在传教士协会建立的教育机构中，伯瑞学院是具有开拓意义的一个，它成立于南北战争前的1858年，“在奴隶制旧的土壤上它自由地接收黑人和白人学生，并在同一个课堂上不带玷污和侮辱地教育他们。”它的创始人是出生于肯塔基的约翰·格瑞戈·斐，虽然生为奴隶主的儿子，斐却是一个坚定的废奴主义者。他曾试图在自己的家乡建立反对奴隶制的教堂，失败后接受南方另一位废奴主义者克雷的邀请来到麦迪森县建立教堂并开办学校。1848年10月斐成为传教士协会在那一地区的代表，在协会派来的其他人员的协助下开展了大量的工作，尤其是建在山里的学校引起了很多人的关注，有些奴隶主也将孩子送来。当然学校也遭到人们的反对，尤其是当黑人与白人受到同等待遇时，学校甚至受到暴力攻击。然而斐不但毫不畏惧，还在1857年向协会建议建立伯瑞学院。他写道：“我们肯塔基需要一个奥伯林之于俄亥俄式的，一个反对奴隶制的、反对种姓的、反对烟草的、反对宗派的学校——一个基督影响下的学校；一个装备良好的学校，它将带领那些缺乏财富但却拥有品格的人们开辟出自己的道路。……这个学院的地点就在这里，就在肯塔基的内陆。”
1858年学院建立起来，继续公开实行黑人和白人同校教育。斐为董事会主席，毕业于奥伯林的罗格斯博士为校长，美国传教士协会给予了资金上的支持。但学院仍然逃不过被指责的命运，有时甚至受到暴徒的袭击，结果学校不得不穿过俄亥俄河躲到较为安全的地方。战争期间学校被迫停顿下来，但战争一结束，学校在校长费厄柴尔德的领导下又恢复了工作。没有了暴徒的干扰，学校发展得非常迅速。学校继续秉承不同种族同校的原则，在39年的时间里黑白两族学生共同学习。在此期间黑人学生数从100人增加到200人，他们分散在各个年级和专业。但是“隔离但平等”的社会大环境使得黑白同校成为一种被法律所不容的事情。1904年，肯塔基州立法机构颁布了一项法律，禁止任何形式的黑人与白人同校。伯瑞学院并没有默默接受这项与其建校原则相左的法律，而是通过法庭进行了抗争，美国传教士协会对此进行了坚决的支持，但学校仍然败诉。
尽管从1904年起伯瑞学院成为黑人与白人隔离的学校，但是它是南方第一个在奴隶制未被废除的情况下为黑人提供与白人一起学习机会的学校，它所坚持的黑白同校的做法使其在美国黑人高等教育的发展史中占有不可或缺的一页。
除了具有开拓意义的伯瑞学院，工业教育的先锋——汉普顿学院也是在美国传教士协会的帮助下建立的。战争刚开始后的1861年9月，传教士协会先是在汉普顿为黑人建立了小学，这所小学便成了汉普顿学院的起点。阿姆斯特朗在了解了黑人在这所学校的学习情况后，根据他对黑人的认识，认为应该为黑人提供一种有别于传统的教育模式，于是他向美国传教士协会建议为黑人建立以工业教育为主的学院。协会认可了他的建议，为学校购买了159英亩的土地。
学校虽然很长一段时间内只能提供大学程度以下的课程，但从其建校起，将课程扩展到大学程度便一直是学校所追求的目标。1920年，学院通过将师范课程扩展为6年的方式将师范教育提高到大学程度，随后商业课程、农业课程也都提高到大学的程度。1924年，农学院、教育学院和家政学院合并成为汉普顿师范学院，提供一年到一年半的文凭课程和四年制的学士学位课程。从30年代开始学院还通过暑期部提供文科硕士的课程。
汉普顿学院的意义在于它为黑人教育提供了一种范式，它的影响不仅遍布美国，甚至辐射到了国外。在它身后有众多的追随者，塔斯克基无疑是一个出色的典型，众多的黑人赠地学院也遵循了汉普顿的发展路径，即从初等教育开始，强调农业、商业、手工业和师资培训，然后逐渐将师资培训的课程提高到高等教育的程度。
在美国传教士协会为黑人举办的高教机构中，值得一提的还有创建于1867年的特拉迪戈学院。尽管伯瑞学院和汉普顿学院亦或是亚特兰大大学在黑人高等教育发展史中都占有重要的一席，但只有特拉迪戈学院在南部各州学院联合会的认可评估中获得了最高的评价。
特拉迪戈学院位于黑人集中的阿拉巴马州的小城特拉迪戈，建立于1867年儿月，1869年2月获得特许状。自由民局帮其购买了带有一座红砖建筑的34英亩土地，其建筑原为一所为上等阶层服务的男子学校。学校开办之初有教师3名，学生140名。由于学校周围的9个县一所黑人学校都没有，因此学校承担了为这些县培训教师的任务。教学在极为艰苦的条件下进行，教师和学生同甘共苦。
