血常规
轻症手足口病患儿的血常规一般无显著改变，这符合一般病毒感染的血常规特征，白细胞总数一般不高或降低，淋巴细胞或单核细胞相对增加。重症患者尤其是合并心、肺、脑并发症的患者，多有白细胞总数明显升高；重症患儿血常规改变的发生机制与病毒侵犯中枢神经系统，从而引起神经系统功能紊乱机体反应剧烈，以及机体处于高应急反应状态等有关系。白细胞总数升高的程度与疾病严重的程度成正比，与预后密切相关。
生化指标
一、肝功能
手足口病患儿肝功能一般正常，部分病例可有轻度丙氨酸基转氨酶（ALT）、天门氨酸氨基转氨酶（AST）等升高。危重患儿并发多脏器功能损伤时，ALT、AST可明显升高至1000单位/升。
二、肾功能
EV71感染所致手足口病的患儿肾功能一般正常，并发多脏器功能损伤时可出现血肌酐、尿素氮不同程度升高。
三、血糖
轻症手足口病患儿的血糖一般在正常范围内，重症患儿早期可出现高血糖，尤其合并神经源性肺水肿时，可出现显著的高血糖。其病因考虑与病毒侵犯中枢神经系统，造成自主神经系统紊乱，交感神经兴奋，血液中肾上腺素和胰高血糖素分泌增多有关。
四、心肌酶
手足口病患儿一般心肌酶正常，重症患儿可并发心肌损害而出现心肌酶谱的改变，表现为乳酸脱氢酶、谷草转氨酶、羟丁酸脱氢酶和肌酸激酶同工酶等异常。有研究表明，手足口病严重期，心肌酶谱明显升高，其升高程度与疾病严重程度成正比，与预后密切相关。轻症患儿的凝血检查指标，如血小板和凝血四项在正常范围，但少数危重患儿可出现血小板较少，凝血酶原时间（PT）和活化部分凝血活酶时间（APTT）延长。
脑脊液
轻症手足口病一般无神经系统并发症，不必进行脑脊液检查，但重症患儿可并发明显的神经系统损伤，应及时进行脑脊液检查。脑脊液外观清亮，压力增高，白细胞总数增多并以淋巴细胞数目增高为主，蛋白含量正常或轻度增高，但糖和氯化物正常。可以测定脑脊液中肠道病毒中和抗体的滴度，与恢复期相比，急性期脑脊液中肠道病毒型特异性中和抗体滴度呈4倍或4倍以上增高，或肠道病毒型特异性中和抗体滴度≥1∶256，具有诊断意义。随着病情好转，其脑脊液白细胞也恢复正常。脑脊液中白细胞总数对于预测患者预后及监测病情变化有重要意义，故对并发神经系统损伤的重症患儿要及时进行脑脊液检查。
心电图与脑电图
一、心电图
手足口病患儿大部分表现为正常心电图，少部分表现为心律失常和ST-T改变。伴有中枢神经系统损伤的重症患儿，心电图表现也不具有特异性，包括窦性心动过速、ST-T改变、各种房室传导阻滞等，少数患儿出现窦性心动过缓、窦性心律不齐。危重症型的手足口病患儿心电图则表现有室扑、室颤、右束支传导阻滞等。恢复期患儿心电图表现为窦性心律、不完全性右束支传导阻滞和Ⅰ度房室传导阻滞。
二、脑电图
未合并中枢神经系统损伤的手足口病患儿脑电图无明显异常改变。当合并单纯的病毒性脑膜炎时，脑电图改变轻微，多表现为慢波活动稍增多，一般后头部的慢波活动增多比较明显。多数患儿表现为θ活动增多，偶有患儿变现为δ活动增多，治疗5～10天，大部分都恢复正常。随着病情进展，患儿可出现全导高幅，多形性δ活动为主要背景。此类患儿若治疗及时，一般2～4周脑电图逐渐恢复正常。四肢惊颤由脑干损伤引起，而不是大脑皮质异常放电引起的，故惊颤患儿脑电图一般无明显异常。若病情进展，患儿进入昏迷状态，全导只见持续性δ波及活动为背景，外界刺激脑电图无改变或出现广泛性的慢波波幅逐渐降低，频率更加变慢，出现低电压脑活动，最终至病理性电静息状态。这种患儿预后极差。
影像学
一、肺部
（一）X线胸片
轻症手足口病患儿肺部影像无异常，重症患儿早期常无明显异常或仅有双肺纹理增粗模糊。出现神经源性肺水肿时，X线胸片可出现右肺或双肺大片浸润影，表现为肺野内大片云絮状密度增高影，有时可见支气管充气征，肺水肿的分布是下部比上部多，内侧比外侧多，且由内向外密度逐渐变淡，进一步发展为双侧对称型非心源性肺水肿。严重的肺水肿可伴有少量的胸腔积液，且多为两侧。
（二）CT检查
