智顗渡船，一路带来荆州，在这里，他建立了自己流传后世的又一个道场——玉泉寺。
而从此以后，智顗被世人尊称为“智者”大师。在荆州，流传着一个关于他点化关羽的传说。
关公之所以成为佛教护法，有一个说法是，关羽兵败后，按照当时人们的说法，是没得到善终，所以化成厉鬼。直到智者大师来到玉泉山，他想在山上盖寺庙，但山上地理情况极为复杂，有很深的积水潭和沼泽。一日，智顗在山上念经，忽然无头的关羽、关平、周仓的魂魄来到此处，大呼：“还我头来！”智者说：“你嚷着要还你的头，那你所斩的五关六将的头谁来还呢？”经过智顗的点化，关羽大彻大悟，并答应智顗，在七日内修建好寺庙。
果然，在许多天兵天将的帮助下，寺庙建成，使关羽的形象由厉鬼变成了护法神，并最终被人们塑造成至神、至圣的武圣人。
总之，学佛修行重要的是要善护念一己道业，每一个起心动念都要清楚、明白、做主，使六根不染六尘，令三业清净。然而，在修行道路上难免遇到魔瘴及违顺境界——除了考验自己的道心以及大善知识的指点迷津之外，更需要韦驮菩萨、诸天神将、护法龙天……等大力护持，藉以降伏魔外，令修行人无障无恼，安心办道。
扩而言之：我们每个人不但应当自己的韦驮菩萨、伽蓝圣众，更要发心当大众的韦驮菩萨、伽蓝圣众，护持佛法而让正法永住，尽未来际，永不退转！
智者大师初来荆州的时候，家乡人扶老携幼拿出最高的礼遇来迎接他。弟子灌顶后来记述，当时或有四五千人，他设道场宣讲《法华玄义》、《摩诃止观》，这应该是他首创天台宗道场。
他将释迦佛法用自己的方式创立了天台宗，依据慧思师父留下来的止观禅深化了中原自佛理。《法华玄义》是对《法华经》的理解，《摩诃止观》又是专讲禅法的。摩诃是梵文，意为大，“止”为停息，“观”是智慧，是指教理与修证两大部门，称教观二门。
当时，正赶上当地大旱，庄稼眼看就要干死，土地也裂开了口子。智顗发誓要为家乡消除灾害，他登上山顶，静坐入定。一会儿，天空阴云密布，接着大雨滂沱，直到沟平壑满。
荆州总管王积听说后，前去拜见。当时，智顗正高坐在法座上，神情严肃，不怒自威。王积后来对人说：“我久经沙场，勇震三军，不论遇到什么危险，都不会惧怕。但看到智顗大师时，却自然心生敬畏。”
智者大师在荆州一住就是四年，他一心创立天台宗。在江都，他只是杨广的师父，处在那个位置，恐有皇子家僧的嫌疑。而如今，他自由自在，在玉泉寺，他广收弟子，宣讲天台宗法。
隋开皇十二年，晋王杨广应师父智者的奏请，将这个道场起名“一音”，后来，智者送上新建寺庙的珈蓝图，还有相传是外国献给梁武帝的珍贵“万春树皮袈裟”。隋文帝钦赐匾额，将此寺更名为“玉泉寺”。
但不久后的一天，智者正与人下棋，杨广差人送来书信。信中道明了他对师父的想念，希望前往江都慧日道场一见。智者回信婉拒，不想杨广又三番五次来信，并派人迎接，说一定要见到师父智者。
推辞不过，公元595年，智者还是应杨广之约来到江都。他是一个禅师，始终做不了权贵们的笼中鸟，杨广期望他的讲座能够汇聚江南的名士，因而给他制造结交的机会。而智者却始终不愿住进杨广所设的慧日道场，他先到金陵栖霞寺落脚，后又转到禅众寺入住。
杨广一直与智者保持着书信来往，他自己也说明过自己的行为不太妥当。但智者回信，赠其一本《维摩诘经》的注解，一本《净名经疏》。后来又为杨广别制《玄疏》，每每想起与智者初遇在庐山寺庙山门的那个夜晚，他对智者又做过什么呢？他一生利用别人无数，困住智者，恨不能将他永世留在江都作为他笼络世人的棋子，这对智者又是何其的残忍。
