政治体制内部的权力分配不可能平均，有些机构的权力要远高于其他机构。随着皇权****的强化，权力始终倾向于同皇权结合紧密的机构。从两汉的尚书，到隋唐的三省六部，到两宋的政事堂和枢密院，到明朝的内阁，再到军机处，无一不是各自时期由皇帝掌握、处理政务的中枢机构。它们是权力的核心。机构增减、官员沉浮，皇帝看在眼里，却不记在心里。他真正在意的只是核心权力部门的运行和人事情况。千百年来，政治制度日渐繁密，核心权力机构始终处在聚光灯下，是后人观察古代政治的便捷窗口。
何谓“衙门逻辑”？
古代政治制度在千百年的实践运转中，产生了自己的逻辑。千古衙门在实践中逐渐背离缔造者和设计者的初衷，产生了独立的、强大的运行规律，诞生了新的标准和规则，自动运转下去，我们可以称之为“衙门逻辑”。衙门逻辑往往是有违常理的。它没有明文的规定，却真实存在；它独立于人们，却让衙门内外的官员、百姓都深陷其中。
这就好比人们设计了机器人，希望机器人为人类服务。结果机器人有了自己的思维，自行活动起来。人类非但操纵不了机器人，反而受到了机器人之害。做一个可能不太恰当的比喻，古代衙门就是那个机器人。
在古代，任何一个立志改革政治弊端的人，必须进入现行体制博取高官显位，才有可能实践抱负。但结果都不是他改变了体制，而是体制改变了他。在攀登高位的过程中，他逐渐变成了体制的一分子，变成了现行体制的“产品”。梁启超在《少年中国说》中，尖锐批评晚清体制中的高官“非哦几十年八股，非写几十年白折，非当几十年差，非捱几十年俸，非递几十年手本，非唱几十年喏，非磕几十年头，非请几十年安，则必不能得一官、进一职”，等位高权重、大权在握，“握国权者皆老朽之人也”。他们不仅年老体衰，而且不愿意改革了，“彼辈者，积其数十年之八股、白折、当差、捱俸、手本、唱诺、磕头、请安，千辛万苦，千苦万辛，乃始得此红顶花翎之服色，中堂大人之名号，乃出其全副精神，竭其毕生力量，以保持之。如彼乞儿拾金一锭，虽轰雷盘旋其顶上，而两手犹紧抱其荷包，他事非所顾也，非所知也，非所闻也”。要知道，如今的老朽高官，倒退几十年也是热血青年，激扬文字、革故鼎新，满口变革。进入体制之日，他们以为自己踏上了实现理想的征程，殊不知最终走到了理想的对立面。
下述例子，也许能更形象、更直观地说明“衙门逻辑”的概念：
例一：天下官员，无论职位高低，在理论上都是朝廷命官，都上对皇帝负责、下为百姓造福。大家是平等的。职权的大小并不代表素养和人品的高低，权力更不能侵犯人格尊严。但在实践中，权力扭曲了人格。官大一级压死人，官职高者欺压职位低者，权力大者侮辱权力小者。可悲的是，这种欺压与侮辱为上下所接受，官卑职小者仿佛觉得自己就低人一等、理应受欺负。而对他人颐指气使、飞扬跋扈的高官，自身往往受过被侮辱、被打压、被迫害的创伤。秦汉时期，官员关系还相对平等，县令能参见宰相，侃侃而谈；唐宋时期，下官小吏敢跟主管争辩政务，并不唯唯诺诺；明清时期，不要说县令，就是巡抚也要上下运作才能见内阁大学士，大学士一问巡抚一答。有位知县老爷跪在和珅门口求见，和珅骂道：“知县是什么虫豸，也来见我？”总理衙门处理外交，外国使臣说一句话，清朝官员面面相觑，下级看上级、资历浅的看资历深的、大臣看亲王，亲王说一句，大家纷纷响应。在场职位最高的人不说话，其他官员就一片沉默。
不知从几时起，官员相见的礼节也恶化成了跪拜礼，下官拜见上官。如果两人官职相差太大，下官还要行三跪九叩大礼，谨小慎微、连大气都不敢出一个，仿佛奴才见主子一样。这种不正常的官场礼节，直到清末才从南方省份开始逐步纠正，改为官员相互行作揖礼。官职低者先行礼，高者再还礼。
例二：人类对于疾病，总抱着“早预防、早治疗”的态度，希望把疾病消灭在萌芽之初。讳疾忌医是不对的。政治体制和人体一样，也会出现各种各样的问题。为了体制的长远健康发展着想，这些问题也要早预防、早治疗。然而，古代官员对于衙门内外的问题，往往采取明哲保身的态度，事不关己高高挂起，事既关己也视而不见听而不闻。对于暴露出来的问题，官员们的惯常做法是行文发函，似乎用几封文书就能解决问题。其实，文书并不能解决问题，只是推卸了自己的责任而已。古代官员，尤其是达官显贵们，是社会精英，视野、思路甚至智商都比黔首愚民们要高。他们理应发现潜在的问题，并有责任处理掉。可惜，多数官员任由衙门外狂风暴雨，端坐厅堂之上无动于衷，只盼着问题别恶化到不可收拾的地步——起码别在自己任
期内恶化。
