丝绸之路的命名
从当时中国以西安为代表的中心地带出发，沿着祁连山到甘肃的敦煌，从敦煌分成两路西进。南路由敦煌进入罗布泊西南方的楼兰，再分为南北两道绕过塔克拉干大沙漠，大漠南道为罗布泊→若羌→且末→尼雅（现民丰）→抒弥（现于田）→于阗（现和田）→皮山→叶尔羌（现莎车）→疏勒（现喀什）。大漠北道为罗布泊→渠勒（现尉犁）→龟兹（现库车）→姑墨（现阿克苏）→疏勒（现喀什）。北路为敦煌→伊吾（现哈密）→车师（现吐鲁番）→龟兹（现库车）→姑墨（现阿克苏）→疏勒（现喀什）。南北两条路都在喀什汇合之后，往西北越过吐尔尕特山口、往西越过喀拉别里或乌孜别里山口、往西南越过红其拉甫山口，翻过帕米尔高原，进入湿润温暖的中亚人口稠密地带，再辗转前往西亚或欧洲。
后来人们又发现了一条被忽视了的古道，这条路从敦煌出发，经过伊吾（现哈密），沿着天山山脉的北坡，经过镇西（今巴里坤）、古城子（现奇台）、庭州（现吉木萨尔），到赛里木湖边，南下伊犁河谷往西，或者北上越过阿拉山口往西，进入中亚草原，再辗转前往西亚或欧洲。这条北方的大道被称为“新北道”，其实论形成的时间，它一点都不比南边的两条路晚，只是被现代的专家们认定得晚而已（还有一种将经过吐鲁番的一条路称为“中道”的区分法，如果按南、中、北三路区分，则不会有“新北道”一说）。
这就是在19世纪末由德国地质学家李希霍芬命名的“丝绸之路”。在德国人胡特森经过多年研究的基础上撰写成专著《丝绸之路》以后，“丝绸之路”这个名称为世界所公认。
按流行的说法，丝绸之路是由西汉时代的张骞“凿空”而来的。其实早在张骞之前若干年前，处于新石器时代的古人就曾经通过这条大道传播过玉石文化，各色人等进行过物质、文化和人员的交流。张骞通使西域之后，这条大道被纳入官方视线，开始发挥更大的作用。从这个意义上讲，张骞对丝绸之路的贡献是十分重大的。
佛教的兴盛
远古时代的新疆人是信仰萨满教或者其他的原始自然崇拜的。据斯坦因在且末①一带的考古发现，2000多年前在那里生活的印度—欧罗巴人种的古人中流传着古希腊神话。
公元前138年，张骞受西汉朝廷的派遣第一次出使西域，此后在公元前101年，汉朝在轮台②、渠勒（今尉犁③县一带）设立“使者校尉”，专管屯田事务。当时从现在的阿克苏④地区一直到现在的若羌县⑤，都有汉朝军队组织的屯垦活动，而行政上已经控制了直到费尔干纳盆地的西域各土邦国。
那时候塔里木盆地有36个“国家”，最小的国家单桓国仅27户、194人。推测起来，当时西域各土著小国也跟着汉朝官员将士们祭天地神鬼。这种祭拜与他们中间流传的萨满教和祆教比较接近。
公元前6世纪至前5世纪，古印度迦毗罗卫国的王子悉达多·乔达摩创立了佛教。佛教创立不久，便在印度次大陆迅速传播，连现今的伊朗、阿富汗都是佛教十分兴盛的地方。佛教渐渐通过帕米尔高原，迅速进入天山南北的草原和绿洲。公元前2年，佛教传入中国内地，而在西域地区，接受佛教的时间肯定比这要早得多。
直到现在，在新疆各地最丰富多彩、最辉煌灿烂的历史遗迹，基本上都是佛教的遗迹。
西域的龟兹（今库车）、于阗（今和田）等古城几乎都是佛教文化中心，出现了诸多在佛学上造诣极深的高僧，其中在龟兹就出了一位年轻的佛教学者鸠摩罗什。中原地区的佛教徒渴望得到鸠摩罗什的指导，在这种强烈愿望的主使下，前秦的统治者符坚派大将吕光带兵攻打并占领了龟兹，将鸠摩罗什带到了内地。他先后在甘肃、陕西居住，翻译佛经、弘扬佛法，后来被尊为国师，定居西安。鸠摩罗什在70岁的时候（公元413年）在西安逝世，他将300多卷佛经翻译成了汉文，奠定了大乘佛教在中国内地的至高地位。
