1631年，多明我会士到福建传道，看到基督徒的祭祖祀孔得到耶稣会士的许可，十分恼怒，于是与方济各会一起反映至马尼拉主教处，主教又汇报给教皇。1643年，早就提出礼仪问题的多明我派教士马拉来斯，在谒见教皇时提出十几个问题质问耶稣会士，包括“是否允许中国信徒向社会祭神典礼捐献财物、是否可以参加政府举行的必要祭典、是否可以参加祭孔典礼及祭拜之仪”，以及“中国信徒是否可以参加祭拜祖先牌位的典礼，及举行其他祀祖的仪式、中国信徒尊敬孔子可否用‘圣’字、对皇帝应否用‘万岁’字样”等等。
在这次陈述之后，1645年教皇颁布了禁止中国礼仪的文件，但在耶稣会传教士的申辩下，又于1656年颁布允许举行祀孔祭祖礼仪的“非宗教行为”。1676年在欧洲基督教内引起巨大反响，争论范围进一步扩大。加上他们认为绝不能容忍中国基督教徒自有的祀孔与祭祖，以使他们专心崇拜上帝。1676年从中国回到欧洲的传教士纳瓦雷特，出版了《中国历史及宗教风俗概观》一书，重点介绍了礼仪之争的问题，在欧洲引起了更大范围的争论。
1693年，又有位来自巴黎的传教士颜珰“将反对中国礼仪的问题提交教皇仲裁”，争论又起。1698年，康熙皇帝宣布中国的儒家礼仪，没有宗教性质，这被耶稣会传教士马上送到罗马以求平息争议。问题就这样反反复复，争论得不可开交。在中国内部发生了传教的分裂。耶稣会士受到国内其他教派和欧洲总部的抨击也愈发强烈。
终于在1700年，被吵昏了头的新任罗马教皇决定将这一争论作出最后决断。在1704年，教廷公布了这样的文件：禁止中国基督徒祀孔祭祖，禁止礼堂内悬挂“青天”字样的匾额等。并派一名叫多罗的主教将这道法令带到中国来。1705年12月他到达北京，给康熙送上了这道来自罗马的禁令。
康熙起初热情地接待了这位来自西方的使者，但在阅读了文件的中文译本后，心生不快。
这道禁令中，居然含有“不准入天主教的中国人用‘天’、‘上帝’的字眼。它不准中国信徒悬挂含有‘敬天’二字的匾额，挂了的也必须取下来；不准在每月初一、十五入孔庙行礼；不许入祠堂行一切之礼；不许在家里或坟上行礼，不许依中国规矩留牌位在家(因为牌位上有‘灵位、神祖’等字眼)”。
中国作为清朝的天下，如果人们连用有“天”的字眼、挂有关“天”字的匾额都不可以，连入孔庙、祠堂行礼、留牌位都不允许，康熙作为一国之君的权威岂不是被大大亵渎了？他的子民，怎能任由这些西洋人随意发号施令？他不禁对传教士改变了印象。
对中国文化，支持禁令的教士们毕竟没有理解得足够深刻和准确。在中国人心目中，“天”是一种精神主宰，“天子”代表统治者，与基督教的“天”含义完全不同。中国人历来对“天”持敬畏、崇拜和敬仰的心态，害怕受到“天意”的惩罚，而祭祖也是孝敬祖先的纪念仪式。这种强烈感情，其实与基督教义无多大的冲突。
而耶稣会士就是了解中国礼仪的真正意义，才一直采取宽容的态度不予干涉。这种充满“误解”的禁书终于使中国皇帝觉得颜面扫地，对多罗不客气地下了逐客令，将其赶出北京。他在给教皇的回信中，义正严辞地表示：中国信奉的儒家学说已有两千多年的传统，不允许欧洲人在中国有任何反对儒家学说的念头，否则将全部驱逐出境！
但是这个多罗主教很不甘心，在北京没有成功，就在路过南京时擅自向众教徒们公布了这道未经皇帝批准的禁令。1707年，他写信给中国各地，发出“南京命令”。
