万历年间是中国历史发展的一个特殊时期，在朱翊钧执政期间，中国出现了资本主义生产关系的萌芽，全国的经济总量达到了中国古代的巅峰。
然而，由于朱翊钧与文官群体在“立储之争”观念上的对抗，其执政懈怠近三十年，导致阶级矛盾加剧，政治日益腐败，女真趁虚兴起，因而种下了明朝灭亡的祸根。
黄仁宇在《万历十五年》中这样总结：“1587年，是为万历十五年，岁次丁亥，表面上似乎是四海升平，无事可记，实际上我们的大明帝国却已经走到了它发展的尽头。”
皇太后教子传孝道
1568年（隆庆二年），朱翊钧被立为太子时刚六岁。小小年纪，不但绝顶聪明，而且为人至孝。他的父亲朱载垕一生不受宠爱，也未得过太子的名分，而朱翊钧却轻而易举地得到了。
这年的冬天，隆庆皇帝朱载垕为太子举行了册封典礼。
礼成，朱翊钧的母亲高兴极了。
朱翊钧有两位贤良的母亲：一位是父亲隆庆皇帝的皇后陈氏，另一位是亲生母亲李彩凤。
1558年（嘉靖三十七年）九月，才貌出群的陈氏在海选中被选为裕王朱载垕继妃。1567年（隆庆元年）三月，陈氏被册立为皇后。她的父亲陈景行因此被提拔为城兵马指挥司指挥，后改授锦衣卫副千户，封固安伯。陈景行一向注意礼仪，恭敬谨慎，低调做人，每逢宫里有遣祀、册封诸典礼，他事前一定要进行斋式。陈氏的品德跟她接受的家庭教育分不开，她也是一辈子讲究谦让，不争不闹。
本来，朱载垕不是长子，也不受宠，就安心当裕王。谁知，他的两个哥哥先后都死了，嘉靖皇帝朱厚熜崩后，论次序，朱载垕登基了。三十岁才坐上皇位的朱载垕开始沉湎酒色，尽情享受。
陈氏善意劝谏他约束，朱载垕不但不听，反而责令陈皇后从坤宁宫迁居，把她赶到了冷宫居住，慢怠衣食，皇后的待遇给取消了。陈皇后被打进了冷宫，羞愤交加，抑郁成疾而大病不起。
直到朱载垕驾崩，陈皇后也没有回到中宫。
朱翊钧的生母李彩凤，本是裕王府的使唤丫头，因长相妩媚动人，就被裕王看中，收在房中。
1562年（嘉靖四十一年），十七岁的李彩凤生下了朱翊钧，即后来的万历皇帝。两年后，她又为裕王生下第二个儿子，即后来的潞王朱翊镠。命运就是这样的巧，李彩凤三年生了两个儿子，立刻由一个卑微的宫女，晋升为才人，有了名分。
裕王登基成为隆庆皇帝后，陈氏被晋封为皇后，住坤宁宫；李彩凤则被晋封为皇贵妃，居慈宁宫。
李彩凤虽然母以子贵，但生性淳朴善良，她对陈皇后恭敬友好，给朱翊钧做了榜样，朱翊钧身上很多的好德行，就是向母亲学习来的。李彩凤教育的不仅仅是学问，而且是为人之道，她对万历皇帝朱翊钧有极大的影响。
李彩凤对儿子的学习和生活要求非常严格，如果不好好读书就要长时间罚跪。即使朱翊钧做了皇帝以后，她也不放松。
1581年（万历九年），李彩凤为女儿寿阳公主选驸马，三位候选人，有两位仪表堂堂，举止高贵，而她却选定了穿着朴素的侯拱宸，还说：“此子浑朴不雕，真我家儿也。”决定一出，举朝哗然，无人不对太后的决定敬佩有加。
然而，正当朱翊钧一心一意用功学习的时候，他的父亲隆庆皇帝朱载垕却因地位和环境的变化，开始不思图治，追求享乐生活了。他把国家大事全部推给时任首辅的高拱等内阁大臣，自己却纵情****，不听臣下劝谏。
隆庆皇帝龙驭归天后，九岁的皇太子穿着丧服接见了臣僚，走进了极建殿。按照传统的“劝进”程式，走程序，推辞和接受的过程，全部官员以最恳切的辞藻请求皇太子即皇帝位。
“请求太子登基。”群臣纷纷吵嚷。