究其原因，一来是官员们不愿意做事。多做事就多出事，少做事则少出错。勇于干事的古代官员有，但仕途顺畅的极少。他们中的绝大多数干了很多事，经受了很多挫折，最后即便列入正史、名垂千古了，但在生前几十年沉溺于州县下曹，不得升迁。相反，中庸无为的同僚们，则“无病无灾到公卿”，飞黄腾达去了。那谁还愿意去揽事、去直面问题呢？第二，很多问题并不是官员个体力量能解决的。衙门内外的很多顽疾和突发问题，是系统性的、根本性的问题。比如闭关锁国、横征暴敛、皇权扩张、军人干权等等。政治体制有问题，体制中人比一般百姓的感觉更敏锐，也更深刻。他们深知不改变现行体制，就不能根治问题。而根本性的变革，谈何容易？大家坐视衙门病入膏肓，最终无药可救，只好在血雨腥风中又来一次改朝换代。
例三：凡事都有是非曲直；做人要有对错观，做正确的事情、拒绝错误的事。相信每个人从小都接受了这样的教育。但是，古代衙门不论对错，只看输赢。比如，清代书画家郑板桥先后做过山东范县及潍县的知县。他刚正不阿，不逢迎上司，却深入民间，洞悉百姓疾苦。一年闹饥荒，郑板桥主动为民请赈，结果忤逆了上司，被参罢官。他去官的那天，百姓遮道挽留。应该说，郑板桥做了正确的事情（勤政爱民），但却是官场上的输家（弹劾罢官）。郑板桥在古代史中并不孤独，官场输家中有许多人做了正确的事情。同样，许多仕途赢家，却做了错事，比如弄虚作假、阿谀奉承、你虞我诈、倾轧伤人、口蜜腹剑、厚颜无耻、趋炎附势等。可叹的是，当时的官民都羡慕后者；后来者，即使嘴上赞颂郑板桥，心里却在羡慕同时期的和珅。
“官场莫论对错”的本质是功利政治，抛弃了道德、真理和精神等等，只看是否对仕途有利，是否对处理政务有利。长官决策时，采纳的往往是“可行”的意见，而不是“正确”的意见。因为意见虽然是“对”的，但与现有体制不吻合或者对巩固自己的权势无益，为什么要采纳呢？长此以往，“输赢”绑架“对错”。官场上最后的赢家，自封为或者被认为就是正确的、光荣的。赢家书写历史，强制推行自己的对错标准。如果民众对此熟视无睹，无异议不反抗，就很可能黑白颠倒，贻害无穷。
例四：靠本事吃饭、独立且正直，应该是人类社会公认的正形象、正能量。但在衙门里，真才实学并不是平步青云的通行证；独立与正直非但不为衙门认可，还可能对衙门、对保持者造成伤害。我们在古代史上能找到许多例证。庸才青云直上、尸位素餐的有，阿谀奉承、攀附权贵的官员也不在少数。真正有才华、有抱负的官场中人，免不了要花费大量的精力和时间去处理与行政无关的事情。很多时候，决定他们宦海沉浮的不是才能和品格，而是哪些“无关的事情”。在施展抱负之前，官员们先要在人情世故、官场明规则潜规则等等编织的巨大网络中纵横捭阖，以求获得干事的身份与地位。
中国历史上并不缺乏有真才实学的贤臣干吏，缺少的是既有真才实学，又能折冲缓和，把才学用到实处的能臣帅才。
凡此种种不合常理之处，都因为衙门逻辑的作祟。而衙门逻辑的核心，是“权力本位”，一切行为以获取或保有权力为目的，一切考量围绕权力的得失展开。在政治体制中，各个衙门考虑的是自己的部门利益，官员考虑的是个人的进退荣辱。天下安危、百姓祸福、仁义道德，都退居其次，甚至只停留在口头。因为，品级的高低（权力的大小）是衡量一个官场中人成功与否的唯一标准。权力，是官员施展抱负、实现目标，甚至保全人身和财产的首要条件。官场中人必须巩固现有的权力并不断扩展权力，才能谈及其他。这一认识，可能是剖析古代政治中种种消极与负面内容的利器。
越往后发展，衙门按照自身逻辑独立运转下来，离初衷就越远。衙门本身发展得越强大，对衙门中人的异化就越严重，改革的难度就越大。
黄仁宇在《中国社会的特质》一文中认为中国的高度中央集权，是由地理环境造成的。“中央集权体制因为不得不持续地被加以完善并维系，使中国的政治和伦理的成熟程度远远超过其他制度的发展，如多样化的经济制度、系统化的民事契约法、保护个人的司法体系等等。随着时间的推移，后述的那些制度相对而言依然没有得到充分的发展，反而确定无疑地被抑制，以免它们扰乱帝国的统一管理。”中国古代集权的强化，与衙门逻辑也大有关系。衙门逻辑的运行，离不开政府集权。集权环境是衙门逻辑的温室，公平、公开和竞争则是衙门逻辑的“病毒”。集权的需要，塑造了衙门的稳固和规模。衙门为了自身利益，反过来要强化集权。它为了摄取更多的资源，就要跳出政府范畴，插手控制其他领域；为了垄断权力和资源，它就要排斥平等的对话，拒绝妥协、开放和变革；保守是它的特质，僵化是它的趋势，虚弱和奔溃是它的结局。遗憾的是，中国古代少有新意的改朝换代，使得衙门虽然能够被摧毁，但衙门逻辑每每在新的王朝借尸还魂。
绝大多数时候，官民人等并非反对官府，反对朝廷，也不是反对官场中人，而是反对自私保守、封闭僵化的“衙门逻辑”。