秦桧对岳飞的迫害首先从岳飞的得力助手张宪开始。岳飞离开岳家军以后，秦桧任命王贵担任都统制，把岳飞最信任的张宪任命为副都统制，又派心腹林大声担任监军。
将王贵排在张宪之前，秦桧是用了很大心计的。因为岳飞曾对违纪的王贵进行过两次严厉的处罚，一次是颍昌战役中，王贵一度怯战，岳飞要将他斩首示众，由于众将求情而免。第二次是王贵治军不严，他的部卒乘民居失火时窃取财物，岳飞发觉后，将违纪士卒处死，并按治军不严罪责打王贵一百军棍。秦桧认为这样安排可以扩大岳家军的内部矛盾。
秦桧陷害张宪所采取的第一个措施是收买王贵。他指令张俊对王贵进行策反。张俊把王贵叫到他的驻地试图进行说服，他首先提起王贵受岳飞处罚的两件事，想勾起王贵对岳飞的仇恨。但王贵却十分坦然地说：“岳元帅身为大将，治军赏罚严明，违反军纪受处罚是完全正确的。”王贵并没有上钩。张俊又使出第二招，他事先调查过，王贵家里曾发生过见不得人的丑事，便用此事来威胁，扬言如不服从就将他家的丑事传扬出去。王贵被逼无奈，不得不向张俊屈服。
制服了王贵，迫害张宪的阴谋就开始了。在岳家军中充当监军的林大声收买了张宪手下的一个叫王俊的下级军官，指令他诬告张宪谋反。谋反的内容是企图请岳飞重返鄂州并主持军务，万一请不回来，张宪就率岳家军移驻襄阳与朝廷相抗。岳家军内如有人不服从便一律斩杀。朝廷若派兵到襄阳征讨，张宪便投靠金人，借金人兵马杀退朝廷军队。一切都设计好之后，张俊就命王贵把诬告张宪的状纸呈上。王贵明明知道这是诬陷，但因自己的把柄抓在张俊手里，对张俊的命令不得不服从，不得已只好把状子交给林大声。林大声立即以最快的速度送到镇江府张俊手中。王贵这样做，实际上是出卖了共同战斗十几年的战友。
接到状纸后，张俊立即将张宪逮捕，然后迫不及待地进行审讯。按程序，开审之前，先由小吏进行开庭前的准备，由于枢密院开庭不合规矩，随军令吏刘仁兴、书吏严帅孟拒绝进行准备。
张俊无法，便下令他的亲信王应求进行非法准备。张俊亲自主审，想让张宪招认受岳飞指使意图谋反的罪行。
张宪痛骂张俊无耻，拒不承认谋反的罪名。张俊恼羞成怒，用酷刑威逼，把张宪打得血肉模糊，死去活来。但张宪仍然不肯屈服。
岳飞罢官后，不愿意继续留在临安，于是便告假回到江州的私邸暂住。当岳飞得知张宪被诬告，张俊逼供张宪承认受自己指使进行谋反的消息时，仍处之泰然，他知道张宪不会诬陷自己。自己从未做过反叛朝廷的事，问心无愧。况且像他这样的高级将领，没有皇帝的亲自过问，别人是不敢擅自处理的。他等待着面见宋高宗进行申辩。
长年在外作战的岳飞，终于可以乘此机会好好地享受天伦之乐了。岳云等兄妹都成立家室。三十九岁的岳飞正当盛年，已成为抱儿弄孙的祖父。
初冬十日，庐山天气已经非常寒冷。一天，岳飞正在室内练字，忽听仆人报“杨殿帅”来了。杨殿帅，即殿前都指挥使杨沂中，是禁卫军的长官，高宗的亲信。他为什么要到庐山来？岳飞大惑不解。
杨沂中进屋后就亲热地招呼起岳飞来。
岳飞见到杨沂中后，稍稍寒暄了几句，就开门见山地问道：“你到这来有什么事吗？”
杨诉中支吾着说不上话来，最后还是把秦桧亲手交给他的“堂牒”递了过去。
岳飞看着“堂牒”，陷入了沉思中。这时，丫环捧出托盘，向杨沂中献上了一杯酒。杨沂中产生了怀疑，这是毒酒，还是美酒？难道岳飞看出了自己来传堂牒的不良企图？最后，杨沂中还是强作镇定地将酒喝干了。