太子按照母亲的教导，说：“父皇刚刚驾崩，哀恸难已，不可。”张居正劝进：“朝廷不可一日无君，请太子继位。”
太子回头看了看坐在帘子后面的母亲，看到母亲的环佩步摇在动，就说：“为人之子，不可以不讲孝道，没有心情去想皇位。”
大太监冯保上前，继续劝说：“太子纯孝，天下人皆知，请太子以社稷为重。”
装模作样两次的请求，都被皇太子装模作样拒绝了。
到第三次，太子才如所请，幼帝登上了皇帝的宝座。朝廷进入了“主少国疑”的非常时期。李太后本居慈宁宫，因要照看小皇帝的起居需要，便徙居乾清宫，垂帘听政。
李彩凤与辅政大臣教育朱翊钧，一切都按照各种礼仪照章办理。在同样庄严的仪式下，朱翊钧授予他的兄弟叔侄辈中的一些人以“王”的称号，封他们的妻子为“王妃”，批准他们子女的婚姻。
对于儿子，李彩凤一心想让他成为一个有为之君，“教帝颇严”。每月逢三、六、九日，皇帝上朝的日子，李彩凤五更就来到朱翊钧的寝处，叫：“皇帝快起来，今日上朝。”
然后命宦官们：“左右架起来。”
太监们扶着神宗的两腋，强迫朱翊钧坐起来，睡眼惺忪的小皇帝被穿衣下床。洗了脸，不待小皇帝醒过神来，宦官们已经扶着他出门登车，快速驶向前面大殿。
此时东方还未破晓，小皇帝来到大殿，百官已经黑压压地站好了。李彩凤在帘后坐定，小皇帝强打着精神，端坐在御座上。
上朝的官员请示问题时，小皇帝便按照母亲的指导，把事先写好的话，拿出来回答大臣。在他宽大的袖袍里，揣着辅政大臣事先写好的纸片。
不上朝的时候，朱翊钧每早要在日出时，前往文华殿，听儒臣讲读经书。
少憩片时，再御经筵，再读史书。
至午膳时才回到内廷。
每次为神宗讲课的老师来后，李彩凤便让朱翊钧复述上次课程的内容，然后坐下来一起听老师讲课。每当万历小皇帝有倦怠不想读书，李彩凤就命令皇帝跪在地上。
李彩凤因生育朱翊钧，由一名宫女升为贵妃、太后，作为女人，她很不容易。对儿子的前途，她寄予了极大的希望，她要努力把儿子培养成圣君明主，对儿子大大小小的犯错，她一点都不容忍。
1580年（万历八年）十一月，十八岁的朱翊钧在西城歌宴，喝高了，失态，顽童的嘴脸毕露。他命内侍宫女唱新歌。宫女不会唱：“万岁，不能够。”
小皇帝大怒：“狗奴才竟敢抗旨！”抽出身边的佩剑就奔过来刺，“朕要杀了你们！”
“救命，皇上饶命！”宫女吓得扑通一声，瘫软在地。
就要刺中，危急关头，大太监冯保急忙跑过来，一把拽住：“陛下，不可以。”
“朕是皇帝，杀个贱婢有何不可！”朱翊钧要杀人了。
冯保好言相劝：“贱婢也是人，不能无罪杀人。”
“她们不会唱歌，违抗朕的命令，就是大罪。”
冯保劝解释道：“还记得曹操断发的故事吗？这样，陛下不如效仿前朝帝王，可以割断她们的头发，处罚一下，消了气。”
小皇帝一听，也很好玩，玩耍般地把宫女的头饰扔掉，割了头发，算是“斩首”了。
小皇帝被架走了，两个宫女对冯保千恩万谢，之后抱头大哭，捡回了一条命。
马上，冯保把这件事告诉了皇太后李彩凤。李彩凤非常生气，先传话张居正准备谏疏，命令给朱翊钧起草罪己诏，又召见朱翊钧，令其长跪，历数朱翊钧的过错：“天下大器，岂独尔可承耶？”
小皇帝吓得涕泗横流：“请母后皇太后原谅。”
李彩凤怒道：“还敢造次吗？”
朱翊钧屁滚尿流：“儿臣会改正错误。母后皇太后饶过儿臣吧。”
李彩凤不理睬，朱翊钧就老老实实跪在地上。最后，还是冯保求情，李彩凤才允许朱翊钧回宫。
