马西哥利欧创造新的反对教皇的形式的目的是保存天主教信仰的统一，只不过他不希望借助于教皇的专制实现目的，而是希望通过民主的方式实现目的。不过，这并没有使他实现目的，尽管新教徒们在反对教皇时从宗教会议运动的原则中找到了理论依据，可是当他们获得权利后，大部分情况是用世俗国家的皇帝或国王代替了教皇，不仅个人判断的自由没有得到保障，民主决定教义问题的方式也没有得到保障。
了解威廉的纯哲学学说可以依据厄内斯特·伊·穆迪的著作《奥卡姆的威廉的逻辑》。穆迪的这本书采用了“哲学史家有一种用后人的眼光解释前人的倾向”这种不太寻常的观点，但一般而言，这个观点是错误的。威廉是笛卡尔、康德或其他任何一个被人们尊敬的近代哲学家的先驱，但就是这样一个人，也曾被认为导致了经院哲学的崩溃。穆迪认为，恢复纯粹的亚里士多德，或者说让亚里士多德脱离奥古斯丁和阿拉伯人的影响，这才是威廉最关心的事。但事实是，比起威廉，弗朗西斯教团的其他人更是紧紧追随着奥古斯丁。穆迪认为，为了找出一个从经院哲学过渡到近代哲学的道路，近代史学家们才对威廉作了不恰当的解释。
在逻辑层面上，威廉是唯名主义者，被十五世纪的唯名主义者尊为创始人。他认为，由于种种原因（主要有三部分原因，一是奥古斯丁的影响，二是阿维森纳的影响，三是菲尔普斯写就的论亚里士多德《范畴论》的文章的影响），司各特主义者曾误解了亚里士多德。威廉还认为，逻辑是自然哲学的一种工具，可以独立于形而上学之外。按照威廉的说法，关于未来的偶然性事物，还谈不上真伪。他还计划把神的全知与这种观点调合在一起。这就使得逻辑独立于形而上学和神学了。
在回答“在人身上感性灵魂与智性灵魂是否完全不同”这一问题时，威廉认为它们确实不同，但这种不同又很难证明。他进而提出了反对神学的四种论证。对这个问题的观点，也许与人们所期望的他的观点有所不同，但不论如何，在这一点上他认同托马斯的观点，即：人的智力属于他自己，而不属于非个人。在这一点上，认可托马斯就意味着反对阿维罗伊。
由于形而上学和神学与主张钻研逻辑和人类知识并无关联，因此，威廉间接地鼓舞和推动了科学研究。他认为，“假设万物不可理解和人类没有智力之后，再加上一道来自无限的光，就让知识成了可能”这就是奥古斯丁主义者犯的错。尽管在这一点上，他和托马斯各有侧重，但在大体上还是达成了一致。众所周知，托马斯更多的是个神学家，但在逻辑方面，威廉更多地是个世俗哲学家，两人有区别也不难理解。
研究特殊问题的学者因为威廉的治学态度而获得了更大的自信，欧利斯姆人尼古拉就是其中一位。热衷于钻研行星理论的尼古拉是威廉的直接追随者，他提出了地球中心论和太阳中心论，从某种程度上讲，他是哥白尼的先驱，然而人们却很难在他和哥白尼之间作出选择，因为尼古拉说，地球中心论和太阳中心论都可以解释那个时代的所有事实。
哲学家的时代在威廉之后就告一段落，至少在威廉之后再没有出现过著名的经院哲学家。下一个哲学家的时代出现在文艺复兴的后期。
教皇制的衰落
哲学、神学、政治和社会的大结合完成于十三世纪。这一结合涉及到了许多因素，首要的因素就是以毕达哥拉斯、亚里士多德、柏拉图和巴门尼德等人的哲学为主的希腊的纯哲学。第二个因素是伴随着亚历山大征服战争大量流入的东方信仰。通过对俄耳甫斯教神秘信仰的利用，这些因素不仅改变了希腊语世界，甚至改变了拉丁语世界的世界观。一种至少在理论上而言的禁欲主义的解脱肉体束缚的伦理结合在了这些因素之上。俗众分开的祭司制度是从叙利亚、埃及、巴比伦和波斯传来的，最后还在政治上形成了相应的影响。从波斯传来的还有二元论思想，它视世界为阿胡拉·马兹达所统率的善和阿利曼所统率的恶这两大阵营的修罗场，而后来的妖术和撒旦都是由阿利曼阵营发展而来的。
