正是在这个指导思想下，胡适选择实证主义与科学主义作为研究禅宗的工具。具体而言，胡适是以实证主义的眼光来考证禅宗发展史的，而不是一味相信佛家经传的说法。与此同时，他也用科学主义的怀疑论来抨击“反科学”的佛教禅宗，将其学说视为“中国文化中的垃圾”。由于预设了排佛立场，所以胡适对禅宗的研究成果也呈现出鲜明的两面性。
首先，胡适以“大胆地质疑，小心地求证”的实证主义精神，重新梳理了禅宗早期演变史，让神会禅师对禅宗发展的巨大贡献大白于天下。
其次，先入为主的预设立场，使得胡适对禅佛的“理性批判”，存在不少主观臆断的偏见。
当时的武昌佛学院院长太虚计划去欧美做考察并顺道宣传禅法。他希望胡适能提供帮助，却遭到对方的极力劝阻。
胡适在给太虚的信中说：“西洋民族文化之高，精神生活之注重，道德之进步，远非东方那班吃素念佛妄想‘往生’的佛教徒所能梦见。先生此次若决计去西方，我很盼望先生打消一切‘精神文化’的我执，存一个虚怀求学的宗旨……如为一班夸大狂的盲人所误，存一个宣传东方文化的使命出去，则非我所敢附和的了。”
在当时的学者中，胡适以崇拜西方文化否定东方文化著称。其中被他反对最多的，恰恰是佛学。在他的思想体系中，禅宗集中体现了东方文化的各种落后因素，满是迷信与糟粕。故而，他不惜写信力劝太虚不要向西方人讲述佛学。此事的最终结果并未如胡适所预料的那样。太虚在欧美的研究取得了成功。西方宗教界与文化界非但没有藐视太虚与佛学，反而给予了很高的评价。
但是，这件事并没有动摇胡适对禅宗的否定态度。他也因此与日本禅学家铃木大拙进行了旷日持久的学术争鸣。
铃木大拙与胡适有不少交谊，两人的研究领域也在禅宗佛学领域产生交集。铃木认为胡适从敦煌文献中发掘出的禅宗史料颇有价值。两人的分歧主要在于两点：一是对禅宗思想内核的认识；二是治学方法。
胡适并非佛门中人，而是一个站在宗教圈之外研究禅宗史的“历史学家”。铃木大拙则是真正的禅宗信徒。
1952年，铃木大拙已经成为享誉西方各国的禅学大师，信众与支持者遍及各国。但胡适对此不以为然，并在普林斯顿大学哲学系的学术研讨会上批评铃木治学既“不讲历史”，也“不求理解”。
显然，胡适是站在历史学家的角度看问题，而铃木大拙是站在宗教学家的角度看问题。
胡适之所以否定禅宗，在很大程度上是因为他断定禅宗有“造假”的传统。他否认慧能的作用，把一切功劳归于神会，就是出于“正本清源”的目的。按照历史学家的观点，错误或伪造的史料不可能获得正确的结论。基于这个认识，胡适曾抱怨道：“我从二十五六年前，就搜求可信的史料，重新写出禅宗变化形式的经过。铃木曾助我找寻材料。他在日本印行的《神会语录》和北宋本《坛经》都是很重要的材料。但铃木从不敢接受我研究的结论。”
铃木大拙对此看法恰恰相反。他认为，胡适最大的问题在于只会从历史资料中了解禅宗，却对禅学本身一窍不通。
铃木认为，禅宗历史的研究者只有深入了解禅学精神后，才可以客观地分析禅宗的发展演变。尽管胡适掌握了大量有关禅宗的史料，但他并不真正明白禅学的真意，也就无从正确解读历史人物的行为逻辑。铃木据此断言，胡适的禅宗史研究实际上是将历史拆散成了一地碎片，而没能把握住历史的整体样貌。
但在胡适看来，铃木等禅学家不肯接纳科学的研究方法，才是最大的治学谬误。他曾沉痛地感叹道：“作为他的一个朋友和研究中国思想的历史学者，我一直以热烈的兴趣注视着铃木的著作，但对他的研究方法，却也一直未掩饰过我的失望。他使我最感失望的是——根据铃木本人和他弟子的说法：禅是非逻辑的，非理性的，因此也是非吾人知性所能理解的。”
就实而论，胡适与太虚、铃木大拙的根本分歧，依然源于其“现代科学方法”。胡适认为，自己采用的是“科学的研究方法”，必然会得出科学的结论。但他在研究禅宗史之前，就已经预设了研究立场——对佛教禅宗进行“批判”和“破坏”。如此一来，研究禅学只是出于实用主义目的——“整理国故”的一个项目。胡适不愿意也不赞同去真正领会禅宗的“内在精神”。
伍
胡适谈佛学的消极因素