还有一次，朱翊钧在太监孙海的引导下，被灌得酩酊大醉，又一次控制不住自己，原形毕露，动手把冯保的两名养子打伤了。趁着醉酒仗脸，他索性一不做二不休，乘胜追击，骑马直奔冯保的住所，吵吵嚷嚷地要去打死冯保。
小太监惊慌失措跑进了大门，报告冯保。冯保一听，急令小太监们齐心合力，抱起巨石顶住了大门，胡闹的小皇帝没有砸开大门，悻悻地回去了，而经过一番折腾，酒也醒了。
第二天一早，惊魂未定的冯保，将此事禀告太后李彩凤。
李彩凤一听，勃然大怒，这还得了！立即换上青布衣服，素面朝天，命召阁、部大臣，要谒告太庙，将万历小皇帝废了，另立皇帝潞王。
小皇帝听到报告，大惊失色，吓坏了，赶紧跑去慈宁宫请罪，嚎啕大哭：“母后皇太后，孩儿再也不敢了。”
太后说：“酒后无德，天下大器，难道就是你可以继承的吗？”
朱翊钧哭道：“放过孩儿吧，都是孙海叫儿臣喝酒惹的祸。”他把过错都推到了内侍太监的身上。
李彩凤怒不可遏：“他们定是有过错，也轻饶不得。皇上自己的过错还要小太监承担吗？”
朱翊钧一听，不能侥幸饶过，就爬过来，拉着母亲的裙裾，大哭告饶：“母亲，太后啊，儿臣知错了。”
李彩凤横眉冷目：“无道昏君，你弟弟潞王有德，可做帝王。”
朱翊钧吓坏了，跪在地上哭了多时，皇太后才肯宽恕。
朱翊钧奉母尽孝道
朱翊钧的命运比起历史上许多不幸的小皇帝要好得多，他是有妈的孩子。朱翊钧自幼就害怕管教严厉的母亲，也养成了他的孝心。直到朱翊钧大婚，太后让权，朱翊钧才敢为所欲为。
朱翊钧在当太子时，每天早晨过奉先殿，皇宫内祭祖之所，在拜见过父母之后，朱翊钧都随母亲李贵妃去陈皇后的别宫请安闲聊。两宫恭敬有礼，融洽和睦，陈皇后也十分高兴，视朱翊钧为亲生儿子。
陈氏每次听见太子跑路的鞋声，就非常高兴，正是她期盼的太子来了。即便身体很不舒服，她也会兴奋地爬起来。陈皇后对朱翊钧疼爱有加，朱翊钧对这位非亲生母亲也十分孝敬。太子会给太后带来好吃的，好玩的，还有好药。
皇后与李彩凤呕心沥血地教授未来的小皇帝。每次皇后拿经书考问他，检查作业，朱翊钧总是对答如流，皇后的宫殿充满了欢声笑语，太子的一切举动，都是为皇后治病的良药。
父亲朱载垕崩了，朱翊钧将嫡母陈皇后、亲母李贵妃皆尊为皇太后，对两人更加孝敬，礼数周到。
鉴于祖父朱厚熜不孝，以宫廷逼仄的理由，勒令孝宗朱祐樘的张皇后迁居于宫城幽僻之地的教训，朱翊钧在母亲的教育下，对待两宫皇太后的态度对比祖父有显然的不同。
朱翊钧一心要当孝子。他当了皇帝，尊崇自己的生母李氏为慈圣皇太后，对陈太后也更加恭敬，称为嫡母仁圣皇太后，备极孝心。
朱翊钧下令修装两宫太后所居住的宫室。竣工之后，李彩凤请学士写了一篇文章，赞赏皇帝的纯孝。朱翊钧接受的时候，下跪诵读。这篇文章天下传诵，人人讲求孝道。
为了孝敬两宫太后，朱翊钧特在宫中设立了四斋，养了三百名专业的宦官艺人，排练传奇戏，在玉熙宫中演出，用宫内的傀儡戏来讨取两宫皇太后的欢心。有时候，他会召宫外的戏班子进宫献艺，每次表演，都会高高兴兴地请太后来看新奇的玩意儿。在太后下轿之前，他跪在庭前恭候銮驾。
宫廷戏班，是由一色的宦官组成的，全部都是钟鼓司的太监。演出的剧目多是金元时期流传下来的院本，《牡丹亭》《西厢记》《荆钗记》之类的元曲昆曲。一般皇太后点戏，也就只演一部戏的几回几出而已，很少是整场演出。李彩凤借机规定，秋收时节，钟鼓司要演出打稻戏，以使皇帝知稼穑之艰。每年秋天，朱翊钧一定要到旋磨台无逸殿，陪着两宫皇太后观看打稻戏。打稻戏表现的是村庄和稻田的场景，演的是农夫、村妇收割打稻，管田官吏前来征租，纳租时双方发生口角的故事。
