至元二十年（公元1283年）春天，正月初一，高丽国国王王賰派遣他的大将军俞洪慎前来庆贺新春。初四，把弘吉剌氏纳为皇后。初六，赐予诸侯王出伯印信，赏赐诸侯王必赤贴木儿、驸马昌吉的军队钱钞。初八，敕令药剌海率领大军征讨缅国。初十，高丽国国王王畴派遣使臣兀刺带进贡布帛、线纳等物品共四百段。和礼霍孙上奏说：“去年冬天中山府的刁民薛宝住写匿名信前来上呈，妄图模仿东方朔的书信，欺骗迷惑朝廷，希望得到官府的赏赐。”赦令将他斩首。和礼霍孙又上奏说：“从现在起应上诉的事情，必须按事实写出，前往中书省、御史台陈述报告。那些敢用匿名信陈述事情的，罪刑严重的要处死，轻的流放到远处。能够揭发这些事的，赏给犯人的妻子，并赏赐他钱钞。又有阿合马掌权时，衙门冗杂，虚耗朝廷的俸禄，应该按照刘秉忠、许衡所设定的合并或减省。”皇上全部答应了他。设立务农司。敕令各事务前往中书省、御史台上诉，处理决断不公平的，答应前往登闻鼓院击鼓以上奏皇上。打算征收日本的军粮，命令高丽国准备二十万石。阿塔海仍然担任征东行中书省丞相。十一日，遣发二万名五卫军士兵征讨日本。发放三千锭钱钞在察罕脑儿购买米粮，来供给军中食用。因为燕南、河北、山东各郡去年干旱，百姓应上交的税粮暂且停止征收，并下诏说：“从现在起，如果遇有灾害，管民官过时不向朝廷申报以及按察司不即刻前往巡视，都要追究责任。”刑部尚书崔谈当时官场中的十八件大事，皇帝诏令中书省和御史大夫玉速帖木儿一起商议处理。罢除上都的回易库。十二日，伯要带等人在烈埚都山、乾山砍伐造船用的木头，共十四万二千株，调派各军贴户中的成年以及壮丁五千人、民夫三千人运送这些木头。十四日，太阴星侵犯轩辕星座的御女星。赐予诸侯王也里干，塔纳合、奴木赤黄金各五十两、金衣袄一件。十五日，因为在平滦造船距离运木料的地方很远，百姓对运输的苦役感到疲惫，因此迁到阳河造船。十八日，御史台上奏说：“燕南、山东、河北去年发生旱灾，按察司已经查看、巡视过，而中书省却不替他们上奏免税，百姓怎能忍受？请求暂且停征税粮。”皇帝决定说：“可以。”迁移巩昌按察司的治所到甘州。命令中书右丞王阇里帖木儿以及万户三十五人、蒙古军中练习成水军的=千人、探马赤军一万人、练习水战的五百人征伐日本。二十三日，任命招讨使杨廷壁为宣慰使，赐给弓箭、马鞍、嚼勒，派他安抚俱蓝等国。二十五日，命令各军训练水战，赐给钱钞八千锭在隆兴、宣德等地购买粮食以供养他们。二十六日，太阴星进入斗宿天区。二十八日，皇帝的车驾停在京城近郊打猎。任命四川归顺的官员杨文安为荆南道宣慰使。把广东提刑按察司改为广东海北道，广西按察司改为广西海北道，福建按察司改为福建闽海道，巩昌按察司改为河西陇北道。二十九日，拨出忽兰以及塔敕不罕等地的四千民户隶属于皇太子。壬戍日，敕令从秃烈秃等地的富户中借六百头牛，分给乞里吉思的穷人。
