1932年12月25日，吴蔼宸一行抵达迪化。到位之后的“首决问题”是在公共浴室洗了一个热水澡。此后，拜会了新疆省政府主席金树仁，完成了履新之职。
1933年1月1日，省政府庆祝新年，宫碧澄、白毓秀、吴蔼宸作为来自内地的上宾出席庆典，并借此依次认识了新疆政界人士。一抵达迪化，通过了解新疆情况（特别是杨增新的遇刺以及遇刺之后的实况），借助阅读新疆地方史志文献，吴蔼宸以最快速度转换了位置，进入角色。伴随新鲜感而带来的成就感并没有持续多久，情况就发生了突变。闹市街头出现了政府公告：禁止谣言，违者枪毙。马上又贴出了安民告示，禁止市内外各族人民无故迁移。
1933年1月29日，吴蔼宸一行抵达迪化仅仅一个多月，大白天城门忽关闭，仅余东门进出，荷枪的商团协助守卫城门，如临大敌，店铺一律关闭，市面一片凄凉景象。很快就获悉，第二次进入新疆的马仲英所部，刚刚攻克鄯善，下一个目标就是迪化了。
2月21日，马仲英部前锋竟到达迪化的西大桥、红山嘴，并且与省军遭遇，发生激战。从此，迪化就处在战争状态，敌进我退，攻守胶着。《新疆纪游》的写作也进入了高潮。
3月3日，战况有所缓解，除南北门关闭外，东西各门已开，民众纷纷出城购买食物，吴蔼宸与宫碧澄、白毓秀一同去浴室洗浴。因全城煤炭缺乏，室温不足，水亦不热，浴室只得两人共浴一盆水。连浴室的伙计也被征调守城。“至城内食粮，尤形恐慌，贫苦居户有三家共分一死狗者，若不救济，将有饿殍矣。”
第二天，吴蔼宸目睹了战场景象：“余偕玉山（白毓秀）并公安局田科长随从警察两名，策马出东门，搬运残物者，络绎于途。过西大桥，前者屋宇栉比，今则一片焦土，男女尸体横陈，牲畜随处倒毙，凄凉景气，不亚古战场……归途在北门外，见难民无虑数百，内分四川帮、湖南帮、山西帮，在此颠沛流离之际，军队尚往强拉丁壮，且有任意掠夺情事。”
马仲英所部主要是回族军人，但迪化并未非如某些人预期的那样，将回族视为其内应，反而一视同仁，为南门的回族、维吾尔族民众共同发放了救济粮。
在战乱中，乌鲁木齐的居民不分民族、宗教都是受害者，当时各族精英为救急，成立了新疆慈善会，推举首倡者吴蔼宸为临时主席，并且立即行动起来，为了避免同室操戈（在城中出现内乱等于自毁长城），组织了四个粥厂。
围城期间，最可怕的不是城外的敌人，而是城中民众发生内讧。只要各民族齐心合力，外患不与内乱结合，一切尚有可为。
3月8日，“城门又闭，因距城十余里发现敌踪，人心又见紧张。某君语极奋慨，谓处于四面楚歌之中，无粮无炭无水，行将坐以待毙，家藏有手枪，愿举家以殉，为一人尽忠云云。盖阜城（阜康）因无援兵，开城投降。达坂城因陈总指挥调回，复行放弃，存粮数千石，拱手送人。吐鲁番存有大炮数尊，又未及带回。”在迪化，绝望情绪已经在蔓延：内无粮草，外无救兵，玉石俱焚是不可免。
同时，在左公祠以平价为百姓卖面，场面拥挤不堪，妇孺有挤毙者。于是，交由慈善会办理，每日定额供给白面一千五百斤，有关人员当即允诺。包尔汉出面介绍，南关维吾尔族巨商为慈善会会员共捐助了票银二万余两。
3月23日，慈善会召开委员会，公推外籍邮务长克气格为委员长，吴蔼宸及蓝彦寿（回族）为副委员长，胡进洁（福音堂牧师）、奚伯鼐（天主堂神父）、宫碧澄、白毓秀（党务特派员）、胡赛音、吐尔逊巴巴（维吾尔族）、马鸿祥（回族）、贺德元（商会副会长）为委员。吴蔼宸兼任总务，宫碧澄任会计，白毓秀任外勤，贺德元任宣传，奚伯鼐任医院，克气格兼任卫生，蓝、马、胡、吐担任组织南关分会。并聘请政府有关官员为本会理事，着手筹备设城内粥厂及医院事宜。
整个围城期间，慈善会起到了稳定社会，凝聚人心，消除隔阂，解救民众的作用。在困境中，慈善会会员本身不论宗教、民族，甚至不论中外，付出巨大牺牲。为防止瘟疫流行，外籍传教士的医院采取了对求医者来者不拒，有病治病，无病在隔离区外安排食宿的措施。5月24日，英籍传教士马牧师因劳累过度传染上了伤寒，死在病房。三天之后，5月27日，马牧师去世时身染伤寒的巴大夫，在病情反复几次之后，终于也一病不起。福音堂死去了两个外籍传教人员，迪化的难民失去了两个医术高超、医德垂范的医生，“何迪化人民之不幸耶？”马牧师来自英国，在迪化传教近二十年，最终长眠于此。伤寒固然可怕，两个外籍传教人员居然都是染病三天，便一病不起，其传染性令人谈虎色变，可吴蔼宸两次都亲自为殉难者送葬，他是想以此表达出对死者的敬佩，表达出必定能走出围城的信心。