除了打稻戏以外，为帮助皇帝在九重深宫中了知世态百相、博闻广识以顺天恤民，皇太后还经常点一部重要的戏剧——过锦戏。“过”是指一一登场。“锦”是指各色人物、事物的典型。明宫的过锦戏约有一百来回，每回上场七余人，各有引旗一对，锣鼓送上。戏中扮演的各色人物极多，包括少女、妇人、平常男子、市井工匠、流氓无赖等，用故事情节展示他们的生活和冲突，备极世间骗局百态，大概就像现在的电视连续剧。同时，过锦戏又一定要有杂耍、百戏，结尾时极尽滑稽，使太后与宫人们在笑声中收场尽兴。
1578年（万历六年），朱翊钧大婚，亲政，李太后结束临朝。
在重返慈宁宫前，她对重臣张居正嘱咐：“我不能早晚看着皇帝了，他年龄尚小，恐怕他不像以前那样自学、勤政，负了先帝的付托。你身为要臣，又受先帝之托，应早晚进谏，尽到先帝顾托的责任。”
得到李太后的信任，张居正感动得涕泪横流。
在万历帝登基的第一个月里，李彩凤做了两件事：第一，撤换司礼监掌印太监，将孟冲换成了冯保；第二，撤换内阁首辅，将高拱换成张居正。从此，李太后内依靠司礼监掌印太监冯保，外依靠内阁首辅张居正，推动了明朝中兴的“万历新政”，使本已气息奄奄、病入膏肓的明王朝迅速恢复了生气。李彩凤在客观上使得张居正有充分的权力，大刀阔斧地对朝政进行改革，促成了新政的推行。正如史书所说：万历初年的政治，委任张居正，综覆名实，几乎达到富强，李太后的功劳居多。
李太后自己放手任用张居正管理年幼的皇帝，还常以张居正来吓孩子，并威胁说：“假若张先生知道了，怎么办？”
朱翊钧因此很怕张居正，心里种下了强烈的逆反种子。
由于李彩凤的严格管教，太子太师张居正等臣的尽心辅导，以及他本人的努力，朱翊钧的学业进步很快。
李太后向来办事严明，对朝中和家中都要求很严，是一个很坚持原则的人。
户科给事姜应麟上疏请求册立朱常洛为太子，受到朱翊钧的谪遣，李太后听到此事后震怒。这一天，朱翊钧到慈宁宫请安，李太后满脸寒霜，问他：“你为什么不把长子朱常洛立为太子？”
朱翊钧漫不经心地回答：“因为他是都人（宫女）的儿子。”
李太后柳眉上挑，勃然大怒：“你也是都人的儿子！”
朱翊钧恍然大悟，一下子想到自己的母亲就是宫女出身，自知失言，双膝一软，当即跪地，给李太后赔不是：“母后，儿臣知错了。”但是，他心里是极其不服气的，他宠爱郑贵妃，喜欢郑贵妃为他生的儿子朱常洵。
这件事对朱翊钧的刺激很大，到后来，由于大臣、太后都反对立郑贵妃生的儿子，朱翊钧只得无奈地册立了朱常洛。为此，他用近三十年不上朝、不搭理大臣的实际行动，进行坚决抗议。
多年之后，尽管万历皇帝临朝的频率越来越低，但每年十一月慈圣皇太后李彩凤的生辰，他还是会亲临皇极门接受百官的庆贺。
皇太子的“小人书”——《帝鉴图说》
张居正任内阁首辅大臣时，一面主持朝廷各项政务，一面做小皇帝朱翊钧的老师。
张居正给朱翊钧当了十六年的老师。他为皇帝安排了详尽的视朝和讲读的日程表，用人之道，生活小节，张居正都细细地与皇帝说。张居正主持大臣们编写了《世宗御笔》等教材，最著名的就是《帝鉴图说》。
朱翊钧六岁时学习的是《三字经》，出阁学习的是《四书》，以及学习《资治通鉴》中的重要段落《通鉴节要》。
朱翊钧每天都在文华殿由讲官讲授读书。深奥的《四书》《通鉴》虽有经验丰富的讲官老师讲解，但朱翊钧这么小的孩子根本就听不懂，一到这样的课程，朱翊钧便昏昏欲睡。
