这年8月，孙中山赴北京与袁世凯谈判。两人面晤13次，所谈皆国家大事、中外情形，包括铁路、实业、外交、军事等问题。袁世凯是传统中国里的“治世之能臣，乱世之奸雄”，才大心细，做事扎扎实实，有板有眼，是位极有效率的行政专才。然而，他没有理想，对现代政治思想一无所知。孙中山正相反，满脑子的爱国理想却“道不得行”。他认定当时中国的第一要务是修铁路，因此在密谈中他表示愿“专任修路之责”，希望把全国铁路延长至20万里。袁世凯表面大加赞赏，转身却对幕僚说，孙文是个“孙大炮”。
袁世凯当上了民国大总统，孙中山果然出任中国铁路总公司总理，袁世凯顺水推舟，把他当年专为慈禧太后特制的豪华花车拨给孙总理使用。就这样，孙中山率领大批失业的国民党人，坐着花车到全国各地视察去了。他还拉上只会打仗的大将军黄兴当汉粤铁路督办，甚至写信邀请躲在日本神户的盛宣怀一起来共襄大业。事后来看，铁路总公司花去官银110万两，却没有修成一寸铁路。到1998年，全中国的铁路还没修到7万公里。历史学家唐德刚因此在《袁氏当国》一书中无奈地评论说，“孙中山先生要在民国初年建20万里铁路，岂非大炮哉？”
孙中山的经济理念很有国有化经营的倾向。1912年4月5日，他曾说了这样一番话：“余乃极端之社会党，甚欲采择显理佐治氏主义施行于中国，中国无资本界、劳动界之争，又无托拉斯之遗毒。国家无资财，国家所有之资财，乃百姓之资财。民国政府拟将国内所有铁路、航业、运河及其他重要事业，一律改为国有。”“显理佐治”（Henry George），后世翻译为“亨利·乔治”，是一位主张土地国有化的美国思想家，他所著《进步与贫困》一书深受孙中山的推崇，被孙中山认为“深合于社会主义之主张”，“实为精确不磨之论”。
孙中山的国有化思想，至少在铁路事务上，与盛宣怀是十分相近的。所以，他写信邀请后者返国襄助修路。他在1912年3月15日的信函中写道：“兴实业以振时局，为今日不可少首。执事 伟论适获我心。弟不日解组，即将从事于此。执事经验至富，必有以教我也。”盛宣怀则在回函中为他的铁路国有化辩解说：“民间资本微而利息高，不可使投入铁路股本，须留以办其它实业。语语皆如铁铸，宜乎中外欢呼！”
孙中山的国有化思想在当时并没有形成政策，其得到实践要等到1927年之后。
1911年之后，随着清政府的覆灭，国营的洋务企业大多被民营化。其中最具标志意义的是，当时最大的官督商办企业轮船招商局的股权变革。
招商局一度是洋务运动最显赫的成果，被李鸿章自诩为“开办洋务来，最得手文字”。可是，自从唐廷枢、徐润被逼走之后，官商接手，日渐暮气重重，最后竟落到了严重亏损的境地。
国营企业的一切弊端，在招商局身上都无比生动地一一呈现。首先是体制僵化，管理极度混乱。在国营体制下，没有人真正对企业利益负责，于是，从督办、总办到所有管理者，大都是“豪滑之徒”，“六总办、三董事、一顾问，无一非分肥之辈”，被荐入局内的人，则是一些“不士、不农、不工、不商”的“四不像”。他们挂名企业，坐地分肥，冗员无穷。据1908年的统计，招商局总局有各等管理人员207个，每年薪水开支7.4万两白银。
局内贪污成风，一个叫杨士琦的督办上任不久，干的第一件事情就是主持私分了10万两的漕运费用。他还给朝廷写了一份自我表扬的报告，称“官督商办，已著成效”。于是在这种督办的领导下，全局上行下效，互相串通，以贪污为能事，在船运业务中，夹带私货、少报客位、多报开支、偷漏客货、私收仓储费用等等，成了公开的现象。这种企业怎么可能有竞争的能力？到1895年前后，招商局在长江航运中的优势已经消失殆尽，太古、怡和等外国公司再度横行中国江海，“航路搀夺，主客之势互易”。更为可笑的是，连漕运业务也出现了亏损。为了扶持招商局，李鸿章原本专门给予漕运以政策性扶持，到了后期，漕运业务竟也被洋行争走不少。在1897年，太古就曾经与北洋军私下签订了每年装运军米的合同。1902年，太古夺走了运河漕运量的60%。从1898年到1911年，招商局的漕运竟结亏98万余两。
在经营极度混乱的同时，雪上加霜的是，政府还把这家国营企业当成了“提款机”。因中央财政空虚，清政府以各种名目向招商局摊派。1899年，朝廷规定招商局每年在分配红利之前，需先上缴两成盈余，“以尽报效之悃”。此后，企业所得利润的68%作为官利上缴，13%作为“报效”上缴，其余的19%才按股权进行分配。此外，捐款项目更是层出不穷。凡是一个新事业出现，招商局都是重要的出捐对象，仅盛宣怀便以创办北洋大学堂、南洋公学及达成馆为名义，要求招商局每年捐款8万两。
