1867年5月学校开学，师范部和预科合在一起，学生只有5个，全部是白人女性，而且都是学校董事会成员的子女。学校最初没有永久的校址，教学在曾是舞厅的构架式建筑中进行。在为学校选择永久性校址的过程中，霍华德将军费尽了心思。校址选定后土地的主人却不愿将土地卖给黑人学校。经过一番谈判和讨价还价，土地的主人终于愿意以147500美圆出让土地，但学校却无法支付这笔费用，甚至拿不出首期的2000圆钱。就在决定学校生死命运的关头，霍华德将军利用自己可以随意处置难民救济金剩余款项的权利，将3000美圆拨至霍华德大学的账下，帮助学校度过了难关。自由民局又继续不断地对学校给予资助，通过各种途径资助的金额达500000美圆。这些资金用来购买房地产，修建教工和学生宿舍。
自由民局通过财政援助的方式与霍华德大学紧密地联系在了一起。
1858年9月，霍华德大学与自由民局建立了另一种形式的更为紧密的关系，在依然担任自由民局局长的同时，霍华德将军成为霍华德大学的校长，直至1873年。由于霍华德将军在霍华德大学早期发展中的贡献，人们常把他看成是霍华德大学的创始人。
2.霍华德大学的发展
霍华德大学建立后，其命运一直与联邦政府紧密相联。学校每到发展的关键时期，都有联邦政府的一臂之力，使其比别的学校发展得更快。
学校发展的第一个阶段从建校到1876年，这期间学校发展得非常迅速。从1868～1869学年度的校历上看，学校有“师范和预科部”，其目的是培养教师和为进一步的学院学习做准备。当时11名学生注册学习预科课程，25人学习师范课程。学校还拥有为师范生提供实践机会的实习学校，有各年级小学生103人。“大学部”只有新生4名。因为没有公立中学，再加上进入学院或大学要经过很多学科的考试，因而霍华德大学与当时很多黑人学院一样，在学院层次就读的学生很少，而且自己要办大学预科。1868～1869学年度学校还开办了法学部和医学部，学生分别为21人和8人。三年后，学校各部的学生数有了飞跃式的发展。1872～1873学年度，师范部学生为238人，预科为100人，大学部35人，神学部26，法学部67，医学部45，商学部84，音乐部21。
学校的迅速扩展虽然满足了人们的求学热望，但脱离实际的飞跃使学校很快陷入财政危机。1875年的财政报告表明，8年中的财政赤字几乎达100万。面对越来越大的资金缺口，学校从1873年开始压缩招生，紧缩开支。1876～1877学年度，师范部学生为97人，预科为18人，大学部为22人，神学部为32人，法学部为6人，医学部为50人，其他科没有招生。经过调整，学院的财政状况有所好转，但却给以后的校长们敲起了警钟。
学校第二个发展阶段从1876年帕顿任校长始，历时约30年。这是一个恢复和巩固时期。在帕顿任职的12年中，他对学校的最大贡献在于他为学校争取到了联邦政府的固定资助资金。他申请资助的理由是政府只有向学校提供资助，才能使政府已经提供的大型和昂贵的设备得以充分利用。国会接受了他的请求，仅在1879～1889年间，国会就向霍华德大学拨发了215900圆，而且这种拨款成了固定的年度拨款，一直持续了几十年。1906年，瑟克尔德牧师成为校长，霍华德大学又进入了新的发展阶段。瑟克尔德曾担任过佐治亚州一神学院的院长，具有丰富的校务管理经验。他认为学校要发展，就必须改善物质条件，因此，他积极寻求联邦政府的帮助。在他的积极努力下，联邦政府给予霍华德大学用于日常费用的资助从1906年的不到5万，增加到1912的将近10万。1910年的拨款更是达到了194700，这其中包括修建一座科学厅的费用。
在瑟克尔德校长的领导下，学校的教育教学条件有了很大的改善，在此基础上，大学部迅速发展。1876年，大学部有学生35名，毕业生4名；1907年，数字分别是75名和8名，30年中翻了一番。瑟克尔德就任校长后的1911年，这个数字上升到243名和31名，6年中学生数和毕业生数分别增加了240％和300％。
1918年德克易成为霍华德大学新一任校长，他的出色领导标志着霍华德大学进一步改革与扩展的开始，他对学校组织机构的调整为霍华德大学的发展史又写下了新的篇章。
德克易校长上任伊始就对学校的教学组织结构进行了改组。他将所有大学程度以下的各部以及大学头两年的学习组成初级学院，在此之上设立应用科学、商学与财经、教育、新闻、文理及音乐等学院。此外，还改革了管理结构，建立了学籍办公室专门管理学生的学习档案，将秘书处与财务处统辖在一人之下，而且还设立了一个委员会负责研究生的培养工作。改革方案在实施了一段时间后发现院系的设置划分过细，于是1925年将各专业又化归为四个学院，各专业的修业年限为四年，而专业学院依然保持改革后的建制。在改革过程中，德克易一直积极寻求各方面的支持，除了校友和公众外，联邦政府一直被德克易视为最重要的支持力量。他设法使联邦政府对学校的资助增加了400％，从1918～1919年度的117937美圆上升到1925～1926年度的591000美圆。在此期间，学校利用联邦政府的捐助资金建起了餐厅、体育馆、医疗大楼等。此外，德克易还从慈善基金会为学校争取了很多资金。经过改革和调整，学校的人学人数和教学质量都有了很大的提高。在德克易上任前的1917～1918学年度，学校注册的学生为1080人（不包括大学以下程度和函授的），而在其离任前的1925～1916学年度，相应的数字为2123，几乎增加了一倍。学校的发展固然与德克易管理有方有关，但联邦政府的财政支持所发挥的作用也不可低估。
