萧勃遇害，似乎早在真谛意料之中。但当事实真正来临的时候，他却有一种难以自持的感伤。一连几天，他茶饭不思，终日阴郁无言。
太平二年十月，陈霸先在建康南郊，身披龙袍，取梁代之，即皇帝位，改国号为陈，改元为永定元年。消息传到南康，人们大为震惊，曾跟随过萧勃的官宦将士与文人墨客等，既愤慨，又害怕。然而奇怪的是，真谛又像换了个人似的，一头奔进经书之中，成天门也不出。
他相继译出《无上依经》二卷，及弥勒菩萨的《决定藏论》
一卷，婆薮跋摩的《四谛论》四卷，并撰《无上依经疏》
四卷，《四谛论疏》三卷。众弟子们陪着他，不敢有半点大意。南康内史刘文陀虔信佛法，竭诚供养，资助译经，一时间，净土寺似乎真成了一块净土。
其实，真谛的灾难并没有结束。
陈霸先打败萧勃，建立了陈朝，从陈王一跃变为陈武帝。陈武帝为了稳固自己的政权，一方面改元为永定，强化统治，。另一方面又开始在朝中筹设仁王大斋，建立护国道场，所用的经书就是真谛译成的《仁王般若经》。
陈武帝下诏，命真谛进京主持这个道场，但真谛怎么也不愿在这个既背叛武帝、又杀掉萧勃的皇帝面前诵经主法，所以没有应诏。这时，朝廷在南康城里清查萧勃余党的风声大起。成群的士兵来到净土寺，四处翻腾，闹得人不得安宁。真谛在这里住不下去了，经过协商，大家决定重回豫章。
陈永定二年（558）七月，豫章城的山水，又一次迎来了真谛大师。不过对真谛来说，到这里并没有故地重游的感觉，他像是被人驱赶着逃来的，所以内心总是难以安稳下来。
真谛在城中的栖隐寺住下后不久，智韶因故暂去了荆州，月婆首那去了九江，其他几个弟子则日夜守在真谛身边。真谛又开始了译经事业，译成《大空论》三卷。
接着他又一鼓作气，打算译下一部《中边分别论》。可是还没等他开始工作，朝廷又来找他了。真谛觉得，朝廷对佛法的提倡，总是取其所需，扬其所好，自己所钟爱的大乘唯识之学，他们却没有丝毫的兴趣。所以，真谛对依靠朝廷支持来弘扬唯识之学，已不抱任何希望。
他又一次谢绝了朝廷的邀请。
智恺提醒道：“师父，您还记得在南康时的情形吗？如果我们不去京城，若官兵再来相扰，岂不让栖隐寺也遭祸害吗？”
“这个结果我早已考虑到了，为防万一，我们还是早些离开这里到晋安（今福建省福州市）去吧，那里远离朝廷，局势稳定，近年来避难该地的高僧大德很多，是目前比较合适的弘法之地。”
真谛一行带着各类译本和未及翻译的大量梵夹，离开豫章，转向东南而行。两天后，到达临川。此时，适逢大雨，一下竟是数日未停，他们只好暂时住了下来。
真谛是位惜时如金的人，于是又拿出梵夹，继续他的译经事业。谁知这一开译，他们在此地便住了四个多月，译出了世亲菩萨所著的《中边分别论》二卷，及自撰的释义著作《中边分别论疏》三卷，其中有一部分单独抽出，取名《十八空论》，交给弟子们阅读。
永定三年（559）初，临川的译事告一段落，真谛和他的弟子们费尽艰难，翻越险象环生的武夷山，来到了海滨城市晋安，住进城中的佛力寺。寺主智文本是梁朝京城光业寺名僧，梁武帝请他在那里首开律藏，一时影响很大。真谛与他只有过几次会面，没有细谈过。梁朝末年，智文避乱至此，为佛力寺寺主。他见真谛不远千里来此，如逢故人，感慨万分，忙叫人收拾房间，安置大师住下。
在佛力寺住下来之后，真谛不想与外人有太多的交往。而把所有心思都放在译经上面。从永定三年初到天嘉元年（560）五月，真谛又译出《立世阿毗昙论》十卷、《佛阿毗昙经》二卷、《实行王正论》、《成就三乘论》、《意业论》、《僧涩多律》、《修禅定法》、《破我论疏》各一卷，其中既有小乘经律，也有大乘论书，既有内学，也有因明。
这些译作并不是真谛最推崇的经典，它们的译出，完全是适应晋安僧俗需要的结果，这也算是一种因机译经、随缘传法吧。
由于真谛是梁陈两代的高僧，学穷三藏，贯练五部，所以，晋安的僧俗弟子不但希望他译经，更愿听他讲经。
真谛对这类事情向来是不会轻易拒绝的，所以在译经之余，他又为晋安的僧俗弟子讲经说法。不过这些经文还是些一般经典，他所要弘传的唯识之法则很少讲，就连他精心翻译的《大乘起信论》，也没有拿出来讲解。
