奕全身颤了一下，又恢复了平静，仍不急不慢地说道：“太后，奕真的说不出是战是和好，如太后一定要我说，我只好说，何不听听左宗棠的意见，他是西征大帅，定有高见的。”
慈禧无奈地望着地上的奕，又看了看一边呆坐着的幼皇，便叹了口气道：“你跪安吧！”
于是，慈禧密谕命左宗棠“统筹全局，直抒所见。”总理衙门也把郭嵩焘和朝廷内外大臣对南疆争议的情况转发咨文给左宗棠斟酌议复。
左宗棠收到密谕，一看咨文，气得把咨文撕碎，往地上一抛，骂道：“郭筠仙（郭嵩焘的字），你为虎作伥，十足的卖国贼。我左季高从此与你绝交，永不宽恕你的卖国行径，你在我心里已经死了！”
随即复奏朝廷：
阿古柏窃据南疆，又复窜犯天山北路，蹂躏各族民众十余年，英国明知为国家必讨之贼，从无一语及之者，盖坐观成败，阴持两端之故智者。前次英国愿为居间调停，请许其降，而于交还我土地城池，缚献叛国逆匪白彦虎等只字不提。现在英国外交当局方面又提出这个问题与郭嵩焘纠缠不清。兹德尔比、威妥玛复以此絮聒于郭嵩焘，彼意以保持匪帮为词，以保护立国为义，其隐情则恐匪帮之为俄人所有，英国护匪帮以拒俄，我不必预闻也。英至保护匪帮立国，然匪帮非无立足之处，何待英国别为立国？即欲别为立国，则割英地与之，或即割印度与之可也，何乃原我腴地以示恩？兹虽奉中国以建小国之权，实则侵占中国为蚕食之计。且喀什噶尔即古疏勒国，汉代已隶属中华，固我旧土也。英国以保护匪帮为词，图占我边方名城，直以喀什噶尔为帕夏固有之地，其意何居？从前恃其船炮横行海上，犹猬只索埠头，不取土地，今则并索及疆土矣。彼阴图为印度增一屏障，公然向我商议欲于回疆撤一屏障，此何可许？以局势言之，我愈示弱，彼愈逞强，势将伊于胡底？
时论以西事耗费至多，意欲中止征讨，殊不知每年协饷五百余万两，即使停兵不进，此五百余万两之协饷岂能减少？伊犁地区和南八城是膏腴之区，弃而不收，仅扼守乌鲁木齐以东寒苦瘠薄之地，岂能久守？现在达坂等三城已经攻克，破竹之势已成，故寇一片惊慌，阿古柏忧惧服毒自毙，如不乘胜直前，西为画地自守之策，何以固边，而示强邻？异时追究贻误之人，老臣不能任也！
又继续上书给总理衙门，指陈国际形势，目前英、俄交战，俄土战争方酣，英、俄无暇东顾，何况我收复旧疆，兵以义动，彼将何以难之？没有意外争辩，枝节横生，在我仗义执言，亦决无所挠屈。
刚拜发了奏陈，左宗棠就给托克逊的刘锦棠、张曜写信，道：“我之兵力应蹑纵追剿、尽复旧疆，岂容他人饶舌？如果英使前去交涉阿古柏之事，则以奉令讨贼，复我疆土，叫他不要干预，如他不听，可押赴哈密大营，本帅与他对质。”
虞绍南一看，忙说：“季高，别这么急，是不是等朝廷降旨，再进攻南疆？”
“等什么？”左宗棠剑眉一竖，“不能给英国有隙可乘。况现在秋高气爽，正是进兵之时，不能误了战机。”
“季高，我担心朝廷没有降旨，你擅自用兵，会招来祸端，况英国人插手，别到时不好收场。”
“绍南，你可知‘将在外，君命有所不受’？我是西征大帅，一切由我担待。英国人怎么了，这是我大中华疆土，我驱除列强，与他何干？”
“季高，如今朝廷奸臣甚多，随时准备参劾，你还是防范点好。”
“怕他们作甚？一群无用之辈，能奈我何？绍南，你别担心，南疆进兵，在停与进这个问题上，朝廷意见不一，却没有就此做出决策，密谕问我，就说明太后有点犹豫，如在这里等着朝廷降旨，必会拖延时日，一旦拖延，李鸿章之流大作文章，最后只有停兵言和了。所以，不能给他们机会，我这里一开战，他们拿我也没有办法，只好走进兵南疆之路了。”
虞绍南就不再劝了。
左宗棠又说道：“这次进攻南疆，形势有所变化，西征大军在屡胜之余，士气旺盛，斗志昂扬，这些是有利条件，但因英国人插手，战略上得改变一下路数了。”
“怎么变？”
