黄万里还对“黄河清，圣人出”的憧憬提出了科学的质疑，他说，“指望黄河清是违背客观规律的”。黄河流淌到中游时，黄土高原受雨水侵蚀，黄河及各支流对黄土层的切割是一个自然过程，即使黄河两岸没有人为的植被破坏，黄河也是含沙量很大的河流，下游河道的淤积改道也是必然的。黄万里说：“出库的清水将产生可怖的急速冲刷，防止它要费很大的力量。每秒6000立方米的清水可能比短期每秒10 000立方米的浑水难以防治。就是一年四季只有每秒600立方米的清水，也是不易应付的。”
黄万里的观点被认为是危险的和“大逆不道”的，在那次规划会上，他与其他专家激辩七日，终于不敌。日后，他回忆说，那些一致赞成修建三门峡大坝的专家们，实际上不是不懂其中的道理，但因为苏联专家说了能修，领导也说了能修，所以这些专家们就开始跟风。他在一篇题为《花丛小语》的散文中，很讽刺地写道：“文人多无骨，原不足为奇，主要还是因为我国学者的政治性特别强。你看章某原有他自己的一套治理黄河的意见，等到三门峡的计划一出来，他立刻敏捷地放弃己见，大大歌德一番，并且附和着说，‘圣人出而黄河清’，下游治河，他竟放弃了水流必然趋向挟带一定泥沙的原理，而颜地说黄水真会清的，下游真会一下子就治好，以讨好领导他的党和政府。试想，这样做，对于人民和政府究竟是有利还是有害？他的动机是爱护政府还是爱护他自己的饭碗？”因为反对三门峡项目，黄万里被打成右派，失去了教书的权利，被发配到密云水库当苦力。
1957年4月13日，三门峡水利枢纽工程隆重举行开工典礼。1958年11月，三门峡工程开始黄河截流，1960年6月高坝筑至340米，开始拦洪。1960年9月，三门峡大坝建成，大坝下闸蓄水。工程总投资达40亿元，相当于40座武汉长江大桥的造价。
后来发生的事实不幸被黄万里言中。苏联拥有在一般河流上梯级开发的丰富经验，但是在他们的版图上并没有黄河这样多泥沙的大河。由于对黄河流域生态环境及泥沙条件估计不足，就在大坝建成的当年，潼关以上渭河大淤，淹毁良田80万亩。仅一年半之后，水库中已经淤积泥沙15多亿吨，远远超出预计，并在渭河河口形成了拦门沙，渭河也成了地上悬河，对关中平原造成了严重威胁，灾难直逼西安。三门峡蓄水水位从此不敢再抬高。1967年黄河倒灌，渭河口的河槽全被淤塞，尤其是1968年渭河在陕西华县一带决口，造成大面积淹没。三门峡水库改为低水头发电，装机容量一再减少，只有原设计的1/4。
三门峡成为建国后争议最大的水利工程之一，其后数十年反思之声不绝。1979年3月21日，陈云在政治局会议上说：“156个大型工程项目中，三门峡工程是经过我手的，就不能说是成功的，是一次失败的教训。”2003年10月，中国科学院、中国工程院院士张光斗和前水利部部长、中国工程院院士钱正英共同呼吁：三门峡水库应该尽快停止蓄水和发电。
除了水利成效不彰之外，三门峡的建设还毁坏了众多人文景观，其中最让人痛心的是潼关的拆毁。
潼关地处关中平原东端，横踞秦岭和黄河之间，虎视长安（今西安），号称“中原第一关”，是中国历史上最著名的人文地标之一。自商周到唐宋，中国的政治中心曾长期在长安和洛阳之间游移摆动，在其之间，潼关就是肩挑两京、力压千钧的支点。在这里，大大小小发生过数百次战争，其中影响到整个中国命运的即达60多次，如殷周时闻太师与姜子牙之战、三国马超大战曹操、唐代安禄山与哥舒翰之战、黄巢起义军攻占潼关、明代李自成与明军的决死之战。在三门峡水库的建设过程中，潼关正处在苏联专家所规划的蓄水水位线之内，因此，潼关旧城被迁毁殆尽。但是事实上，三门峡的蓄水水位从来没有到达和淹没过潼关城，也就是说，一个技术性的误判毁掉了中国历史的一段记忆。
