第三天，宋子文将上海的二十多名商业巨子请到南京蒋介石的行辕。蒋开始高一腔低一腔的训话。大意是政府急于“剿匪”，急需军费。我派宋部长去上海向你们筹款，你们居然说长道短，实在不像话，说着说着，就吼了起来：
“须知今日不仅南洋有‘共匪’蔓延，就是上海潜伏的‘共匪’也不在少数，你们如果不肯帮助政府解决困难，一旦上海共产党暴动，政府又何能帮助你们呢？你们先反省，我去小解。”
说完就走，走之不回。
会场冷场了，又不敢散会。
人们等了又等，半天过去了，饭都开过了，实在无奈。这时吃了饭的宋子文过来，人人纷纷责问是怎么回事？宋子文也不知。此时一个“识时务者”提示大家说：“政府派兵‘剿匪’有困难，我等体念中央难处，愿回去限期筹足政府所需借款，岂不可回去吃饭了？”
大家同声赞同。
宋子文将此情况告诉了蒋介石，蒋才下令“散会”。
一来一往，再二再三，弄得宋子文与工商界矛盾加深起来，同时也引起了人们对政府的不满。
此后宋子文不得不考虑尽快实行中央财政预算制度。
不久，全国财政会议如期召开。
来自全国各地的百余名工商界代表聚于上海大华饭店。
宋子文主持会议，并作财经总结报告。
他先报告了形势，并对此存在的问题作了深刻的检讨。他说：“‘剿匪’期间，为了筹措应急军费，政府不得不采取一些强制政策，比如迫使大家出钱买公债，引起大家不满，后遗症很大。对此，政府包括我本人在内应做深刻反省，向大家表示歉意。”
宋子文讲到此，站起身向大家鞠躬，大家响起一阵理解的掌声。接着，他针对财政中的问题，一针见血地提出了自己的见解。他说：“任何政策的制定，都要通过人民。否则，任何一个政府都得不到人民的信任。高压政策，抑或强制政策，只能加剧政府与部属关系的紧张，只能管一时一事。作为一个国家，像一个家庭一样，应该搞财政预算方案，从宏观加以控制。应该量体裁衣，力所能及。在军费方面应该加以限制，根据我们的财力所及。我认为每年度军费开支不得突破1.92亿元为好，军队限员应为50万人。否则我们财政负担不起，重蹈高压覆辙。”
宋子文讲到此，又是一次更热烈的掌声。
宋的这个建议作为一次重要提案，得到了与会的银行家、商人、工业资本家的支持并获大会通过，上报政府批准执行。
后来，蒋介石等一行回到南京时，召开常委会通过此案时，遭到了包括蒋介石等多数人的反对。此方案就此搁浅。
好心当成驴肝肺，宋子文不肯善罢甘休。紧接着，在8月份南京政府召开的国民党第二届中央执行委员会第五次全体会议上，宋再次提出了“中央预算和限制军费”的提案。宋子文激动地说：“五次‘围剿’期间，为了筹措军费，我们财政部已将全部重要税收都做了抵押，因此除非迅速采用统一税收和预算计划，形势很难扭转，中国势将很快面临破产。因此，我曾提出的中央预算和限制军费的提案是有一定理由的。”
宋的讲话不多，却得到了与会者的支持。
蒋介石也顺水推舟，这时宋子文才松了口气。
可是宋子文高兴早了，事实并非他想的那么简单。由于南京政府是军政府，军政府掌权，军事要放在首位，不愿压缩军费。再加上地方新军阀各自为政，我行我素，不予配合。宋子文的上述提案虽批准，却实行不了，最终流于形式，成为一纸空文，令宋子文好生伤心。
尽管宋子文挖空心思，百般筹财，被人称之“摇钱树”；但是蒋介石的军费开支却是个“无底洞”，张口就要，永远也填不满，致使南京政府的财政赤字越来越大，包袱愈背愈沉，填不满巨额赤字，惟一办法是靠借债生存。南京政府收入中的借贷部分，1927年6月高达48.6%，最低是1932年7月1日为16.8%。由于政府承担了以前历届政府所欠的外债，国内政权尚不稳固，因而在国际上缺乏信誉，很难借到外债。仅1927年至1931年5年间，南京政府内债就发行了25种之多，合计10.058亿元。由此蒋宋矛盾渐渐趋于公开、尖锐、激烈。