于是，张居正与礼部尚书兼武英殿大学士吕调阳和马自强大学士商议，怎么样把皇帝培养好，怎么样让太子有兴趣，教学有成绩，可以速成。他们“期以精诚悟主，往往援引经传，列古义以规时政”。可是，大家想破了脑子也没有合适的办法，各自散去。
朱翊钧的另外一位老师是吕调阳，《帝鉴图说》的主编之一。
1574年（万历二年），内阁中只有张居正和吕调阳，第二年增加了张四维，第四年增加了马自强和申时行。万历五年八月修成《明世宗实录》，修书主编之一的吕调阳所冠头衔为：“光禄大夫柱国少保兼太子太傅吏部尚书武英殿大学士。”《实录》修成后，晋少傅。次年二月，又晋为建极殿大学士。去世后，赠官太保，谥号为“文简”。因此，张居正作吕公墓志铭所冠的头衔为“光禄大夫柱国少傅兼太子太傅吏部尚书建极殿大学士赠太保谥文简”。
朱翊钧还有一位老师叫马自强，《帝鉴图说》的主编之一。
在朱翊钧做皇太子时，马自强担任讲官，他的课陈述明白、深切，受到皇上器重。
朱翊钧登基的时候，马自强已经调任詹事府，负责教导翰林院的庶吉士。不久，又提升为礼部右侍郎，担当皇帝的日讲官，以左侍郎身份负责詹事府，像以前一样负责讲授。
马自强的继母去世，丁忧期满，朱翊钧诏令他，归任原职协助负责詹事府诸事，又升任吏部左侍郎，仍然负责经筵。刚两个月，朝廷又推举他任礼部尚书。
皇帝派遣使者询问张居正尚书，马自强是否可以兼任讲官，张居正回答，事务繁多不得兼任。于是任用他为尚书，罢除日讲，担当经筵讲官。
1578年（万历六年）三月，张居正准备回乡安葬父亲。思虑在乡里休息的内阁大臣，高拱与自己有很深的嫌隙，殷士儋有冯保做内援，有可能乘隙复出，只有徐阶年老容易结交，打算举荐他代替自己。已经派遣使者报告了徐阶，又思虑徐阶为前辈，自己还朝，应位居其下，于是奏请增设内阁大臣。
皇帝当即指令张居正推举，张居正就推荐了马自强以及所厚爱的申时行。
于是，皇帝诏令加封马自强为太子太保兼任文渊阁大学士，与申时行一起参与机要事务。
还是在1572年（隆庆六年）的时候，一天，马自强走在路上，忽然间看到了几个小孩围拢在一起在看什么东西。既然是孩子，那会有什么孩子觉得好玩的呢？想到了朱翊钧的事情，他下轿过去凑热闹。原来，孩子们叽叽喳喳地在看一本有图的书——看图说话！看罢，马自强非常兴奋。
马自强急匆匆跑去向张居正报告了这件事。
张居正和吕调阳一听，茅塞顿开，马上商量写书画图的事情。张居正认为，应该为小太子编撰一本小人书。“采摭前代君人治迹”，“视其善者，取以为师”，“视其恶者，用以为戒”。
最终，取唐太宗“以铜为鉴，可以正衣冠；以古为鉴，可以知兴替”之语，名曰《帝鉴图说》。
翰林院的翰林们忙碌起来，又写又画，很快，隆庆六年当年就书成。
十岁的朱翊钧拿着这本图文并茂的书，马上兴致勃勃地从头看到尾，爱不释手，根本就不用讲官熬心费力地讲解，当时就吩咐史官，要把这件事载入史册，“以昭我君臣交修之义”。李太后也非常高兴，还奖励了几位大臣。
朱翊钧把此书置之座右，随时翻阅，经常于日讲之毕，命张居正为其解说，对于有些感兴趣的问题，通过一问一答的形式，提高了学习能力。
1575年（万历三年），朱翊钧就汉光武帝刘秀因阳湖公主一事“赏强项令”董宣的事时，很感慨地对张居正说：“彼公主也，尚不能私一奴，如此外戚家，何可不守法令。”
《帝鉴图说》一书，由于可读性强，对幼年朱翊钧的教育工作发挥了一定的作用。
张居正死后遭夺情
