乡镇政府居于国家政权体系的基础地位，既要执行上级政府的决定与政策，又要从本行政辖区的实际出发进行行政管理。乡镇党委、人大和政府的性质和职能在本质上必须服务于农村经济的发展。乡镇机构的性质和职能决定了乡镇机构必须改革。农村要发展，农民要致富，是广大农村人民群众最强烈的愿望。实现人民群众的愿望，乡镇党委、人大和政府责无旁贷。“发展才是硬道理”，基层政权在农村经济发展中引导农民致富的措施和行为得当，农民才会对基层政权有充分的信心，如果在经济发展中不思进取，对农民的合法权益不予重视和保护，农民就会对乡镇政府机构的存在提出疑问。从国外经济发展的方向看，政府的职能定位从管理型政府向服务型政府转变是一大趋势。当前乡镇政府对农村经济发展，管理的角色比较多，服务的功能比较弱。因此，乡镇机构改革是乡镇机构职能转变的要求。
（四）基层政权体制改革是减轻乡镇债务、精简机构的现实要求
乡镇机构自身面临的最大困难即债务沉重。原因主要如下：
（1）实行分税制后，乡镇的财政收入大大减少。（2）政府机构膨胀，冗员太多。（3）教育开支极大。每个乡镇教师是机关人员的4倍左右，现在他们工资实际上主要仍由乡镇负担。（4）不切实际的基础建设耗去大量资金。许多乡镇在小城镇建设的旗号下，不根据实际需要，不量力而行进行基础设施建设或重复建设，造成了巨大的资金浪费。（5）许多乡镇日常开支很大，浪费严重。（6）有的乡镇为招商引资，不得不为资方承担部分地租。（7）上级活动的摊派过多，乡镇压力太大。按1998年统计，我国乡镇平均有不良债务400万元，保守估计，全国乡镇共有3000多亿元债务。尽管这些年国家采取了很多措施，债务增幅在回落，但总的债务增量还没有遏止住。债务问题是影响我国基层政权正常运转的突出问题。特别是税费改革以后，堵住了乡镇机构向农民乱收费的口子。
广大乡镇，尤其是农业型乡镇不仅财政减收，而且以前的集资摊派、搭车收费、行政调入等“增收”的渠道被堵死，财政收支更难平衡，运转更加困难。居高不下的乡镇债务对农村的治理与发展造成了严重的恶果。债务问题迫使政府下决心进行乡镇机构改革。乡镇机构面临的另一困难即人员膨胀造成的机构臃肿。从我国目前多数地区的农村经济发展状况来看，农村养不起乡镇过多的“吃财政饭”的人员。据统计，我国农村乡镇一级吃财政饭的人有1000余万。吃“皇粮”比例过高，显然与农村经济情况不相适应，改革在情理之中。
乡镇政府的职能定位与作用在农村发展中的局限性
行政体制是国家行政机关的组织制度，行政体制是政治体制的重要组成部分，在公共行政中发挥着重要的制度保障作用。在一个国家，行政体制是否合理、健全，对公共行政的效果会产生深刻影响。因此，任何一个国家都十分重视行政体制的建设，并通过一系列改革举措，使其不断完善。“上头千条线，下面一根针。”这是对乡镇党委、政府职能的形象描述。乡镇政权作为我国基层的一级政权机构，它必须建构在乡村社会的具体实际以及国家在农村基层政权建设的历史传统的基础之上。乡镇政权的改革或建设问题的关键，不在于“强化”或“取消”与否，而在于乡镇基层政权性质、职能的根本性转换和结构性优化，即建构一个什么样的政权组织———是威权式还是民主式，是支配性还是合作性，是传统的管理（控制）型还是现代的治理型。就目前而言，我国乡镇政府的职能与作用在农村经济发展中主要表现出以下局限性：
一、权力过分集中由于我国现行政府体制是垂直等级式管理模式，政府在社会经济发展中是自上而下地分配资源，而且政府的许多发展措施与活动是强制推行的。行政权力中最根本、核心的是人事权和财权，而人事权更为根本。1980年开始实行的“分灶吃饭”和“包干”的财政体制，扩大了乡镇的财权。1994年的“分税制”又进一步强化了地方财政，基本解决了财权的过分集中问题。因而权力的过分集中又体现为人事权的过分集中。权力过分集中具体表现在三个方面：一是在横向关系，行政、经济、文化和群众团体的权力过分集中于党委领导机关；二是在纵向关系上，基层和下级的权力过分集中于党委领导机关；二是在纵向关系上，基层和下级的权力过分集中于上级领导机关；三是在个人与组织的关系上，领导机关的权力过分集中于主要领导者即一把手手里，从而形成了领导者个人高度集权的权力结构。
