岳飞死后，按规定，尸体应该埋在大理寺监狱的墙角下。一个好心的狱卒隗顺冒险背着岳飞的遗体，走出临安城西北的钱塘门，偷偷埋葬在九曲丛祠旁，坟前种两棵橘树，作为标记。坟前立了“贾宜人之墓”的假墓碑，以便日后岳飞的后人认尸改葬。
岳飞父子和张宪被害后，临安城内到处都有人为他们喊冤，不少人为此泣不成声，连妇孺幼童都痛骂秦桧。为了封住天下人之口，秦桧下令把岳飞的罪状写成告示，布告天下，以使人们承认岳飞死有余辜。但是，告示贴到哪里，哪里就出现一片咒骂秦桧之声。大街小巷写满了对秦桧等人的咒骂。人民通过各种形式的悼念活动，表达了对岳飞父子的深刻同情和对高宗、秦桧迫害忠臣的强烈怨恨。在岳飞死后好几十年，江、湖之地的百姓，依然家家户户张挂岳飞的遗像，民间还流传着很多歌颂他的故事。
北方中原人民在金朝统治下，不能公开祭奠岳飞忠魂，往往秘密地进行祭祀。
为了消除后患，秦桧又大兴冤狱，冤狱蔓及所有与岳飞有瓜葛的人。岳飞全家和张宪全家都被流放到边远地区；岳飞的贴身校官****求等都被除名；曾任岳飞谋士的李若虚等十三人都被贬官流放；曾经帮助岳飞联络太行义士的高颖也被流放；以全家性命为岳飞担保的齐安郡王被革除爵位，赶出临安；王处仁、蒋世雄被革职、流放；进士智決被流放致死；李若朴、何铸先后被罢官；甚至连受过岳飞接济的宦官黄彦节也被视为岳飞的死党而遭逮捕。
总之，秦桧借岳飞之案大兴冤狱，不仅打击了岳飞的亲友，也扫除了一批坚决主张北伐的抗战派。
得知岳飞已死，金兀术非常高兴，立即批准了原先议定的宋金和约，派使者到临安签约，《和约》规定，金朝正式册封康王赵构为宋朝皇帝；宋向金称臣；金归还宋徽宗遗骸和赵构生母韦氏；宋金以西起大散关、东沿准河中线为界；割让唐州、邓州、商州、泗州和尚原、方山原等地给金国；宋每年向金纳贡银二十五万两、绢二十五万匹。
秦桧残害忠良、报效金国的全部目的都已达到。同时他因迎合宋高宗赵构怯战求和的心理而取得信赖和重用，把持宰相职位十八年之久。直至他死去，宋廷才任命新的宰相。
最具讽刺意味的是岳飞的敌人对岳飞的赞扬。金国使者在临安曾质问秦桧：“岳飞犯了什么罪而把他赐死？”秦检回答说：“畜意谋反，被部将告衣。”
金国使者冷笑着说：“你们宋朝只有一个岳飞善于用兵，而且他忠君报国。但是你们对待岳飞，就像当年项羽对待范增那样，这是你们失败的原因。”这是对赵构和秦桧的绝妙讽刺。
岳飞之死引起了朝野上下无数的同情。但是，悲愤的人们明白，只要宋高宗在位，只要秦桧当权，为岳飞鸣冤平反都会掉脑袋的。因此许多人沉默了。在秦桧死前的十余年中，几乎找不到公开为岳飞鸣冤的记载。等到秦桧一死，情况就发生了变化。
1155年，岳飞遇害后十四年，秦桧病死，从这时起，为岳飞平反的声音又响起来。为了平息舆论，赵构临退位前下达诏令，解除对岳飞遗属的处罚，允许他们离开流放地自由选择生活地点，但绝口不提为岳飞平反的事。
岳飞死后二十多年，绍兴三十二年六月，宋孝宗继位，孝宗曾目睹岳飞含冤而死，为了顺应民心，坐牢皇位，便接受了太学生程宏图“昭雪岳飞之罪”的奏请，七月便颁发了复官命令，为岳飞平反，恢复名誉。
后来朝廷下令寻找岳飞的遗体，并按隆重的葬礼，将岳飞遗骨迁葬于西湖边的栖霞岭下，即今日杭州岳墓所在地。隆兴二年（1164年）赐智果院力褒忠衍福寺，即为今日岳王庙前身。宋孝宗还下令在鄂州给岳飞建“忠烈庙”，后又追加谥（shi）号为“武穆”。