当然，三井物产并不单单经营出口业务。早在甲午战争之前，山本条太郎赴东北进行市场调研时，就看中了东北的优质大豆，决定将其引入日本国内。1896年，三井物产在营口和丹东开设支店，开始着手东北大豆对日本的输出。日俄战争之后，大豆、豆粕、大豆油成了东三省的主力输日产品，其中由三井物产经手的交易额就达到两成以上。
三井还凭借着网点多的优势，直接从东北农民手中收购大豆。这样做的结果是，种大豆的农民对三井物产的依赖度提高。因为农民的货币收入主要来自卖大豆的收入，购买力的增加使他们对日本棉布的消费能力也增加了，甚至还可以在收购站用大豆直接换取日货。这样一来，无形中又增加了日货占领中国市场的保险系数。
1906年11月，日本为统辖管理“南满铁路”，成立了一个兼具经济、政治、文化渗入等多种功能的殖民机构——“南满洲铁道株式会社”，简称“满铁”。满铁是日本帝国主义为顺利实现在中国的扩张而在东三省地区打入的一根楔子。借助于满铁的扩张延伸，三井物产得以将大量日货带入东北腹地，从而成为日本在中国东三省经济链上最为活跃的一股商业势力。
由此，也就不难理解三井物产对日本的帝国主义扩张无比热衷和全力投入的原因了。
金元渗透，财阀军执行军阀意志
《马关条约》规定，包括赎辽费在内，清政府需要赔偿给日本共计白银2.3亿两。这笔巨额收入，相当于当时日本财政全年收入的3倍还要多。在此之前，日本政府为了扩张军备，甚至号召全体国民一天只吃两顿饭，从口粮中节省出军费。清政府送来的这2.3亿两白银，不仅大大缓解了日本军费的紧张，还为日本建立起金本位的金融体制提供了充裕的资金。
这笔巨额资金不仅填充了日本国库，还部分流入了民间银行，三井银行当然也接受了来自政府的一部分存款。中上川在改革中试图斩断三井银行对于公款存款的依赖，实际上这是做不到的。国家资本和民间资本好比是一对同生共死的孪生兄弟，尤其在帝国主义阶段，这两者的关系更加不容易撇清。
当时的清政府一年的财政收入尚不足9000万两，赔款虽是分期付款，但利息是不能少的，清政府的财政负担之重，可想而知。没有钱怎么办？那就只有向西方列强借。当然，日本是非常乐意当债主的，拿着清政府的钱再反过来借给清政府，这等以钱生钱的好事谁不想做？可是日本政府也明白，直接出面可能引起西方列强的排斥和清政府的反感，最好能由同中国有业务往来的大商社出面，自己躲在幕后操纵。
三井物产自然就是张罗日本对华借款的最佳候选。依托政府的支持，日本的财阀资本在这一时期成立了两家以对华资本输出为目的的投资机构，一个是1910年成立的“东亚兴业”，另一个是1913年成立的“中日实业”。这两家投资公司都是在三井的主导下成立的，三井物产的负责人益田孝以及与三井家关系密切的涩泽荣一是这两大投资机构的主要发起人，其经营主导权也是掌握在三井要员如森恪等人的手中。
这两家投资机构，表面上看是商人资本，其实背后是国家资本。日本的国家资本打着商人的旗号渗入中国，而商人资本也乐于被国家利用，因为这样一来，他们能获得的利益是单靠其自身的力量所无法获取的。东亚兴业和中日实业这两家公司的借款，主要集中在铁路、电话、电报、矿业和纺织业等方面。20世纪初，中国掀起了一股铁路建设的高潮，西方列强纷纷插足，以提供贷款或承包铁路建设等方式，大肆掠取中国的铁路权益。在向中国推销铁道枕木、煤炭等铁路物资的过程中，三井物产跟湖广总督张之洞、邮传部大臣盛宣怀等要员结下了非常紧密的关系。
当时，清朝的官员对于直接向日本政府借款比较警惕，但对于向日本的商人资本借款却缺乏戒心。最典型的例子是汉阳铁政局，即后来的汉阳铁厂的借款。
由于汉阳铁政局所需的生产用煤几乎由三井物产一手供给，其生产的生铁也经三井物产销往日本，因此汉阳铁政局与三井物产之间有着非常良好的“商业合作关系”。所以当汉阳铁政局需要对外借款时，盛宣怀十分希望能够从三井借款，而不是向有官方背景的日本兴业银行贷款，因为他担心一旦拿了日本政府借出的资金，就不得不接受日本政府方面苛刻的条件。
