在工业教育风行的19世纪80年代，协会下属的学院也开始把教学重点从古典课程转移到工业教育上。中田纳西学院、克拉克大学和克莱芬大学都建起了教学工场，装备了最先进的工具和设备，以培养管子工、制鞋匠、木匠、铁匠等。学校还与卫理公会的女子国内布道团合作，为女性开设缝纫、烹调、护理等课程，并设立相应的实习场所。这样做的原因半是由于工业学校容易得到捐助，半是由于人们确信工业教育应该成为黑人教育的组成要素。进入20世纪以后，随着工业现代化进程的加快，工业教育所强调的一些技能培训越来越显得落伍，而且工业教育的投入要远远大于普通的文理教育，手工劳作所具有的训练价值也受到新的心理学理论的挑战，因此这些学校的领导者们对工业教育的热情开始减弱，学校又开始强调正统的文理课程和师资培训。
1912年，协会建议对所属学校进行全面检查以决定以后的发展方向。1913年的检查表明“我们有太多的学院（现有11所提供大学程度的课程，总共只有学生250名，有些地方少到只有八九个）”，对此，“我们对广泛使用的‘大学’一词以及那些既没有设备又没有师资力量的学校所进行的学院工作提出质疑。”此后，教会的最高会议又将协会的名称改为“卫理公会黑人教育委员会”。一次大战后，委员会面对日益增长的入学要求，对所属院校进行了调整重组。如将库克曼学院与德诶特纳师范工业学校合并，组成德诶特纳——库克曼初级学院。卫理公会甚至跨越了教派的界限，将属下的新奥尔良学院与美国传教士协会属下的斯瑞特学院合并组成新的狄拉德大学。卫理公会的这种做法在黑人高等教育领域为其他的教派树立了良好的榜样。
三、北方教会其他教派与黑人高等教育
黑人在南北战争前深受浸礼会的影响，因此黑人多属于浸礼会。
由于黑人与浸礼会有这种宗教上的亲源关系，浸礼会在黑奴解放后一直非常关注黑人教育，尤其是成立于1832年的美国浸礼会国内布道团在黑人高教领域更是做出了独特的贡献。
美国浸礼会国内布道团于内战期间介入黑人教育，1862年5月在罗德岛普罗文顿斯召开的年会上，布道团决定立即向南方派遣传教士和教师，以“使他们能够阅读圣经并成为能够自立和自我引导的基督徒”。到1865年，布道团向南方12个州派出了68位传教士。战争结束后，布道团继续致力于黑人教育领域的工作，他们到处筹集款项修建学校，1870年，布道团属下的学校拥有学生3720人。1870～1880年中，布道团花费了27万多圆为所属学校购买土地，修建校舍。这些学校有肖大学（洛利，北卡罗来纳，61000圆）、本尼迪克特学院（哥伦比亚，南卡罗来纳，16000圆）、卫兰德学院（华盛顿特区，33375圆）、利兰德大学（新奥尔良，路易斯安那，70000圆）、那什威尔学院（那什威尔，田纳西，75000圆）、那柴兹学校（那柴兹，密西西比，17000圆）。由于浸礼会一直强调为黑人培养教士，因而其属下的学校大多是神学院。
与其他教派一样，浸礼会在南方从事的黑人教育也是在敌视和经费拮据的状况下进行的，当然浸礼会的传教士和教师也表现出了同样的献身精神。到20世纪初，布道团属下的学校已发展到一定的规模。据记载，在麦克卫克博士负责布道团学校工作的15年中，学校数从8所发展到38所，教师从38人发展到200人，学生从1191人发展到5000～6000人。建起了35所建筑，学校资产达到100万。这确实是令人鼓舞的成绩，但学校的增多意味着更多的经费投入。面对各个学校日益增长的经费需求和来自其他教派学校的强有力竞争，布道团有时不得不牺牲教会其他方面的利益来成全其教育事业。在布道团的报告中不时会有一些对经费拮据的抱怨，如1929年的一份报告中说：“30年前一年一万圆可以维持一所12年级以下的能容纳400个孩子的学校；如今四万圆钱也维持不了一所300人的学院。”在经费拮据的时候，普通教育委员会给予了布道团慷慨的援助，从1908～1928年期间，总的援助款项为2224185.75圆。随着南方公立中学的发展，布道团逐渐减少了对其所属21所中等教育机构的资助，1930年其资助对象仅局限在9所学院上，它们是：本尼迪克特学院、主教学院马绍尔，德克萨斯）、杰克森学院（杰克森，密西西比）、利兰德学院（倍克尔，路易斯安那）、摩尔豪斯学院（亚特兰大，佐治亚）、罗格·威廉姆斯学院（孟菲斯，田纳西）、肖大学（洛利，北卡罗来纳）、斯白勒曼学院（亚特兰大，佐治亚）、佛吉尼亚统一大学（里士满，佛吉.尼亚）。1932年，布道团所属的学校只剩下6所，它们是：本尼迪克特学院、主教学院、杰克森学院、利兰德学院、摩尔豪斯学院和佛吉尼亚统一大学。