当时，与新柏拉图主义中的希腊因素结合在一起的新事物是刚刚传过来的蛮族的观念与实践。结合新的情况，希腊人也发展了一些能够与东方观点结合的新观点，这些观点主要体现在俄耳甫斯教、毕达哥拉斯主义和柏拉图的一些著作里。
如果不花大力气进行一番改造，那么无论这些人的思想带有多么浓厚的宗教色彩，也不可能能重建一种能被大众接受的宗教，一般人无法了解他们的哲学的原因无非是它们太难了。他们倾向于维护希腊的传统宗教，这主要是由他们保守的思想驱使的。不过，他们也对传统宗教作了一些富有寓意的解释，因为他们不仅希望减弱传统宗教中不道德的成分，还希望传统宗教能与他们主张的一神主义和谐相处。但是，令他们遗憾的是，希腊宗教最终还是日渐衰落了，原因是它无法抵御东方教义和神学的挑战。
从犹太人那里，基督教接受了《圣经》和一种视其他宗教为虚妄和邪恶的教义。从波斯人那里，基督教接受了二元论，但与波斯人相比，基督徒不仅更加坚信善原则的最终全能，也更加确信异教徒都是撒旦的门徒。基督徒起初的缺陷是，在哲学和宗教仪式上没法与任何对手较量，但这个现象很快就被改变了。同样，起初，与正统教派相比，哲学在半基督教的聂斯脱里教派发展得更快。后来，借着修改新柏拉图主义的机会，基督教发展了一种实用的哲学，但这是俄利根以后的事了。
像古罗马一样，虽然西方教会发展得很缓慢，却由共和制发展成了君主制。与此同时，由于和君士坦丁堡及伊斯兰教徒的接触增多，基督教哲学也增加了新的元素。但在此之前，基督教的因素一向主要是柏拉图主义的。在十三世纪时，西方人不仅已经全都知道了亚里士多德，而且受大阿尔伯特和托马斯·阿奎那的影响，西方学者都以为他也是很高的权威，仅次于《圣经》和教会。亚里士多德的这个地位在天主教哲学家中眼里保持至今。
即使站在基督教观点的立场上，我也必须承认，柏拉图和奥古斯丁被亚里士多德所取代是基督教的一个错误。首先，从气质上看，与亚里士多德相比，柏拉图更富于宗教性。其次，从历史上看，一开始基督教神学就适应了柏拉图主义。尽管这不是托马斯的本意，但他毕竟铺平了从柏拉图主义迷梦转进科学观察的道路，而亚里士多德最多就是个经验主义者。
1204年，信奉天主教的拉丁人征服了拜占庭帝国，并统治到了1261年。之后，教皇失去了君士坦丁堡，从此再也没能收复过。法兰西、英格兰等国崛起后，教皇虽然多次击败了神圣罗马帝国，但这并没有给教会带来好处。在十四世纪的大部分时期，教皇在政治上被法兰西国王玩弄于指掌之中。但与富商阶级崛起和俗众知识增多相比，前述情况都太微不足道了，因为有学问的俗众使意大利北部那些富有的城市具有了独立自主的精神，他们很容易就起来造教皇的反。而此时的教廷变得更世俗化了，教皇也逐渐丧失了原本是给予他的权力和威望。
十四世纪初，在兀纳姆·伞克塔姆教令中，教皇波尼法爵八世提出的要求是前任所有教皇都未曾提过的。他创立的大赦年制度规定，天主教徒只要在罗马举行一种仪式，就可以获得大赦。随着这项制度而来的是巨额的财富，当然，这些财富中的绝大部分都进了教廷的腰包。在巨大的利润的推动下，原先100年才举行一次的大赦年仪式，先后缩短到每50年和25年就举行一次。一般而言，人们把第一次举行大赦年仪式的1300年视为教廷开始衰落的时间。
意大利人波尼法爵八世生于阿纳格尼，他曾被囚禁在伦敦塔里，起因是替教皇援助亨利三世讨伐叛乱诸侯。当时，法兰西派已经在教会取得了较强的优势，法兰西籍的红衣主教甚至敢反对他继任教皇。种种因素使他和法兰西国王的关系很差，两人甚至有很深的积怨。后来，法兰西国王不仅打算让全教会议废黜他，甚至还派军队在阿纳格尼抓住了他。后来，波尼法爵八世逃往罗马，最终死在了罗马。这以后的很长一段时间里，教皇再也不敢得罪法兰西国王了。