这下，岳飞便相信了杨沂中此行并无恶意，不禁对他放松了防备。但长子岳云担心父亲安危，坚持要一同前往。
杨沂中趁机将朝廷召岳飞赴阙的事胡扯了一通。
岳飞便整理行装上路了。岳飞深知此行吉凶难以预测，他对秦桧的奸险已有充分的认识，但是对高宗的居心叵测却没有警惕。何况他自恃言行坦荡磊落，没有什么可落人把柄的。因此心里虽然有些不安，但却无所畏惧。
岳飞二人乘轿一进临安，杨沂中便乘机会偷偷地溜回家去了，而抬着岳飞的轿子却继续朝前去了。
岳飞下轿后，立刻明白上当了，此刻他不是在朝堂，而是在大理寺。他气愤地大喊一声：“为何要把我带到这来？”可是没有人回答。岳飞正在焦躁地徘徊，突然闯进来几个恶狠狠的狱吏，他们瞪着眼睛对岳飞说：“这里不是相公坐的地方。御史中丞等着你去对证一件大案，快到后厅去。”
岳飞愤怒地说：“我为国家卖命，不惜性命，为什么要到这种地方来！”狱吏不由分说地催促他到了一处厅堂，只见张宪和岳云，官服已被剥去，戴着沉重枷锁，露着身子，打着赤脚，浑身都淌着血，场景令人惨不忍睹。
岳飞简直无法相信自己的眼睛，心如刀绞，满腔悲愤。
这时，一个狱吏用杖子击地，向着岳飞大吼一声。
岳飞这才明白，原来自己已不再是十万雄师的统帅，而是阶下的囚犯。岳飞不禁仰天长叹：“我为国家如此效力，却被送到这里受审，这究竟是为什么？”
来到大理寺后堂，走到一个拐弯处，岳飞看见张宪戴着枷锁，赤脚露背，满身血污，遍体鱗伤，目不忍睹，心中悲愤至极。他抑制不住自己的悲愤，大声呼叫着，情绪异常的激动。
曾带领十万雄师力挫金兵的军事统帅居然成为他日夜忠心捍卫的南宋王朝的阶下囚，他怎么能够理解呢？
岳飞一案最初由御史中丞何铸和大理寺卿周三畏主持。岳飞进到大堂，张宪和岳云的惨状还历历在目，面对这严酷的事实，岳飞迅速冷静下来，认真地听取何铸、周三畏的讯词，又有理有据地一条一条地驳斥王贵的诬告。审判官最后都无言以对。
当何铸要他交代“谋反的罪行”时，岳飞一气之下撕开衣裳，袒露出征战沙场的遍体伤疤和背部深入肤理的“精忠报国”四个大字，何铸顿感震惊。他曾经接受秦桧的指使弹劾岳飞，但是他良心未泯，在接受这个案件时，曾仔细地审阅卷宗，觉得没有一条罪名是能成立的。现在又看见岳飞背上的“精忠报国”四个大字，他终于醒悟过来：岳飞是无辜的，不能再审理这个冤案了。他找到秦桧，建议终止审讯。
秦桧当然知道这是一个冤案，但他制造这个冤案的目的就是要杀害岳飞，是不可能终止审讯的。他对何铸说：“这是皇上的意思，我们照办就是了！”
何铸无奈，立即辞去了审判官的职务。辞别时，何铸对秦桧说：“我并不是站在岳飞一边说话，现在大敌当前，无缘无故地将功劳卓著的大将置于死地，前方将士会多么伤心，为国家长治久安着想，也不应该这么做。”秦桧哪里听得进去，便改派自己的心腹万俟卨为审判官。
万俟卨是一个奸诈小人。当初他曾在岳飞手下做过事，岳飞斥责过他的心术不正，他知道在岳飞手下难以升迁就投奔了秦桧，很快得到秦桧赏识，他接受审理岳飞的任务之后，认为泄私愤、求升迁的机会到了，便把一切卑鄙伎俩全都施展出来。
万俟卨给岳飞编造了一条又一条毫无根据的罪名，岳飞一条一条地据理加以驳斥。最后万俟卨气急败坏，开始使用酷刑。狱卒的刑棍一下一下地打在岳飞的脊背上，刻在他背上十八年的“精忠报国”四个大字都被打得模糊不清了。