元宵节到了，按照惯例，宫中应该办灯会，还要放烟火。小皇帝朱翊钧心急火燎地耐不住性子，早就盼望看彩灯了。
张居正就好言劝说，哄着小孩子：“将灯挂一些在殿上，也非常好看。如果搭建灯棚，就要浪费很多银子。以后皇上要大婚、潞王要出阁，这些都是大事，办大事都要花很多银子的，节省一点好吗？”
小皇帝想一想，就说：“朕极知民穷，按先生的话办吧。”
朱翊钧对于张居正，从来都称“先生”，所下的诏令，凡提及张居正时，都写“元辅”。非常尊敬，如同亚父。
1574年（万历二年）一天中午，讲读结束，大臣们都去旁边的房子里吃中午饭，张居正肚子疼的老毛病又发作了。小皇帝朱翊钧到厨房亲手做了一碗面，端到了张居正面前。张居正不吃，小皇帝就叫次辅大臣吕调阳过来，陪着张居正一起吃，把张居正感动得眼泪哗哗地流。可见君臣的感情非常深厚。他听说张居正的父母都还健在，还经常赐给两位老人奖赏。
万历朝的前十年，在小皇帝的支持下，张居正在政治上、经济上进行大刀阔斧的改革，政府面貌焕然一新，国库财富增加，经济状况也大为改善。
从1581年（万历九年）七月起，张居正因国事劳累心力交瘁而一病不起。虽然屡经名医医治，但他“精力已竭”，“不过行尸走肉耳”！第二年的六月二十日，张居正再也熬不过去，终于一命呜呼，享年五十七岁。
张居正病逝，万历皇帝朱翊钧悲痛欲绝，为张居正辍朝一天哀悼，赠上柱国，谥“文忠”，荫一子为尚宝司丞，赏丧银五百两，给予足够的荣耀。
但是，谁都没有想到，这种荣耀突然间，在两年之后的万历十二年，即公元1584年八月，发生了惊变。
在张居正病逝两年之后，朱翊钧亲政，他推翻张居正新政，下令对张居正进行抄家！并削尽其宫秩，夺去生前所赐玺书，以及四代诰命，以罪状示天下，还差点开棺戮尸。
张居正在位时所用一批官员有的削职，有的弃市；张居正的改革措施全部作废，一夜回到十年前。一代名相，落得如此可悲的下场，令人扼腕叹息。张居正恐怕生前绝对不能想到，他死后竟然会遭到自己一手教导和扶持的万历皇帝如此无情清算和惩处！这时，连慈圣皇太后都没有为张居正说话，更不用说别人了。整个万历一朝，没有人敢为张居正喊冤。
张居正改革政治有功，但张居正独握大权十年，没有给皇帝足够的自信，威权震主，在朱翊钧的心里便是一种蔑视主上的表现了。朱翊钧态度突然间大变，是他长久处于张居正高压控制下日积月累之后的强烈发泄。卸磨杀驴，这是历朝历代帝王的逻辑，朱翊钧自然也不例外。
1584年（万历十二年）八月，朱翊钧在都察院参劾张居正的奏疏中批示道：
张居正诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，箝制言官，蔽塞朕聪。……专权乱政，罔上负恩，谋国不忠。本当断棺戮尸，念效劳有年，姑免尽法追论。
国难思良将，国衰思良臣。直到四十年之后，1622年（天启二年），明熹宗朱由校为激励臣下，鼓舞士气，下旨予以一代名相张居正复官复荫。此时，距明朝崩溃的甲申之变仅有二十二年了。
万历亲政后，励精图治，每天治理朝政十余个小时。他废黜考成法等张居正改革中的弊政，安抚流民，减少徭税，大大减缓社会矛盾。
1585年（万历十三年）时，北京干旱，万历亲自步行至天坛祈雨。他此时生活节俭，有勤勉明君之风范。
继张居正而任首辅大学士的张四维、申时行，目睹张居正生前的宠荣和死后的受辱，深知伴君如伴虎的道理，吸取张居正的教训，不敢再赤胆忠心全心全意了，都开始消极工作，小心谨慎，生怕大祸临头。
