国有国宪，家亦有家宪
在跟随国家扩张的脚步向外进行资本扩张的同时，三井内部也在经历一场变革。
从江户时代起步的三井，到19世纪末20世纪初的时候，已经有了两百多年的历史。在走向近代化的过程中，三井自身也需要转型调整，以适应时代的发展变迁。中上川改革只是其中的一部分。
三井家在朝中的大靠山井上馨一直希望三井能够制定一部家宪，从法的角度对这个两百多年家族的事务予以明确规定。当时，日本对西方的法制极其崇拜，从国家的角度而言，就是于1889年颁布了《大日本帝国宪法》，又称“明治宪法”。
明治宪法参照普鲁士宪法制定，其最大的特点是天皇拥有绝对权力，议会及国民的权力受到限制。在君主立宪制的外衣下，天皇****在最高法理上予以了确认。这部宪法，直到1947年《日本国宪法》施行后才予以废除，对日本近代史上的国家行为产生了不可估量的影响。
在这股立宪运动的背景下，作为明治宪法主要推动人之一的井上馨也希望对三井庞大的家族做一个法的规制。所谓“国有国法，家有家规”，三井家的家规就是已经奉守了近两百年的《宗竺遗书》。但这在井上馨看来还不够，因为遗训不等于法则，况且祖宗定下的规矩很多已经不合时宜，需要重新调整。在国宪制定出来之后，向来惯于插手三井内部事务的井上馨，就把制定家宪摆上了议事日程。
但是中上川对制定家宪持坚决否定的态度。这部家宪，在相当程度上可以说是明治宪法的一个家族版本，对三井家族的地位、家族内部关系，以及职业经理人的权限等都有明确的规定。对中上川而言，制定家宪无异于树立三井家族的权威而削弱自己的权力。所以在中上川在任期间，制定三井家宪的事情一直被压制着。
1900年《二六新报》长达近一个月对三井的负面新闻报道，戏剧性地将如日中天的中上川推出了三井的权力中心。针对各种不利于三井的传闻，以井上馨和三井银行行长三井高保为首，展开了一场危机公关。除了向社会捐资做慈善外，这场危机公关中最重要的部分，就是制定颁布《三井家宪》。
这是一部完全仿照宪法规格制定的家宪，全文共十章一百零九条，涉及同族构成、家族资格、同族义务、同族管理机构、同族成员的行为准则、财产继承和分配等事宜。
三井对于同族的资格进行了重新认定。在创始人高利临死前分配遗产时，曾确立了“三井十一家”的同族体制，但是到了明治初年，有3家断了后。为了继续维持十一家的格局，又重新从6个男性成员家族中的次子里选出3人立户。家宪规定，只有这十一家才具备三井同族的资格，其他人均无家族资格。
在家宪中，三井对财产作了家族资产和事业资产的划分。事业资产作为共有财产进行集中运作，其中总领家占23%，其余5个分家各占11.5%，5个连家各占3.9%。
《三井家宪》规定，未经“三井家同族会”的许可，同族人不得从事三井之外的职业，同族间的任何纷争一律不得诉诸法庭，女子无权参加同族会，各家的婚姻、继承等大事项都必须经过同族会的认可。这些规定虽然不是正式的法律，但是对三井族人来说，就是必须遵守的最高法则。
国有国宪，家亦有家宪。在《三井家宪》中，三井同族的地位被崇高化，三井总领家八郎右卫门的地位则被神圣化。如果说《大日本帝国宪法》中的天皇是国家最高权力的象征，那么《三井家宪》中的总领家就是家族内最高权力的代表，是三井家族内的“天皇”。
这样的说法绝非夸张。二战结束后，担任过三井物产社长的新关八洲太郎在一次新年会上曾这样感慨：“对我们来说，天皇陛下在过去似有两个人。”
在财阀遭解体之前，三井同族在每年的正月都会举行拜年仪式，接受雇员三呼万岁的谒拜。尽管三井族人只是名义上的各个企业的领袖，普通雇员一年到头很难看到三井族人的真人真面，但这样的谒拜仪式，却让每个人都能认识到三井同族的至高存在。正因为如此，当时的第十代总领家三井高栋对这个一年一度的谒拜仪式非常看重。
《三井家宪》的出台，是三井财阀正式诞生的一个文化标志。财阀不仅在资本上具有明显的封闭性，在文化上也同样自成体系。对于三井族人和三井雇员来说，在外需要对天皇尽忠，在内则需要对总领家尽忠。这不是道德的训诫，而是法律的准则。在家族的整体利益下，个人的权益都是无足轻重的，尤其是婚姻不能自己做主。同样，为三井工作的人也必须以三井的整体利益为重。这样一个封闭的家族文化，实际上是整个日本社会文化的一个缩影。由此便不难理解，为什么会有那么多才华横溢的人甘于做三井的高级职业经理人，而不是自立门户了。
到了现代，这种家族主义就演变成了一种集体主义或者集团主义，成为日本企业文化的鲜明标志。
