陶谦死后，曹操想趁机夺取徐州，然后再回师平定吕布。荀彧说：“过去汉高祖保住关中，光武帝占据河内，都是为了稳固根基来控制天下，进军可以战胜敌人，退守可以坚持固守，所以虽然有过窘困失败，然而最终成就了大业。将军原来是以兖州为根据地起兵的，平定了山东的战乱，百姓没有不归顺悦服的。况已黄河、济水是天下的战略要地，现在虽然残破，然而仍然易于保护自己，这就是将军的关中。河内啊，不可不先安定。现在击败了李封。薛兰，如果分出兵力向东去进攻陈宫，陈官一定不敢顾及到西面，在这段时间内带领土兵收割已经成熟的麦子，节约粮食，积蓄谷物，一举就可以打败吕布。打败了吕布，然后向南面联结扬州，共同征讨袁木，以便控制淮水、泅水一带，如果放弃了吕布而向东进攻，兵力留多了，进攻徐州的兵力就不足；兵力留少了，那么老百姓就都去保卫城池，无法砍柴抬草。吕布乘虚入侵，残暴杀掠，民心更加害怕，只有鄄城、范城、卫县可以保全，其余的地方并非我们所有，实际上也就没有兖州了。假如徐州无法平定，将军应当回到哪里去呢？况且陶谦虽然死了，徐州仍不是容易打败的。他们鉴于往年战败的教训，将会因为害怕而联合起来，相互呼应。现在东面都已收割麦子，一定会坚壁清野来防备将军，将军进攻无法取胜，掠取又没有收获，不出十天，那么十万大军没有参加战斗就已经自己疲惫了。前次讨伐徐州，实行了威严的惩罚，那里的子弟想到父兄受到的耻辱，一定会人人自动防卫，没有投降的心思，即使是攻克下来，还是无法控制它。事情本来就有放弃这个得到那个的情况，用大换小是可以的，用安易危也是可以的，权衡一时的局势，不考虑根基是否牢固也是可以的。现在三方面都没有利，希望将军深思熟虑。”曹操于是停止了进攻。大力收麦，重新与吕布作战，分出兵力平定了各县。吕布败走，兖州于是被平定。
建安元年，曹操击败了黄巾军。汉献帝从黄河东面回到洛阳。曹操商议迎接天子迁都许昌，有人认为山东没有平定，韩暹、杨奉刚刚把天子送到洛阳，北面与张杨联合，不可能很快控制住局面。荀彧劝曹操说：“过去晋文公迎接周襄王返回到王城，诸侯像影子一样跟随，高祖东征讨伐项羽，为义帝服丧，因此天下人归顺，自从天子流亡，将军首先倡导组织义军，只是因为山东的战乱，不能够远行到关方，然而仍然分别派遣将帅，冒着危险与朝廷联系，虽然在外面抵御暴乱，但内心仍忠于王室，这是将军匡扶天下的本来志向。现在皇帝圣驾回来，东京荒芜，义士有保存朝廷根本的想法，百姓怀念旧主而增加了哀痛的心情。应该趁这个时机，尊奉皇上顺从民众的愿望，可以达到安定的境界；主持公正使天下的英雄豪杰臣服，是总的策略；扶持正义召引天下的英俊人才，是最高的品行。天下即使有人叛乱，一定不能成为祸患，这是显而易见的。韩暹、杨奉他们怎么敢为害呢？如果不及时平定局面，各地都产生了叛离的心思，然后才去考虑它，就来不及了。”曹操于是到洛阳，迎接天子到许昌定都。天子任命曹操为大将军，进升苟或为汉朝的诗中，代理尚书令。荀彧常在朝廷中承担重任，曹操虽然在外征战，军政大事都与荀彧一起筹划。曹操问荀彧：“谁能够代替你为我谋划？”荀彧说：“敬攸、作繇。”先前，荀彧谈到出谋划策的人士，推荐过戏志才。戏志才死后，又推荐了郭嘉。曹操认为荀彧会识人，他所推荐的人都很称职，只有严象任扬州刺史、韦康任凉州刺史，后来战败身亡。