天台山是他终老之地，心情相当悲凉。隋开皇十六年（596年），智者终于致信杨广，恳求离开江都。他写道：“进出期既断，法门亦绝。”
杨广连忙赶回江都与智者见面，见智者心中悲凉，恨声告辞，只得应允。
回到了天台山的智者，如见到了活水的游龙，各方人士邀请其到自己的道场进行弘法，但都被他拒绝了，他只带着灌顶等弟子，安心专研经文。
时光匆匆付流水，开皇十七年（597年）的智者，十月初，他派人将剩余的几卷《净名经疏》送往杨广处。一场大病，使年近六十的智者陷入了整日的昏睡，清醒时，他对弟子口授《观心论》。不过数日，杨广再次遣使邀请智者前往江都。智者带病上路，后病重实在不能支持，走到石城寺，再也无法前行。
当月二十一日晚，智者口授遗书并亲写四十六字给杨广，嘱请杨广为南岳大师慧思作碑颂，又“乞废寺田为天台基业”，“为作檀越主”。智顗说：“此等之事，本欲面咨，未逢机会奄成遗嘱，亦是为佛法、为国土、为众生。”
信中夹着他画的一副天台山珈蓝图，信中恳请杨广在此修建禅院，取名“国清寺”，意寓“寺若成，国则清”。
这一年的冬天格外的冷，渡过六十载春秋的智者大师忽然对弟子们说：“观音大士、大势至菩萨都来了，他们是来迎接我的，我就要走了。”
弟子们听了都十分悲痛，他们问：“师父走了，以后谁来领导我们？”
智者说：“我走了之后，波罗提木叉是汝之师（遵守戒规）；四种三昧是你们修习的指导。”然后他对堂前的维那说道：“人命将终，闻着了钟磬的声音便可以助其正念，声音要长，要久，一直到呼吸完全停止为止，至於哭泣、着服都不需要。”
大师叮咛告诫弟子毕，念三宝名，如玉禅定，端坐而逝。
天乡寺的慧延法师听说智者大师圆寂，哭得非常伤心，他想要知道大师往生的地方，就发愿书写法华经，以祈求大师告诉他。有一天，他梦到智者大师跟随着观音菩萨从西方来，安慰他说：“你的疑虑之心现在可以消失了吧？”其他感应的灵异还有许多，世人皆称这是大师给予弟子深情的遗爱。
智者四十余年的出家时光，一生著作很多，主要有《法华玄义》、《法华文句》、《摩诃止观》各20卷，是为天台宗的代表性著作，其中有“三大部”、“五小部”之称。三大部即《法华玄义》二十卷、《法华文句》二十卷、《摩诃止观》二十卷。此三部皆为智者大师口述，其弟子章安、灌顶记录成书的。此三部乃博大精深之作，是创立天台宗思想的理论基础。五小部即《观音玄义》二卷、《观义疏二卷》二卷、《金刚明玄义》二卷、《金光明文句》六卷、《观经疏》一卷。此外，还有《四教仪》十二卷、《四念处》四卷、《法界次第初门》三卷、《任王经疏》五卷、《菩萨戒经》一卷、《阿弥陀经义纪》一卷、《净七十疑论》一卷等。
智者大师的一生，除了讲经著述之外，造寺二十六所，大藏经十五藏，亲手度僧一万四千余人，造方舟檀、金、铜、素画像八十万躯，传弟子三十二人。三十二人中以章安灌顶为上首。
智者大师一生为陈、隋两朝奉为国师，不仅备受僧侣界之景仰，也得到了帝王、学子乃至平民的尊重，人格之伟大有目共睹。
智者大师去逝的次年，杨广遵其遗嘱，在天台山建寺，初名“天台寺”。公元605年，杨广即位，史称隋炀帝，颁诏改“天台寺”为“国清寺”。自此“国清寺”作为天台祖庭，晨钟暮鼓，香火梵音，一直绵延至今。
国清寺的僧人们至今保持着凌晨四点坐禅、六点礼佛，下午两点吃饭，晚上再修禅功的传统，已经有一千四百多年的历史。