宋子文深知若再采取过去那种强制政策，向上海和江浙财团们筹款已无力行通，此次便采用了与这些财团合作的办法发行公债，即以公债和库券大折扣出售给银行家，也就是将债券在正式发行前抵押给银行，由银行预付债券票面值的50%的现金。如上海钱业公会所属钱庄，从1928年3月至1931年3月在13笔交易中，以1562万元的预付金购得3060万元的债券。债券正式发行后，或者直接投放上海证券交易所，或者存在银行，由这些银行根据市场价格议定最后出售价。由于有利可图，银行家们都愿意做这宗买卖。特别是蒋宋家族，他们既掌握南京政府的财政大权，又控制着全国的金融业，信息灵通，所以他们可以通过国家政权发行公债又可以通过银行垄断公债的经费，从手中获取巨额利润。例如宋子良、宋霭龄等人创办的七星公司就是利用蒋、宋、孔三大家族的关系，参与债券投资活动，从中获取暴利。蒋家政权的腐败也是从这里开始的。
据统计，1930至1933年，蒋介石的南京政府由于发动中原大战和对红军的大规模的军事“围剿”，军费年年有增无减，所以时称“南京政府视发行公债如家常便饭……宋子文上台后，南京发行公债是其筹款的惟一途径，就是为蒋介石穷兵黩武之用。”而宋子文则把财政收入“一部分充当军饷，一部分购买枪械，一部分收买军队，一部分则落入蒋介石和宋子文的私囊。”
从1928年至1933年，宋子文在筹款理财方面为蒋介石的南京政府做出了巨大贡献，蒋介石在新军阀混战，特别是中原大战中，之所以能击败众多对手，取得全胜，在很大程度上就是因为有宋子文筹措的巨额军费做后盾。宋子文的理财筹款本领，在南京政府中再一次显露。也正因为如此，蒋介石对宋子文特别器重，并委以重任。蒋介石不仅把全国的经济大权交给他，而且几乎把南京政府军事以外的其他权力也交给他负责或参与决策管理。宋子文竟成了蒋介石的左膀右臂。蒋介石之所以如此重用宋子文，可能一方面看中了他的才能，一方面是对宋家的报答。
然而好景不长，由于双方矛盾达到激化，宋子文不同意过多地把经费投入“剿共”，于是向蒋介石递交了辞职报告。这时候，孔祥熙从欧美访问归国，蒋介石感到宋子文不愿再担任财政部长有人接替，便许诺将宋提升为行政院长；宋则同意用贩卖鸦片的秘密收入支付一部分军费。
不久，宋子文发现他再次被蒋介石欺骗了。他为支付抗日军费而发行的公债受到蒋介石的阻挠，驻热河省的中国军队遵照蒋介石的命令从抗日前线撤退，一枪未放。而这时汪精卫从国外归来，坐上了行政院长的宝座。
宋子文心灰意冷，决定辞去中央银行总裁的职务。这是宋子文第二次向蒋介石提出辞职以示抗议。尔后他以参加世界经济会议为堂而皇之的理由，到美国去进行长达四个月的访问。话不投机，蒋介石只好默许。
在这个夹缝里，孔祥熙就更加圆滑，因而更受到蒋介石的器重。
宋子文和孔祥熙虽然有很多相同之处：都是基督教徒，都受过国外教育，都同孙中山和蒋介石有姻亲关系，都通过家族关系和个人才能在政界发迹，地位显赫，但是他们在同蒋介石的关系上却是微妙的。一位美国人说：孔含蓄随和，似乎是中国政界的老好人，尽可能地与所有政客军阀表示亲善友好，对蒋殷勤驯顺；而宋对蒋表现出一种“傲慢”的态度，宋曾私下对人说：“当财政部长，跟给蒋介石当一条狗，没有什么两样。”而蒋介石正需要孔祥熙的殷勤驯顺。
宋子文在南京主政七年，树敌不少。有的说，政府并没有授予他此项使命啊！名曰借款，实则借粮；有的说，这不是美援而是援美，宋子文是上当受骗。赞成声被淹没在这强大的反对声浪中。