正因为如此，真谛在晋安虽然译经甚多，讲经频繁，信众聚增，但内心却依然不满足。回想起在那烂陀寺时，大弘师说，唯识学广传中印，就是在扶南和棱伽修时，唯识学的推广也远比中土容易得多。如今来中土已十四年了，大乘唯识之学推广不开，不但有愧佛子之号，也辜负了安慧大师的苦心栽培和殷切希望。看来，晋安弘法，是不会有突破性发展的。想到这里，真谛便萌生了离开中土的想法。
六 挥泪西返漂还广州
天嘉二年（561）三月的一天，真谛走出佛力寺，漫步到江边，一打听才知道晋安虽然是个港口，却不是对外贸易的主要口岸，开往国外的大船是极少有的，南海岸的梁安（今福建泉州）可能会有开往外国的船只。
于是，他回到寺中，开始收拾行囊。
智恺等弟子们明白了师父的意图，不免又是一番劝解。真谛对他们说：“中土弘法非时，我的本意难申，多年漂泊，转眼间十几年过去了。每想及此，深感愧对恩师厚望。我们佛弟子是不违因缘的，我在中土的因缘已尽，你们就别再拦我了。”
大家一看劝阻不住师父，便只好开始收拾行李。智恺建议大家跟师父一同去，争取在梁安创造一个理想的弘法环境，以便留下师父。僧宗、法准也是这么想的。
但智文因为在晋安的事务尚未办完，实在走不开，僧忍刚来晋安，也还有一些事情要办，也得留下来。但他们都表示回头一定要再投真谛门下。
公元561年四月，真谛来到远离晋安的港口梁安。
他决定在这里休养些日子，等有了顺路的大船后，再西返棱伽修国（今马来半岛西北部）。
梁安太守王方奢是个生性平和之人，为政勤奋，喜爱佛法。听说来了个三藏法师，他自然十分高兴，于是带领一班人马将真谛师徒一行迎进梁安城中最大的寺院——建造寺，并恭请大师译经。真谛难以推脱，所以，自登上梁安岸之后，真谛一边等待着哪天有开往棱伽修的商船，一边又展开了译经活动。到天嘉三年（562）初，便译出了《解节经》一卷，《解节经义疏》四卷。从天嘉三年五月一日到九月二十五日，真谛同智恺、僧宗一起，还在建造寺中选出一名高僧名叫法虔，共同译出《金刚经》一卷，并自撰《金刚经文义》十卷。
这一天晚课过后，真谛把所有的弟子全都叫到一起。
室内的烛光在不停地闪动，真谛的脸上比往日多了几分严峻和刚毅，弟子们的心里忐忑不安。真谛站起身，走到庄严肃穆的佛堂前，拈香，上供，合十叩拜。弟子们一看，知道一定是有什么事即将宣布了。智恺、僧宗等人猜想，师父是不是又要泛舶西归？
这时，真谛已拜完佛，转身对大家说：“老衲真谛，终生皈佛，惟以弘法为怀，二十年前从天竺国至扶南，十五年前又来中土，不料身罹国难，颠沛流离，幸遇诸位贤哲大德，多方关怀照顾，使真谛度过种种艰辛，终于在乱世的夹缝中，译出一百多卷经书。你们的功德，老衲当终生铭记在心。”说着，真谛起身向大家合十致礼，众人纷纷回礼。
那些贴身的弟子们已经明白，师父是要走了。可师父态度这么严肃，又如何劝说呢？大家茫然无措，惶惶中又听真谛大师说道：“十五年来，老衲在梁陈国土上几度穿梭，过南岭，越武夷，泛舶南下，在这海边大港梁安，度过两个春秋。我想这里的佛法业已兴盛起来，而老衲已逾花甲之年，实难再度过岭翻山，所以，中土之缘只能在此了结。老衲今日已打听到一艘开往林邑国（今越南南部）的商船，三日后即要动身。从那里再去棱伽修国就十分方便了。老衲以为，在中土的因缘将尽，而在棱伽修的因缘已起，那里的众生正在等着老衲，请各位慈悲为怀，心念他土众生，就高高兴兴地让我去吧。”
大家如何听得进去？谁也不忍心让真谛大师离开，于是，又是一番苦苦的劝说，许多人已流下了眼泪。
次日，智恺等人将真谛大师要走的消息，告诉了太守王方奢。王方奢立即带了一行人，前来建造寺劝阻。
然而，不论太守怎样恭敬、诚恳，真谛依然坚持要走。