“《孙子兵法》云：’夫兵形象水，水之形，避高而趋下，水因地而制流，兵因敌而制胜，故兵无常势，水无常形，能因敌变化而取胜者，谓之神。’南疆八城，分为两个部分，前四城通称为东四城，后四城通称为西四城，城与城之间距离遥远。从吐鲁番西行八百里至库尔勒，从库尔勒西南行九百里为库车，库车之西七百余里为阿克苏。阿克苏距拜城四百五十里，西北距乌什二百里，乌什西南七百余里为喀什噶尔。从吐鲁番至喀什噶尔共计三千五百余里。喀什噶尔东南二百余里为英吉沙尔，更东南行三百余里至叶尔羌，叶尔羌至和田七百余里。塔克拉玛干沙漠横亘于东四城与西四城之间，荒凉浩瀚。从阿克苏横跨沙漠一千三百余里，有间道可通叶尔羌。南八城比较富庶，粮草可以就地采购，后运也不成问题，这个不必过虑。关键怕英国从中作梗，收拢那些逃窜的贼寇，坏我后路。你也知道，叛逆白彦虎以逃窜为名，所以得加强防备后路，我意以刘锦棠为主力在前进攻，张曜在后防守，派兵防固敌人可能逃窜的几条路。这次，非将白彦虎这个叛逆同伯克胡里一举殊灭。”
“还有，命金顺等统领加强乌亘以西的防务，节节驻防，以备迎击窜犯之敌。”虞绍南补充道。
“对，战局全部拉开，西征大军如风卷残云之势，一举将阿古柏匪帮残余全歼，力剿白彦虎逆贼。”
左宗棠对进攻南疆作出军事部署如下：
第一，将进入南疆作战的刘锦棠、张曜所部四十余营西征军组成两个兵团，以刘锦常统帅的二十余营组成攻击兵团，其任务是攻取南八城，以张曜统帅的十余营组成后续兵团，两个兵团作梯次配备前进，以适应数千里长途作战的需要。规定刘锦棠部攻击前进到达阿克苏后，应俟后续兵团至阿克苏，才可继续前进。
命令张曜部尽可能随攻击兵团跟进。张曜的主要任务是收复地区督率留驻部队修筑道路，建立驻站、淘井、盖屋，积储柴草，设立伙店，恢复地方秩序，责令驻军搜缉游匪散贼，设立关卡，抽收厘金等。
左宗棠认为张曜文武兼备，且无急攻近利之念，器识宏远，他嘱咐刘锦棠“张朗斋治事之才，人不易及，你可倾怀相与，必可有成。”这样的军事部署，左宗棠认为既保证了攻击兵团的锋锐之气，万一受挫，尚有后续兵团，后劲可继，又能洗涤阿古柏统治的腥膻之气，有力的巩固攻击兵团的后方。
第二、他再次不厌其烦地告诫刘锦棠、张曜等统兵将领，乾隆朝荡平准、回两部以来，累世深仁厚泽，旁皇周浃，洽于人心，久享乐利，实古今所未有。闻南八城民情亦不服阿古柏，盖皆畏诈力驱迫，而仍思旧恩之故。此次大军所至，非申明纪律，严禁杀掠不可。如能以王土王民为念，则南八城易复而亦可守矣，如办到此层，就一定能得到他们的欢迎和协助。
命张曜部到阿克苏后，应派本地各族民众，潜往叶尔羌和和田等处，张贴招抚告示，宣布国家德意，促使敌军内变，沿途应雇请本地民人当向导，或为我军谋探敌方军情，作战时要剿抚兼施，被裹胁者，除持枪械反抗者立予格杀外，其余求抚者一律招抚。即使是浩罕官兵，亦应许其归降，绝不容许任意乱杀。
八月的南疆，虽然时近金秋，但炎阳依旧高照，尘土飞扬，热不可耐。西征大军不畏酷暑，进兵南疆，开始了规复南疆的战役。
八月二十五日，西征大军前线总指挥刘锦棠根据左大帅之命派提督汤仁和从托克逊开进扎苏巴什、阿哈布拉两处。又派总兵董福祥、张俊率步兵三营由阿哈布拉、榆树沟一带进兵至曲惠安营，又命提督张春发从伊拉湖小道至曲惠，与张俊等部会合，搜割柴草，开掘井泉，为主力来到做准备。
二十九日，刘锦棠率西征大军主力开到曲惠。
翌日，刘锦棠派余虎恩、黄万鹏率马步十四营，取道乌什塔拉，沿博斯腾湖南岸西行，插至库尔勒的侧背，为奇兵。
九月五日，刘锦棠亲率主力由大道渡开都河进击库尔勒，为正兵。
库尔勒城自艾克木汗自立为汗王，西去占据阿克苏后，由叛逆白彦虎据守。白彦虎自知此城难守，便派人掘开了开都河河堤，河水漫流泛滥百余里，水深处可灭顶，浅处及马腹，想阻西征军前进。
大军正行进间，探马来报了这一情况，刘锦棠急命大军停止前进，就地休息，又命人前去探路。
河水泛滥，百里之内白花花一片，横在大军面前的，像一个一眼望不到边的湖泊。
刘锦棠出生在湖南水乡，对湖泊池水有着深厚的感情，可此时，他站在一片汪洋跟前，却犯愁了。
这怎么渡过去呢？没有桥，也没有木船。
探马回报：“大将军，水太深，无法泅渡。”
