其实，自从佛教传入中国以来，一直遭到了儒道两家的激烈批评。许多本宗儒学的文人士大夫，抨击佛教不讲忠孝、违背纲常。例如，发动古文运动的韩愈，就坚决排斥佛教。从某种意义上说，宋明理学正是儒门中人为了对抗佛家思想而发展出来的新儒学。而老子开创的道学在东汉时期走向宗教化，衍生出了道教。道教为了抗衡外来的佛教，模仿佛教成了一个庞大的神学理论体系。
对于胡适而言，无论是儒家的“科学精神”还是道家的自然主义宇宙观，都被鼓吹天道轮回、因果报应的佛教给扭曲了。故而，他对佛教缺乏好感，甚至认为它对中国历史有害无益。
胡适尖锐地批评道：“至于佛教，它至今还是日本、韩国、越南、缅甸、泰国和锡兰的‘最主要的’宗教‘甚或是国教’。许多人也认为中国虽然不完全是个佛教国，但也可说是部分的佛教国。我自己在这方面的工作，可说是破坏性的居多。我必须承认我对佛家的宗教和哲学两方面皆没有好感。事实上，我对整个的印度思想——从远古（‘吠陀经’）时代，一直到后来的大乘佛教，都缺少尊崇之心。我一直认为佛教在全中国‘自东汉到北宋’千年的传播，对中国的国民生活是有害无益的，而且危害至深且巨。”
不难看出，胡适研究佛教禅宗的根本目的是，将这种“为害至深且巨”的传统思想资源从中国文化中剔除出去。
在新文化运动中，胡适以“全盘西化派”代表著称，对中国传统文化的批评几乎没有死角。他常以西方科学主义与实用主义的眼光来看中国传统思想学说。例如，在评价儒家与道家时，胡适往往会把其中符合“科学精神”与“实证主义”的成分视为精华，反之则视为糟粕。若是用这两把尺子来衡量，佛家思想自然难入其法眼。
禅宗不像儒家主张积极入世，而是强调“见性成佛”。如此一来，芸芸众生越来越关注内心修养水平，而疏于思考社会实际问题。在胡适看来，宋明理学家空谈心性者多，经世致用者少，源头就在于禅佛的影响。
胡适曾盛赞老子的“道”打破了鬼神主导的传统天命观，提出了符合科学精神的自然主义宇宙观。而佛家对宇宙的认识，有着浓厚的唯心主义色彩。胡适认为，这种鼓吹鬼神轮回的虚玄之学，完全背离了科学精神。
此外，胡适认为禅宗真正的开山祖师——神会是个“大骗子和作伪专家”。根据他的研究结论，流传于世的禅宗史正是神会等人刻意伪造的故事。这对于注重“证据”真实性的胡适而言，是一种无法容忍的行为。
由此可见，佛家思想在各方面都与胡适的价值观不合。因此，胡适对佛家持否定态度，也在情理之中。
叁
胡适是怎样修订禅宗史的？
研究佛学的大多是佛教信徒或推崇禅理的学者，而完全不信佛却又毕生钻研禅宗历史的，胡适大概是头一个。
胡适曾对周作人说：“生平自称为‘多神信徒’。我的神龛里，有三位大神，一位是孔仲尼，取其‘知其不可而为之’。一位是王介甫，取其‘但能一切舍，管取佛欢喜’。一位是张江陵，取其‘愿以其身为蓐荐，使人寝处其上，溲溺垢秽之，吾无间焉。有欲割取我身鼻者，吾亦欢喜施与’。”
胡适说的三位“大神”分别是孔子、王安石、张居正，他们在三教九流中都属于儒教一派。而儒家实际上并不是宗教。由此可见，胡适对佛学的研究几乎是站在不信佛者的角度展开的。
其他学者做学术研究时，往往从禅宗本身的教义入手。这种思路如同儒者阐发四书五经的义理。而胡适的研究更侧重历史学而非宗教学，通过“考据”禅宗的史料来理清其千百年来的演变过程。治学方式的差异，决定了胡适必然会以历史学的眼光修订禅宗史。
在编写《中国哲学史大纲》时，胡适就注意到佛教对中国哲学思想史的重大影响。他将东晋至北宋称为“印度哲学”时期，因为佛教是从印度传来的。在这个时期内，中国的顶尖思想家基本上都在钻研佛家的哲学思想。而崇儒排佛的韩愈、李翱等人，被胡适认为是“二流以下的人物”。在胡适看来，佛教哲学从唐朝之后逐渐走上了中国化道路，成为了中国传统文化的一部分。宋明理学就是佛教思想与中国固有的儒家和道家学说融合后的产物。
