江浙联军在镇江集结准备南京之战时，张仁奎和徐宝山的关系已经相当密切，张仁奎常称呼徐宝山为“师哥”或“大哥”，而徐宝山也对张仁奎十分重用，徐宝山视张仁奎为麾下第一员猛将。所以组建联军时，徐宝山力荐张仁奎作为先锋。当然，这也因为徐宝山手下多是黑道流氓，似张仁奎这般骁勇善战的人物，数来数去也只有马玉仁。但马玉仁性格慎重内敛，而且不喜欢在军中称兄道弟，更不如张仁奎豪爽好义，因此徐宝山对待马玉仁就不像对张仁奎那么倚重。然而，张仁奎虽然还当徐宝山是大哥一样敬重，却也发现随着徐宝山的势力越来越大，徐宝山的野心也越来越大，他拥兵自重，简直将江浙一带看作是自家的后花园。张仁奎隐隐有些担心，当初自己追随马凤山闹义和拳失败了，如今追随徐宝山闹革命，不知道结果又会如何呢？
南京之战前，江苏的苏州、常州、淮阴、扬州和上海、浙江等地都已经成功光复，东南重镇中只有南京仍在清军掌控中，袁世凯发给张勋的电报中说道：“东南半壁，悉赖我公。”可见南京一战是辛亥革命胜负关键的转折点。
同时，武汉地区革命军正处在十分不利的形势，这也给南京之战造成了更大的压力——南京倘若不能顺利光复、武汉又要丢失的话，那么，革命军恐怕将会一蹶不振，全国的革命形势会遭到灭顶之灾，甚至可能就此瓦解。
但是，联军虽然集结了江浙各地约14000兵力，却是结构松散，内部矛盾重重。徐绍桢虽然是名义上的总司令，但在临时组织起的江浙联军中，徐绍桢威信根本就不高，并没有完全地掌握实权。在联军中占数量最多的镇江军里，一部分原属于新军的部队只服从林述庆，一部分原青洪帮的弟兄们更听从徐宝山的指挥。
江苏军3000人，听命于刘之洁。
浙江军也是3000人，听命于朱瑞。
其他还有淞、沪、江阴等地的部队和小股起义海军，都是各有各的心思。
徐绍桢本人丢不下旧式官僚的架子，自己曾经在南京失利，更觉得没有脸面指挥联军进攻南京，对这一战实在是信心不足。
反观南京城内的清军，有江防营、巡防营以及铁良率领的八旗兵，共计兵力也只不过有2万人，皆听司令张勋指挥。南京城墙又高又厚，还有乌龙山、幕府山、雨花台、富贵山和紫金山天堡城等要塞环卫，易守难攻。之前徐绍桢率领第九镇攻宁，就是在雨花台铩羽而归。
江浙联军光复南京的第一枪就是在1911年的11月24日打响的。
这天夜里，右路淞军和一营浙江军，乘15艘海军兵舰直趋位于城北的乌龙山麓沿江炮台。南京的炮台总台官成鲲和乌龙山炮台的汪龙高早就和革命党人有秘密联系，约定作为内应。联军几乎不费吹灰之力就迅速占领了乌龙山炮台。淞军指挥黎天才还没来得及享受胜利的喜悦，幕府山炮台守军中的革命党人王绍先就匆匆忙忙送来密报：张勋正在调遣人马向幕府山增兵。
黎天才当机立断，下令一鼓作气急行军。
25日晨，淞军以迅雷不及掩耳之势突袭幕府山炮台，打了清军一个措手不及。驻守炮台的清军士兵大多毫无斗志、弃械投降。幕府山炮台很快被攻克。联军连得两座炮台，声威大震，许多原本就同情革命的清兵将领见革命势不可当，纷纷率部来降，下关的东西两座炮台和水师营40艘旧式战船相继归顺。
本来张勋为防备炮台官兵起义，下令将不少炮闩卸下藏在军舰上，水师营这一投降，正好来了个完璧归赵。至此，江浙联军控制了南京北面沿长江的制高点炮台和附近江面。革命军利用炮台向清军北极阁司令部、狮子山炮台以及仪凤门发炮轰击。
起义的海军也在江上响应。双方展开激烈的炮战，一时间火光冲天、炮声隆隆。
如此鏖战一天一夜。
26日刚入夜，清军派来几艘小火轮船，企图登陆反击，被江面上的起义海军拦截，双方展开海战，清兵落荒而逃。与此同时，清军还派了一拨陆军奇袭，意图趁革命军分神江面时，神不知鬼不觉地夺回炮台。
然而，黎天才早就防着这一招儿，命令一队步兵早早埋伏在下关宝塔桥畔的芦苇丛中，清兵一到，反被革命军“奇袭”。夜色芦苇，是联军战士最好的掩护，敌兵不知革命军底细，一受伏击，以为被大军包围，匆匆忙忙作鸟兽散，哪还有半点恋战之心。