与潼关一起被拆毁的，还有蒲州、朝邑、陕州等古城池。黄万里日后很哀伤地赋诗曰：“人间浅识一何多，斩断流沙三门阖！”
“一五”时期，包括苏援工程在内，中国建成了595个大中型建设项目，完成基本建设投资总额588.47亿元，五年新增固定资产相当于1949年接收时的4倍，是1936年到1978年之间，经济增长最快的一个时段。我们接着来解答两个疑惑：第一，“一五”时期的大规模建设资金是从哪里来的？第二，民营资本在这场大建设中扮演了怎样的角色？
在500多亿元的资金中，有3%是苏联贷款，其余均为国家投资，其中79%来自中央财政。这么庞大的资金供应，主要来自两块，一是全民勒紧腰带抓工业，二是农业对工业的反哺。
为了在短时间内把重工业抓上去，从中央到地方倾全力而为之，计划经济的威力以及因此而形成的“举国效应”发挥了重大作用。以用电量为例，“一五”期间，全国电力的八成以上都用于工业，农村用电只占全国电量的0.6%，城市生活用电占13.5%。
此外，农业对工业的反哺非常之大。这也形成了延续数十年的城乡“剪刀差”现象。
就在城里大动土木的时候，广袤的农村正在发生一场粮食危机。从1952年到1954年，华北和长江淮河流域发生洪灾，再加上工业发展对粮食的需求大增，以及大量人口进城当工人，粮食短缺突然变得十分突出。
1952年7月到1953年6月的一年中，国家收入粮食547亿斤，支出587亿斤，赤字40亿斤。1953年的城镇人口比上一年增加600万人，农村吃商品粮的人口也高达1亿人。粮食形势十分严峻，许多地方出现了抢购粮食的现象，农民更是囤粮惜售。在河南、湖广等粮区，私人粮贩再度大量出现，民间粮市的牌价比国家收购价格高出20%到30%。到1953年秋天，一些城镇出现数千人以至上万人在国家售粮点排队争购粮食的情景，甚至连北京和天津等大城市，也不得不实行限额配售。全国财经委员会召开紧急会议，讨论的结果是：“问题很大，办法不多，难以为继。”
中央决策面临两难，陈云自喻是“挑着一担炸药”。他说，我这个人属于温和派，不属于激烈派，总是希望抵抗少一点。但我现在是挑着一担炸药，前面是黑色炸药，后面是黄色炸药，如果搞不到粮食，整个市场就要波动，如果采取征购的办法，农民又可能造反，两个中间要选一个，都是危险家伙。
最后，陈云在深思熟虑之后，提出了最强硬的办法，那就是在农村实行征购，在城市实行配给，简称为“统购统销”。1953年11月23日，政务院发布《关于实行粮食的计划收购和计划供应的命令》，提出定产、定购、定销的“三定”政策，要求全国各地以乡为单位，确定全乡每户的常年计划产量和全乡粮食统购统销的数量，粮食买卖纳入国家的整体计划。这一工作的难度非常之大，中共中央要求“全党动手，全力以赴”，仅中南地区就动员了330万干部和积极分子下乡做农民的思想工作，毛泽东也深知此事的艰难，说：“这样做可能出的毛病，第一农民不满，第二市民不满，第三外国舆论不满，问题是看我们的工作。”他要求，宣传工作要大张旗鼓，但报纸一字不登。
在控制了粮食的购销渠道后，随即在城市实行定量供应。1955年8月25日，国务院全体会议第17次会议通过《市镇粮食定量供应凭证印制暂行办法》，从此，在中国经济史上出现了一个新的名词，粮票。所有城镇居民都配发到一个《居民粮食供应本》，凭此到指定的国营粮店兑换。没有粮票，将无法购买到一粒粮食。粮票的发明是计划经济最生动的体现，从此，中国进入“票证的年代”，随后，各种民用商品如猪肉、食油、煤球、自行车、糕点、鸡蛋、鱼甚至火柴等，都需要用特定的票证才能购买。
比粮票还要早一年多的是布票。1954年全国棉纱、棉布统购统销后，9月份就实行了凭“布票”（又称棉布购买票、购布证、购布券）限量供应棉布的政策，这是工业消费品的第一种票证。
