张方平、范镇等老臣纷纷上书皇上，为苏轼说情。
朝中宰相吴克也多次劝说皇上宽待苏轼。有一次，他问神宗：“魏武帝曹操这个人怎么样？”神宗说：“何足道也！”吴充说：“陛下以尧舜为法，瞧不上曹操在情理之中，但曹操这个人素善狂忌，犹能容下称衡，陛下怎么就不能容一苏轼呢？”吴克又有一次，会同王安石之弟王安礼修起居注，进谏皇上：“自古大度之君，不以言语给人定罪。苏轼如此富有才华，若遭难，怕后世之人要说陛下不能容才。’神宗说：“苏轼招怨于众，是他们想害他，我倒不愿深究。”
太皇太后曹氏生前对苏轼印象很好，这年十月离世前她听说了苏轼下狱之事，特召来神宗说：“当年仁宗以科举得苏轼兄弟，曾高兴地说：‘我为子孙得两宰相。’今苏轼因作诗而下狱，会不会是仇人的中伤陷害呢？追究诗作，这也过分了些！”
苏轼在狱中由其子苏迈给他送饭菜。他与苏迈约定平时送菜、肉，如有不测，则只送鱼。一个月后，苏迈出外采粮委托他人代送，但没有作特别交代。正巧有鱼，别人就给送去了。苏轼见鱼，大惊失色，以为死期将到。
他写了诀别诗。其中一首诗为“圣主如天万物春，小臣愚暗自亡身。百年未了须还债，十口无家更累人。是处青山可藏骨，他时夜雨独伤神。与君世世为兄弟，更结来生未了因”，由狱卒送给苏辙狱卒不敢私自隐藏，于是上呈。神宗读了此诗后，愈感苏轼诚意，觉得他可怜之至，从此想宽释于他，而对那些鼓动要严惩的谗言者拒而不听。
苏轼有一天晚上在狱中刚刚入睡，忽见两个人进来，扔下小箱子当枕头，就在苏轼旁边睡觉。苏轼以为是其他囚犯，也没注意，继续睡他的觉。睡至四更时分，苏轼忽感到有人推他并连连向他道喜，苏轼转身问：“怎么回事？”那两人对苏轼说：“安心熟寝。”提着小箱子就走了。原来这是皇上派人试探他，两人都是宫中太监，来监狱是想观察苏轼睡觉情况如何，结果听到苏轼鼾声如雷。神宗听到太监汇报后，对左右部下说：“我知道苏轼于心无愧。”
神宗本人其实本来也没有杀苏轼之意，十二月二十七****宣布：“苏轼责授检校水部员外郎黄州团练副使，本州安置，不得签书公事，令御史台差人转押前去。”与“诗案”有关系者，驸马都尉王洗被解除职务，苏辙被降为宪州酒监，与苏轼诗文来往的如张方平、司马光、范镇等22人，各被罚铜20斤。苏轼被囚130日出狱。十二月二十八日，重见阳光的喜悦令他诗兴又起，却对酒杯浑是梦，偶拈诗笔已如神”。他禁不住技痒，作《十二月二十八日，蒙恩责授检校水部员外郎黄州团练副使二首》：“平生文字为吾累，此去声名不厌低。塞上纵归他日马，城东不斗少年鸡。”
苏轼作完诗后，暗骂自己：“犹不改也！”
苏轼元丰三年二月一日，到达贬所黄州，黄州即今湖北黄冈，地处长江岸边，风景优美，物丰价宜。城外的赤鼻矾传说是三国时周瑜大败曹操的赤壁之战的古战场，它引发了苏轼流传千古的《念奴娇·赤壁怀古》及前、后《赤壁赋》。苏轼此时是作为“贬臣”被押送此接受“监督改造”的，因此生活条件十分恶劣，既没有几分薪水，也没有什么好住处。刚一到时，他只能落脚在定惠院，与僧人同吃素食。苏轼到达之后，曾在信中对他自己的处境作过描绘：“黄州僻陋多雨，气象昏昏也。鱼稻薪炭颇贱，甚与穷者相宜。然某平生未尝作活计……俸入所得，随手辄尽。而子由有七女，债负山积。贱内皆在渠处，未知何日到此。现寓僧舍，布衣蔬饮，随僧一餐，差为简便。以此畏其到也。穷达得丧，粗了其理，但凛禄相绝，恐年载间，遂有饥寒之忧。”苏轼他一个人随僧吃住。
数月以后，家眷迁到，苏轼全家住到临江的一个旧驿亭里去了。驿亭正在江边，苏轼写道：“寓居去江无十步，风涛烟雨，晓夕百变。江南诸山在几席，此幸未始有也。”苏轼开始节衣缩食，厉行节约。他自己规定每天日常所用不得超过150钱。每个月初，他取4500钱，分为30份，挂在房梁上，每天用画又挑取一块，然后把画叉藏起来，如每天有剩余，就装进一个大竹筒里，用以款待不速之客。即用此法，苏轼囊中之钱也仅可勉强支撑一年多。
因而苏辅作《初到黄州》诗：