到晚清后期，招商局更是成了北洋军队的“免费运输队”。继盛宣怀之后，袁世凯曾经控制招商局长达五年之久。在这期间，从接送官兵到运输军需，都是招商局免费承担，甚至连外国官员到华访问，也要招商局出船免费护送。1897年，总理衙门谕令招商局派轮船专送俄国使节由沪返津，为时13天，费银8 232两，这笔钱“禀报作为报效”。据民国初年编纂的《轮船招商局节略》记载，“北洋提去用款每年数十万，商情敢怒而不敢言”。郑观应在1909年算了一笔账，招商局历年的各类摊派费用高达130万两，相当于公司总股本的1/3。
从1895年到1905年的10年中，外国公司在中国江海航线上的船只总吨位增加了2.32倍。作为国内最大轮船公司的招商局则毫无作为，其吨位比例下降到17%左右。从1903年到1906年，是全国经济成长较快的时期，招商局竟然仍然面不改色地连年亏损，“四年之内，产业既有减无增，公积亦有少无多。仰且亏空百万，局势日颓，人人得而知之”。就这样，在长达17年的时间里，招商局不仅尽失市场优势，而且毫无积累，反而净亏45.7万两，成了一家名副其实的亏损大户。
任何一家国有企业，只有烂到骨子里的时候，管制的手才会不情愿地稍稍松开，这几乎是一条“公理”。到清末，招商局已是百病缠身，官督商办体制完全成为约束企业发展的桎梏，民间的力量开始浮现。1910年6月，在形势飘摇之际，招商局召开第一次股东年会，与会股东500余人。会议通过提案，决定“注重商办，所有用人之权即由商主之”。1911年8月，在股东们的争取下，邮传部终于颁布《商办轮船招商局股份有限公司章程》，承认招商局“完全商股”，“悉按商律股份有限公司办理”。两个月后，辛亥革命爆发。又过了四个月，皇帝逊位，也就是说，在清政府即将覆灭前的半年，招商局才终于获得了资本上的自由。
然而，商办的招牌油漆未干，招商局很快又成为新政权的争夺之物。
1911年12月，新成立的上海沪军都督府都督陈其美致函招商局，要求“派员驻局为会长”。董事会讨论后决定予以回绝，回函称“毋庸派员”，可以指派一人随时来局交涉，同时还提出了两个条件：一是“以战事停止为度”，二是交涉人员不得干预局务。陈其美后来又几次去函，要求派员入驻，董事会均以“此事关系重大，非本会少数董事所能议决”为借口，婉言回绝。
1912年1月，孙中山在南京组建中华民国临时政府。当时，政权不稳，令不出南京，而且国库根本没钱，急得陆军总长黄兴“寝食皆废，至于吐血”。于是，在临时政府的第一次内阁会议上，革命家们作出了三条决议，其中第二条就是专门针对招商局的：“筹措军饷，拟将招商局抵押一千万两。”抵押的接受国是日本。
第二天，广东北伐军总司令姚雨林以“陆军全体军官将校”的名义致电招商局，发出“抵押招商局，暂借于中央政府以充军用”的命令，电文限招商局在48小时内作出答复。姚总司令的命令遭到招商局抵制，在董事会上，除了两位广东籍董事表示赞成外，其余人都拒绝表态。22日，招商局复电政府，要求放宽期限为10天。23日，黄兴电令陈其美，如果招商局不立即作出答复，就派军队对该局“下拘获候令”。招商局仍然抵抗，董事会分别致电黄兴和孙中山，提出“中央政府必须有相当担保并相当利益，才可有词宣告各股东，不致临期反对”。为了引起舆论关注，这份电报还被刊登在上海的报纸上。
随后几天，双方仍然拉锯。2月6日，临时大总统孙中山亲笔写函给招商局，说明“政府因于军需国用孔亟，非得巨款无以解决民国之困难”，并对董事会的抵制表示理解，提出委派专员与企业进行更进一步的沟通。四天后，政府特派陈其美、汪精卫参加了招商局的特别董事会，在再三的讨价还价后，董事会最终同意借款，同时提出几项优待条件。其一是“本利俱由中华民国政府担任偿还，不使招商局受丝毫之损害”，还有一条则是要求“扩张其外洋航线，予以相当之补助津贴”。
这场借款风波，政商对立，剑拔弩张，惊险非常，堪称企业史上很奇特的一幕。招商局董事们的行为，表明在当时的氛围中，企业家阶层正呈现出前所未见的博弈力量。这项借款事宜达成后，英美两国担心日本从此控制招商局，便积极阻止，最终以招商局借给沪军都督府50万两了事。
虚惊一场的招商局从此进入完全商办时期，一直到1932年，它又被蒋介石政权以无比强势而血腥的方式收回为国有。
清王朝的灭亡，在商业世界引起的另外一个连锁效应，是“天下第一商帮”晋商的“殉葬”。