1906年，三井方面和汉阳铁政局达成了100万日元的借款合同。盛宣怀当然不会知道，他最终还是向日本兴业银行举了债，日本政府只不过是借用了三井的名义，打了一个擦边球而已。通过这个借款合同，三井物产没有实际出钱，却获得了汉阳铁政局产品的独家销售权。三井和日本政府之间可谓彼此利用，两不相欠。
由于同三井之间的良好合作关系，1908年，盛宣怀将汉阳铁厂、大冶铁矿、萍乡煤矿合并成立钢铁联合企业“汉冶萍公司”时，与盛宣怀私交甚好的三井物产社员高木陆郎当上了汉冶萍公司的日本商务代表。日本国内钢铁资源极度匮乏，故对中国的钢铁资源一直存有觊觎之心。鉴于汉冶萍公司的重工业地位，日本政府一直希望能吃下该公司。
1912年，又是由三井出面，达成了对汉冶萍公司300万日元的贷款。这项借款合同规定，三井物产可获得借款总额的2%作为手续费，如果民国政府从三井购买超过100万日元以上的武器，则手续费可免。日后，如果民国政府允许外国人进入中国的矿山、铁路、电气和其他事业时，三井享有同等条件下的优先权。此后，由于民国政府还不出借款，在1915年日本向袁世凯政权提出的《二十一条》中，日本最终如愿以偿地控制了汉冶萍公司。
由此不难看出，由三井出面的经济借款，其实质是日本政府幕后操纵的政治借款。
在日本的国家资本大举渗入中国的过程中，三井扮演了中间人、代言人的角色，而且演技相当出色，不仅成功赢得了中国买办资本家的信任，甚至还对辛亥革命提供了资金援助，这就为三井在中国的朝代更迭中继续锁定了收益。
台湾成了日本财阀的后花园
日本近代崛起的过程非常迅猛，但也存在隐患。当一个落后封闭的农耕社会快速转入工业社会时，必然伴随着农业经济向工业经济的大量输血，农业的衰败会导致整个国家经济的底盘不稳，从而使工业化的成果难以长期维系。但是，日本“幸运地”躲过了这一难题。因为1895年的《马关条约》，清政府把台湾和附属的澎湖列岛割让给了日本，这块殖民地就成了日本的营养源。
台湾的农林业是日本殖民经济中非常重要的一环，简言之就是“工业日本，农业台湾”。台湾产的大米、蔗糖、茶叶、樟脑等生活必需品，不仅让日本顺利解决了工业化所带来的农业生产不足，而且从台湾的资源掠夺就好比在自家后院摘菜采果，无须支付进口关税，还节省了一大笔宝贵的外汇。
糖和米是日本从台湾攫取的两大最重要的物产。台湾产的稻米在20世纪二三十年代有一半左右要运往日本。为了满足日本的需求，台湾的农作物生产很长一段时间几乎以蔗糖生产为主。在运往日本的台湾物产中，糖和米这两样的价值就占到全部输日总值的七成以上。对全力发展工业、大搞军备扩张的日本而言，台湾简直就是一个“粮库”。
三井财阀当然不会错过这场拓殖台湾的“盛宴”。
1896年，三井物产在台北开设支店，随后又相继开设了高雄（1906年）、台南（1903年）、台中（1912年）支店。三井物产还派驻员工在当地负责开荒造林，低价收买农民土地，尤其与台湾总督府关系密切，从而得以垄断台湾的糖、大米、樟脑、茶叶、煤炭等重要商品的销售市场，甚至还拿到了在台湾的鸦片独家经营权。
三井物产在台湾最大的收获是糖。在日本没有得到台湾的糖资源之前，日本每年的砂糖消费量约为31万吨，但日本本土的产量仅有6万多吨，将近80%左右的消费需要依赖进口，这笔庞大的外汇支出是明治政府的一大财政负担。日本占领台湾后，把发展制糖业作为殖民经济的重中之重。1900年，三井物产投资100万日元开办了“台湾制糖株式会社”，益田孝亲自参与筹建工作，并先后担任台湾制糖的董事或顾问职务长达10年之久。在台湾总督府和日本政府的大力扶植下，三井物产投资的台湾制糖公司很快发展成台湾最大的制糖垄断企业。到1911年时，其产量已达到约121万吨。日本不仅不再需要用宝贵的外汇进口砂糖，甚至还可以出口糖制品来赚取外汇。在三井财阀的整体运作下，台湾制糖公司的经营范围还扩大到甘蔗园、铁路、航运等部门，成为三井财阀旗下实力堪与王子制纸、芝浦制作所比肩的一大旁系子公司。