在日本所有的财阀中，除了三井之外，制定了家宪的还有与三井同样历史悠久的住友。其他财阀，也大多制定有家训。可谓是日本富豪家族的一大特色。
“最高统帅部”的成立
在中上川病死后，益田孝成了三井事实上的大掌柜。之所以说是事实上的，因为益田孝并没有被正式任命。益田孝和中上川是职场上的死对头，与中上川工业主义的路线主张不同，益田孝对商业主义的路线情有独钟，反对在投资大、周期长、收益慢的工业领域大举扩张，因此在他掌握了三井的实权后，首先一步就是把“三井元方”中的工业部给撤了。
为消除中上川残余的影响力，益田孝还把中上川在三井银行培植的“黄埔系”一个个清理了出去，大部分人被派往益田孝并不看重的芝浦制作所、钟渊纺织、王子制纸等原属“三井元方”工业部的企业。到日俄战争结束的时候，这批“黄埔军”已几乎无人在三井最核心的三大公司——三井银行、三井物产和三井矿山中任职了。
这股被中上川培养起来的力量被益田孝打散后，反倒因祸得福，不仅在这些企业中出人头地，一个个都成了日本知名的大企业家，而且还巩固了三井的工业实力，把三井财阀的旁系公司发展成堪比直系公司的重要力量。
不过，益田孝在三井银行还是留了一个中上川的人，那就是中上川的乘龙快婿池田成彬。在益田孝时代，有两个人最受重用，一个是麻省理工毕业的团琢磨，另一个就是哈佛大学毕业的池田成彬。益田孝对留美海归特别重视，这种对能力主义的信仰大大超越个人恩怨的表现，正是个人利益必须绝对让位于财阀整体利益的最好证明。后来也正是在益田孝的举荐下，池田成彬当上了三井财阀的大掌柜。
当然，光是修正还不能确立起益田孝的个人权威。在早年创办了三井物产之后，现如今的益田孝还需要用“二次创业”来证明自身的实力。
三井的整体实力在甲午战争之后有了很大程度的跃升，但是事业做得越大，风险也相应增加，容易牵一发而动全身。因为此时三井的各个事业基本都属于无限责任公司，一旦发生经营危机，三井同族需要拿出自己的私产来填补亏空。为了使三井旗下的各个事业都能有序发展，并且彼此不受牵连，益田孝在接替中上川之后所做的一件大实事，就是对三井的事业结构进行改组。
1907年，益田孝和小石川家八代户主三井高景一道，踏上了赴欧美的考察之旅。在这次调研中，益田孝对欧美的几大显赫家族逐一拜访，虚心求教，这其中就包括了当时最富盛名的罗柴斯尔德家族和克虏伯家族。益田孝跑了一大圈，取回来的真经就是效仿西方历史悠久的家族公司，创办有限责任的股份制公司。
今天，几乎所有的日本公司名称都被冠以“株式会社”的字样，这个“株式会社”的意思就是股份公司，其最早就是从益田孝的这次欧美考察之后开始出现的。此前，三井所掌控的下属公司都叫“合名公司”，虽然也有合资创办的意味，但其性质主要还是合伙，公司的资产与私产无异。
益田孝改组的第一步，就是把三井银行、三井物产从“合名公司”改为“株式会社”，成立控股公司。这样做，不但可以获得税收上的好处，而且向公众融资的做法还可以减少舆论对财阀资产封闭性的批评。值得一提的是，始建于1878年的东京证券交易所，也是在益田孝的参与下创办的。
从1909年开始，三井麾下的企业陆续改组成“株式会社”。这些企业不再仅仅只利用三井的资本，同时还吸纳来自社会的投资，从而使“家业”与“企业”真正做到了形式上的分离。不过，这些企业的绝大部分股权仍然掌控在三井手中，其家族的性质并没有发生根本变化。
群龙不能无首。在此之前，统括三井各事业的部门是“三井元方”，在“三井元方”之上是“三井家同族会”，但这两个机构都不是法人，既无实体也无资本金。在益田孝的推动下，1909年10月，三井事业的最高统帅部、作为母公司的“三井合名会社”正式成立。公司的资本金5000万日元，由三井的11个家族成员按照《三井家宪》中的出资比例进行投资，资本不对外开放，属于百分百的三井资产，因此在名称上仍然是“合名会社”。第十代总领家三井高栋担任“三井合名会社”的社长，各家的户主为社员。
“三井合名会社”的成立，是三井财阀正式诞生的一个物质标志。作为母公司，“三井合名会社”控制着三井旗下各株式会社的绝对股份，同时对各株式会社的管理进行全面干预。所以表面上看，三井的此次改组扩大了财阀资本的向外开放度，使得社会资本有机会参与到财阀资本中去，但实际上，一个母体公司的成立，却是加强了各株式会社的三井属性，在组织形式上反而更加强调了三井家族的存在。