在慈善会分工时，与吴蔼宸同来迪化履新的新疆省党部党务特派员白毓秀分工主持外勤。最终，在外出处理公务时白毓秀和两个随同的归化军（入籍的俄罗斯军人），在红山嘴被害。
关于白毓秀死因（究竟为何事、死于何人之手），吴蔼宸说的比较含糊，这也是不得已而为之。1933年4月12日，发生了新疆近代史上的大事，即“四一二”政变。通过政变，盛世才取替了金树仁。白毓秀无疑死于政变的部队之手。白毓秀的目的是解救难民；盛世才的目的是劫夺政柄。尽管当时他们的对立面都是马仲英，但他们实质也是水火不能相容的。
实际上，从在新疆政界崭露头角开始，盛世才就自觉不自觉地效法杨增新。但是，盛世才与杨增新面对灾难所取的立场迥异，杨增新是防患于未然，是釜底抽薪；而盛世才则是扬汤止沸，甚至是火上浇油。
这就是吴蔼宸亲历的马仲英部围攻迪化的整个过程。
有战乱对照，保持新疆稳定发展成为各族人民共识。8月，吴蔼宸在省府会议提出《整理新疆财政计划意见书》，以发展经济、改善民生为第一急务，提案经李溶、桂芬、张鸣远、吴钧廷（蒙古族代表）、贺德元（商会副会长）、通宝（满族代表）、阿宝（哈萨克族代表）、胡赛音（维吾尔族代表）、马鸿祥（回族代表）副署。这个意见书“集多数专家之意见，尽知开发新疆，交通最要，水利次之”。
在马仲英部败退南疆，迪化渡过围城时期之后，《新疆纪游》表述了痛定思痛的反思。刚刚平息战乱，当时的民国政府先后派参谋次长黄慕松、司法部长兼外交部长罗文干来新疆宣慰、视察。这两次活动，对于稳定政局起到了一定的作用。“新省各族人民，对于中央特派大员前来宣慰，极所敬仰，盼望尤为綦切，一般心理以为中央大员一经莅止，纠纷可即立解。”
1933年9月，吴蔼宸随罗文干赴伊犁视察，伊犁曾是新疆敏感的区域。但10月10日“罗部长向民众训话，人山人海，类皆维族，张师长与余亦有演说，概由舌人（译员）传译，维族阿訇答话，倾向中央之诚恳，溢于言表。”
在伊犁随罗文干赴视察之后，吴蔼宸1935年回南京述职，并写出《新疆纪游》一书，商务印书馆1935年10月初版，以后多次再版。其主要内容，曾译成英文在欧洲出版。
关于1933年马仲英部兵临迪化城下，有这样一个掌故：
迪化守城期间，天气阴沉，气温颇低。城内出现煤荒，公共浴室两人同浴一盆，被吴蔼宸称为“真千古未有之奇谈”，连刚刚成立的国民党新疆省党部都得用天棚杆当木柴取暖。以至有人向官方提议：在老满城掘取刘锦棠出任新疆第一任巡抚时期预先埋藏的煤炭。据说尽管是在新疆兴旺时期，可刘锦棠任新疆巡抚之后，就预料到未能完全排除战乱，一旦出现围城之灾，迪化将成为各民族的共同避难所，所以特意埋藏了大量煤炭，以备出现灾难时的急需。然而，在马仲英部围困迪化期间，危难并非因为缺乏燃料给养，而是来自内部。兵临城下的敌军进不进得了城，全在于民心所向。实际上，以刘锦棠的阅历，以他对新疆危机的果断处置，他当然知道预置燃料只是救急之方，而救不得根本，新疆消弭战乱的出路仅在于消除民族之间的隔阂与积怨。大难临头，有时候反倒可以视为转机，所有的新疆人都必须对生死存亡做出选择。这就是杨增新预言的：新疆治世是桃园，乱世是绝地。
马仲英最终没有能在新疆割据称王，有人说是因为最终苏联倒向盛世才一边，使得天平发生了倾斜。读过《边城蒙难记》，我的结论是：马仲英在迪化城下最终败北，不是败在了苏联的精锐机械化部队上，不是败在了东北军或归化军能征惯战上，不是败在了迪化城墙坚固上，而是败在了新疆各族民众面对战乱频繁、生灵涂炭，共同选择了齐心合力弃绝战乱。
可以说，作为外来人，从下车伊始吴蔼宸就陷入一场生死存亡的人祸。为解救在共同灾难中的各族民众，1933年3月15日，新疆慈善会正式成立，吴蔼宸被推举为临时主席。在阐述慈善会宗旨时，吴蔼宸开宗明义倡言：新疆民族虽多，宗教不同，“但真理则有一无二”。实际整部《边城蒙难记》表述的就是这个“真理无二”理念。
那场战乱过去已经七八十年，《边城蒙难记》的作者吴蔼宸以自己的信念与行动，为死在战乱、饥荒、瘟疫中的各族百姓；为殉难的福音堂的欧洲传教士马牧师、巴牧师；为不惜牺牲个人的白毓秀；也为了救济灾民不辞劳苦付诸行动的不同民族的商人、文化人、官员，构建了留存在乌鲁木齐人民心中的纪念碑。《边城蒙难记》等于一篇声情并茂、感人至深的碑文。