当时，根据南北各地的气候不同、城镇大小不同、对棉布的最低需求量不同，制定了不同的布票定量标准。例如，北京市每人每年发放17尺3寸布票，刚够成人做一套蓝布制服；天津市每人每年可领取13尺，江西省发放11尺；最北方冬季漫长又严寒的哈尔滨市每人每年24尺布票，可做一套棉衣；而南方亚热带地区城镇每人每年7尺4寸布票。布票的取消，是在1984年，而粮票的取消则要到1993年。
票证的发明，不但将城镇居民消费彻底纳入计划的轨道上，同时，它与户籍制度形成一种结构性屏蔽，没有票证的农民从此无法在城市里购买到生活必需品，因而不可能任意进城，从而在物资短缺的年代里，减轻了城市的人口压力。
统购统销政策的实行，在当时解决了粮食及商品危机，同时形成了农业对工业的反哺机制，它的后遗症也是深远的。购销两头被卡住后，农民产粮、产棉的利益被刚性化，再加上后来推行的人民公社制度，最终使生产积极性严重受挫，农作物产量长期徘徊不前。薄一波反思说：“问题和教训在于，大跃进和十年动乱的大曲折，人口增长的失控，不仅使我们长期找不到机会来改变这一政策，而且还不得不从购销两头越勒越死。”农业发展的停滞，进而造成原料物资及各种产成品的全面紧缺，中国经济逐渐滑入短缺的周期中。
美国的《时代周刊》早在1954年3月的一篇报道中就报道了农民生产积极性下降的景象，稍微富裕的农民不敢借出生产工具，即使出借也不敢要租金，一些人干脆把公牛卖了，这使得生产积极性下降，产量也随之下降。1957年12月9日，它更将统购政策、城市配给制度以及工业化建设联系起来，它描述道：“北京也和其他城市一样，猪肉实行着配给制。但是即使是在配给制状态下，猪肉仍然供不应求。记者报道上海市民早晨3点钟就起床，为的是在菜市场排在前面能够买到肉。农村虽然不施行配给，但是农民现在吃的肉还不如过去的一半数量，因为国家用固定的底价垄断地购买了猪肉，然后再按照垄断的高价格出售，农民远远买不起这样价格的猪肉。猪肉都去哪里了？答案是政府用肉偿还从苏联进口的工业产品……政府的雄心在于不惜代价地提高工业实力。”
农业对工业的反哺是巨大的。据董志凯和吴江的研究，在“一五”时期，全部工业产值中，以农产品为主要原料的产值约占50%左右，农副产品和用农业原料制成的工业品，在国内市场主要商品供应量中约占80%，在出口总额中约占75%。农民每年把净收入的约7%作为农业税上缴国家，同时，由于工农产品之间的差价，也就是“剪刀差”，农民又把相当于净收入的约5%奉献给国家积累，两项合计为12%。以另外一种方式计算，国家预算收入中，农民所缴农业税约占10%，由于农业及其副业品收购、加工、销售和运输等的利润和税收，间接构成财政收入的40%（其中包括工人所追加的价值），合计为50%。然而，“一五”时期国家对农业的投入比重为基本建设总额的7.1%，加上农村救灾经费、推广优良品种和新式农具、改良农业技术的经费，合计约等于农民缴纳税款的1/3。可见，工业化所需资金主要是由农业积累产生的。
粮食和棉花的统购统销政策将一直执行到1985年，长达32年之久。2007年，中央党校教授周天勇撰文认为：“建国后我们一直通过工农价格差、城乡“剪刀差”向城市和工业提供丰厚的原始积累，农民为工业化和城市化提供的积累，最保守地估计高达30万亿元。”
在“一五”建设规划中，私人企业和私人资本的参与度几乎为零，它们已经被彻底地边缘化。随着计划经济体系的确立及国有资本的迅猛扩张，给予它们的空间已经越来越小。在这样的情形下，资本家所期望的最后一件事情是，他们现有的资本及投资收益到底能否保全。