申时行在任期间，开创了两项很恶劣的先例——章奏留中和进呈经筵讲义。章奏留中，就是皇帝对于大臣们送上来的奏疏不予理睬，放在宫中，既不批示，也不发还。进呈经筵讲义，皇帝不需要参加经筵，经筵讲官们只需要把他们的讲义送到宫中就可以了。这两件惯例的养成，是申时行的创举，皇帝与大臣们的交流就此结束。申时行也因此被后人指斥要为朱翊钧近三十年不朝的“荒怠”行为负责。
万历武功国库空
朱翊钧这个人别看个头不高，但智商颇高，很有手段。尽管他后来近三十年不上朝，但万历一朝的大事，比如万历三大征等，还真都是在他的宏观遥控下进行的。
万历三大征，是指在西北、西南边疆和朝鲜几乎同时开展的三次涉及全国的军事行动：平定哱拜叛乱、抗日援朝战争、平定杨应龙叛变。
先说朱翊钧指挥的平定哱拜叛乱的故事。
哱拜是蒙古鞑靼部的首领，他嘉靖年间率部投降明朝边将郑印，后来官至宁夏副总兵。
1589年（万历十七年），哱拜以副总兵致仕退休。儿子哱承恩袭为指挥使，任宁夏巡抚党馨巡抚门下旗牌官。
哱拜在家蓄养了一批奴仆，建立了一支苍头军，他发现朝廷发生了状况，明军军队没有战斗力，就想趁虚而入谋反。
1592年（万历二十年）二月，时机成熟，哱拜与结义兄弟刘东旸同时发难，哱拜为谋主，刘东旸自任总兵，哱承恩为副总兵，杀了宁夏巡抚党馨，缴去了总兵张维忠的印信。扯旗反叛，占据了宁夏。
河套的蒙古部落因俺答汗之死，朝廷对于蒙古的羁縻政策，已经渐渐失控。哱拜派出信使，与河套的蒙古部落通气，企图结成统一战线，割据独立。
总督魏学曾发现了惊变，派部队切断了河套的蒙古部落与哱拜之间的通道，同时围住了宁夏。
朱翊钧听到了汇报，惊慌失措，想起了高拱，可惜，高拱早已经不在人世。他希望再出现有高拱那般军事才干的将帅，就召集大臣各献平叛之策。
兵部尚书石星献一惨绝人寰之策：掘开黄河之堤。以黄河之水灌淹宁夏城，则“一城之人尽为鱼鳖”。
御史梅国桢献一策：选将帅。推荐原任辽东总兵李成梁前往平叛。
甘肃巡抚叶梦熊献一策：要冲锋陷阵。请命讨贼。
朱翊钧前思后想，综合了三种方案，下命悬赏缉拿哱拜等人：命叶梦熊、梅国桢赶赴宁夏；命李成梁出征宁夏，李成梁当时在辽东，便命其子李如松前往。朱翊钧下令由魏学曾统一调度。
六月，魏学曾、梅国桢、叶梦熊、李如松等数支大军，到达宁夏城外，把宁夏围得水泄不通。但是，魏学曾不是一个将才，此时他大脑一片空白，居然束手无策，力主招安。
七月，在接到监军御史梅国桢的军情报告后，朱翊钧勃然大怒，果断以叶梦熊取代了魏学曾，并将魏学曾带回京城等待处置。并直接部署：“决（黄河）水灌城之谋，毋得异同误事。”
于是，当初在反对俺答封贡中，似乎没有多少远见的叶梦熊，在这时显得非常有胆有略。他在七月十七日之前，围着宁夏城筑了一道长约一千七百丈的长堤，将宁夏城围成一个水泄不通的池塘，然后掘开黄河大堤，向宁夏城灌水。大水冲进了宁夏城。
八月，被水围困的城中粮食短缺。同时，李如松击败了从河套来援的蒙古骑兵。
九月，明军攻破宁夏城南城。但是，叛军退据的大城依然易守难攻，明军的攻势受挫。
这时，一个名叫李登的卖油郎，跛一足，瞎一眼，挑着担子在街上边走边唱：“痈之不决，而狃于痏；危巢不覆，而令枭止。”
监军梅国桢一听，大喜：真是天助我也，能人来了，赶紧将他请入营中，一番密谈后，让他带着三封书信去见哱承恩，使反间计。
李登借卖油的机会，将一封信交给哱承恩，还劝哱承恩说：“哱氏有功于朝廷，监军深为可惜，可杀刘东旸以自效。”