自笑平生为口忙，老来事业转荒唐。长江绕郭知鱼美，好竹连山觉笋香。逐客不妨员外置，诗人例做水曹郎。
只惭无补丝毫事，尚费官家压酒囊。
苏轼在到黄州后例行的《黄州谢表》中，再不敢像《湖州谢表》那样发牢骚，而是诚惶诚恐感谢圣上不杀之恩：
“伏惟此恩，何以为报！惟当疏食没齿，杜门思愆，深悟积年之非，永惟多士之戒。”在给位居文官的朋友的信中，他也是再三决心痛改前非——“平时惟子厚与子由极口见戒，反复甚苦。而某强狠自用，不以为然。今在囹圄中，追悔无路，谓必死矣。不意圣主宽大，复迂视息人间，若不改者，某真非人也。”（《与章于厚参政书二首》）《答李端叔书》中他有一段：
轼少年时读书作文，专为应举而已。既及进士第，贪得不已，又举制策，其实何所有。而其科号为‘直言权谏’，故每纷然诵说古今，考论是非，以应其名耳。
人苦不自知，既以此得，因以为实能之，故尧尧至今，坐此得罪几死。所谓“齐虏以口舌得官”，真可笑也。
然世人遂以轼为欲立异同，则过矣。妄论利害，谗说得失，此正制科人习气。譬之候虫时鸟，自呜自已，何足为损益。
苏轼在上述《答李端叔书》中对此理解颇透，他反思自己30年来的所作所为，感到病根即在逞己之所能，所以他“自得罪后，不敢作文字”。他愿意“放浪山水间，与樵渔杂处，往往为醉人所推骂，辄自喜不为人识”。
混迹于百姓之中。
苏轼为彻底洗涤性情，清静根念，干脆“归诚佛僧”，他选择了城南安国寺，“间一二日辄往，焚香默坐，深自省察，则物我相忘，身心皆空，求罪垢所以生而不可得”
（《黄州安国寺记》）。从元丰三年滴居于此直至七年离开此地，苏轼5年间，带去安国寺。
苏轼此时并未背弃儒家用世之道，对儒家经典深入加以研究，撰写成了《易传》九卷，《论语说》五卷。
苏轼是以一种宽广的胸怀接受佛老的，他择取其中的部分为我所用，而他所接受的儒家思想也并非僵硬不化的，故儒释道三家在苏轼心中是相通的。他并不像韩愈那样一定要以儒学排斥佛老，强作“入世”与“出世”之分，他反认为佛老之“养生治性”是对儒家的一种调剂。
苏轼到黄州后第二年，他的一个老朋友见他吃不饱肚子，于是请求郡中拨了十亩荒地给他开垦营种。这片地满是荆棘瓦砾，荒废已久，加之这一年正逢大旱，土壤坚硬，开垦起来十分艰难。苏轼长年为官，乍于农活，累得腰酸臂疼，浑身乏力，但他虽不免叹息，却并未有多大的委屈。“使君原是此中人”，他感到自己能自食其力，内心还是充满了愉快。田地开垦出来后，他因地制宜进行了精心的设计：低处种水稻，高处种枣、栗等，又选择了一个好处所营造房屋。苏轼因素来仰慕白居易，白居易晚年滴居黄州时有《东坡种花二首》《步上东坡》等诗，所以他也将这片地命名为东坡，自名为“东坡居士”。他又将所盖之屋的四墙都画上了雪景，并雅致地将此屋命名为“雪堂”。
苏轼因为每天干农活，日晒雨淋，他脸上黝黑，他比喻是“日炙风吹面如墨”。白天劳累，他晚上常常还没点灯就上床入睡，熬夜苦读的习惯也没有了。他常常心挂的是何时下雨，怎样消灭虫害，及找菜籽，筑水坝等等。他所交往的朋友也都是农夫或其他三教九流人士。
他数次为之赋诗的三位好友郭道、潘大临、古耕道，郭是卖药的，潘是卖酒的，而古“疑是押牙孙”。苏轼有时去郭造处喝酒。有时去江对岸武昌他的一个姓王的四川老乡那儿去串串门。
苏轼立于生活之上能优游于生活之中，没有郁郁不得志的压抑心理，保持心境的平衡，能做到在上不骄横，下不消沉。居然保持一种幽默的超然态度。
