因为儒学成了经学，学术和政治权力结合在一起了。于是就出现了经学的今古文之争，就是“今文经学”和“古文经学”之争。我们现在大概讲一下，否则你学国学学了半天，连今文经学、古文经学都不知道，那就白学了，这也算是常识吧。那么，什么叫作今文经学、古文经学？这表面上和文字有关。秦汉时期流行的文字是隶书。在这之前，也就是秦统一以前，我们通称叫先秦。先秦通行一种文字叫做“籀书”。籀书据说是由一个叫做史籀的人所创，所以用他的名字来命名这种文字。籀书其实就是我们平时讲的大篆。秦始皇焚书坑儒时，法令很严格。如果被发现私藏禁书，在限期之内不把它们烧掉，一律要被杀头的。所以当时五经在民间没有流传的，被烧得很彻底。汉初虽然没有取消禁书令，但对于民间讲学，睁一只眼，闭一只眼，政府也没有去干涉。所以民间就慢慢有一些秦朝幸存下来的儒生开始讲学。因为秦朝统治历史很短嘛，以前六国留下来的儒生可以靠记忆，把五经背诵出来，将它一一恢复。到了汉惠帝废除“挟书律”以后，他们就用当时通用的隶书，把这些经典重新记载下来，继续流传。汉武帝批准设立博士官传授的五经，都是用隶书这种通行的“今文”写成，就叫做“今文经学”。
又过了一些时间，有人出来说，在孔府的墙壁里面找到了一批以前隐藏下来的儒家经典，没有被烧光，还保存了一些。这些经典用的就不是隶书了，而是用先秦时期的籀书写的。这些书被贡献出来了，就是古文的五经。共同尊崇孔子的儒家各派，对于五经不仅各有诠释，而且各有传本。即使今文经典都与不同师承的诠释相附丽，往往一经有数传。例如，今文《诗》便有齐、鲁、韩三家传。民间的“古文”经典出来后，与官定的今文经典不仅诠释大不相同，就是内容也有出入。例如《尚书》的古文本，篇目文字都与今文本有很大差异。于是经学的内部，以今古文争立学官为开端，出现冲突便是不可避免的了。到了哀帝的时候，有个叫做刘歆的贵族，开始建议朝廷设立古文经典的学官。既然有今文的五经博士，那么也应该有古文的五经博士。古文经书的诠释和传承就称为“古文经学”。读书人其实都是跟着名利走的。当时如果你当上了五经博士，那可是比现在北大、清华校长还要高的地位。过去只有今文博士，我读古文也没有用。那么读古文经典的人就比较少，因为大家读书的目的都是想当五经博士。但是现在有了古文五经博士，所以古文经学也开始兴起来了。
经学古今文之争，从古代一直争到清末民初。有的朝代是古文经学占上风，有的时代是今文经学主导。为什么争论了这么久，甚至成为国学中的一大问题？两者不但在文字上不同，内容也有差异。具体来讲，《易》本来就没有争论。《诗》基本上也没有争论，《书》和《礼》也就是在篇章上有多有少的差别，有的是今文多一点，有的是古文多一点。我的有29篇，你的有45篇，我说你多出来的篇章是伪造的，也就是这么一个争论。真正的争论焦点在《春秋》。因为《春秋》是大事记，言简意赅，字很少，后来人读不懂，要靠后人对《春秋》经文的解释补充，也就是靠“传”才能流传下来。《春秋》有三传，其中我们最熟悉的就是《左传》，是左丘明对孔子删定的《春秋》的解释和补充。其他两家，一个是《公羊传》，另一个是《穀梁传》。今文经学传的是《公羊传》和《穀梁传》。《左传》是从孔府墙壁里面找出来的。《左传》非常详细，一句经文，下面实际上是一大篇文章，详细解释经文的历史背景和具体历史事件。《公羊传》和《穀梁传》的重点则在阐发孔子的微言大义，阐发这个“道”，也就是思想含义、价值观念和道德标准，而不注重历史事实的记载。这个区别就大了。“三传”的出发点不同，内容不同，区别大，所以争论也大。
近代研究经学的专家周予同教授区分两者的不同说：古文学家视孔子为一史学家。他们以为六经都是前代的史料，所谓“六经皆史”；孔子只是前代文化的保存者，所谓“述而不作，信而好古”。孔子既是将前代的史料加以整理以传授后人，则六经的次第应当按史料产生早晚而排列。今文学家视孔子为教育家、哲学家、政治家。他们以为六经固有前代史料，但这只是孔子托古改制的工具。孔子所看重的，不在于六经的文字事实，而在于经学的微言大义。孔子既是一位改制的素王，则六经的次第当然要按程度的浅深来排列。他还把经学归纳为三大派：西汉今文学，东汉古文学，宋学。“这三派的不同，简明些说，就是今文学以孔子为政治家，以六经为孔子致治之说，所以偏重微言大义，其特色为功利的，而其流弊为狂妄。古文学以孔子为史学家，以六经为孔子整理古代史料之书，所以偏重于名物训诂，其特色为考证的，而其流弊为烦琐。宋学以孔子为哲学家，以六经为孔子载道之具，所以偏重于心性理气，其特色为玄想的，而其流弊为空疏”。这些话都说得很有道理。
我们讲六朝以前中国思想文化的主流是儒、墨、道。到后来为什么墨家的影响几乎没有，几乎销声匿迹了呢？因为墨家和其他学派不同，有一个有形的组织，慢慢从一个学派变成一个社团了。一种无形的学说流传可以长久。当变成一个有形的组织，变成政权以外的另一股力量了，在中国社会就很难生存下去。其实，墨家的精神一直存在，变成了后来的“游侠”、“侠客”。明清以来的那些帮会、民间秘密结社的来源就可以追溯到墨家。但墨家的思想学术到后来就很少有人去研究了。因为大家都喜欢做“热学问”。什么东西成了显学，大家就会一拥而上。那些“冷门的学问”就很少人去做了。