胡适从1924年开始撰写《中国禅学史稿》。他在考证过程中发现，宋朝以来的禅宗史料经常相互矛盾，有被人篡改的痕迹。为此，他曾远赴欧洲寻找流失海外的敦煌经卷，系统整理了隋唐时期的早期禅宗史料。在此基础上，胡适修订了禅宗史。
按照传统说法，禅宗源头可追溯到佛祖释迦牟尼的大弟子迦叶。在一次灵山大会中，有人献花给佛祖。佛祖拈花微笑，众人一头雾水，唯有迦叶以微笑回应。于是佛祖当场宣布将这一“以心传心，教外别传”的奥妙心法传给迦叶。禅宗心法在印度传到第二十八世时，菩提达摩以正宗传人身份到中国传播佛法，成为中国禅宗的开山祖师。此后，禅宗的传承次序是二祖神光慧可、三祖僧璨、四祖道信、五祖弘忍、六祖慧能。以六祖慧能为转折点，禅宗又发生了重大变革。慧能开创了注重“顿悟”的南宗禅。此后禅宗分化为五宗七家，均以慧能为开山祖。
然而，这个传统说法遭到了胡适的强烈质疑。
胡适在查阅唐朝佛教文献时发现，六祖慧能的影响力其实仅限于南方地域，在当时的名气并不大。而据传曾与慧能竞争禅宗衣钵的神秀禅师（主张“渐悟”的北宗禅的创立者），反倒有“两京法主，三帝门师”的美誉。北宗禅不仅在北方广泛传播，而且唐朝统治者也认可北宗禅的教义。也就是说，时人认可度最高的是神秀的北宗禅，而非后世佛家弟子所推崇的慧能的南宗禅。
但是，慧能的弟子神会禅师——一个在传统说法中不起眼的角色，不断吸引着胡适的注意。奈何史料匮乏，找不出太多线索。直到他旅欧期间，才在流失海外的敦煌文献（隋唐时的佛家经卷）中搜索出一部分早期禅宗的记载。胡适认为，宋朝传下来的禅宗史料多有谬误，于是，便借助这些文献的记载修订了禅宗早期发展史。他也因此将神会禅师称为“文化改革家”。
在对比神会语录与敦煌版本的《六祖坛经》之后，胡适提出了一个颠覆性的论断——禅宗最核心的经典——据称是六祖慧能所著的《坛经》实为其弟子神会的委托之作。在他看来，南宗禅最终超过北宗禅，始于神会“北伐”。
胡适在《禅学指归》中指出：“那时他（神会）在大云寺大会上当众宣述南宗的宗旨，说当时公认的传法正统是假的，大胆指斥普寂‘妄竖神秀为第六代’；他说当初菩提达摩，以一领袈裟为传代法信，授给慧可，慧可传僧璨，僧璨传道信，道信传弘忍，弘忍传慧能，所以我们才是正统，有传法袈裟在韶州为证。他自己曾说，他这次在河南设无遮大会兼庄严道场，不为功德，是为天下学道者定宗旨，为天下学道者辨是非；现在普寂妄称自己为第七代，把神秀称为第六代，他要誓死反对！”
慧能虽然得到了五祖弘忍传下的衣钵，但神秀的北宗禅影响力更大。为了改变北宗禅在中原的统治地位，神会一面弘扬南宗禅的教义，一面对北宗禅大加挞伐。
胡适的依据来自于敦煌文献中的四份资料——《神会和尚语录》《菩提达摩南宗定是非论》《顿悟无生般若颂》的抄本。他将这些唐朝文献加以整理，发现关于神会的史料十分充实。而在宋朝开始流传的《顿悟无生般若颂》（显宗记）中，有关神会的记载仅有区区600余字。实际上，神会的活动要复杂得多。
神会坚持不懈地与北宗禅论战佛理。他不但重视在民间传教，也试图改变南宗禅在朝廷的地位，结果招来了北宗门人的敌视，在天宝十二年还被官府勒令迁徙。须知，此时的神会已是八十五六岁的老人。但没过几年，“安史之乱”爆发，90岁高龄的神会协助官府筹措粮饷，赢得了唐朝君臣的好感。于是，南宗禅借此机会取得了官方认可，逐渐取代北宗禅成为佛门正统。
胡适认为，慧能之所以能成为禅宗六祖，完全是（死后被追封的）七祖神会的功劳。按照这个说法，六祖慧能不但没有著述《坛经》，社会影响力也远不如同期的北宗禅宗师神秀，更不是“中国禅”的创始人。他是神会造神运动的产物。南宗禅统治中国佛教界的真正功臣是神会，而非传统说法中的慧能。
既然如此，为什么后世禅宗追述历史时反而忽略了神会的贡献呢？胡适对此的解释是：“因其（神会）门下无特殊的人物，而继续努力的人，也非同门，所以他的功劳渐渐淹没，过了几百年就完全被人忘记了。”
