黄琮字子方，唐校书郎黄璞的后裔，宋哲宗元符三年（1100年）中进士，授长溪县县尉，县尉主管社会治安。每次派员下乡巡查，他总是预先约束手下官吏，不得任意骚扰百姓。遇有重大巡查急务，他从不向地方百姓派款派伕，因此深得百姓敬重。不久，父亲病故，竟至于无钱安葬。长溪县令见状，就与手下官员捐集了几千缗钱赠助他，黄琮坚辞不受说：“亲人病故是自家的事，我哪里能趁机得利呢？”于是徒步护送父亲的灵柩回乡。
三年守丧服除，改任福清县尉。福清境内多山，有座山叫卢岭，峻峭险拔，高逾百丈，是大路的必经之地。一遇大雨，山上泥淖横流，商旅寸步难行。黄琮得知详情，慨然捐献自己的俸禄，倡修山路，铺上石块，一县百姓人人称善。
不久，黄琮升任通仕郎知闽清县。当时宋徽宗崇奉道教，全国上下道观大兴，道教经书（道藏）被视为圣典，各地争相收藏。福建安抚使黄裳命令下属各县，强行向老百姓征收几百万钱财，用于兴办道藏馆。
黄琮深知老百姓连年贫困，财力已尽，考虑再三，决定拒不执行征收令，亲自赶到安抚衙门，陈述利害关系，并且拿出了自己四个月的俸禄（工资），替一县百姓交了这笔征收款。闽清县百姓听到这个消息后，感激涕零，群情慨然，纷纷集资修建生祠，奉祀他。不久，黄琮改任同安县令（今属厦门市），又为当地老百姓做了不少好事，当地群众又为他建祠，纪念他的功绩。
不久，又改任侯官县（今福州市）令。侯官县是福建的大县，县里做官的人多。有个姓余的太宰，捐建了一座规模宏大的香火寺，寺里田产众多，每年有上千担的租粮收入。按法必须向地方官府缴纳田亩捐，但是，香火寺依恃太宰权势，一向抗拒交纳，而把自己的田亩捐移加给别的寺庙，历任知县都奈何它不得。黄琮闻讯，便于夏秋收获之际，派兵守住寺门，自己则和粮捕官员坐镇寺内，督责方丈，查点寺里租粮入库数量，按数严征应交捐银，一分不少。侯官县的富户当时都暗地称他：“清廉无比，执拗有余。”黄琮依法办事，得罪了当地的一些权贵。
所以，在任不到两年，就被调往闽北泰宁县当知县。当时，刚好朝廷派内臣杨安时为福建廉访使，到闽省考查官吏。杨到泰宁县衙，黄招待平平，杨便多次私下暗示黄，要巴结贿赂上司；但是黄都拒不回答。杨切齿痛恨。回京奏事，见到朝廷官员他就用恶言冷语诋毁黄琮。
有一天，宋徽宗召见杨，问他在福建廉访期间，有无发现贤德的县令。徽宗向得突然，出其不意，杨一时错乱惊愕，答不出来，急思片刻，只记得黄琮一人的姓名，就极口称赞黄琮。宋徽宗大喜，着即下诏，令黄琮进京。徽宗特别优恤，赐给章服，提升为漳州通判。
漳州百姓闻讯，出城夹道欢迎。在漳州任上，黄与当地百姓同心同德，做出了显著的政绩。宣和间，金兵南侵，中原大乱。黄琮又受命统一指挥建（州）剑（南剑州）二州士兵，做好攻防准备，徽宗又赐给他五品服，进阶朝奉郎。后又兼任岭口盐仓监督、长乐县税等职。62岁那年，因母亲年老退休返家。
宣和初，朝廷评选县级清官，福建有黄琮、陈麟、翁谷三人入选，时号“闽部三循吏”。三人之中黄琮又位居第一。