在布道团所资助扶持的学校中值得一提的是斯白勒曼学院，它曾获得“南方学院和中等学校联合会”的A级鉴定，在各教派举办的众多黑人学院中以质量优异著称。虽然斯白勒曼学院不直接隶属于布道团，但布道团在学院的发展过程中曾给予了大力的支持。斯白勒曼学院成立于1881年，由“浸礼会女子国内布道团”的两位白人妇女所创办，最初只是招收成年黑人女性的小学。在学校的发展过程中，洛克菲勒家族一直给予资金上的支持，佐治亚的黑人浸礼会教徒也曾捐助过学校。浸礼会国内布道团在1883～1932年间共捐助了330052.27圆，对学校的发展起到了极大的作用。斯白勒曼从一所小学发展成为南方令人瞩目的黑人女子学院，其间的成功来源于各方面资金，包括浸礼会国内布道团的支持，更来源于历任校长的出色管理。它不像有些黑人院校一样，顶着学院或大学的名字，没有提供学院课程的能力却提供名不副实的学院课程。斯白勒曼所提供的课程从没有超越过自己的所能，学校在拥有了称职的教师、图书馆以及各种能够承担学院课程教学的设施后，才成立了四年制的学院。1942～1943年度，学院拥有全日制学生411名。1941～1942学年度授予学士学位72个。
在为黑人举办高等教育的教会队伍中，长老会也是重要的一员。
1871年，长老会就为黑人开办了45所学校，拥有教师58名，学生4530名。1917年美国教育部有关黑人教育的调查表明，长老会下属85所学校，学校总资产为2151321圆。这些学校中有些成了能够提供高等教育的机构。
毕都尔纪念学院是一所成立于1867年的男子学校，最初主要是培养黑人教师和教士。其名字是为了纪念为学校提供捐助的一位先生，后学校改名为毕都尔大学。长老会非常注重学校的管理，在第二任黑人校长麦可克劳瑞博士的领导下，学校从名不见经传成为最知名的黑人高等教育机构之一。在麦可克劳瑞校长任职期间，学校吸引了大量的捐助，使学校的硬件设施有了很大的改观。1921～1929年间，宾西法尼亚州匹兹堡的约翰逊·史密斯先生为学校捐助了’702500圆，使学校有条件废除了中学部，将精力全部集中到四年制文理学院和神学院上。为了纪念史密斯先生的慷慨所为，学校在1923年更名为约翰逊·史密斯大学。位于北卡罗来纳州坎克德的芭泊——丝克蒂俄学院是一所女子学校，1932年这所学校成为附属于约翰逊·史密斯大学的初级学院，从而使学校成为男女同校的大学。1942～1943学年度，学校有全日制本科生400人，1941～1942学年度授予学士学位111个。
长老会还有两所初级学院：玛丽一艾伦初级学院和斯卫伏特纪念学院，1932年这两所学校学院层次的学生分别为125人和28人。位于宾西法尼亚的林肯大学虽不直接隶属于长老会，但它的前身艾仕曼学院却是1854年由长老会创立的。
此外统一长老会教堂为黑人举办的学校中有一所最终发展成为了高等教育机构，即位于田纳西州克诺斯威尔的克诺斯威尔学院，1932年此校获得“南方学院和中等学校联合会”B级认证。20世纪三四十年代，注册学生在300人左右。圣公会所属的学校中有一所四年制学院，3所初级学院，分别为圣奥古斯丁学院（洛利，北卡罗来纳）、河谷堡师范与工业学院（河谷堡，佐治亚）、圣菲利普斯初级学院（圣安东尼，德克萨斯）、圣保罗师范与工业学院（劳伦斯威尔，佛吉尼亚）。基督徒统一布道团也拥有能提供高等教育的初级学院：南方基督教学院和扎卫斯基督教学院，但这两所学院规模都很小，学院程度的学生不过几十个人。
罗马天主教会在内战后也曾积极投身于黑人教育，但其所办学校多为中小学，只有一所学校在二战前发展成为高等教育机构，即位于路易斯安那州新奥尔良的哉威尔学院，此校由中学一步步发展成为综合性大学。1931～1932学年度修读大学课程的学生为192人，十年后，仅授予的学士学位就达125个。