康熙闻讯大怒不已，命将这个无视中国皇帝的人抓起来，送到澳门让葡萄牙人看管。那里主要是支持耶稣会的葡萄牙人，这个狂妄的教士在那儿可以好好地学习一下怎样尊重中国的礼俗。这个一意孤行的家伙，最后的结局就是几年之后死在了澳门。
除了驱逐多罗主教，康熙还下令在华的传教士必须得到特别许可的“印票”，才准许传教。这种印票用满汉两种文字书写，估计有允许一千人传教的容量，实在是很宽厚的待遇了。
此时的康熙，对冒犯他的传教士还是比较宽容的，毕竟只是采取了驱逐和领“票”的警告措施，尚且容忍他们在中国领土上逗留。自此之后，他宣布只有遵守利玛窦的规矩，不准干预中国的法令和习俗，否则断不准在中国居住，须逐回西洋。如果西洋的教主对此再有什么二话，他就要将这些西洋传教士的头都给割了让他们带回去！
这也说明，此时康熙仍然欣赏尊重中国礼俗的耶稣会士，毕竟他们将宝贵的西方科技引入了急需这一切的中国。他将一些传教士当做老师一样对待，结下了深厚的私人情谊。
相对于中国当时的主流文化而言，康熙对待耶稣教士的友善态度，实在难得。所以即使多罗擅自宣布“南京命令”让他十分愤怒，他也仅仅要求在华各教派会士遵循耶稣会士的传教方式，没有不加区分地一概驱逐。这也反映了康熙对耶稣会士的认可。
“礼仪之争”的高潮——天主教在中国遭禁
但罗马教廷却没有觉醒，继续执行禁令支持“南京宣言”的有效性，要求所有的传教士都服从禁令，不遵守的将被驱逐出教会。离上次多罗送禁令十年之后，1715年，教皇再次发布了严厉的禁令，要求中国的礼仪之争彻底结束。
这次，他派遣了第二个使者嘉乐到中国拜见康熙帝。在这次的禁令中，较为矛盾的嘉乐私自拟定了八项内容，都是与中国礼俗妥协的，包括允许在家供奉牌位、纪念亡人、祭孔等。但又加以不准在这些活动中用上“灵”等字眼的限制。虽然这种妥协并没有改变整个禁令的反儒性质，康熙仍然大度地同意谈判。
这个对传教士有深厚感情的帝王，强忍内心的反感，愿意再次接见天主教的代表，表明了他优雅的风度和耐心。几次会见后，嘉乐修改禁令的小把戏被看穿，康熙终于得知其实罗马教廷并无丝毫退让。这种干涉别国事务的态度，让他再也无法忍让下去了。他在该禁令上批阅道：西洋人连汉书都不通，怎能在我面前卖弄中国的大道理呢？这样的文书，只能让我认为西洋人传的教，其实和“异端小教”没有两样，应例行禁止，省得再多事！
康熙的如此评注，是有一定缘由的。
一方面，中国自诩为天朝上国，本来就看不起外来国家的文化。如果没有冲突还好，一旦和中国的礼仪文化相悖，而且还是对本国礼俗“指手画脚”、“妄言干涉”，就是对其天子龙威的极度冒犯！
另一方面，康熙认为，天主教此时已经和白莲教一样让他头疼，都是“邪教”！过去几十年里，出于对西方科技文化的喜爱，康熙帝十分宠爱耶稣会士并给予各种优待。如果说他曾将其视为友善的朋友，那么当罗马教廷的几次禁令让他感到统治受到了威胁时，他就不免犹豫、思索再三。
在几次的忍让之后，他感到这种西方来的异教，对中国的儒家文化已经造成了严重的威胁，已经成为其统治中国帝国的心腹大患。在他治理国家期间，如果连自己的子民祀孔祭祖、入祠上坟都不允许，堂堂大国还有什么颜面可言？这不是和那些企图颠覆大清统治的邪教在本质上是一样的吗？更何况，干涉中国立国的政治精神，无异于干涉中国的主权！
