公司在“应交税费”账户下开设“应交增值税”子账户；在“应交增值税”子账户中，再开设“进项税额”、“已交税费”、“转出未交增值税”、“销项税额”、“进项税额转出”、“转出多交增值税”。
公司在“应交税费”账户下开设“未交增值税”子账户，通过该账户核算公司月终时转入的应交未缴或多缴的增值税，该账户的期末借方余额反映多缴的增值税，贷方余额反映未缴的增值税。
实现简易办法计算应纳增值税额的小规模纳税人可以在“应交税费”科目下设“应交增值税”子科目，可沿用三栏式账户，核算公司应缴、已缴及多缴或少缴的增值税。
这样的明细账户体系，为增值税复杂的核算过程创造了条件。企业可根据与增值税相关的事项，按设置的明细账户编制记账凭证，并进行账簿登记工作。通常来说，如果企业正确编制了记账凭证，按记账凭证标注了各专栏，每个月末，即可通过借方、贷方各专栏合计数间的差额来确定应缴增值税的数额。即：若应交增值税账户借方的“进项税额”、“已交税费”两栏的合计数大于该账户贷方“销项税额”、“出口退税”和“进项税额转出”三个专栏的合计数，则本期已缴的税金大于应缴的税金；否则为本期应缴的税金大于已缴的税金。若发生了借方余额，即为企业多缴或尚未抵扣的增值税额；而贷方余额则为企业尚未缴纳的应缴增值税，前者可以抵扣以后各期的应缴增值税，后者则应在纳税期限后的规定日期内及时上缴有关税务机关。
若为小型企业，“应交税费”会计科目改为“应交税金”。