自从曹操迎接汉献帝之后，袁绍内心不服。袁绍已吞并了黄河以北的地区，天下畏惧他的强大。曹操正担心东边的吕布，南面抵抗张绣的进攻，而且张绣在宛县打败了曹操的部队。袁绍更加骄横，给曹操送来书信，信中言词无理傲慢。曹操非常气愤。举止行动都与平常不同，大家都以为是与张绣作战失利的原故。钟繇向荀彧询问，荀彧说：“曹公很聪明，一定不会去追悔过去的事情，大概是有其他的忧虑。”荀彧去见曹操，问他有什么情况，曹操便将袁绍的信给荀彧看，说：“现在想要讨伐不义之人，可是兵力不能与之相敌，怎么办呢”？荀彧说：“自古以来，较量成功失败的人，如果确实有才能，虽然开始时势力弱小，但以后一定会强大；如果不是那样的人，即使很强大也容易衰弱。刘邦、项羽的存亡，就可以看出这点。现在与您争夺天下的人，只有袁绍。袁绍表面大度宽容，而内心猜忌，任用别人而又怀疑他的忠心；您明智通过不拘小节，根据才能适当任用，这种气度胜过了袁绍。袁绍处事犹豫不快，失去机会；您能够决断大事，随机应变，不守陈规，这种谋略胜过了袁绍。袁绍治理军队松弛，法令不能确立，士兵人数虽多，但实际上难以调用；您的法令明确，奖赏、惩罚一定能够实行，士兵人员虽少，但都争相拼死而战，这种武力也胜过了袁绍。袁绍凭借世袭的身份为资本，将自己装饰得很有智慧，来获取名誉，所以士人之中缺少才能，喜好名誉的人大多去归附他；您用大仁大德对待别人，推及诚心不虚伪关饰，自己的行为俭朴谨慎，然而奖赏有功人士没有任何吝惜，所以天下忠诚正直、努力从事实际工作的人都愿意为您效力，这是在德行上超过了袁绍。用这四方面的优势辅佐天子，扶持正义讨伐邪恶，谁敢不听从？袁绍的强大又有有什么作为呢？”曹操很高兴，荀彧说：“不先攻下吕布，黄河以北就不容易谋取。”曹操说：“是这样。我所担心的，还是怕袁绍入侵骚扰关中，勾结胡、羌，南面引诱蜀汉，这样只能凭据兖州、豫州来抵抗天下六分之五的兵力。那样将怎么办？”荀彧说：“关中将领的人数可以用十位来计算，没有人能够统一他们，惟有韩遂、马超的实力最强。他们看到山东正在争斗，必然各自拥兵保全自己。现在如果用恩惠去安抚他们，派遣使者与他们联合，相互之间即使不能维持长久的安定，但可以使您在平定山东期间他们不会有什么行动。钟繇可以担负起西边的事务。那么您就没有什么可以忧虑的了。”
建安三年，曹操已经打败了张绣，又在东面捉住了吕布，平定了徐州，于是与袁绍相对抗。孔融对荀彧说：“袁绍占据的地方宽广，兵力强大；田丰、许攸，是有智谋的人，替他谋划；审配、逢纪，是尽守忠诚的臣子，为他办事；颜良、文卫，勇武冠于三军，替他带兵，恐怕很难战胜袁绍啊！”荀彧说：“袁绍的士兵虽然人多然而法令不严。田丰刚直而犯主上，许攸贪婪不能自我节制。审配专横没有智谋，逢纪果断而刚愎自用，这两个人留下主持后方的事务，假如许攸违反了法律，一定不会被放过，不放过，许攸一定会叛变。颜良、文丑，只是匹夫之勇，一战便可将他们擒往。”建安五年，与袁绍连续交战，曹操保卫官渡，袁绍包围了他。曹操的军粮快要断了，写信给荀彧，商议要回到许昌来引诱袁绍。荀彧说：“现在军粮虽然不足，但还不至于楚、汉在荥阳、成皋相持时的那种地步。然而那个时候刘邦、项羽又有谁肯先撤退，先撤退的人在势力上会处于弱势。您凭借十分之一的人数，划出地盘守住，扼住敌人的咽喉使他们无法前进，已经有半年了。情况出现了衰弱的迹象，一定会有所变化。这是运用奇兵的时机，不可失掉。”曹操便没有行动。于是出兵袭击袁绍其他兵营，斩杀了袁绍的将领淳于琼等人，袁绍撤走。审配因为许攸不遵守法令，逮捕他们的妻子儿女，许攸气得背叛了袁绍；颜良、文丑临阵被杀，田丰因为直谏被杀；他们的结局都如荀彧所预料的那样。