1868年教堂建立后，又开设了教士培养的课程。1873年正式成立了圣经研究系。
特拉迪戈学院以出色的教学赢得了黑人的信任和白人的好评，当地的报纸评论说“……我们可以毫不犹豫地说特拉迪戈学院不仅是北方慈善机构在南方所办的众多学校中最成功的一个，而且从各方面看，它都是一所好学校，可以和州内任何一所同等级别的学校相媲美。”和很多黑人学院一样，特拉迪戈学院也经历了从提供初等教育、中等教育再到高等教育的转变，但这种转变不是跳跃式的，学院每一步的发展都与学生的实际需要和实际水平相适应。1879年，协会开始为学校大学阶段进行规划，但直到1892年学校成立25年之后，大学部才有两名注册学生，不到总注册生的千分之四，1895年学校才首次授予大学学位。1912年，大学部的注册人数不过30人，占同年总注册人数的4％；1932年，大学部的学生数才相当于总注册学生数的一半（221／443）。
特拉迪戈学院向真正的高等教育机构的演变过程虽然较为缓慢，但却从一个侧面反映出学校脚踏实地的作风，正是有了这种作风，学校才能在学院联合会的评估中获得最优的评价。
美国传教士协会虽然为黑人办理了大量的学校，但协会并不想将学校永远控制在自己的手中。协会的原则与美国人的信条一样，即认为教育最终是州和地方的责任，当学校发展得足够壮大，不再需要外界的帮助时，协会往往会退出。即使在高等教育领域，为了提高办学效率，协会要么将自己的学校与其他学校合并，要么彻底放手于独立的董事会管理。1930年协会最老的也是最好的学校之一——新奥尔良的瓤瑞特学院与卫理公会的新奥尔良大学合并，组成新的狄拉德大学。原来属于美国传教士协会的汉普顿学院、亚特兰大大学、费克斯大学等也先后脱离了协会的控制。1931～1932年，协会属下只有5所四年制学院，1所两年制初级学院。总注册人数为1661人，修读大学课程的学生为908人，教师149人，协会给予的经费为271711.39美圆，占这些学校所获经费的一半左右。1941～1942学年度，协会控制的学校下降为3个，它们是特拉迪戈学院、图格鲁学院和利莫尼学院。
二、卫理公会与黑人高等教育
内战爆发前，卫理公会中反对奴隶制的人们便于1866年在辛辛那提组成了自由民援助协会，积极投身于救助自由民的工作。他们认识到“400万奴隶的解放为我们的传教和教育工作开辟了广阔的领域。教会已经承担了这个巨大的责任。宗教和教育可以为自由民带来幸福。教堂的旁边必须建立学校；教师必须与传教士同行。”
因此协会只要有可能就为黑人建立小学，并想方设法利用极为有限的条件培养黑人教师和教士。
重建时期，社会秩序混乱，南方白人对北方教会教育自由民的举动充满憎恨，经济状况的恶化也使得协会筹款困难，但这一切都没能阻挡协会前进的步伐。他们清楚地预见到在未来很长时间内南方或黑人自己都无法满足黑人的教育需求，因此为黑人提供的教育，不应是临时应急式的，而应从长远考虑。因此，协会致力于为黑人建立永久性的教育机构。1878年，在协会第11次年度报告中协会属下的学校如下：获得特许状的学校有5所，分别是田纳西那什威尔的中田纳西学院，后来的华顿大学；位于佐治亚亚特兰大的克拉克大学；位于南卡罗来纳奥瑞支伯格的克莱芬大学；位于密西西比郝利斯伯灵斯的肖大学，后来的儒斯特学院，位于新奥尔良的新奥尔良大学。神学院3所：倍克学院、百年圣经学院、托马森圣经学院；医学院两所：迈和瑞医学院、新奥尔良医学院；未获特许状的学校10所：伯纳特学院、库克曼学院、亥汶师范学校、拉格兰治学院、拉泰克学院及孤儿院、麦瑞典学园、儒斯特师范学校、威勒大学、华顿学院、西田纳西学院。这些学校共有学生2940人，其中1／3的学生修读师范专业，1／7的学生修读神学，而修读大学程度课程的学生只有75人。正如我们在前文所指出的，这种情况是由于当时特定的条件所决定的，当时各教派所举办的学校其主要目的是培养教师和教士，再加上南方黑人教育初兴，能够达到大学入学要求的学生极少，这也是众多学校不得不自己举办大学预科的原因。
随着南方公立学校制度的建立，黑人中学的发展，学院中修习大学程度课程的学生也越来越多。
1888年，协会更名为“卫理公会自由民援助及南方教育协会”，继续从事黑人教育事业。其属下有3所拥有特许状的学院和12所程度较低的学校。