五月初二，赐给甘州的戍守士兵夏天的衣服。初五，丞相伯颜、诸侯王相吾答儿等人上奏说：“征伐缅国的大军应该兼用蒙古军和新归附的士兵。”皇上答应了。初六，免去五卫军征讨日本，调派一万名士兵赶赴上都。遣散平滦造船的士兵回家耕种，调派大都所管辖的军队代替他们服役。初七，缩减隆兴府昌州盖里泊主管盐业的官吏九十九人，把他们的事务隶属于隆兴府。议定江南管民官以及转运司官的田地数目。十一日，把扬州淘金的民夫迁移到益都。设立征东行中书省，由高丽国国王和阿塔海共同主管。供给高丽国征讨日本的军队的衣服、甲仗。御史中丞崔彧上奏说：“江南盗贼一个接连一个地出现，都是因为拘捕水手、建造海船、民不聊生所造成的，征讨日本的战斗，应该暂且停止。江南四省应该准备军需物品，应当体量百姓，不要强要当地没有的土特产。凡是付给百姓物品、钱钞的，一定要根据实际情况。招募水手。应该顺从他们的想法。等到百姓的元气慢慢复苏，我们的力量大体具备，两三年后再东征日本也不晚。”皇帝没有答应。十三日，太阴星掩住心宿的东星。
免除江南税粮的三分之二。敕令阿里海牙二调派汉军七千人、新归顺的大军八千人交给唆都跟随东征。十八日，占城行中书省攻占占城以后，占城的国君补底逃跑，皇帝下诏书招降他。二十一日，调派征讨日本的重罪囚犯赶往占城、缅国等地随军出战。设立高丽劝农官四名。二十三日，诏令诸侯王相吾答儿：“原来云南的重罪囚犯，当地可酌量轻重予以处决，恐怕会祸及无辜的人，从现在起凡是死罪，必须上报朝廷等待指示。”合并、裁减江云南的州郡。任命耶律老哥为中书参知政事。免去戍守士兵的差役赋税。禁止诸侯王辎重营官员用科差扰乱军户。二十五日，提建议者集中商量，可实行的意见就上奏皇帝，不可行的意见，就向提建议者明确表示。答应按察司的官员使用弓箭。
监察御史阿剌浑因为擅自免去贪赃钱款、不追究私自酿酒等罪过而被罢官。采用御史中丞崔或的建议，停止各地挑选未婚女子进宫。颁布通用宋文思院的小口斛。敕令把陕西按察司对贪官的罚款交给秦王。缩减北京提刑按察司副使、佥事各一人。建立海西辽东提刑按察司，巡察、主管女真水达达部。二十六日，酬谢诸侯王只必贴木儿，赐给他的军队羊、马和钱钞十万锭。海南四州宣慰使朱国宝请求增兵征讨占城国君，皇帝诏令阿里海牙的一万五千名士兵应战。采用王积翁的建议，诏令江南运送粮食，从阿八赤刚开凿的神山河以及海道两条路运送。建立斡脱总管府。二十八日，赐给占城行中书省弓箭、盔甲。
至元二十二年（公元1285年），十一月初一，广东宣慰使月的迷失因为英德、循州、梅州三个路的人口少，请求改为州；又请求任用管军总管于跃为惠州总管，蔚州知州木八剌为潮州镇守官。皇帝怀疑他想专权，没有答应。御史台大臣上奏说：“御史台、按察司把弹劾、检查百官作为自己的职责，近来核查钱粮的官员害怕人们揭发他们的阴谋，私下召集了一群不法之徒，想阻止这件事，希望陛下按照原来的制度告谕他们。”皇帝说：“可以。”初二，赐予皇子爱牙赤银印。初四，因为征讨日本，派遣阿八剌监督江准行省的军用物品，派遣察忽监督辽东行省的军用物品。初六，设立合刺章、四川、建都等地的驿站。初十，派遣使臣告诉高丽调派一万名士兵，六百五十艘战船，帮助征讨日本。仍然命令他们在离日本近的地方多造战船。二十一日，把重庆府不花的家奴一百二十三户登入户籍成为民户。