建安六年，曹操到东平郡安民县驻军，以便获得军粮，粮食少，不足以与河北的敌军相持，想要利用袁绍刚刚被打败的时机，乘势攻打刘表，苟或说：“现在袁绍失败，他的部下军心涣散，应当乘他们困窘之时，平定他们；可是您要离开充州、豫州，远征长江、汉水流域，如果袁绍收集他的残余部队，乘虚进入我们的后方，那么您的大事就会完了。”曹操再次在黄河边驻军。袁绍死。曹操渡过黄河，攻击袁绍的儿子袁谭、袁尚，而这时高干、郭援侵扰河东，关右动荡，钟繇率领马腾等人击败了他们。事情记在《钟繇传》。建安八年，曹操记录荀彧前后后的功劳，上表封荀彧为万岁亭侯。建安九年，曹操攻克了邺城，兼任冀州牧。有人劝曹操说：“应当恢复古代设置的九个州，那么冀州所统辖的范围就扩大了，天下就会顺服了。”曹操准备听从这种意见。荀彧说：“如果这样，那么冀州应当得到河东、冯翊、扶风、西河、幽、并这些地方，所夺得的太多了，前段时间您打败了袁尚，捉住了审配，海内人心震惊、害怕，一定都担心无法保住自己的土地，拥有自己的军队；现在让他们都分别归属于冀州，人心都会动摇。况且人们都说关西的各位将领要采取闭关防守的办法；现在听到您的这种打算，认为您一定依次夺取他们的权力。一旦发生变故，虽然有人坚持为善，也会转而被迫于出坏事。那么袁尚可以推迟他被死亡的时间，袁谭也会存有二心，刘表便可保住长江、汉水之间的地盘，天下就很难得到了。希望您赶紧带兵先平定河北，然后修复原来的都城洛阳，南面逼近荆州，谴责他们不向朝廷进贡，那么天下的人都知道您的心意，人人自安、天下安定，再议论恢复古制。这才是国家长远的利益。”曹操于是放弃了这个建议。
这个时候，荀彧常常为曹操出谋划策，荀彧的兄长荀衍以监军校尉的身份驻守邺城，统领黄河以北地区的事务。曹操征讨袁尚，高于秘密谋划派兵袭击邺城，荀衍事先察觉，把他们都杀了，因功被封为列侯。曹操把女儿嫁给荀彧的长子荀恽做妻子，后来称为安阳公主。荀彧以及荀攸都地位显贵，但他们都谦虚节俭，将俸禄以及赏赐都分给宗族和相互了解的旧友，家中没有积金的财物。建安十二年，又给荀彧增加了食邑一千户，共二千人。
曹操要讨伐刘表，询问荀彧应当采用什么计策，荀彧说：“现在华夏已经平定，南方已经知道处境困难了。可以公开向宛县、叶县出兵，同时从小路轻装前进，出其不意地进行偷袭，”曹操于是出发。正赶上刘表病死，曹操直奔宛县、叶县，按照荀彧的计策行动，刘表的儿子刘琼在荆州投降。
其实荀彧对曹操献计又何止于此，曹操每逢大事，必与荀彧商量对策。曹操对荀彧如此评价：“侍中尚书令荀彧，积德累行，少长无悔，遭世纷扰，怀忠念治。臣自始与举兵，周游征伐，与彧戮力同心，左右王略，发言授策，无施不效；彧之功业，臣由以济，用披浮云，显光日月，天下之定，彧之功也？”可以看到，曹操对荀彧的评价远超他人，甚至认为是他与荀彧共同平定天下。而荀彧从不居功自傲，每当有封赏时就以“无野战之劳”推辞，实在是难得的德才兼备的大才。曹操开始的时候他可不是当丞相时那么威风，他只不过是诸侯之一，并且他的实力也远不如袁家兄弟，而其他的任何一个势力也不是省油的灯。而曹操却破张绣，灭袁术，擒吕布，败刘备，最后击败袁绍，统一了中原与河北，成为了三国里实力最强大的统治者。当然这当中也有曹操知人善任，惯于用兵，深通韬略的缘故。但是那时纷乱的形势就像一盘时刻隐藏着凶险的棋局，随时都有着“一着之失，满盘皆输”的危险；稍有不慎就会陷入进退唯谷的境地，如果遇到像董卓那样引来各路诸侯联合勤王的话就更不用提了。荀彧就像一个高明的棋士，思虑悠远而缜密，洞悉全部利害，拨开了层层迷雾为曹操指明了大业的通途。