目前乡镇政权组织的困境与我国长期以来的赶超型现代化发展战略和压力型的行政体制有着密切的联系。在赶超型现代化发展战略下，中央政府将推动社会、政治和经济的全面发展作为重要的内容，各级政府面临着沉重的压力。上级政府为了完成自身的发展目标，往往会给下级政府施加压力，形成了“压力型体制”。到了农村基层，农民往往只是充当被动角色，在有些情况下政府的努力同农民的努力甚至是相抵触的。在“压力型”体制下，上级将工作的任务指标分解到乡镇，乡镇再分解到村，考核严格，基层头顶上有好多“一票否决”的悬剑。
近年来，乡镇政府求发展、保稳定的任务越来越重，但是财政紧张使它们的能力愈来愈弱，条块不协调，使它们的权力愈来愈小。乡镇范围内，几乎凡是有权的，具有吸纳能力的站（所）全都收归上级统管，诸如税务、工商、财政、公安等，乡镇政府的行动常因之受制肘。而乡镇却还常常不得不为“条上”的站（所）支付许多费用。如此，不仅条块矛盾突出，而且效益低下。一般说来，在“压力型”体制下，权力的集中限制了乡镇政府工作人员的积极性和主动性，对有创意和开创性的活动缺乏热情，缺乏首创精神。这样十分不利于党的******提出的解放思想、实事求是、与时俱进思想路线的贯彻执行。
二、机构重叠和条块分割压力型体制实质上是集权式政治体制在行政体制上的反映，是计划经济加上承包制在政治生活中的混合产物。压力型体制对乡镇财政支出构成了持续的扩张压力。首先，压力型体制导致各级政府将事权下移，最终都落在行政链条最低端的乡镇头上。其次，压力型体制要求机构“上下对应设置”的原则导致机构编制膨胀。以往基层是“上面千条线，下面一根针”，现在实际成了“上面千根针，下面千条线”。结果乡镇机构林立，人员臃肿。其三，压力型体制使乡镇政府在原有职能的基础上还进一步增加了公共品供给的压力，这样，进一步加大了乡镇财政支出压力。
乡镇政府行使着综合管理本行政区域内经济、教育、文化等行政职能。然而，各乡镇的“七站八所”，大多是县级各部门的派出机构，乡镇无法直接管理。这些“七站八所”名义上实行着“条块结合、双重领导、以块为主”，但大多数单位的人、财、物这些最重要的权限仍掌握在县有关部门手里，并由此出现与乡镇政府职能交叉、权责不清和利益矛盾。于是，一方面是机构重叠，一方面又是职能缺位、错位。这种职能上的“条块分割”，造成了许多问题，有利的事大家抢着管、多头管，无利的事相互推诿扯皮，效率低下。“七站八所”的设置及“条块分割”的体制有其历史的必然性和一定的合理性，但是，从根本上说，这种体制是适应计划经济和集权管理而产生，其制度和结构存在内在的局限性。随着市场经济的发展，这种体制的不经济性及其危害性日益严重，它不仅造成持久的“条块分割”的矛盾，也违背了管理的统一、精干和效能的原则，同时也助长了乡镇机构和人员的膨胀，加重农民的负担，不能不进行根本性的调整和改革。
三、政府管理的科学性与规范性有待提高公共选择学派认为，政府官员也有“经济人”的一面，政府机构本身也不是一个没有自身利益的超利益组织。甚至他们会借社会利益之名行机构私利之实。在实际生活中，社会中的各个利益集团的争夺会影响着国家的行动，政府的行为会受到官员素质的影响。国家权力可能被某些人、某些社会集团或某些社会阶层所掌握，国家的公共权力有可能为了少数人的利益而被利用。在这样的情况下，国家非但不能促进社会平等，反而成为破坏社会平等的根源，在有些国家，吏治腐败，以权谋私和贪污盛行，国家在某种程度上成了为官僚集团的利益服务的工具。
市场经济需要政府建立与之相适应的科学的管理经济和社会的方法，这不仅有助于经济和社会的发展，而且也有助于遏制和消除因管理不善而产生的腐败问题。因此，当前应当针对腐败问题产生的管理因素，改革政府对经济管理的方法，堵塞腐败问题产生的漏洞。