如此激战了数日，12月2日，狮子山炮台竖起了白旗。清兵向联军投降，黎天才带领淞军由下关进仪凤门入城，之后又占领了清凉山炮台。这一场战役，清军失去了沿江炮台的火力屏障，而江浙联军却占领了南京所有的制高点炮台，可谓是南京一战的重大转折点。
同时在11月24日展开军事行动的中路浙江军一路向南京东郊进发，朱瑞带领的3000浙军进至马群时遭遇了张勋亲自率领的清军主力2000人，双方鏖战两天两夜，革命军歼敌千余人，张勋见势不妙悄悄溜走，浙军一直追杀到孝陵卫，击毙清军巡防营首领王有宏，攻占了孝陵卫，前锋直达紫金山一线。张勋恼羞成怒，下令将俘虏的一个名叫查增祥的革命军士兵剖腹剜心“祭奠”王有宏。
26日，张勋再次带领1000清兵，疯狂反扑幕府山、孝陵卫。徐绍桢此时已经带着联军司令部的人来到四棵松高地督战，浙江军、镇江军、江苏军相继会合，朱瑞身先士卒，冲上火线奋勇杀敌。不料这天下午，浙军右翼炮队队长投敌，帮助清军伪装成江苏军偷袭浙军，一部分浙军士兵不明敌情，竟然临阵脱逃。
浙军参谋长吕公望，是光复会的会员，也是策动浙军起义的主要人物，在这危急关头，他召集士兵，以国家、民族大义相劝说，情辞恳切地言道：“我们今天来这里打仗，不同以往，不是为了皇帝和大官，是为了我们自己，为了家乡的父老乡亲、同胞手足。如果逃走，能逃到哪里去？你们还想过以前那种当奴才的日子吗？我们已经打到了南京，难道就这样回去？回去有什么脸面见父母亲人？”
众将士听了，无不点头称是。稳住了军心，吕公望遂带领浙军奋勇抵抗清军，然而敌众我寡，情势十分危急。
王庆文率预备队沪军一营、谢祖康率骑兵队赶来增援。王庆文、谢祖康向吕公望询问战况，吕公望语气坚定地回答了四个字：“我军必胜！”
谢祖康被吕公望的豪情感染，提议：“何不趁现在吹起冲锋号？”
指挥官们一致赞同。霎时，慷慨激昂的冲锋号声响彻战场，浙军士兵们见援兵赶到，士气大振，顿时杀声震天、势不可当。
清兵本来无心恋战，见到革命军个个英勇无畏，先有了几分怯意，又听到冲锋号嘹亮，似乎有大批人马来援助浙军，顿时个个心惊胆战，溃不成军。
据说当时清军中“人如潮涌、马似山崩，互相践踏者不计其数”。联军乘胜追击，直打到城门口。清军退入城墙内，再不敢出来应战。
那么，和淞军、浙军几乎同时出发的张仁奎去了哪里？
徐宝山所率的扬州军和张仁奎所率的一部分镇江军与之前我们提到过的李竟成一起，奉命进攻浦口断敌退路。在11月28日他们行军到六合县县城，非但没有遭遇清军，还受到城中各界人士的夹道欢迎，百姓们“箪食壶浆，欢声雷动，悬灯欢迎”。
张仁奎此时已经四十多岁，可他感受到老百姓的热情拥护时，仍然心潮难抑、热泪盈眶。张仁奎等人在六合县稍作休整，组成“镇军江北支队”于29日向浦口挺进。
浦口镇正是张勋的老巢，驻军四千余人、大炮二十门。在兵力上双方旗鼓相当，但是敌军火炮威猛，江北支队处在劣势。
30日下午3时许，双方在龙王山、宝塔山一带交兵，炮火枪声隆隆，所幸“唯（张）勋军放炮不准，弹多飞越，而开花者尤少”。幸亏张勋手下的炮兵不中用，张仁奎带领敢死队冲在最前面，迫近敌人，使清兵不敢贸然发炮，至夜晚10点钟左右，清军炮兵停火，也是因为敌军伤亡二三百人中，大半死于自己的炮火。
双方展开近身搏杀，到了半夜12时，革命军几乎弹尽粮绝，但张仁奎勇武不减，一把大铡刀上下翻飞，杀敌犹如砍瓜切菜。这时天忽降大雨，敌人的枪弹也不管用了，只得亮出白刃招呼，漆黑的夜里喊杀声惨叫声乱作一团，偶然电闪雷鸣，照亮战场一隅，只见血光满眼、尸横遍地，仿佛人间炼狱一般恐怖。
这样激战了一夜，后勤保障跟不上，许多革命军战士饥寒交迫，斗志渐失。
张仁奎正为弹药不足发愁呢。
李竟成赶来告诉他：“锦湖，刚才我清点人数，发现徐宝山带着十二圩的人马往六合县撤走了。”