‘我欲讨国奸臣，洗涤朝廷，事成不退，亦误矣。若取我首献天子，可得富贵，毋为他人利。’言：巢出也，不忍。巢乃自刎，不殊，言因斩之，及兄存，弟邺、揆、钦、秉、万通、思厚，并杀其妻子，悉函首，将诣溥。而太原博野军杀言，与巢首俱上溥，献于行在、诏以首献于庙。”这种说法比较详细地描写了黄巢兵败被杀的过程，认为林言不忍下手，黄巢最后自刎未遂，才由林言受托毙其命。
一说黄巢兵败后遁逸为僧。这种说法主要以野史、笔记小说为依据，认为起义军战败后，黄巢没有死，而是虎口脱险，做了和尚，并得以善终。其理由是：官修或钦定的史书决不敢直书黄巢遁逸得脱之类的事，两唐书、《资治通鉴》等史书的记载值得怀疑，借助于野史、笔记小说的零碎记载，从中可以寻找更符合事实的答案。
宋朝邵博在《河南邵氏闻见后录》卷十七中，早已指出：“唐中和四年六月，时普（溥）以黄巢首上行在者，伪也。东西二都旧老相传，黄巢实不死，其为黄巢退出长安的作战图尚让所急，陷太（泰灿狼虎谷)，乃自髡为僧得脱，往投河南尹张全义。”从实情看，若说林言杀黄巢于狼虎谷，献首于徐州，两地相距约五、六百华里，快马也要三天路程，而徐州至成都行在所，相距三、四千里，马不停蹄，日夜兼程，也需二十天。当时又值盛暑，“函首”恐怕早已腐臭不堪了，更何况黄巢兄弟六七人，难言其中就没有与黄巢状貌类似者。
宋朝人王明清《挥麈后录》转引陶谷《五代乱离纪》说，黄巢遁逸后视发为僧。有诗云：“三十年前草上飞，铁衣著尽著僧衣。天津桥上无人问，独倚危栏看落晖。”邵博也说，他曾多次到相传黄巢舍居过的洛阳南禅寺游览，见壁上画有黄巢服僧衣之像，“其状不逾中人，唯正蛇眼为异耳”。据时人说，寺中更有故写真绢本尤奇，黄巢题诗其上云：“犹忆当年草上飞，铁衣脱尽挂禅衣。天津桥上无人识，独凭栏干看落晖。”尽管另一位来人赵与时在《宾退录》中指出，流传的所谓黄巢诗作，是取唐诗人元稹的两首《智度师》诗拼合而成，但他对黄巢有可能遁逸并未加以否定。
宋人多种笔记认为，黄巢兵败后遁入空门，做了和尚，又依河南尹张全义，舍于洛阳南禅寺，最终迁居明州（今浙江宁波）的雪窦山，法号“雪窦禅师”。张端义的《贵耳集》还说，黄巢“临人寂时，指脚下，有‘黄巢’两字”。南宋时，雪窦山上尚有黄巢的墓，每年邑官遣人祀之。黄巢兵败遁逸后的事迹，被描绘得如此细微生动，因此黄巢未被杀害的可能性也就存在。然而，若想确定黄巢的结局，尚有待新史料的发现和研究的深入。