三井物产还垄断了台湾樟脑的销售和经营出口特权。樟脑不仅可以用于制药、防蛀，还是一种不可缺少的化工原料。化学工业在20世纪初发展迅速，世界各国对樟脑的需求量非常大。台湾盛产樟脑，当时全球70%左右的供应来自台湾，台湾樟脑的经营利润巨大。正因为如此，从1899年开始，台湾总督府对樟脑实行严格的专卖制度，樟脑和鸦片一样，是需要有特种经营许可的。台湾总督府把樟脑经营特权给了三井物产和另一家外国洋行，再加上鸦片的独家经营权，三井在台湾掘金比其他任何一个日本财阀都更有优势。
台湾的煤炭市场也几乎完全控制在三井财阀手中。在1919年之前，三井物产就已控制了台湾煤炭三成左右的出口份额。在1919年三井矿山成功控股基隆煤矿后，三井物产对台湾煤炭市场的垄断度达到了五到六成。因为台湾煤炭的品质不如日本煤炭，在日本国内缺乏市场，这些煤炭主要被三井物产出口到了中国大陆。在三井财阀的全部煤炭产业中，台湾基隆煤矿一度曾是第二大的煤炭产地。到20世纪三四十年代，全台湾七成左右的煤矿资源控制在了三井和三菱两大日本财阀手里，其中三井财阀的垄断优势更为明显。
除了三井物产和三井矿山外，三井财阀的母公司“三井合名会社”在台湾也十分活跃。1909年三井合名成立时，在其内部设立了一个农林部门，这就是现在的三井农林株式会社的前身。三井合名的农林部门在台湾的核心业务是制茶。一开始，三井在台湾主要经营当地主产的乌龙茶和包种茶。据说三井合名插手制茶业，主要是因为理事长团琢磨嗜茶，尤其喜爱乌龙茶。在公司内部的高层会议上，有人反对在制茶业上投入过多，但团琢磨摆摆手说：“这是我的喜好，还是做吧。”
三井合名在台湾开辟了茶园、开办了制茶厂，建立起整合上下游的制茶产业链。20世纪初，红茶在国际市场上大受欢迎，三井合名顺势将台湾制茶业的主营品种切换到红茶上，在1927年成功开发出了芳香独特的红茶品种，并以“三井红茶”的商标由三井物产负责对外销售。当时在国际市场上，以英国茶商在印度生产的立顿红茶最为出名，为了表明三井红茶的品质丝毫不输立顿红茶，取立顿（Lippton）一词在日语中的谐音，三井很快把红茶的商标名改成了“日东红茶”。时至今日，日东红茶仍然是高级红茶的代名词。
台湾制茶业中原本有不少本地茶商，但是三井在茶叶种植、烘焙技术、销售渠道以及资本方面的绝对优势，很快就将那些台湾本地茶商逐出市场。台湾每年1/4的茶叶出口份额控制在三井物产手中，而台湾的红茶业几乎就是由三井一手开发的。
1936年，三井合名将农林部门独立成“日东拓殖农林株式会社”，1942年更名为“三井农林株式会社”。三井农林除了以日本国内的北海道为据点外，其九成以上的事业都设在海外。三井农林在台湾经营樟脑、茶叶和林业，在朝鲜半岛和库页岛经营农林业，在苏门答腊经营以橡胶园为主的热带产业，是一个不折不扣的殖民公司。所以在日本战败投降后，三井财阀系统内最受伤的企业就是三井农林，其在海外投入的资本高达2300多万日元，其中近一半投在台湾，这部分资产随着日本的战败而几乎丧失殆尽。但是在日本战败之前，三井财阀为什么那么能赚钱？说白了，它就是那个时代的超级跨国集团公司，在日本的国家势力所到之处寻宝掘金。当然，跟着日本的枪炮到海外夺取资源的财阀并不止三井一个，但是三井却比其他日本财阀更能赚钱，其秘诀就是它始终贯彻了一条“金钱必须与权力结盟”的信条。
在台湾，与台湾总督府关系最密切的日本财阀就是三井。三井财阀能拿到几乎所有的特种商品的专营权，坐享丰厚的垄断利润。这一点，连实力雄厚的三菱财阀也望尘莫及。