手足口病患儿胸部CT早期无明显特异性，可见肺纹理明显增强或斑片状阴影。随着病情进展，出现神经源性肺水肿，CT扫描可见磨砂玻璃样改变、小结节样影、小片状实变等。进展中后期，出现高密度结节，逐渐发展到团絮状或斑片状大片实变边界模糊的密度增高影。出现少量肺出血时，CT表现为肺泡密度增高影，大量出血时，表现为斑片状、大片状的云絮样改变，比一般炎症密度增高；随着病情进展，CT表现为实变，密度较炎性渗出性改变增高。恢复期患儿间质纤维化，CT表现为网格状阴影。
二、脑部
EV71感染引起的重症手足口病患儿易并发中枢神经系统损伤。并发脑膜炎时，MRI平扫多无异常改变。并发脑干脑炎时，T2W1显示为高信号、T1W1常不显示，无明显的高占位效应，这种征象反映了脑组织的急性炎症。随着病情进展，MRI表现为T1W1低信号、T2W1高信号、DW1高信号，边缘模糊不清，占位征象不明显，部分患儿脑干萎缩，脑干中央空洞形成。并发脑炎时，大脑最常受累部位为基底节区、颞枕页，小脑为小脑齿状核，MRI表现为T1W1低信号、T2W1高信号、DW1高信号。当引起大脑动脉内膜炎时，出现脑梗死样改变，最后发展成脑软化灶，晚期出现脑萎缩。并发脑脊髓炎时，MRI可早期发现脊髓和脊神经根病变，病变较重时，脊髓前角区形成裂缝样空洞。这是脊神经前跟强化，后跟未强化所致，患儿临床则出现尿潴留而没有感觉丧失。
实验室诊断
手足口病是一种具有充分特征性的临床综合征，一般是通过采集适当的临床标本，然后进行病毒分离和病毒鉴定来确诊的。如果没有采到合适的临床标本，或无法进行病毒分离，也可以通过血清学检测（如中和实验）来检测血清中的中和抗体，或直接从临床标本中检测病毒的核酸来诊断。
一、病毒分离
引起手足口病的肠道病毒有很多种，不同细胞系对不同病毒的敏感性是有所不同的，而不同时期肠道病毒的流行株也不同。通常用于肠道病毒分离的细胞系为RD细胞（对CVA16和EV71敏感）、HEp-2细胞（对某些柯萨奇B组病毒敏感）等，联合使用上述两种或更多细胞（如Vero细胞）有助于分离到更多的肠道病毒。
二、血清学检测
使用血清型特异性的中和抗血清进行的中和实验是肠道病毒鉴定的基本方法，如果使用了适当的抗血清，实验结果是比较可靠的。因为肠道病毒包括若干个血清型，通常使用组合抗血清进行鉴定，有些组合抗血清已经商品化。
当无法进行病毒分离或得不到适用于病毒分离用的标本时，血清学检测可以为肠道病毒的感染提供一个间接的证据。此方法一般用急性期血清与恢复期血清的检测结果进行比较，抗体滴度呈4倍或4倍以上增高证明有急性感染。但是，无症状的肠道病毒感染也是常见的，所以对检测结果的解释要慎重一些。
三、分子生物学检测
为了提高检测速度，也为了辅助中和实验法进行毒株鉴定，最近很多实验室都使用分子生物学方法。目前，用分子生物学方法对肠道病毒进行定型还没有统一的标准，而且要根据检测目的选择使用适用的方法。依据2008年中国疾病预防控制中心（CDC）开展全国手足口病原学检测的培训内容，目前实验室检测手足口病病原体的常用方法为RT-PCR和实时荧光定量PCR。荧光RT-PCR检测方法比普通RT-PCR方法具有更方便快捷、特异、敏感、减少污染、省时省力等优点，但检测成本比普通RT-PCR试剂高。
（一）普通RT-PCR检测原理
根据已知肠道病毒5-UTR区基因序列及EV71、CVA16的VP1-VP3基因序列，设计特异性引物（PE、EV71、CVA16），通过NestedRT-PCR扩增基因片段，检测标本中是否存在肠道病毒EV71、CVA16和其他肠道病毒。
（六）结果判断
PCR产物行2%琼脂糖凝胶电泳，出现相应长度的扩增产物即为该基因检测阳性（产物：EV71S-EV71A引物：226bp；CVA16S-CVA16A引物：208bp；PE2－PE1引物：116bp）。
四、检测结果的评价
如果从临床标本中分离到肠道病毒，尤其是分离自脑脊液、疱疹液，很可能该病毒就是病因病原。当无法进行病毒分离或未分离到病毒时，血清学诊断方法可以作为病毒感染的间接证据。如果难以分离到肠道病毒，分子生物学方法如RT-PCR是很有用的。肠道病毒有时引起无症状感染，所以实验结果的实际意义应结合临床过程和流行病学资料进行解释。