任何思想体系都会存在积极因素与消极因素。像佛教禅宗这种高度成熟的思想体系也一样。胡适对禅宗的否定态度主要出于三种考虑：后世佛门弟子有篡改禅宗早期发展史的行为；佛教禅宗的主张不符合胡适推崇的科学精神与实用主义哲学；禅宗本身存在某些消极因素，在中国历史发展中具有较大的负面影响。如今社会上出现了一浪高过一浪的“国学热”，其中禅宗文化几乎成为慰藉众生的“心灵鸡汤”。假如抛开胡适的全盘西化观念，禅宗的消极因素也并非无可指责，那是我们应当注意舍弃的糟粕。
胡适自从留美回国后，致力于推广科学精神与实证主义。他在治学时开创了用西方学术工具研究中国传统文化的新路子。他在著名的“科玄论战”中是坚定的“科学派”主将。他对佛学的研究还没正式开始，就提出以怀疑精神去大胆质疑禅佛学说。
在新文化运动爆发后，胡适对禅宗进行了系统的研究。在此期间，梁启超、梁漱溟等知名学者对当时如日中天的西方文明提出了批评，宣扬东方在精神文明领域有独特的优势。胡适对这种观点嗤之以鼻。他在1926年发表了一篇《我们对于西洋近代文明的态度》。佛教禅宗作为东方精神文明的代表，成为他批判的主要对象。
胡适说：“这里（佛教思想）又正是东西文化的一个根本不同之点。一边是安分，安命，安贫，乐天，不争，认吃亏；一边是不安分，不安贫，不肯吃亏，努力奋斗，继续改善现成的境地。东方人见人富贵，说他是‘前世修来的’；自己贫，也说是‘前世不曾修’，说是‘命该如此’。西方人便不然，他们说‘贫富的不平等，痛苦的待遇，都是制度的不良结果，制度是可以改良的’。他们不是争权夺利，他们是争自由，争平等，争公道；他们争的不仅仅是个人的私利，他们奋斗的结果是人类绝大多数人的福利。大多数人的最大幸福，不是袖手念佛号可以得来的，是必须奋斗力争的。”
在佛教传入中土之前，中国人的生死观与鬼神观不包括天道轮回观念。虽然人们信奉“富贵生死皆有命”，但不会把此生的命运归结为前世修来的阴功，也不会想着今生积德忍辱，换取来世投胎富贵人家。而禅宗的传播让古中国人萌发了“不修今生修来世”的念头。渐渐地，人们不再像先祖一样积极争取今世的富贵长寿，而是对不利的命运逆来顺受，将希望寄托于来生。
这显然是一种消极的人生观。在胡适看来，这种佛教思想主导的人生观是中国文化发展的一大不幸。
今天的人们处于后工业社会向前信息社会转型阶段。许多过渡期的社会矛盾交织在一起，让人们感到茫然不知所措。部分西方学者认为西方科学只能解决外在世界的问题，而难以解决人们精神信仰层面的困惑。因此，他们转而将希望寄托于以禅宗与道家为代表的东方文化。这种思路与新文化运动期间的中国学者的想法，在一定程度上是殊途同归的。
当时的中国学者一方面致力于反思中华文明与西方文明之间的差距，另一方面也开始意识到西方文明的某些缺陷。故而，梁启超、梁漱溟等学者认为西方强在物质文明，东方胜在精神文明，应当将两者结合起来。而参与“整理国故”的胡适，极度推崇西方文明，对这种观点不以为然。
这种分歧的根源在于，胡适并没把禅佛当成是活生生的传统文化与宗教信仰，而是将其作为一种历史遗迹来对待。简单地说，他认为科学昌行的时代，不需要充满迷信的宗教。
自古以来，宗教信徒往往会以某种形式来表明自己对信仰的虔诚。例如，有的佛家大师用自己的血充当墨水来抄写一部佛经。胡适对佛门流行的刺血抄经的评价非常低。他曾直言痛斥道：“刺血写经是一种下流的求福心理。但我们试回想中古时代佛教信徒舍身焚身的疯狂心理，便知刺血写经已是中古宗教的末路了。庄严伟大的寺庙已仅存破屋草庵了，深山胜地的名刹已变作上海租界马路上的‘下院’了；马祖临济的子孙已剩得几个酒肉和尚了；憨山莲池的中兴事业也只是空费了一番手足，终不能挽救已成的败局……中古宗教是过去了。”
若从信仰主义的角度说，佛门的刺血抄经和其他宗教的“朝圣” “礼拜”都是一种特殊的文化习俗，不能单纯以世俗的眼光看待。然而胡适研究传统文化时，基本上是采取了科学主义与实用主义的立场。许多研究者是站在文化的角度来研究文化问题，而胡适却是站在科学的角度来研究文化问题。