神会是弘扬南宗禅最卖力的弟子，但他并非六祖慧能唯一的传人。尽管神会开创了禅宗的荷泽宗，但他的继承者中没有出类拔萃的人物。而留在南方传教的师兄弟们，发展出了禅宗的两大谱系，并进一步形成五宗七家。他们与神会没有什么直接的渊源，故而后世佛者在谱写本派历史时，都直接上溯到六祖慧能，而忽略了对南宗禅贡献巨大的神会。
对此，胡适很感不平。从某种意义上说，他的禅宗史研究主要立足于重新认识神会禅师的历史地位。胡适在《荷泽大师神会传》中慷慨激昂地说：“南宗的急先锋，北宗的毁灭者，新禅学的建立者，《坛经》的作者——这是我们的神会。在中国佛教史上，没有第二个人有这样伟大的功勋，永久的影响。”他甚至认为发现被史料淡化处理的神会事迹，是自己在禅宗史研究中最精彩的成果。而也正是这个颠覆性的研究成果，引发了佛学界对胡适的广泛热议。
肆
《禅学指归》为何引发佛学界热议？
时至今日，胡适对早期禅宗史资料的整理，都是学术界公认不可磨灭的贡献。他对神会禅师历史地位的评价，对南宗禅与北宗禅的分歧及斗争的描述，引发了佛学界的热议。其中部分观点逐渐变为学术界的共识，但也有不少观点遭到佛教界与学术界人士的广泛批评。
例如，当初胡适根据自己搜集的史料全盘否定了六祖慧能的贡献与《六祖坛经》的真实性，把创立“中国禅”的功绩全归于神会禅师。这种说法完全动摇了传统禅宗史的基础，致使其不但招致国内禅学研究者的诘难，还引起了海外佛学人士的批评。而更让佛学界无法接受的是，胡适对禅宗乃至整个佛教的全盘否定态度。
胡适在《禅学指归》中说：“我把整个佛教东传的时代，看成中国的‘印度化时代’。我认为这实在是‘中国文化发展上的’大不幸也！这也是我研究禅宗佛教的基本立场。我个人虽然对了解禅宗也曾做过若干贡献，但对我一直所坚持的立场却不会动摇：那就是禅宗佛教里百分之九十，甚或百分之九十五，都是一团胡说、伪造、诈骗、矫饰和装腔作势。我这些话是说得很重，但这是我的老实话。”
在新文化运动中，胡适是“打倒孔家店”的主力干将。但他反对的主要是挂着孔子招牌的封建礼教，而不是具有人文关怀精神与“科学精神”的原始儒学。但对佛教禅宗，胡适虽承认其对中国传统文化的巨大影响，却将禅宗佛教定位为造成中国文化发展“大不幸”的负面因素。
上述这番尖锐的话，几乎可以说是胡适对整个佛学界的挑战。也正因为如此，无论是佛门法师还是佛学研究人士都质疑胡适到底懂不懂禅学。
通常而言，做学问的人往往对自己选择的研究对象怀着极大的兴趣与好感。若非如此，他们也不会甘于远离市井喧嚣，埋首于书山文海当中，几十年如一日地钻研外人看起来枯燥异常的学术问题。
但胡适是个例外。他研究禅宗时下的功夫并不少于研究儒学，却始终坚称自己对佛教和禅宗哲学都缺乏好感。他与国内外众多佛学界名人保持着长期的联系与学问切磋，却依然没有改变自己对佛学的基本看法。
有趣的是，胡适一方面认为神会禅师“在中国佛教史上，没有第二个人有这样伟大的功勋，永久的影响”，另一方面却讽刺神会“就是一个大骗子和作伪专家”。如此两极分化的评价，让人们更加难以理解胡适研究禅学的出发点。
由于对禅宗抱着全面否定的心态，所以胡适从来不屑于去了解“禅”的真意。他的治学方式不同于当时各路学者，他是以西方学术工具来分析禅宗佛教的。他的禅学研究并不是立足于弄清什么是“禅”，而是从“历史”的角度来看禅宗的发展演化历程。因此当时许多学者对此颇有异议。
其实，胡适热心研究禅宗，主要是为了贯彻其“整理国故”的理念。他曾说：“通过严肃分析我们所面临的活生生的问题，通过由输入的新学理、新观念、新思想来帮助我们了解和解决这些问题，同时通过以相同的批判的态度对我国固有文明的了解和重建，我们这一运动的结果，就会产生一个新的文明来。”由此可知，胡适希望将新文化运动发展为中国的“文艺复兴运动”。为此，他认为必须重新整理中国的传统文化资源。而作为中国传统文化三大主流的佛教禅宗，自然不会被排除在外。
在胡适眼中，中国古代学术思想是一笔缺乏条理且不成系统的糊涂账，有太多太多的迷信和糟粕。他一贯反感迷信色彩浓厚的“玄学”，提倡以“科学”的方法（即西方学术工具）来研究中国传统文化。