到方便。即使是圣人再出现，也不能改变这种情况。现在的免役法，实际上大致和这是一样的。你想立即废除免役法而实行差役法，就好像废除丁长征健儿而恢复府兵，大概不容易吧。”司马光听了不以为然。苏轼又到政事堂陈述自己的意见，司马光很是恼怒。苏轼说：“过去韩魏公在陕西招纳义勇，您任谏官，为此事争得很激烈，韩魏公不高兴，您也不加理会，我过去听您讲过这件事的详细情况，难道您如今做了宰相，就不允许我讲点意见了吗？”司马光笑了笑。不久苏轼被任命为翰林学士。
元祐二年（公元1087年），苏轼兼任侍读。
每当读到治乱兴衰、邪正得失的时候，苏轼总是反复开导皇帝，希望皇帝有所醒悟。哲宗虽然恭敬而沉默不语，但总是点头肯定。苏轼曾读了祖宗的《宝训》，因此讲到时下的事，苏轼说：“现在赏罚不分明，对善恶行为没有什么鼓励或抑制的措施；又有黄河大势改道北流，而强行使它向东流西夏人入侵‘镇戎军’，杀死掠走几万人，军队主帅不向陛下报告。如果每件事情都是如此，恐怕会慢慢成为衰败混乱的开始。”苏轼曾经被锁在皇宫宿值，奉召入对便殿，宣仁太后问他说：“你前年任什么官？”苏轼回答“我任常州团练副使。”宣仁太后又问：“现在担任什么官职？”苏轼回答：“我现在担任翰林学士。”宜仁太后问：“你为什么被迅速提升到这个职位？”苏轼同答说：“是因为遇到了太皇太后、皇帝陛下。”太后说：“不是。”苏轼说：“难道是大臣们的推荐？”太后说：“也不是。”苏轼吃惊地说：“我虽不肖，但不敢通过其他途径获得提升。”宣仁太后说：“这是先帝的意思。先帝每每诵读你的文章，一定感叹地说：‘奇才，奇才！’只是没来得及提拔任用你罢了。”苏轼不觉失声哭了起来，宣仁太后和哲宗也哭了，左右侍从都感动得哭起来。之后请苏轼坐下喝茶，最后撤下皇帝御前的金莲烛送苏轼回到学士院。
元祐三年（公元1088年），苏轼任权知礼部贡举。当时赶上大雪纷飞，异常寒冷，参加贡举考试的人坐在庭院中，冷得说不出话。苏轼放宽对他们的限制，使得他们尽情施展才能。巡铺内侍每每折辱考试的举人，并且拿他们文章中暧昧的某个词诬陷为罪状，苏轼全部上奏朝廷并赶走了这些巡铺内待。
元裙（公元1089年）四年，因为长久评论政事，苏轼为当权大臣所愤恨。苏轼担心不被重臣们宽容，便请求出外做官，任龙图阁学士，知杭州。还没有走，谏官说前任宰相蔡确知安州时，写诗借郝处俊事来讥讽太皇太后，大臣们讨论要把蔡确贬往岭南。苏轼秘密上疏说：“朝廷如果从轻处罚蔡确的罪行，那么对皇上以孝治国的方针是不够的；如果从重处罚蔡确的罪行，又于太皇太后的仁政有损害。我认为应该是皇帝降旨逮捕蔡确治罪，然后太皇太后出亲笔诏令赦免他，那么仁孝两个方面都得到保全。”宣仁太后心里赞同这个建议却又不能采纳。苏轼临行到京城效外，哲宗沿用前任执政火臣的恩例，派内侍赐给苏轼龙茶、银合，慰劳十分优厚。
不久苏轼到了杭州，杭州大旱，饥荒瘟疫一起发生。苏轼向朝廷请求，减免本州上供稻米的三分之一，又得到赐给剃度和尚的度牒，换成谷米来救济饥饿的百姓。第二年春天，又减价出卖常平米，做了很多稠粥和汤药，派人带着医生沿街给百姓治病，救活了很多人。苏轼说：“杭州，是水陆交会的地方，因为瘟疫而死亡的人常常要比其他地方多。”于是集中剩余的公款二千缗，苏轼又拿出自己的黄金五十两，办起病坊，稍微积蓄一些钱粮收治有病的百姓。