岳飞有生以来第一次彻底明白了“欲加之罪，何患无辞”这句话的真正含义。他顿然醒悟了，也沉默了，任凭万俟卨如何施刑，他也不肯招认，也不再辩解。
在以后屡次的审讯中，尽管万俟卨用尽酷刑，也仍然无济于事。
于是万俟卨绞尽脑汁罗织了岳飞大量的“谋反罪行”：第一是岳飞与部将议事时扬言：“国家今天景况不好，官家又不修德”，显然是攻击当朝皇帝；第二是岳飞曾扬言：“我三十二岁就名扬天下，自古少有”，显然是对大宋江山怀有野心；第三是岳云曾致函张宪，要张宪设法把岳飞弄回军中来，意图谋反。
岳飞入狱，引起许多人的同情和愤怒。一个叫隗（wei）顺的狱卒无微不至地关照着岳飞。另一位狱卒点化岳飞说：“我一直认为岳飞是忠臣，今日一看，竟然是逆臣！”岳飞不明其意，一再追问。这位狱卒说：“你精忠报国，功绩卓著，毫无不忠之处，却遭此残酷对待，你被释放之后，一定会感到冤屈而造反，一造反岂不成为逆臣？”这句话的意思是说，你的冤案要一冤到底，不可能留你的活命，应该早做打算。岳飞不知是否理解了狱卒的点化，但是，狱卒的话肯定触动了他的神经，他悲愤填膺，从此之后只求速死。
岳飞的冤案震动了朝野内外，正义之士纷纷上书营救。齐安郡王面见赵构，恳求释放岳飞，自愿以全家百余口人的性命做担保。进士智決和布衣刘允升、范澄等分别上书高宗，为岳飞鸣冤。范澄明确指出，“将帅之间互相残杀，无异于为逆贼报仇”。参与审判岳飞案件的大理寺少卿薛仁辅和大理寺丞何彦猷、李若朴维护公道，力主保全岳飞的性命。
老将韩世忠为了躲避秦桧的迫害，早已退隐故里，几个月来闭门谢客，绝口不言兵事，岳飞的冤案使他再也不能沉默了，他赶到临安当面质问秦桧：“张俊的指控究竟哪一条是真的？为何要陷害他？”
秦桧模棱两可地回答说：“莫须有。”韩世忠被这句话气得按捺不住，大声训斥道：“只是‘莫须有’三个字，这如何能向天下人交代？”然而，他的这些抗议都是徒劳的。
秦桧怕事态扩大，不好收场，要求迅速结案。万俟卨苦思冥想，反复比较，最后给岳飞安上了三条罪名。第一条，指示张宪谋反；第二条，淮西危急，坐视不救；第三条，污蔑高宗赵构不修德。这三条中的任何一条都能构成死罪。
当确定量刑时，李若朴等陪审官主张判处岳飞两年徒刑，万俟卨却坚决要将三人判处死刑，尽管李若朴等据理力争，但万俟卨坚决不听，定要置岳飞于死地。
在绍兴十一年（公元1141年）的十二月二十九日，万俟卨等通过秦桧，匆匆报上一个奏折，要将岳飞处斩。
高宗将大理寺的定案报告进行了修改。将岳飞的“斩刑”改为“赐死”（自杀），将岳云的判决由三年徒刑改判死刑，暴露出高宗对岳飞父子无比的仇恨心理。
当天，大理寺执法官秉承高宗、秦桧的命令，最后审讯了岳飞。只见他蓬头赤脚，浑身血迹，戴着沉重的镣铐走上堂来。执法官们二话不说，命他在供状上画押。
岳飞知道自己生命的最后时刻已到，心怀至忠，无法申辩，于是便从容地拿起笔来，在供状上写下八个大字：
“天日昭昭，天日昭昭。”
接着，岳飞接过狱卒手中的毒酒，一饮而尽。张宪、岳云当即绑赴刑场斩首。就在这一天，即农历除夕前一天，我国历史上的伟大民族英雄岳飞，在临安大理寺中遇害，时年三十九岁。岳云仅二十三岁。