一要适应市场经济的公开性和开放性，改革政府机关、执法部门、司法部门从计划体制沿袭下来的封闭的工作方法，普遍执行公开办事制度、公开办事结果、接受群众监督的公开办事方式，规范权力的运用程序，防止和克服幕后交易、越权行事、以权谋私、徇私舞弊等腐败问题。
二要在分权和制约的原则下，合理设定政府管理经济的职能，使权力的行使必须经过若干程序、步骤和环节，形成由几个部门共同把关，使单个部门、单个人不能形成权力垄断，减少以权谋私的机会。在金融部门推行审、贷分离，税务部门实行征、管、查分离，工商管理部门实行审核、收费发证分离，对企事业单位实行会计委派制，强化会计对经济活动的监督职能等，在这方面税务部门已取得了可喜的成效。
三是要把政府的管理职能与政府及其工作人员的利益彻底分开，在精简机构裁撤冗员的基础上，保障各级政府部门的办公经费和人员经费，从而全面推行行政事业性收费、罚没收入收支两条线的制度，确保政府职能部门正确行使自己的管理权力。防止滋生“三乱”和其他腐败问题。
四、工作方式的局限性政府从追求效率和降低管理成本的角度出发，往往喜欢制定和执行“一刀切”的政策，但这与我国农村自然、经济、社会和文化的多样性和分散性是互相矛盾的。长期以来几乎没有跳出“一统就死，一死就喊，一放就乱，一乱就统”的怪圈。客观地说，在新中国成立之初，由国家实行高度集中的控制是必要的。它对于克服各种困难，巩固新生的共和国政权，形成和维护国家的统一，保证社会的稳定和秩序，是最可靠的保障。更为重要的是，它能有效地进行全面的社会动员和人力物力的相对集中，基本上适应我国当时经济发展水平较低、基础薄弱，社会结构比较简单，需要集中力量进行重点建设的国情。但随着社会转型的加速，特别是市场经济作为一种新的资源配置方式，从根本上改变了我国过去由国家计划配置资源的方式，改变了社会的生产经营方式、工作方式和生活方式，改变了人们的利益关系和价值观念，因而，传统的集中控制体系及其影响下长期形成的工作方式的弊端日渐显现。
国家对于社会的治理必须具备三个条件，一是特定的公共权力，即施政者为达到目的所具有的特殊权力；二是相应的政治责任，即施政者为达到施政目的所必须承担的事务和履行的义务；三是一定的治理能力，即达到施政目的所需要的手段和条件。一般来讲，权、责、能愈一致，治理体系愈完备。但在不同的社会和政体，权、责、能并不一致，表现出不同的治理结构。特别是政府层级愈多，治理体系愈复杂。“责大、权小、能弱”是乡镇政府状况的基本概括。基层政权自身的运作困难迫使将其压力和困难转嫁给农民，而农民则承受着市场经济和基层政权的双重压力。双方之间的弹性越来越小，农村基层政权越来越僵化。当社会摩擦增加时，基层政权不得不膨胀，而这又进一步加重了农民的负担，摩擦进一步加剧，如此恶性循环的后果即导致基层政权的机构膨胀，治理效率低下以及粗暴的工作方式和作风，也增加了农民对基层政权疑虑的增加。近年来诸多恶性事件的频频发生，实质上是社会利益分化、利益冲突的外在表现，这些都迫切要求我们改变现有的利益分配体制和农村基层治理体制。
综上所述，乡镇机构组织作为我国庞大的社会控制组织机构的组成部分，同样存在二元性的缺陷，即表层与潜层二元并存，潜层作用抵销甚至取代了表层的组织作用。在表层上具有与现代组织建构和发展要求相适应的组织结构特点，如专业分工、分权管理、以人为中心的价值取向等，形式上乡镇组织的表层结构趋于合理，有自身的制度体系，但在组织的实际运作过程中，表层结构中所包含的原则常常不能发挥应有的功能，而实际发挥作用的则是另一套为组织成员所默认的、非正式的组织原则，是传统血缘关系、亲缘关系、地缘关系在组织中的体现。正是这种组织结构的表层与潜层二元并存，组织在实际运作过程中才发生大量的非理性行为和偏离目标的行为。这就需要加强制度建设，完善权力配置方式，健全制约机制，深化体制改革来强化基层政权的地位与作用。