接着，李登又去见了刘东旸、许朝，劝他们说：“首乱是哱氏，将军为汉人，何苦代蒙古人受过呢？”
刘东旸看看许朝，两个人觉得还真的就是这么回事。结果离间计成功。
九月十六日，刘东旸杀了土文秀。
哱承恩得知消息，大怒，杀了刘东旸、许朝，投降了明军。
九月十八日，明军进城，剿灭了哱拜的苍头军，哱拜自杀。
哱承恩等人被押解京城处置。至此，宁夏平定。
再说朱翊钧指挥的第二个征战，是万历的两次援朝大战。
日本侵略朝鲜，中国明朝出兵援助朝鲜。战争从1592年（万历二十年）开始到1598年（万历二十六年）结束，历时七年。
1592年（万历二十年）四月，丰臣秀吉出征朝鲜，并迅速占领包括汉城、开城、平壤在内的三都及全国十八道大部分地区。但是，日本水路海军遭到朝鲜名将李舜臣的沉痛打击，丧失制海权，致使其“陆海并进”的计划落空，陆军补给出现危机。朝鲜民众也奋起反抗，纷纷组织“义兵”袭扰倭寇，牵制了部分兵力。但实际上，朝鲜亡国危在旦夕，绝望中的朝鲜国王李昖向宗主国明朝求援。
朱翊钧意识到问题的严重性，和兵部尚书石星决定主战，抗日援朝，以巩固辽东和北京。
七月，朱翊钧以辽东游击史儒率骑兵两千出征，副总兵祖承训率骑兵三千继后。史儒至平壤附近，因道路不熟，误中埋伏，全军覆没，史儒亦阵亡。
祖承训率三千骑兵攻入平壤，随即陷入巷战，亦大败，祖承训等逃回。神宗朱翊钧遂以宋应昌为经略、李如松为东征提督，率四万精兵入朝鲜。
1593年（万历二十一年）一月八日，李如松取得平壤战役胜利，从根本上扭转了朝鲜的战局。
随后，明军和朝鲜展开了战略总反攻，把日军全部赶出了朝鲜。
1597年（万历二十五年）七月末，丰臣秀吉发布进攻命令，以八队十四万的兵力进攻朝鲜。
在朱翊钧的决策下，明军作战总数达到七万人，转入战略反攻阶段。八月十八日，丰臣秀吉病死，日军随即撤军。十一月十二日，明朝、朝鲜联合海军在露梁海战中获得胜利。万历朝鲜战争至此结束，中朝取得最后的胜利。
体现朱翊钧军事指挥才能的第三次征战，是指挥平定西南少数民族的土司杨应龙叛乱。
1599年（万历二十七年）二月，朱翊钧命令调动朝鲜战场的最能征战的总兵刘綎的几支部队回国，迅速移往四川的播州。
播州设有播州宣慰使司，宣慰使姓杨，世代为当地的土司，居所如皇宫，作为如皇帝。
当时，贵州巡抚江东之派都指挥使杨国柱讨伐叛变的杨应龙，结果战败，三千军队全军覆没，杨国柱战死。
朝鲜战争刚刚结束，部队回撤，尚有足够的兵力。因此，朱翊钧决心剿灭杨应龙。他命李化龙为湖广、川贵总督，兼四川巡抚，郭子章为贵州巡抚，讨伐播州叛军。
1600年（万历二十八年）春，各路兵马陆续到达播州附近。李化龙持尚方宝剑，主持讨伐全局，坐镇重庆；郭子章以贵州巡抚坐镇贵阳；湖广巡抚支大可移驻沅江。
六月初六日，杨应龙与爱妾周氏、何氏关门上吊自杀，儿子杨朝栋、弟杨兆龙被俘。
战役前后历时一百一十四天，杨应龙的部队被斩杀两万人。
十二月，李化龙班师回朝，并将杨朝栋等六十九人押解到京师，磔刑于市。
至此，平播一战以完胜结束。
从万历三大征战看来，朱翊钧不是一个平庸的皇帝，高拱在职的时候，教了他陈兵布阵如何打仗，也曾经帮助他分析过朝鲜、倭寇、台湾的问题。因此，朱翊钧对于每一次军事行动，都精心谋划，胸有成竹。而且，在战争过程中对于前线将领的充分信任、对于指挥失误的将领坚决撤换，都显示了朱翊钧的过人胆略。