各种类型的肠道病毒可引起手足口病，同型的病毒可侵犯人体的不同器官而引起不同的临床综合征，不同型别的病毒又可侵犯相同的器官而引起相似的临床表现。而且病毒感染性疾病个体反应差别非常大，一部分儿童得病后很快痊愈，也有部分儿童症状很重。这主要取决于患儿体质状况、受感染病毒毒力强弱的影响，所以其临床表现复杂多样。
普通病例的临床表现
手足口病潜伏期是2~10天，常见为3~5天。多发生于学龄前儿童，尤其以小于3岁儿童为高发年龄段，可引起手、足、口、臀部等部位的斑丘疹或疱疹。
部分孩子发病前无明显不适，约半数孩子在发病前1~2天或发病的同时有发热，伴乏力，可出现咳嗽、流涕等感冒样症状，也可出现食欲减退、恶心、呕吐、腹痛等胃肠道症状。
手足口病临床表现主要以手、足、臀部皮疹及口痛为特征。典型皮疹是手心、足底、口腔黏膜出现米粒大小的小水疱，一般为淡红色，疱液较少，疱壁周围有一红晕。皮疹出现于手掌、足底时，更具有诊断意义。口腔黏膜出现的疱疹、溃疡多见于舌、颊黏膜及硬腭等处，偶可涉及软腭、牙龈、扁桃体和咽部，疼痛明显，患儿常因疼痛致吞咽困难而拒食。同一患儿并非一定在手、足、口、臀的所有部位都出现皮疹，大多数只是在两三个部位有皮疹发生。疱疹具有“四不”特征：不痛、不痒、不结痂、不留疤，并且无色素沉着，1周左右消退。多数患儿体温亦在1周内下降，病情也随之恢复。绝大多数患儿病情较轻，病程自限。
重症病例的临床表现
手足口病重症多发生于3岁以下的幼儿，尤其是EV71感染的患儿容易出现神经系统受累。因为EV71具有神经毒性，累及神经系统时主要表现为急性脑炎、脑膜炎、脑干脑炎、脑脊髓炎等。中枢神经系统受累往往出现于皮疹后2～4天，表现为精神差、嗜睡、昏迷、抽搐、肢体无力、急性瘫痪、尿潴留等。
一、早期症候
早期识别与规范治疗重症患儿是成功救治的关键。
重症病例的早期特征包括：
1.持续高热不退。
2.精神反应差、昏睡、呕吐、易惊跳，肢体抖动、无力，或出现弛缓性麻痹。
3.呼吸增快、心率增快、面色苍白。
4.出冷汗、末梢循环不良。
5.血糖增高。
6.血压升高。
7.外周血白细胞计数明显增高。具有以上特征，尤其是3岁以下的患儿，病程在5天之内者，有可能在短时间内发展为危重性病例。医务人员及家属应密切观察病症变化，有针对性地做好救治工作。
二、临床表现形式
持续昏睡、呕吐与惊颤为重症三大前兆。应特别嘱咐患儿家属注意观察重症前兆，及时就诊。神经系统受累的临床表现主要有惊颤、烦躁不安、头疼、呕吐、颈部坚硬与疼痛、眼睛复视、斜视，以及睡眠状态改变如嗜睡、昏睡或无法入睡，出现意识状态异常如胡言乱语、视听幻觉，肢体运动出现异常如肌张力减低或增强、步态不稳、肢体麻痹、运动失调。手足口病患儿脑干受累会引起休克，休克前常见自主神经兴奋症状，包括脸色苍白、心跳过快、血压上升、出冷汗、肢体颤抖、神情紧张、高血糖等。
危重病例的临床表现
一、神经系统症候
因手足口病重症极易发展为危重症，所以手足口病危重症状也多发生于3岁以下的幼儿，其神经系统症候表现与重症相同。严重者表现为颅内压增高或脑疝，如深度昏迷、持续抽搐、呼吸浅表不规则、双吸气或呼吸停止、剧烈头痛、血压升高、脉搏缓慢、瞳孔大小不等、对光反射迟钝或消失等。
二、呼吸系统症候
神经源性肺水肿是指继发于中枢神经系统损伤后的肺水肿，目前其病理机制不清楚，可能与颅内压升高、儿茶酚胺分泌增加、血流重新分配、肺血流量明显增加、肺动脉高压、肺动脉毛细血管有效滤过压增加有关。神经源性肺水肿和肺出血是手足口病最严重的并发症，也是患儿死亡的主要原因。患儿出现呼吸浅促、呼吸困难或呼吸节律改变及口吐白沫或粉红色血性泡沫，随病情进展可迅速出现口唇发绀，严重的低氧血症无法缓解，肺部听诊可闻及干啰音和湿啰音，提示已经出现神经源性肺水肿。
三、循环系统症候
手足口病患儿在原发病的基础上出现面色苍白、皮肤发花、四肢发凉、指端发绀、出冷汗、心率增快或减慢、血压升高或下降、呼吸急促、脉搏细弱、尿量减少、精神委靡、毛细血管再充血时间延长、心音低钝、心律不规则、肝脏增大等表现时，提示患儿已经进入休克等循环功能障碍的状态，应尽快采取有效措施，阻断病情进一步加重。
四、消化系统症候
危重症手足口病患儿常可并发胃肠功能障碍和胃肠出血，考虑为应激反应，临床表现为腹胀、肠鸣音减弱或消失、呕吐物或胃肠引流物有咖啡色液体、黑色大便或柏油样大便，大便潜血阳性。短期大量失血超过25%时可出现休克，主要为面色苍白、四肢发凉、脉搏细弱、血压下降、脉压差减少等。出血过多可致失血性贫血，当无明显原因出现进行性血红蛋白下降时，应考虑到尚未排泄的胃肠出血。对特别危重的手足口病患儿，应置胃管，以便了解患儿胃肠道有无出血，并及时处理。