至元二年（公元1265年）二月初一，元帅按东和宋军在钓鱼山作战，大败宋军，缴获战舰一百四十六艘。初四，开始设立宫闱局。初八，赐给亲王兀鲁带河间王印信，并赐予他的部下一千石米。十七日，皇帝的车驾来到上都。二十三日，把中书省的六部合为四部，委任麦术丁为吏礼部尚书，委任马亨为户部尚书，委任严忠范为兵刑部尚书，委任别鲁丁为工部尚书。二十四日，用蒙古人充任各路的达鲁花赤，汉人充任总管，回回人充任同知，永远成为定制。任命东平路宣慰使同知宝合丁为平章政事，山东廉访使王晋为参知政事。廉希宪、商挺罢免官职。下诏合并诸侯王只必贴木儿所设置的管民官的僚属。诏谕总统所：“僧人凡有精通五大部经书的作为中选者，品德好的，让他们担任州郡的僧录、判、正副都纲等官职，仍然在各地设置三学讲、三禅会。”至元九年（公元1272年）春天正月初一，高丽国王王植派遣他的大臣礼宾卿宣文烈前来庆祝新春，同时奉献每年的贡品。初五，把尚书省合并到中书省，尚书省平章政事阿合马、尚书省同平章事张易担任中书省平章政事，尚书省参知政事李尧咨、麦术丁担任中书省参加政事。免除给事中、中书舍人、检正等官职，仍然设立左右司，把省六部减为四部，并改称中书省。初七，诏令派遣不花及马磷告谕高丽准备战船、粮食，帮助征伐耽罗。河南省请求增加兵马，皇帝敕令各路签征士兵三万人。十八日，皇帝敕令皇子西平王奥鲁赤、阿鲁帖木儿、秃哥以及南平王秃鲁所统率的部属和四川行省的也速带儿的部下、忙古带等十八个部族、欲速公弄等土番军，一起征讨建都。新安州刚开始属于雄州，皇帝诏令改作县，并入顺天。二十一日，把北京、中兴、四川、河南四地的行尚书省改为行中书省，京兆府再次设立行中书省，仍旧命令诸侯王只必贴木儿设立行省断事官。赐给西平王奥鲁赤马价银、弓箭，赐予南平王秃鲁银印以及金银牌符各五枚。二十二日，把凤州的屯田移到盐州、白州二州。敕令董文炳时常巡视、抢掠南方边境，千万不要让宋军能够建立城堡。敕令：“军民之间因为田地发生诉讼纠纷的，平民的田地有多的，就把多的田地分给军队；军队的田地有多的，就把多的田地分给平民。还要派有才干的大臣倾听他们的理由，那些军奴归人民户的，要把他们还原更正过来。”敕令燕王派遣使臣拿着香烛和旌旗去祭祀山神、水神、土地神、五台山兴国寺。命令刘整统率汉军。二十三日，把山东东路都元帅府统军司改为行枢密院，由也速带儿、塔出一起担任行枢密院副使。二十六日，议定接受宣命的官员的礼仪。诏令元帅府统军司、总管万户府查阅核实军队的名册。
十一年九月十三日，行中书省调派大军从襄阳出发，发出檄文，要招降宋朝州郡的官吏、将士、平民。二十日，将军队驻扎在盐山，离郢州二十里。十多万宋军据守郢州，夹汉水布阵，修建万胜堡城墙。两岸的水上排有一千艘战船，用铁链连接几十艘大船，横贯长江江面，阻挡元水军不能直流而下。只有黄家湾有一条小溪，经过鹞子山流入唐港，可以到达长江。宋军又筑起大坝，在那里修建堡垒，并驻扎军队守护。伯颜统率各军攻克了大坝，引船驶进小河，出唐港，把船排成行列出发。皇帝的车驾从上都来到京师。
冬天十月初七，到太庙奉献祭品。十八日，长河西千户必剌冲四处抢掠，聚众闹事，火你赤移守别地还没有回来，副元帅覃澄率领属下的官员赶赴那里。皇帝说：“覃澄不必独自一个人前往，即刻增加三千士兵交给火你赤，合力征讨必刺冲。”二十日，木星侵犯垒壁阵星。二十三日，伯颜统率各大将攻破沙洋堡，生擒守城大将串楼王。第二天，驻扎在新城。宋军总制黄顺投降。伯颜派遣黄顺去招降都统边居谊，边居谊不出城。总管李庭攻破宋军外围的城堡，各军队的士兵们像蚂蚁一样沿城墙向上攀登，攻克了城池。边居谊****而死。二十九日，赐予北平王南木合三万匹马、十万只羊。
十一月初八，世祖判三十九名罪犯死罪。