皇帝的禁令虽然颁布了，但因康熙对耶稣会士一派仍有眷顾，小规模的传教还在民间零散进行。而罗马教廷对中国皇帝的禁令视而不见，要求耶稣会士禁止教徒从事儒家祭祀活动。有些会士以“罢教”抗争，有些会士被迫执行教皇的命令。
这些导致了传教士和中国人民之间矛盾的激化，国内的传教陷入混乱的状态。眼看事态严峻起来，耶稣会和国内的其他修会方济各会、多明我会也空前地联合起来，向教皇请求挽救中国教会的命运，考虑放松对中国礼俗的禁令，以免连累整体在华天主教事业。
本来对基督教士不满的地方官员按捺不住了。康熙五十六年(1717年)，广东总兵陈昂上疏道：
“天主一教，设自西洋。今各省设堂，召集匪类，此辈居心叵测。目下广州城设立教堂，内外布满，加以同类洋船丛集，安知不交通生事，乞饬早为禁绝。查康熙八年，会议天主教一事，奉旨：天主教除南怀仁等照常自行外，其直隶各省立堂入教，著言行晓谕禁止。但年久法弛，应会八旗直隶各省，并奉天等处再行严禁。”
这种有关的传教士威胁论，陆续不断地被呈给康熙。
1720年，一道新的教皇公文让康熙犹豫不决、对传教士尚存一点怜惜之情的康熙愤怒到了极致。一个叫满柴巴尔巴的特派主教，奉罗马教皇的命令来到中国京师，带来了口气十分强硬的公文，提出“要纯洁基督教的利益，维护基督教的教义，清洗耶稣会士的异端邪说”。
康熙生气地在公文上批道：“欧洲人没有资格批评中国的礼节。”他终于下定决心，驱逐所有的传教士，连耶稣会士也不能得到特权。
从1723年开始，中国开始全面禁教，礼仪之争就此告一段落。虽然这之后，还陆续有零星的西方传教士出于浓厚的兴趣到达中国，但没有了官方尤其是皇帝的庇护，西方在中国的教会不可避免地逐渐衰落下去。
回顾整个礼仪之争，从明万历三十九年(1611年)到康熙六十一年(1722年)，从欧洲教廷内部到在华境内的争论，一波稍停，一波又起，持续了一百多年。罗马教廷作为天主教的总部，在其各个修会(耶稣会、多明我会、方济各会等等)的争论中最终偏向反对中国礼俗的一方。耶稣会从在华传教先锋利玛窦开始，就贯彻以传授科技文化来传教的迂回策略在中国传教，汤若望、南怀仁都是遵守这一策略的成功传教者。
罗马教廷内部的葡萄牙势力一直是支持耶稣会士的，但当葡萄牙人势力渐衰而法国等教士势力增强时，耶稣会得到的支持就弱了许多，其在华传教策略难以得到葡萄牙人的庇护。而法国的一些修会不断向罗马教廷施加压力，在欧洲将关于中国的礼仪与基督教的冲突争论得不眠不休，罗马教廷终于做出了“荒谬”的决定：向中国派出几名倒霉的使者，到京师宣布了禁止中国基督徒祀孔祭祖的文书。
面对罗马教廷的再三挑衅，康熙皇帝的内心曾经十分矛盾。
从小他就接受到了友善的耶稣会士的知识教育、科学启蒙，对传教士是有较深的私人感情的。所以康熙帝最初仍热情地接待罗马来的使者，以友好的态度尽表大清帝国的好客和善意，但看到一封接一封无比狂傲的文书时，他的内心开始对传教士来华目的产生了怀疑。
他不愧为一位有教养的开明皇帝，思维里有一些西方的开通思想。所以最初，他对罗马的禁令是采取宽容的态度的，只是告诫他们“不准有反对中国儒学的念头”，否则将“驱逐出境”。但至少只是威胁，并未真的开始驱逐他们。
随着罗马教廷使者的擅自发布禁令，康熙开始意识到了问题的严重性。