此时，马云已经不再把eBay易趣放在眼里了，他有更重要的事要做。
实际上，自2005年年底以来，淘宝网就开始进行一项秘密的研究——如何巧妙地收费？2006年5月10日，一个名为“招财进宝”的项目被推了出来。
“招财进宝”其实就是“竞价排名服务”，是淘宝网为愿意通过付费推广而获得更多交易的卖家提供的一种增值服务。卖家可以根据在“招财进宝”页面上出售单个商品的利润情况，与淘宝网协议约定支付固定费用，并依据实际成交数量及协议价格向淘宝支付费用，而卖家的商品在“招财进宝”页面的排名高低，将根据实际成交量的高低以及协议费用情况而实时更新。
至此，值得玩味的是，当eBay易趣因失去市场而尝试免费时，因免费而受益的淘宝却打算收费——尽管是以自愿和增值服务的名义。
不过，马云显然低估了淘宝卖家的反对力量。5月23日，店主们开始正式抗议，他们要求淘宝遵守“三年不收费”的承诺，或将“招财进宝”的商品放到普通商品位置下方进行试验。同时，有店主号召卖家们“罢市”。随后，这些店主遭遇了淘宝的“处理”。
2006年5月28日，淘宝网发出公告，对“招财进宝”服务进行调整：竞价最高额从100元下调至50元，“买位钱”最高为商品价格的5%，普通卖家可参与“招财进宝”排名的商品数量限制为20个，钻石级（信用度较高）的卖家为30个。但这一措施，仍无法制止卖家的“罢市”计划。
“‘招财进宝’只是淘宝网一个小小的功能。”马云解释说，公平合理的收费模式是要让愿意付费的人付费，不愿意付费的人永远免费。
但在6月1日，淘宝网3万多卖家还是如约“撤柜”、“罢市”，此举是为了表达对“招财进宝”的强烈反对。与此同时，淘宝网首页出现公告：自6月1日下午2时到6月10日12时，对“招财进宝”业务的去留进行“公投”。最终，如你所料，“招财进宝”无疾而终。
事实上，这对马云不啻于一个巨大打击，他对淘宝寄予厚望——阿里巴巴上市若想达到每股100美元只有靠“淘宝”。不过，马云的想法或许过于简单了。即便没有“招财进宝”的失利，淘宝能否不辱使命，也存在很大变数。
为什么这么说呢？从一开始，淘宝就站在“搅局者”的位置上。阿里巴巴一位对淘宝非常熟悉的离职高管甚至表示，淘宝对中国电子商务来说，不是“建设者”，而是“破坏者”。“这有点像当年的农民起义军，现有的秩序我都给你破坏掉，但怎么重建我不知道，我还没想好，我也不具备能力去想。所以，为什么李自成能在很短的时间里把明朝的江山打下来，但这个江山不会是李自成的。他本身就是个破坏者嘛。”
在提及淘宝与eBay的对抗时，这位高管表示，淘宝的打法其实可以简单归纳为：“你收费，我就不收费了；你现在针对的群体是所谓的白领，我不去碰，我覆盖白领以外的群体；你的支付使用信用卡，我就搞一个第三方支付。”他认为，这些其实都是“破坏思维”，但在破坏之后如何建设，淘宝还没想清楚。而对这一说法形成支持的，恰恰是eBay，为什么eBay能在短短几年内盈利？最简单也最根本的答案就是其“收费策略”。
不过，在淘宝网露出破绽之时，eBay易趣并未抓住机会进行反击。直至2006年9月21日，上任整整一年的吴世雄突然挂靴而去，其职位由ebay旗下另一子公司贝宝中国总裁廖光宇接任。此后，人们听到了最为合理的传言——eBay将退出中国市场。
但当10月19日eBay发布2006年第三季度财报之时，惠特曼否认了这一传言，并表示：“我们将致力于在中国的长期发展。”
整整两个月之后，eBay最终以一种“体面的方式”退出。TOM通过旗下的TOM在线与eBay成立一家新的合资公司，合资公司中，eBay投入4000万美元现金占49%的股份，而TOM在线则以“财务支持”的名义投入2000万美元，占有51%的股份，并在该公司中掌握了控制权。“eBay易趣”自此变身为“TOM易趣”，eBay则借此退出中国市场。
“eBay是一个在全球都有生意的大公司，这种交易非常多，因此eBay最了解怎样做才是对等的交易。”惠特曼说。
