人和高等动物、植物一样，不论处于何种生活状态，只要还活着，就在不停地呼吸。人能屏住呼吸最多不过几分钟，时间稍长，就会窒息而死亡。
在呼吸过程中，又不能离开氧气。这同细菌相比，逊色太多了。
细菌具有高等动植物不具备的独特的呼吸作用。按照呼吸作用方式不同，细菌可以分为三大类：好氧型、厌氧型和兼性厌氧型。好氧型就同高等动植物一样，只能在氧气环境中生存，缺氧时则会导致死亡。而厌氧型就恰恰相反，它们只能在缺乏氧气或无氧环境中生存，氧气浓度稍高就无法生活。
更为神奇的要算兼性厌氧型细菌了。它们在有氧无氧环境中都能生存，但是它们在不同的环境中以不同的氧化方式获得能量。例如酵母菌。在有氧环境中，酵母菌进行有氧呼吸；在缺氧环境中就进行著名的发酵。发酵实质上就是无氧呼吸，分解有机物生成乙醇和二氧化碳。这就是我们用酵母菌酿酒的原理。另外还有一种硝酸盐还原细菌，在有氧时可进行有氧呼吸，在缺氧环境中进行无氧呼吸。
细菌具有十分独特的呼吸作用，这是高等动植物望尘莫及的。这些独特的呼吸作用，拓宽了细菌生存的空间环境，为细菌在生存竞争中得以生存立下了“汗马功劳”。
做为作为整个细菌世界来说，又增加了生存的机会。
许多细菌不惧黑暗，它们可以生活在没有一丝阳光的深海底，也可以生活在地球深层的岩石中，忍受高温和高压。
最近，科学家在美国爱达荷州200米的地下发现了一些微小的能产生甲烷的细菌，它们以氢为食物，喷出甲烷。和我们以前所知的地球生物不同，它们几乎不需要普通生物所需的营养成分，也不需要阳光和氧气，地下温泉周围含氢的岩石是它们的乐土，这些细菌构成了生态系统的最底层。
科学家认为，这种产甲烷的细菌属一种古老的细菌群体，适于在极端的环境中生存。地球早期氧气非常稀少，它们统治整个地球。