从佛教传入新疆地区，到公元10世纪以后******教传入喀什，佛教在新疆流行了1000多年。在这期间，中国内地一些对佛学痴迷的僧人，曾不断地来到这块地方学习佛教。那时候除了日本国向中国派出的“遣唐使”之外，没有“公费留学”这一说，到西域求取佛法的僧人都是“自费学者”，他们完全靠自己的努力战胜各种艰难，到西域各处寻找佛教学问家求教。
其中最出名的是唐朝初年的高僧玄奘，他从西安出发，经过丝绸之路漠北道，越过帕米尔高原到中亚，过阿富汗、巴基斯坦到印度，他拜师学法，博采众家之长而成为当时最大的佛教学者。
玄奘返回时途经丝绸之路漠南道，一路上被和田、尼雅、且末等地国王盛情相留讲经传教，在他离开西安19年后回到那里，翻译佛教经典，为佛教在东方的传播做出了巨大的贡献。除了求法传教，他的另一大贡献是由他口述、由他人记录出版的《大唐西域记》，这是世界上第一部内容庞杂充实的人文地理著作，记录了当时印度、中亚和新疆地区的社会与自然情况，成为今天人们进行历史研究时的主要工具书之一。
喀喇汗王朝和******教的传播
佛教在新疆地区流行的时候，在中国内地兴起了一个强大的王朝——唐王朝。唐王朝堪称当时的“超级大国”，奉行着与邻为善、向世界开放的政策，使得世界各国争相与唐王朝进行商业、文化和人员的交流。
那时候的航海业很不发达，人们只好依靠陆路交通，也就是丝绸之路进行交流。有文献形容，当时在丝绸之路上旅行的人一群接着一群，各城的驿站旅馆常常爆满。丝绸之路既然如此热闹，各种各样的人就会夹杂其中，信仰其它宗教的人也会在新疆地区留下他们的足迹。基督教早期的景教以及杂糅佛教、基督教、祆教而成的摩尼教等都在新疆留下了他们的遗迹。
公元9世纪中期，以回鹘为主体的部落联盟在中亚的巴拉沙衮建立了喀喇汗王朝。
在喀喇汗王朝建国第53年时，中亚阿姆河以南信奉******教的萨曼尼王朝，对当时还是异教徒政权并还很弱小的喀喇汗王朝发动军事进攻，攻占了喀喇汗王朝副汗奥古恰克的首都怛逻斯城，俘虏了王妃。奥古恰克被迫迁都喀什噶尔。
不久，萨曼尼王朝发生内讧，国王的弟弟纳斯尔发动政变未遂，逃亡到喀什噶尔避难。纳斯尔秘密地向奥古恰克的侄子沙土克宣传******教，使这个20岁的年轻人皈依了******教。
沙土克在纳斯尔的指导下秘密发展教徒，待到势力雄厚、羽翼丰满的时候，便杀死了把他抚养成人的叔父奥古恰克，于公元915年夺取了喀喇汗王朝的王位，自号苏里唐·沙土克·波格拉汗。
登上王位后，沙土克开始东征西讨，扩张******教势力。在中亚******教国家的帮助下，喀喇汗王朝统一了王朝内部，相继征服了天山以南的各个城邦国家，与发誓决不放弃自己的佛教信仰的于阗国进行了长达数十年的惨烈血战，最后于公元1006年消灭了于阗国，从此天山以南尽被******教所征服。但是这个时候的吐鲁番和哈密的回鹘人仍然信奉着佛教。
喀喇汗王朝存在了371年，后来发生了分裂，最终在1212年灭亡。
紧接着，大陆的腹地出现了挥刀纵马的蒙古人。当时的蒙古人虽然靠着骑兵统治了亚洲的大部分地区，但是他们仍然信奉着形成于原始宗教末期的萨满教。在他们成为中亚地区的征服者以后，首先面临着如何在文化上巩固统治地位的问题。