御史台大臣上奏说：“过去宋朝把没有家室的壮丁组成盐军，共有五千人，如今存活的有一千一百二十二人，他们的性格习惯凶恶暴烈，百姓们为此而苦恼，应该给他们衣服、粮食，让他们屯田，自己供养自己。”皇帝诏令实行。
二十五日，敕令漕运江淮的大米一百万石，渡海贮存在高丽的合浦，并且在东京以及高丽各贮存十万石米，准备征讨日本。各军定于明年三月按次序进军，八月在合浦会集。二十七日，任命秃鲁欢为参知政事。卢世荣被斩首。
二十八日，大赫囚犯，在他们脸上刺字，并招集宋朝贩卖私盐和熟知海路的士兵为水手，征讨日本。
十二月初一，敕令为天下的犯人减刑。让从占城逃回的忽都虎、刘九、田二官复旧职，令他们从军征讨日本。增加阿塔海征讨日本的士兵一万人、回回族炮手五十人。初二，依照枢密院的请求，严格制定军籍条例制度，选出壮丁以及身强力壮的人当兵。皇帝敕令枢密院：“本来因为征讨日本的原因，派遣五卫军士兵回家整理行装，如今都挑选年轻力壮的，在正月初一到达京城。”江准行省用一千艘战船在江中训练水战。初四，处死了答即古阿散的党徒蔡仲英、李蹊。初十，皇太子逝世。
二十一日，派遣四千名中卫军士兵砍伐树木五万八千六百棵，供给万安寺修建之用。二十二日，把太庙的房梁涂成朱红色。二十四日，设立集贤院，由札里蛮统辖。二十七日，撤除合剌章打造金器的规措所以及都元帅府。敕令合刺章酋长的儿子进京城作人质，千百、百户的儿子留在云南王也先帖木儿的地方作为人质。中书省大臣上奏说：“纳速丁说，缩减合剌章的冗员，每年可以省出俸钱九百四十六两；又把屯田的赋税由专人主管，每年可以获得黄金五千两。”皇帝都答应了。派遣只必哥等人考察、审核云南行省。二十九日，诏令不能提升、调派管理工匠的官员。三十日，敕令官府祭祀北斗星。
至元二十三年（公元1286年）春天正月初一，因为皇太子去世，停止新年的朝贺。禁止拿着金、银、铜钱渡海进行买卖交易。初七，皇帝把日本看作是孤远岛国上的外夷，于是停止征讨日本，征召阿八赤赶赴朝廷，并且解散朝廷所雇用的民船。
至元三十一年（公元1294年）春天正月初一，皇帝身体不舒服，免去了新年的朝贺。十二日，枢密院知事伯颜从军营中赶到。十九日，皇帝病情加重。二十二日，皇帝在紫檀殿驾崩。他在位三十五年，寿高八十岁。亲王、各大臣派使臣向皇孙报告噩耗。二十四日，皇帝的灵柩出发。安葬在起辇谷，与先帝们葬在一起。
夏天四月，皇孙到达上都。十四日，皇孙即皇帝位。十六日，中书右丞相完泽以及文武百官商量向已故皇帝尊奉谧号。二十二日，开始在都城以南七里的地方建坛。二十四日，派遣司徒兀都带、平章政事不忽木、左丞相张九思，率领百官在南郊请求尊奉先帝谥号。五月初九，派遣摄太尉大臣兀都带奉上书册，尊奉已故皇帝谥号为“圣德神功文武皇帝”，庙号“世祖”，蒙古语尊称为“薛禅皇帝”。当天，完泽等人商量，尊奉先皇后弘吉刺氏谥号为“昭睿顺圣皇后”。
世祖宽宏大度，能知人善任，信奉儒家的治国之道，并能够依照华夏的原则变化使用，设立经纬，陈述纲纪，因此其施政纲领作为一代的制度，规模宏大，影响深远。