1926年，霍华德大学建校69年后，校董会决定任命一位黑人校长。虽然黑人有过担任副校长的经历，但担任校长是有始以来第一次，担此重任的是莫德塞·约翰逊。约翰逊校长上任后首先考虑的是学校的发展必须有稳定的财政基础，经过几任校长的努力，学校虽有联邦政府的资金扶助，但直到1929年这种支持也没有法律依据，如果国会中有人对此提出反对意见，这种拨款完全有可能被终止，因此当务之急是使联邦的拨款具有法律依据。
1928年12月，国会通过了对霍华德大学进行拨款的法案，规定“每年的法定拨款用于帮助大学的基建、开发、改进和运转，不得用于宗教教学。大学要随时接受教育署的检查，一年至少一次。教育署报告中的学校年度报告要对学校的事物进行充分的介绍，且每年都要提交给国会”。
法案通过后，约翰逊校长又说服内务部部长在1929年2月召集了一个会议来落实法律的执行。参加会议的人员有国会参众两院的代表，有教育署和预算局的官员，有朱利叶斯·罗森沃德基金会的成员和霍华德大学的代表，会议为霍华德大学制定了一个10年或更长远的发展蓝图。会议提出在10年间或学校的基础建设完成之前，国会要通过拨款支持学校的发展，每年的拨款额不超过总预算的66.4％。待学校基本建设完成后，政府资助减至50％以下。虽然世界性的经济危机影响了霍华德大学发展计划的按期实现，但即使是经济危机期间联邦政府的拨款也是有增无减。危机前的1926～1927年度，总拨款额为218000美圆，1927～1928年度为368000美圆，危机爆发后，1929～1930年度为600000美圆，1930～1931年度为1249000美圆，1931～1932年度则为1560000美圆。从对霍华德大学历史的简单回顾中我们可以清楚地看到，霍华德大学与联邦政府建立的以金钱为纽带的紧密关系对其从一个只有5名学生的初中等程度的学校发展成为黑人高校中的佼佼者起到了至关重要的作用。可以说，没有教会，就没有霍华德大学，但没有联邦政府，便不会有霍华德大学的发展。
第三节教会与黑人高等教育机构的发展
如前所述，教会一直是推动黑人教育发展的重要力量。各教派在宗教使命感的激励下，从殖民地时期便开始了教育黑人的事业，即使在战火纷飞的战争时期教会都没有放弃教育黑人的努力。战争结束后，一些教会组织更是将黑人教育延伸到中等教育或高等教育程度，为新获得自由的黑人提供进一步发展的机会。这些教会组织大多为北方的教会，如公理会、浸礼会、卫理会、长老会、罗马天主教会等，另外一些黑人的教会组织，如非洲人卫理公会、有色人种卫理公会、黑人浸礼会等也为本族的教育事业做出了自己的贡献，他们早期建立的学校有些后来也发展成了高等教育机构。
北方教会组织为黑人举办学校基于宗教使命感，因为奴隶制度与基督教倡导的友爱精神是格格不入的，况且有些教会的领袖是理性主义者，他们信奉天然人权，这使得他们觉得帮助黑人是一个基督徒的义务。他们认为在遭受了两个多世纪的蹂躏后，获得自由的黑人应该拥有一个民主国家给予一个人的权利，包括公民权及达到公民要求的所有途径。黑人的心智并不比白人差，之所以表现出不如白人，完全是奴隶制度限制了黑人潜能的充分发展。因此一个信仰基督的国家完全有义务为黑人提供使其智力和道德都能得以充分发展的条件，否则，作为一个种族，黑人只会很快退化。但南方却无法承担教育黑人的重任，因为南方没有为黑人提供适合其需要的教育的意愿，更没有途径和方法。因此教育黑人的任务便历史地落到了北方人的肩上。与北方人不同，南方人对教育黑人大多持反对态度。
对于穷苦的没有文化的白人来说，他们认为接受教育是上层阶级的特权，他们不能容忍自己不能进学校，而黑人却端坐课堂的现实。对于其他阶层的南方白人来说，他们也认识到应该给予黑人一定的教育，但这种教育应该先由南方白人提供，然后再交与黑人自己。战争结束后，虽然同情黑人的南方白人也为黑人的教育做出过自己的努力，但并没有留下任何为黑人举办高等教育的记录。北方的教会机构则不同，他们认识到要使黑人真正地得以拯救，仅仅在黑人大众中普及初等教育是不够的，必须通过高等教育为其种族培养自己的领袖人物。黑人能够自救，才能够获得发展。正是基于这种认识，北方教会在南北战争前后便积极地在南方为黑人举办高等教育。可以想像，如若没有北方教会，在南方白人普遍反对或漠视黑人教育的情况下，黑人的高等教育不知要晚出现多少年。
一、美国传教士协会与黑人高等教育
美国传教士协会（AMA）是一个没有教派之别的宗教组织，它是由四个宗教组织合并而成。这四个宗教组织为阿米斯泰德委员会、统一传教协会、西印度传教委员会、印地安人西方福音传教协会。这四个宗教组织在合并前就已在黑人、白人和印地安人中间进行了大量的福音传布工作，合并后，他们继续致力于黑人和印地安人生存状况的改善。它的工作不仅仅局限于上帝福音的传布，还在战争期间和战后为黑人建立了大量的教育机构，这些机构有的发展成为黑人的高等教育机构，其中汉普顿学院、特拉迪戈学院、亚特兰大大学等成为享有盛誉的黑人院校。