王方奢见大师去意已决，只好点头同意，并安排行前的各项事宜，众人立即分头行动。智恺、僧宗、法准等人负责整理大师的各类梵夹和译作。大师所带梵夹约两万余卷，而翻译出来的还不足百分之一。可惜这大量的未译梵夹，在中土转了一大圈，足迹遍布各地，而文义一无所存，如今却要飞走了。整好梵夹之后，智恺等人又将大师这些年来翻译的所有经典，全部集中起来，放在一起，也是等如身高，十分可观。他们对这些经典进行了逐一的登记编排。可像《解节经》这样的经典，他们对经义不太理解，不知该放在哪一类中，便请教真谛大师。大师将已经译出的唯识类经典全部放在一起，交弟子们保存，并给它起了个名字叫“持****”，其中包括《解节经》、《决定藏论》、《中边分别论》、《佛性论》、《十八空论》、《十七地论》，还有他自己撰写的《解节经义疏》、《九识义记》、《中边分别论疏》等等。
三天后的一个清晨，梁安港上秋风萧瑟，雾气飘萦。
真谛大师乘坐着太守王方奢的马车，沿着一条海边小道，一颠一簸地来到了梁安港口。送行的僧俗弟子们，紧跟在马车之后，他们有的抬着捆好的梵夹，有的肩背着鼓鼓囊囊的行李，个个愁容满面，默默无语。
开往林邑的商船，早已停泊在港口岸边。商人们正在对其货物作最后的清点。太守王方奢首先跳下马车，然后小心翼翼地扶真谛大师下车。真谛大师还是往常那副打扮，褐色的袈裟，在海风吹拂下，来回飘动，瑟瑟作响。苍毅的脸上布满了离别的愁意，一双凄清的目光。
凝望着茫茫无际的大海。
弟子们都围扰了上来，默默地望着真谛大师，满腹的离情别意，竟不知如何表达。
“快开船了！”那边的船老大发出了临行前的吆喝。
智恺再也抑制不住满腔的哀愁，“扑通”一声跪倒在真谛大师的脚下，放声大哭起来。这一声揪人心魄的悲啼，顿时打破了那凝重难耐的沉默，弟子们纷纷跪下，个个泣不成声。
真谛依然一动不动地站在那里。海风在吹、袈裟在飘，凝视远方的双眸，却被那泉涌般的热泪模糊起来。
大海消失了，商船消失了，大师的心如同那阴沉灰暗的天空，笼罩在极度的忧郁与哀伤之中。
过了一会儿，太守王方奢擦去泪水，对大家说道：“缘至则聚，缘尽则散，缘法难违啊。我们都是学佛修法之人，不要再难过了。大师今日泛舶西返，沧海万顷，烟波浩渺，正需要我们为他祈福祝祷啊。”
太守的一席话，说得大家慢慢又止了哭声。真谛回过头来，望着这些即将永别的虔诚弟子，一时竟不知说什么好。
这时，船老大再次催促，真谛开始向船上走去。智恺等人依依不舍地跟着师父，向商船那边挪动着步子。
忽然他想起一个问题，急忙问道：“师父，您这一走，留下我们该怎么办呢？佛法到底应如何修持呢？”
真谛回过头来，慢慢地说道：“佛法平等，无有高下。随缘而入，因机去悟。我走之后，你们若能跳出旧有的窠臼，静下心来，读一读那部“持****”，就算不枉我们师徒一场。若从中有所感悟，依之而修，必可上证佛智，下化众生，果报无极；若无所悟，那就随缘而修吧。”
海风越来越大，晨雾渐渐散去。东方的云层中已透出一丝橙黄的亮光。海边的渔村完全现出了它的古朴与苍凉。真谛站在船头，望着这块熟悉的土地，泪水再次夺眶而出。
真谛搭乘的商船慢慢地消失在无际的海面上。
两个月后，真谛大师乘坐商船缓慢行驶在南海海面上。自从九月底从梁安驶出之后，该船沿途经过许多港口，走走停停，航行得极慢。往常的这个时候，北风盛行，南行之船藉助风势，穿行如梭。可如今，北风却不知跑到那里去了，弄得这艘商船像只巨大的蜗牛在海面上苦苦地挣扎。
真谛大师站在船头，望着静静的海面，内心却总难平静下来。十六年前，他就是从这条航线泛舶进入中土的。那时，他对弘法中土充满了希望，可十六年后，当他离开中土再次回到这条航线上时，却不但没有对弘法事业的满足，而且充满了失望，充满了哀愁。随着商船的缓慢行驶，真谛离中土越来越远了。可越是如此，他越是不能抹去中土在心中的印记，中土的山川，中土的人民，此时此刻又显得那么的亲切。他们饱受战乱之苦，正需要佛光的加被，而自己作为佛国佛子，肩负着弘扬佛法的使命，如今却半途而废，逃离了这块灾难深重的土地。尽管中土弘法非时，有阻初衷，不像天竺、棱伽修那样得心应手，可唯识之法难道真不能扎根于中土吗？能，一定能！从长远来讲，中土的佛弟子们一定会认识到唯识的妙义，体悟到唯识的幽玄意趣。而不给他们留下唯识经典，他们又从何而修、从何而悟呢？