1347年，秘密皈依******教的秃黑鲁·铁木耳争得了东察合台汗国的统治权，下令汗国16万蒙古人和所统治的整个新疆地区都皈依******教。这时候的吐鲁番和哈密的回鹘人还坚持自己的佛教信仰，于是秃黑鲁·铁木耳汗的儿子黑的儿火者以圣战的名义，带领大军于1392年和1399年攻下吐鲁番和哈密。
到16世纪初，佛教势力已基本退出了哈密。以哈密佛教势力退出为标志，******教经过大约6个世纪的传播后，终于成为新疆地区的主要宗教之一。
藏传佛教、道教和东正教的并立
在天山北坡的巴里坤，汉文化自汉代起就一直绵延不断，道教和佛教一直香火不绝。由那里往西的准噶尔盆地周缘地区，卫拉特蒙古人一直坚持着自己的萨满教信仰。
1640年，巴特洪台吉木召集喀尔喀蒙古萨尔萨克图汗为首的东西蒙古31位首领，在和布克赛尔⑥的准噶尔古城会盟，制定了著名的《卫拉特法典》。虽然在此之前，卫拉特蒙古人就已经陆续接受了以黄帽派为主的藏传佛教，但《卫拉特法典》以法律的形式推行藏传佛教，对萨满教进行了限制和取缔。然而，萨满教在蒙古人中根深蒂固，要让他们完全放弃萨满教的信仰和由这种信仰形成的习俗是相当困难的。为了占领人们的信仰空间，黄教采取了灵活的策略，在宗教原则不变的前提下，广泛参与祭敖包、占卜、驱鬼等原属于萨满教的活动，形成了新疆特色的藏传佛教。
18世纪中叶，清朝军队平定了准噶尔部的叛乱之后，为了充实边防派遣信仰萨满教的锡伯人和达斡尔人到新疆驻扎。
19世纪70年代，陕甘回民起义进入新疆，占据北疆的天山北坡一带，与割据南疆的阿古柏势力相呼应。陕甘总督左宗棠率领湘军进入新疆平定叛乱，经过一年的战斗平定了新疆之后，大批的中国西部农民移民新疆。这些农民有汉族也有信仰******教的回族，他们混杂着居住在天山北坡农耕地带上。这时候进入新疆的还有天津杨柳青⑦的小商贩和山西的商人，天津人和山西人主要居住在北疆的城市中，但是为了做生意，他们中的一部分人又分散到新疆的各个角落。
19世纪中叶以后，沙皇俄国的势力迅速东扩，人数众多的俄罗斯人或臣属于沙皇俄国的中亚人来到新疆，以经商、搞实业、传教、发展教育等名义在新疆地区活动，带来了俄罗斯人所信仰的东正教。
新疆多种宗教并存的格局就如此这般地确定了下来，虽然历经世事沧桑，但新疆地区宗教分布的格局一直延续至今。
到1949年时，新疆13个世居民族中，维吾尔、哈萨克、回、柯尔克孜、塔吉克、塔塔尔、乌孜别克7个民族信仰******教，其中塔吉克族信仰******教中的什叶派；俄罗斯族信仰东正教；蒙古族信仰藏传佛教；锡伯、满、达斡尔三个民族信仰萨满教。
到了20世纪50年代以后，随着新疆的大规模开发，大批的内地人来到新疆支援边疆建设，形成现在新疆人中几乎包括了中国全部的民族，宗教信仰多元化。
①且末：现隶属新疆巴音郭楞蒙古自治州，地处昆仑山、阿尔金山北麓和塔里木盆地东南缘。
②轮台：现隶属新疆巴音郭楞蒙古自治州。
③尉犁：隶属新疆巴音郭楞蒙古自治州，地处天山南麓，塔里木河中下游。
④阿克苏：位于新疆西南部，地处天山南麓，塔里木盆地北缘。
⑤若羌：隶属新疆巴音郭楞蒙古自治州，地处塔克拉玛干南缘，是中国土地面积最大、人口密度最小的县。
⑥和布克赛尔：现隶属新疆塔城地区，地处准噶尔盆地西北部。
⑦天津杨柳青：现位于天津城西，距天津市16千米。