杭州原本靠近大海，地下的泉水又苦又成，居民稀少。，唐代杭州刺史李泌首先引来西湖水并修建六井，百姓的用水才得以满足。白居易又疏浚西湖水引入运河，湖水自运河流入农田，灌溉了千顷农田，百姓因而很富有。
西湖水中水草很多，自唐代到五代时期的钱氏，每年都要疏浚治理。宋朝建立后，不再治理，于是水草淤积形成了封田，湖水几乎没有了。运河失去西湖水的补给，就从钱塘江的潮水中引水，潮水又多含泥沙，淤积了运河，于是每隔三年就要挖淘一次，这成了百姓的一大灾祸，六井也几乎废弃了。苏轼看到茅山有一条河专门容纳钱塘江湖水，盐桥有一条河专门容纳西湖水，于是疏浚这二条河道用来通航。又修造堤堰闸门，控制西湖水的蓄积与排泄，钱塘江潮水不再进入杭州城内。又以剩余的人力修复了六井，再把挖出来的淤泥堆积在西湖中，南北长三十里，修筑成长堤以供人走。吴地百姓喜欢种菱，春天除草，往往寸草不留。苏轼雇募人力在西湖中种菱，水草不再生长。把种菱所得的收入作为以后修浚西湖的费用，取救济荒灾剩余的一万缗钱、万担粮食，以及申请得到的一百张僧人度牒用来雇募民工。长堤筑成后，在上而种植荷花、杨柳，使这里望上去好像图画，杭州人于是把长堤命名为苏公堤。
杭州和尚净源，原来居住在海边，与海上客商有来往。海船到了高丽，客商交口称赞他。
元丰末年（公元1085年），高丽王子义天来宋朝拜，特意前往净源那里拜访。而那时，净源已死，他的徒弟偷偷地拿着他的遗像，乘海船前往高丽报告。义天也派他的门徒来祭奠净源，并且拿着高丽国母的二座金塔，说是祝朝廷两宫太后寿辰。苏轼不接受，上奏说：“高丽很久不进贡了，失去了朝廷赐给他们的厚利。他们的意图是想要朝贡，但测不准我们对待他们的厚薄，所以借祭奠死去的和尚而行祝寿之礼。我们若接受了他们的贺礼而不回报他们，高丽将会产生怨恨之情；如果接受了贺礼而厚赐他们，又正好落入了他们的计策之中。现在朝廷应该不参与这件事，让州郡自行以理由拒绝他们。那些平庸的僧人以及狡猾的商贾，给国家带来事端，这种事不可鼓励，应该痛加惩治。”朝廷完全同意苏轼的意见。不久，来进贡的高丽使臣果然到了。按照旧例使臣所到的吴越七个州，要花费二万四千缗钱。苏轼于是命令各州根据具体情况裁减开支，百姓获得交易的好处，再也没有受到侵扰危害。
浙江湖自海门东来，势如雷霆，而浮山屹立在江水中，与渔浦各山犬牙交错，水流相激，旋涡遍布，每年因此损坏的公私船只不计其数。苏轼建议自浙江上游名叫石门的地方，沿山向东，开凿成运河，引浙江及溪谷诸水二斗多里到达钱塘江。又沿山建筑河岸，不出十里到达龙山大慈浦，自浦北转弯抵达小岭，开凿六十五丈山岭通达岭东古河，疏浚古河几里到达龙山漕河，以避开浮山之险。人们都认为便利。于是奏章上报朝廷，有怨恨苏轼的大臣，极力阻止这个计划，因此这一工程没有完成。
苏轼曾说：“三吴地区的水，蓄积形成太湖，太湖的水又溢出形成松江而流入大海。大海每天两次潮汐，潮水浑浊而江水清澈，潮水常常要淤塞松江水道，然而江水清、流速快，随即就把泥沙冲走了，出海口经常是通畅的，因此吴中地区很少有水灾。过去苏州以东地区，公私船只都用竹篙撑行，没有在地上拉纤的。