1305年，红衣主教选立戛斯坎尼人克雷芒五世做了教皇。克雷芒五世是在里昂接受的加冕礼，之后他并没有去意大利（而且在整个教皇任期里都没有去过意大利），而是于1309年定居在阿维尼翁，在此后大约70年时间里，教皇们都住在阿维尼翁。
克拉·底·李恩济领导罗马人民寻求脱离长期住在外地的教皇统治的事件发生在教皇克雷芒六世（1342—1352年）统治时期。虽然克雷芒六世最终战胜了李恩济，但由这件事情，教皇们发现，只有重新返回罗马，教廷才能有效地保住在天主教会的首要地位。因此，乌尔班五世于1367年回到罗马。但在临死之前，他还是被意大利复杂的政治局面逼回了阿维尼翁。后来，果断的格里高利十一世再次重返罗马，并控制了罗马的局势。格里高利十一世死后，在罗马派的支持下，意大利人普里亚诺继任为教皇，称乌尔班六世。但乌尔班六世并没有得到一些红衣主教的承认，为此，他们又在阿维尼翁选立了一位教皇，他是亲法兰西的日内瓦人克雷芒七世。长达40年之久的教会大分裂就此出现了。
为了结束大分裂，1409年，在比萨召开了一次以荒唐、可笑的结局结束的全教会议。在会上，乌尔班六世和克雷芒七世这两位教皇同时被废黜了，罪名是异端和分裂。之后，红衣主教们又选立了教皇约翰二十三世。这个约翰二十三世是个臭名远扬的地痞恶棍，因此，情况看上去比以前更让人绝望。总有人受不了令人绝望的结局。因此，在1414年时，新的全教会议在康斯坦茨拉开了帷幕。这次会议是富有成效的，因为它结束了分裂的局面。全教会议于1417年选出的教皇马丁五世没有遭到任何一派的反对。
在这段漫长和混乱的时期，有人以生平事迹和学说证明了这是教廷权威的衰落期，这个人就是威克里夫（1330—1384年）。威克里夫是一个在牛津享有盛名的俗世的祭司，在52岁时获得了牛津大学的神学博士学位。尽管他不是一位思想进步的哲学家，但一般认为，他是牛津大学最后一位重要的经院哲学家。在哲学上，他主张实在论，与亚里士多德主义者相比，他更像是一个柏拉图主义者。他认为上帝从不恣意发布命令；由于上帝有选择最善的义务，因此现实世界是唯一可能的世界。
在威克里夫五十多岁的时候，他还信奉正统教义，由此可见这位哲学家的思想发展有多么落后和缓慢。也正因为如此，他信奉正统教义却成了异端——他同情穷人，憎恨富有的世俗僧侣，因此成为了异端。他最初抨击教廷的理由，无非是一些政治和道德方面的理由，与教义无关，后来在被迫之下，他才有了更加广泛的反抗。
1376年，威克里夫在牛津大学作“论公民统治权”的讲义，就此脱离正统教义。当时，他提出，享有统治权与财产权的只有正义，俗界政权有权决定教士是否可以保留财产。之后，他进一步提出，财产是罪的结果，因此僧侣必须放弃财产。除了托钵僧，其他的所有教士都因此愤怒了。因此，威克里夫受到了格里高利十一世的谴责，还被押往主教们组成的法庭接受审判。然而，支持他的英国人勇敢地保护了他，他所在的牛津大学也反对教皇对威克里夫的谴责。
1378年至1379年，威克里夫又发表了一些学术性著作。他认为，上帝的代理人是世俗国家的统治者，主教要服从于他们。教会大分裂后，他把教皇定义为敌基督者和叛教者。因为有牛津大学和英国众议院的保护与支持，威克里夫并没有因为他的见解和民主活动遭到更多的迫害，至少到死去为止，他都没有被正式判罪。在英格兰追随他的罗拉德派因为遭到迫害而完全覆灭了，但波希米亚的情况却非常好，他的学说一直流传到了宗教改革时期。
十五世纪时，不仅教廷衰落了，政治文化也发生在本质上是异教性质的变化。总而言之，由于这些变化，人类世界不再是一个“泪之谷”，在艺术、诗歌和快乐的喧嚣声中，人们逐渐地遗忘了历经数世纪之久的禁欲主义。大体来说，人们已经不会再对旧的恐怖产生惊慌和恐惧的感觉了，因为新的精神自由已经发展起来了。尽管这种发展没能持续很久，但至少在当下，消除恐惧的却是它。近代世界便诞生在这个快乐而自由的时刻。