初十，刺令西川行枢密院也速带儿攻取嘉定府。十一日，符宝郎董文忠上奏说：“最近听说益都、彰德的妖人连续地出现，当地的按察司、镇守官和社长没办法禁止，应该命令他们实行连坐处置。”皇帝诏令实行。十三日，大军驻扎在复州，宋朝复州安抚使翟贵出城投降。十五日，诏令宋朝嘉定安抚使昝万寿，凡是守城的军将拿出钱财来归顺的和那些逃避罪罚以及背叛主子出逃的，全部赦免。二十一日，东川元帅杨文安和青居山蒙古万户怯烈乃、也只里等人在达州会师，径直向云安军进发，到了马湖江和宋军遭遇，大败宋军，于是攻破云安、罗拱，高阳等城堡，朝廷赐给杨文安等人数额不等的金银。用香河的千顷荒地设置中卫的屯田。伯颜派遣万户帖木儿、驿史阿里上奏沙洋、新城战斗胜利的捷报，并且让新城总制黄顺前来觐见。皇帝赐予黄顺黄金锦衣以及铠甲，授予他湖北道宣慰使，佩戴虎符。皇帝敕令：“京城盗窃、诈骗的人很多，应当制定严厉的法令。”征召征伐日本的忽敦、忽察、刘复亨、三没合等人前来朝廷。三十日，安童奏报：“阿合马独揽财赋大权，祸国殃民，凡是所起用的官员都不合格，请另外选择官员；他营建宫殿，攀附上司，狼狈为奸，也应该责问。”皇帝命令对阿合马完全彻底地调整。建造阁南直大殿以及东西殿，增选乐工八百人，隶属于教坊司。
十二月初四，伯颜的大军驻扎在汉口。宋朝的淮西制置使夏贵、都统高文明、刘仪用一千艘战船分别据守在各隘口，都统王达据守阳逻堡，京朝宣抚使朱祀孙用流动突击的军队扼制长江中流，元军不能前进。采用千户马福的建议，从汉口打开堤坝，引领船只在伦河口会合，径直赶往沙芜，于是进入了长江。十一日，把各路两千名无主的奴隶属于工部。十二日，奖赏忻都等人征伐耽罗的功劳，赏给数额不同的银子、钱钞、币帛。十三日，阿里海牙统率万户张弘范等人进攻武矶堡，宋将夏贵统兵前来支援，阿术率领万户晏彻儿等四支军队在青山矶停泊下来。十四月，万户史格统领一支军队先行渡过长江，被宋朝的荆鄂各军都统程鹏飞打败，总管史塔刺浑等率领部下赶赴迎敌，程鹏飞兵败逃跑。元军进军沙洲。到达观音山，夏贵向东逃跑，元军于是攻破武矶堡，斩宋军都统王达，一直追击敌军，直到鄂州南门才回来。十五日，伯颜登上武矶山。宋将朱祀孙逃回江陵。十七日，元军驻扎在鄂州，宋朝的直秘阁湖北提举张晏然、暂署汉阳军王仪、德安府知府来兴国一起来献城归附，程鹏飞统领本军归附。伯颜依照旧制任命宋朝的鄂州民兵总制王该掌管鄂州的事务，王仪、来兴国仍然担任旧职，撤除原来的守军，让他们分别隶属各军。下令禁止侵扰虐待百姓，凡是逃跑的百姓全部让他们返回原处。令阿里海牙的四万士兵镇守鄂州、汉口。伯颜、阿术统率大军，从水陆两路东下，派遣侍卫亲军都指挥使秃满带率领各军殿后。任命襄阳路总管贾居贞为宣抚使，商量讨论行中书省的事务。十八日，淮西路的正阳发生火灾，房屋、衣服、兵器全部焚毁，对万户爱先不花等人处以不同的杖刑。二十一日，赐给太乙真人李居素一所住宅，所赐匾额写有“太乙广福万寿宫”。行中书省把渡过长江的捷报奏闻皇上。敕令把吕文焕的随司军全部遣还回家。割出南阳的卢氏县，隶属于嵩州；设置归德府永城县；撤除长武县，并入泾川}撤除良原县，并入灵台。
这一年，全国共有一百九十六万七千八百九十八户。各路发生虫灾的共有九处，因此发生饥荒，发放大米七万五千四百一十五石、小米四万五百九十九石以赈济灾民。