“如何前行？”
“将军，只有绕道百余里，抵达开都河东岸，再作打算了。”
刘锦棠略一思索，便下令绕道开进。
到了开都河东岸，令步兵五个营搭造浮桥，两个营兵力堵塞水流，抢修车道。
半日后，浮桥搭好，车道已开通，刘锦棠命大军轻骑简装，准备开进。
这时，探马来报：“大将军，有几个蒙古族百姓要见大将军。”
“叫他们过来。”刘锦棠从马上跳下来。
三、四个牧民打扮的蒙古族男子走过来。一个中年汉子上前说道：“请问哪位是刘大将军？”
刘锦棠说：“本将军便是。”
中年汉子上下打量了一下刘锦棠，见这个将军面皮白净，虽英武，有豪气，但太年轻，便犹豫道：“我等要见刘锦棠大将军。”
“本将军就是刘锦棠。”
“这么年轻？”
刘锦棠哈哈大笑道：“本将军也是快四十岁的人了。”
中年汉子确信无疑了，便招呼几个人过来，要行大礼参拜刘锦棠。
刘锦棠伸手扶住：“免礼，我们都是一家人。”
中年汉子哭了：“大将军，我们盼大军盼了十几年，今天终于盼来了，将军，你可要救救我们的父老兄弟呵！”
刘锦棠说：“这位兄弟，别伤心，我等就是来征讨贼寇的，不知众多百姓现在处境如何？”
“将军，贼寇占我家园，抢我财物，奸我姐妹，叛逆白彦虎狗仗贼势，抢掠秋粮和牲畜，胁迫父老兄弟运粮西走库车了。”
刘锦棠一听，急问：“那么，喀喇沙尔、库尔勒是空城了？”
“还有残匪守着库尔勒，喀喇沙尔被白贼放水淹了，他们想断我大军粮草运道，但我们还埋了些粮食，可以掘挖出来，献给大军。只求大将军救回我们的父老兄弟。”
“老兄请放心，我们一定救回父老兄弟，讨伐贼匪。”
“大将军，我等愿带大军去喀喇沙尔和库尔勒，然后叫留下的父老给大军掘粮。”
刘锦棠大喜，道：“这太好了，请老兄前面带路。”
遂挑出兵卒一千五百名由汤仁和率领，作为先锋，跟蒙古族群众先行，为大军挖掘粮草，大队人马随后过桥，绕道到喀喇沙尔一看，城内水深数尺，房舍倒塌，已成一片废墟，便取道直进库尔勒。
库尔勒早已被先期从后路出击的余虎恩部轻易拿下。
余虎恩出城来迎，一见大军到了，便高兴地对刘锦棠说：“大将军，虎恩一到库尔勒，见城内空虚，只有数百残兵把守，没等将军命令，就先拿下了。”
“好，虎恩，你干得太好了，现白贼已逃往库车，你部略作休整，先出击去追白贼。”
“遵命！”
“还有，”刘锦棠叫住余虎恩，说，“追上逆贼，见手执军械者斩，余均不问，里面大多是被白贼裹胁的百姓。”
“卑职知道了。”余虎恩率队走了。
一路奋勇追击，披星戴月，日夜趱行，于九月十六日，至洋萨尔，但见各村堡火光冲天，杳无人声。
余虎恩气得大骂白彦虎临行放火，灭绝人性，传令人马续补前队，率前队追击，急行一百里，至布告尔，正是中午时分，终于追上一队敌人。
余虎恩大喜，高声叫道：“弟兄们，前面就是白彦虎逆贼，我们冲上去，活捉白贼，立了头功。”
前队人马来了精神，一轰而上，见敌千骑排队迎战，怎挡得住潮水般的西征军，没开几枪，敌人败溃散逃。
余虎恩命急追歼敌，又追出四十里地，看见前方敌军步骑有数万之众，以为真追上白彦虎了，便列队上前攻打，见只是些扶老携幼的被胁群众，只有少数押送的敌人，便抓来杀了，丢下难民，一路向西追击。
十八日，追至库车，见城门大闭，城墙上布满了敌人。
余虎恩命前后队人马一字散开，将库车城包围了。
余虑恩认为这次白彦虎插翅难逃了，便站在城下大喊：“白彦虎逆贼，快开城受降，不然，你爷要用炮轰了，到时别怪你爷不给你留全尸。”
城上敌人回骂道：“满人走狗，你也配和白首领开战，睁开你的狗眼看看，对付你这样的小狗，那用得着白首领，他老人家早已西去，与汗王商谈国事了。”
余虎恩被骂得火起，又听白彦虎不在库车，气极，便命推上来开花大炮，几炮就把城墙轰开个大缺口，他也不叫部下出击，只叫用炮轰。
“给我轰平库车，将这些龟孙了埋在地下，日后当肥料使。”
炮声震天，一连轰炸了一天，将大半个库车城轰成废墟。
次日，刘锦棠大军赶至库车，一见余虎恩此举，忙令停炮，把余虎恩叫来。
“虎恩，你简直胡来，城