自庆历年间以来，松江大力修筑拉纤的道路，修建的长桥扼塞松江水道，所以现在三吴地区多发生水灾，我打算凿掉拉纤的道路，修建千桥，以加快江水的流速。”这个建议也没有被采纳，人们都感到很遗憾。苏轼在二十年间两次到杭州任官。因为他对杭州百姓有恩德，百姓家中有他的画像，吃饭时一定要在像前祝福，而且又修建了苏轼生祠以报答他的恩德。
元祐六年，苏轼被召为吏部尚书。还没有到任，因为其弟苏辙任尚书右丞，苏轼改任翰林承旨。苏辙辞掉了尚书右丞的职务，想和兄长一同担任侍从官，朝廷没有同意。苏轼到翰林院几个月，因为谗言请求出外做官，于是以龙图阁学士出知颍州。从前，开封府各县多水灾，地方官吏不深入研究造成水灾的原因，就开挖陂泽，把水注入了惠民河，惠民河容纳不下，致使陈州也多患水灾。他们又打算凿开邓艾沟，使之与颖河沟通，并且要凿开黄堆想把水引入淮河。苏轼刚到颍州，就派官员用水平器测量地势高低，发现淮河涨水时水位高出新沟几乎有一丈，如果开凿黄堆，准水将倒灌颍州地区造成水灾。苏轼向朝廷说明了情况，朝廷同意了苏轼的意见。
颍州有强悍的盗贼尹遇等人，几次抢劫杀人，又杀死了捕盗的官吏兵卒。朝廷令名捕捉拿他们也没有结果，被害者亲属又害怕他们再次加害，藏着不敢说话。苏轼召来汝县尉李直方说：“如果你能够抓住这伙盗贼，我会在朝廷上尽垒力为你请求奖赏；抓不到，我要以不称职奏免你的官职。”李直方有位老母亲，他和母亲诀别后就出发了。他侦察到了盗贼所在的地方，分派人捕获了尹遇的党羽，他亲手用戟刺中了尹遇，擒获了他。朝廷认为事情太小不符合奖赏的规定，推赏时没有赏到李直方。苏轼请求以自己的年资政绩，应当改官为朝散郎，而把它作为对李直方的奖赏，朝廷还是没有同意。后来吏部认为苏轼应该升迁，以符合苏轼的考绩，苏轼说已经许给李直方了，朝廷又没有答复。
元祐七年（公元1029年），苏轼调任扬州。过去发运司主管东南漕运，总是听任掌船的人私载货物，征收商税的部门也不能难为他们，因此掌船的人往往很富有。他们以官船为家，主动修补破旧的官船，并且周济船失的短缺，所载货物能准时到达又安全无虞。近几年禁止了一切私载货物，所以船破损了，人也变得贫困，船夫还多次盗窃所运的货物以接济饥饿贫寒之人。公家私人都受害，苏轼请求恢复原来的做法，朝廷同意了。
没过一年，朝廷以兵部尚书的职务召回苏轼，兼任侍读。
这一年，哲宗亲自到南郊祭祀，苏轼任卤薄使，引导圣驾进入太庙。有十几辆打着红伞的牛车和打着青盖的牛车争抢道路，不躲避皇帝的仪仗队伍。苏轼派御营巡检使询问他们，竟然是皇后和大长公主的车队。当时御史中丞李之纯是仪仗使，苏轼说：“中丞的职责是严肃政纪，不能不把这件事报告给皇帝。”李之纯却不敢说，于是苏轼在车中把这件事告诉了皇帝，哲宗派使臣捧着书信骑马告诉太皇太后。第二天。下诏整顿皇家仪卫，规定自皇后以下都不得迎接接见。不久苏轼升任礼部兼端明殿、翰林侍读两学士，任礼部尚书。高丽派使臣请求朝廷赐赠一些书籍，朝廷沿用惯例同意了他们的请求。苏轼说：“汉朝东平王请求朝廷赐给他《诸子》及《太史公书》，朝廷尚且不肯给予。现在高丽的请求，远远高于前面所说的，难道可以给他们吗？”然而朝廷没有听从他的意见。