至元十二年（公元1275年）春天正月初一，高丽国王王愖派遣高丽判阁事李信孙前来庆贺新春以及进贡每年的税钱。初二，大军驻扎在黄州，宋朝沿江制置副使，黄州知府陈奕献城投降，伯颜依照旧制授予陈奕沿江大都督。陈奕的儿子陈岩当时任涟州知府，陈奕派人带着书信去劝他归附。书信刚到，陈岩立即出城投降。初三，把襄阳新归顺的七百户百姓迁到河北。东川副都元帅张德润攻占礼义城，杀了宋朝安抚使张资，招降军民一千五百多人。继而派遣元帅张桂孙攻占宋地，俘虏了总管郭武以及都辖唐惠等六人。赐给张德润黄金五十两以及西锦、金鞍、细甲、弓箭，赐给他的部下将士钱钞三百锭。初六，刘整逝世。安西王的相府乞求赐给一万锭钱钞作为军需费用，皇帝敕令赐给他一千锭。十一日，军队驻扎在蕲州，宋朝安抚使管景横献城投降。十三日，皇帝敕令枢密院把纳忽带儿、也速带儿所统领的守卫军以及再次签征的壮丁八百人交给五州经略司统领，郯城、十字路也听从五州经略司调度。
十四日，大军驻扎在江州，宋朝的江西安抚使、江州知府钱真孙以及淮西路六安军的曹明献城投降。十五日，枢密院大臣上奏说：“宋朝的边郡，如嘉定、重庆、江陵、郢州、涟海等地都依恃军队而各自戍守，应该颁布诏书招降他们。”皇上听从了大臣的建议。宋朝的南康军知府叶阊献城投降。敕令派侍卫亲军指挥使札的失、囊加带率领两千蒙古军，百家奴、唐古、忙兀儿率领一万汉军，赶赴蔡州。秃满带、贾忙古带再率领其余的士兵赶赴朝廷。十七日，派遣伯术、唐永坚带着诏书去安抚郢州的守军，仍旧敕令襄阳统军司调派三千名士兵侍卫、保磅护送唐永坚等人。挑选十四名蒙古人、畏吾儿人、汉人赶赴行中书省，担任刚刚归附州郡的管民官。十八日，派遣右卫指挥副使郑温、唐古、帖木儿率领护卫军一万人，同扎的失、囊加带一起戍守黄州。诏令劝谕宋朝重庆府制置司以及所属州、郡城寨的官吏军民，献城归顺元朝。二十日，任命宣抚使贾居贞协助处理行中书省政务，戍守鄂州。安南国使者返回，皇帝敕令把按旧制登记民户、设置镇守官、签征士兵、设立驿站、交纳租税以及年年进贡的事告谕他们知道。二十三日，派遣兵部尚书廉希贤、工部侍郎严忠范、秘书监丞柴紫芝，捧着国书出使宋朝。二十五日，派遣万家奴所招募的一万名自愿参军的士兵征讨南方。二十七日，云南总管信苴日、石买等刺杀合剌章舍里成的作乱者。命令士鲁到云南，催促阿鲁帖木儿入朝觐见。因为没有归顺的蛮夷还很多，命令宣慰司兼管元帅府的政务，并听命行中书省节制、调度，设置郡县，主管官员选举廉正有能力的人担任其职务。设置云南各路规措所，任命赡思丁担任规措使。增加侍卫、保送唐永坚的士兵，唐永坚请求拜都、忙古带一同前去，皇上答应了他。敕令追回诸侯王海都、八刺的金银牌符三十四枚。
二月初二，大军驻扎在安庆府，宋朝殿前都指挥使、安庆府知府范文虎献城投降，伯颜依照旧制授予范文虎两浙大都督。初三，任命中书右丞孛鲁欢为准东郡元帅，中书右丞阿里为左副都元帅。命令阿里、撒吉思等各部的蒙古军、汉军在邳州会合。又调派蕲州、宿州的守卫军带着河南的一千艘战船赶赴那里。派遣辅相勃罗检查、核对西夏专卖品的赋税。命令开元宣抚司赈济吉里迷刚刚归附的饥民。敕令畏吾儿地区春夏两季不得捕猎怀孕的野兽，在平阳府的临汾设立后土祠，在河中、解州、洪洞、赵城分别建造伏羲、女娲、虞舜、商汤、河渎等神的庙宇。初五，大军驻扎在池州，宋朝暂管池州事务的赵卯发自缢而死，都统制张林献城投降。撤除西夏中兴路的都转运司，并人总管府。议定用元朝中统年的钱钞去换取宋朝的交会钱币，并放开蔡州的盐卖，可以买卖药材。初七，诏令江州、黄州、鄂州、岳州、汉阳、安定等地的官吏、士民、军匠、僧道等人，让农民从事耕种，商人去贩运，士庶缁黄等不同身份的人，各自安守自己的本业。如果镇守的官吏恣意妄为并且骚扰，可到行中书省衙门去申述、控告。史天泽逝世，皇上征召游显、杨庭训赶赴朝廷。赐给陈述意见的人霍昇、张和钱钞十锭，让他们跟从淮东元帅府征讨宋朝。初九，派遣礼部侍郎杜世忠、兵部郎中何文著，带着书信出使日本。初十，派遣济南府同知张汉英拿着诏书去劝降宋朝的淮东制置使李庭芝。十一日，滔磁路总管姜毅捕获农民郝进等四人，他们制造妖言，迷惑百姓，皇帝敕令处死郝进，其余三人免去死刑，流放到远方。