前者虽然也可能批评传统文化中的糟粕，但不会完全按照“科学”的标准来否定某些文化习俗的积极意义，而是承认其在特定环境下的合理性。后者则恰恰相反，会全盘否定一切不符合“科学”标准的文化，只承认其中与“现代科学”沾边的部分内容。
诚然，禅宗的唯心主义宇宙观与现代科学认知的宇宙自然界有本质差异。但在当代学者看来，禅宗独特的生命哲学有助于人们获得心灵上的自由与充实。这与借鉴禅法的人是否信仰佛教关系不大。有的人用科学的眼光解决外在世界的难题，同时以禅宗的炼心方法来解决内心世界的困惑。西方顶尖科学家中也不乏信仰宗教者，尽管他们大多信基督教或天主教，但利用宗教哲学解决内心信仰问题的思路是一样的。
胡适并非真正的自然科学研究者，但他对“科学方法”的固执有过之而无不及。由于早期禅宗发展史存在被“篡改”的嫌疑，胡适便否定了禅宗学说的可靠性。再加上佛学一直以“六道轮回”的假设世界为哲学依据，并不关注自然界的真实样貌，因此全盘否定佛学的合理性，也自然成为实用主义者胡适的必然选择。
有趣的是，胡适对佛学消极意义的评价，也受到了传统儒学的影响。他在武汉大学做演讲时，将原始佛教的消极影响与北方游牧民族入侵并列在一起。他论证印度佛学将中国宗教“非人化”时，思路与唐代崇儒排佛的学者并无二致。
胡适指出：“原来中国儒家的学说是要宗亲——‘孝’，要不亏其体，因为‘身体发肤，受之父母，不敢毁伤’，将个人看得很重。而印度文化一来呢？他是‘一切皆空’，根本不要作人，要作和尚，作罗汉——要‘跳出三界’，将身体作牺牲！如烧手、烧臂、烧全身——人蜡烛，以贡献于药王师。这风气当时轰动了全国。自王公以至于庶人，同时迎佛骨——假造的骨头，也照样的轰动。这简直是将中国的文化完全野蛮化！”
这番激烈的指控，实际上反映了原始佛教与中国本土文化之间的冲突。自从汉代以来，儒家学说逐渐成为入世之学的魁首，道家学说则是出世之学的主流。两者虽有分歧，但都根植于宗法社会基础，重视人伦关系。这与原始佛教的教义有本质区别。也正因为如此，佛教传入中国后不断进行本土化改造，最终发展成了具有鲜明中国特色的佛教——禅宗。
尽管胡适对禅宗也持批评态度，但相对于原始佛教，却又有许多肯定之处。
胡适自称研究禅宗是为了消除原始佛教对中国文化的影响。他把禅宗的出现视为佛教在中国的一场革命。他说：“在宗教方面，发生了革命，出来了一个‘禅’！禅就是站在佛的立场上打倒佛的，主张无法无佛，‘佛法在我’，而打倒一切的宗教障、仪式障、文字障，这都成功了。”
这种观点很快遭到了佛学界的批评。事实上，胡适抨击的“印度佛教”本身也恰是禅宗抨击的对象。佛教有大乘佛教与小乘佛教之分，包括禅宗在内的中国佛教各大流派都皈依于大乘佛法。此外，禅宗虽然是对佛教的一次重大改革，但并不是在佛教之外成立新的宗教。尽管禅宗许多高僧都呵佛骂祖，但其本质上并非真心打倒佛法，而是教导弟子不要将成佛的希望寄托于外在偶像，应当靠自己的力量去领悟禅机。
总之，佛学的确存在消极的一面。胡适对佛教消极人生观的批评，源于新文化运动对传统文明的反思。这不仅在当时具有现实意义，对今人也不无启迪。但是，由于胡适执着于以科学主义来剖析佛教禅宗文化，所以在某些方面他对佛教禅宗存在误解。无论对于佛家学说还是胡适的学术成果，我们都应该一视同仁地采取“取其精华，去其糟粕”的态度。
陆
禅宗改革前的佛学是怎样的？
胡适将禅宗视为佛教传入中国后的一场革命。那改革前的佛学又是怎样的呢？对此，胡适通过整理敦煌文献与日本的佛教史料，整理出了一个不同于传统说法的新框架。
按照传统说法，禅宗是传自佛祖释迦牟尼的大弟子大迦叶，继承了正统的佛法。而胡适对此提出了异议：“新的看法，禅宗是一个运动。是中国思想史、中国宗教史、佛教史上一个很伟大的运动，可以说是中国佛教的一个革新运动，也可以说是中国佛教的革命运动。”
尽管胡适的禅宗史研究招致了许多争议，但学术界也公认禅宗对佛教的中国化改造有着极为突出的贡献。
禅宗发起的佛教改革，主要有两层历史意义：
其一，禅宗让佛教的教义从繁琐变得简易化。
其二，禅宗的革新使得外来的佛教彻底融入中华文明。