苏轼密州时期，在太守任上曾救活弃儿数千，在黄州他又遇到了类似情况。尽管他这时已无权无势，但他仍不愿坐视，而是奋力奔波，力尽人道的责任。武昌的一位朋友一次过来告诉苏轼这样一件事，此地风俗每家一般只养二男一女，超过此数，婴儿一生下来即被溺死在水盆里。女婴尤受歧视，被溺死者不计其数。其父母也不太忍心，但往往背过身去，闭住眼睛，狠心将孩子按在水里，孩子咿嘤很久才死。苏轼听到此事后，感到十分辛酸，数日吃不下饭去。他即刻给鄂州太守朱寿昌写了一封书信，详细讨论此事。他建议朱太守告谕百姓，溺婴是犯罪行为，要严加查处，同时对于贫困而养不起孩子的家庭予以周济。只要孩子出生时不被立即溺死，养上一阵之后，你再劝他杀他也于心不忍了。在黄州，苏轼成立了一个育儿会，请诚实善良的古耕道任会长。他们每年请当地富人捐款，购置食物、衣服等，凡乡间家贫养不起小孩的，他们就主动救济。苏轼乐观地想，如果每年能救活上百个小孩，他的闲居也算没有自过。他自己家中应说是比较贫寒的，但他每年主动按富人的标准捐出一大笔钱。经过苏轼的积极活动，此地溺婴的习俗日后逐渐革除。苏轼为当地人民做的一件好事。
苏轼“乌台诗案”成为一生的转折点，也是他文学创作的一个转折点。
元丰三年正月十八日，苏轼正跋涉在由京城贬居黄州的路上，时遇风雪，他写道：“下马作雪诗，满地鞭簺垂痕；仁立望原野，悲歌为黎元。”总想一吐为快。
黄州时期，苏轼由于亲自参加劳动，他为百姓鸣不平的诗作。《鱼蛮子》写农民不堪剥削而漂泊在水上。《五禽言》中“不辞脱裤溪水寒，水中照见催祖瘢”，描写了农民因交不起赋税而被打得伤痕累累的情景。苏轼有一次在朋友处见到一幅《朱陈村嫁娶图》，朱陈村在徐州丰县深山里，这幅图描绘了从前民风淳朴的朱陈村喜气洋洋的婚嫁场面。苏轼在任徐州太守时曾去过朱陈村，情形已远不像图中所描绘得那样美好，他作（《陈季常所蓄来陈村嫁娶图》）诗：
我是朱陈旧使君，劝农曾入杏花村。而今风物那堪画，县吏催钱夜打门。
苏轼元丰五年正月二十日，与潘大临、郭遘两人出郊寻春，忽然想起去年同日去岐亭时，潘、郭和古耕道3人曾送他到女王城，他良多感慨，步前韵和诗：
东风未肯入东门，走马还导去岁村。人似秋鸿来有信，事如春梦了无痕。江城白酒三杯酽，野老苍颜一笑温。
已约年年为此会，故人不用赋招魂。
苏轼黄州诗作中常为人提及的，《东坡八首》全是五言：
种稻清明前，乐事我能数。毛空暗春泽，针水闻好语。分秧及初夏，渐喜风叶举。月明看露上，一一珠垂缕。秋来霜穗重，颠倒相撑拉。但闻畦陇间，蚱蜢如风雨。新春便入甑，玉粒照筐筥。我久食官仓，红腐等泥土。
行当知此味，口腹吾已许。
这五言诗，随着年岁的增长，心境的淡化，苏轼的审美趣味开始发生变化。质朴的五言，看似简单平淡，实际上是一种洗尽铅华的纯净厚重。标志着苏轼的诗作达到了一种新的境界。
苏轼黄州时期，在词创作上达到一了自己一生的高峰。词创作的数量很多，佳作也很多。苏轼密州时期，的词就已走向成熟，出现不少名篇。苏轼黄州以后，对现实及人生的体验日趋深邃，表现在词作上是其词思深度的增加。
如苏轼《卜算子》：
缺月挂疏桐，漏断人初静。惟见幽人独往来，缥缈孤鸿影。惊起却回头，有恨无人省。拣尽寒枝不肯栖，寂寞沙洲冷。
《临江仙》：
夜饮东坡醒复醉，归来仿佛三更。家童鼻息已雷鸣。
敲门都不应，倚杖听江声。长恨此身非我有，何时忘却营营？夜阑风静索纹平。小舟从此逝，江海寄余生。
这首词很快流传开了，人们纷纷传言苏轼已挂冠于江边，乘舟而去，太守赶到了苏轼住处，结果发现苏轼鼾声如雷，正在熟睡。
苏轼元丰五年七月，来到赤壁，作代表作《念奴娇·赤壁怀古》：
大江东去，浪淘尽，千古风流人物。故垒西边，人道是，三国周郎赤壁。乱石穿空，惊涛拍岸，卷起千堆雪。
江山如画，一时多少豪杰。遥想公瑾当年，小乔初嫁了，雄姿英发，羽扇纶巾，谈笑间，樯橹灰飞烟灭。故国神游，多情应笑我，早生华发。人生如梦，一樽还酹江月。
词中描绘了长江美景，又描绘了在这如画的江山中古代英豪的壮举。“樯橹灰飞烟灭”六个字就传神地概括了赤壁大战，其中谈笑间建丰功伟绩的周郎形象，寄寓了苏轼为国建功立业的心情。
苏轼除诗词之外，这一时期小品及赋的成就也很高。
苏轼一生散文成就很突出，“唐宋八大家”中，苏轼一家就占了3位，而苏轼散文在八大家中可说名列前茅而无愧。苏轼前期多写政论、史论，动辄千言，纵横驰骋，能言善辩。这段时期，苏轼经过“乌台诗案”的打击，不再妄论时局，而转向言简意赅的笔记小品及赋的写作。