此时，孙彤宇正感受着淘宝网“成长的烦恼”。2005年，淘宝网的交易额不过80亿元人民币，2006年，则一跃为169亿元。“多年下来，一开始我们觉得很自豪，但是细细一想，好像这个份额太小了一点。”他喝了口可乐，沉思片刻之后说，“现在，如果网站连100亿交易额都做不到，我都不好意思跟人家说我是做电子商务的。”
那么，下一步呢？
结盟“酋长”
在淘宝与eBay易趣缠斗最激烈的时刻，马云却在私下忙着另一件事。
实际上，自2004年以来，深感资本压力的马云，就开始频频奔赴海外，拜会那些全球商业领袖及政界要人。在这一过程中，Google（谷歌）深深刺激了他。
对马云来说，Google全球CEO埃里克·施密特（Eric Schmidt）并不陌生，当然，他也注意到，由于Google的崛起，eBay及美国雅虎都位置不稳。
2004年，Google依靠将网页搜索结果和广告相结合的这一利润丰厚的盈利模式，促使其营业额增长了118%，达到32亿美元。禁不住这一诱惑的微软，同年推出了互联网搜索引擎业务。针锋相对的Google则随即开发了电子邮件等其他业务，两家公司的竞争更趋于“短兵相接”。
做搜索是多么酷的事！马云禁不住这么想。当然，阿里巴巴也确实有这个需求，淘宝网就是一个鲜明的例子。在淘宝发展早期，许多买家是通过百度的搜索进入淘宝网购物的。当时，李彦宏没有足够重视这件事，至少在百度上市之前，他一直表现得心无旁鹜；等到他打算进入C2C领域时，淘宝已经足够强大，即使抛开百度的搜索也无碍大局了。
马云甚至动过一个心思，他手下并不缺乏“搜索强人”。阿里巴巴CTO吴炯，在2000年加盟之前就是雅虎的技术高管，而他正是雅虎搜索引擎专利的发明人之一。
这可行吗？当然不。一个最大的问题是，阿里巴巴当时有淘宝、支付宝“两张大嘴”需要喂，如果再搞一个搜索引擎的话，马云不敢想下去。那么，跟人合作呢？
机缘巧合，此时，马云收到了老朋友杨致远的一封邮件，邀请他参加5月初在美国加利福尼亚圆石滩高尔夫球场举办的一个论坛。
此次与杨致远会面，马云提出了自己的设想，他打算跟雅虎合作，譬如，收购进入中国7年但却一直表现平平的雅虎中国。事后，据马云回忆说，当时，拿着球杆的杨致远愣了一下，大概以为自己听错了。随后，马云把想法又重复了一遍，杨致远才明白，马云是要“玩真格的”。出乎马云的意料，杨致远朝他竖起了大拇指。当然，这只是一个意向上的接触，具体方向及细节，还有待此后的敲定。
不过，事情一旦开了头，推进似乎就不是问题了。
2005年5月13日，杨致远的专机稳稳停在了首都机场4号停机坪。他与雅虎公司董事长兼CEO特里·塞梅尔（Terry Semel）将出席3天后在北京举行的高规格《财富》论坛。
当天下午，杨致远与塞梅尔到雅虎中国公司视察。
自2003年11月21日，雅虎公司通过旗下的雅虎控股（香港）有限公司出资1.2亿美元买下3721之后，这是杨致远的第二次到访。据说，杨致远对周鸿袆领导的中国团队在搜索、门户、即时通讯等各个领域取得的成绩非常满意，并表示继续全力支持中国公司的发展。
但是，没有在《财富》论坛上做主题发言的杨致远，却在上海约见了马云，并深谈了一个小时。此后，马云又赶往美国拉斯韦加斯，跟杨致远、塞梅尔继续深谈。双方的主题只有一个，就是阿里巴巴收购雅虎中国。“杨致远不是最终的拍板人，最终的拍板人是雅虎的董事长特里·塞梅尔。”马云回忆说，他甚至感觉到自己已经越陷越深了。
不过，马云的这一做法，其实与孙正义的意思相左，后者更希望他跟eBay合作。不难理解，雅虎公司早期的投资人就是孙正义，他当然对这家公司非常熟悉。而eBay呢？尽管一直作为竞争对手，但是显然，这家公司与阿里巴巴的发展方向更为接近和互补。
历史不容假设，但可以想象一下，如果孙正义这个“天才的想法”付诸实施的话，至少有一点可以肯定，马云此后将不必为淘宝网的收费问题而绞尽脑汁、欲说还休。事实上，“淘宝+eBay”，还可能覆盖中国C2C市场的高中低端，令其他竞争者很难再有生存空间。当然，风险在于，这也可能会使马云失去控制权。
不过，由于孙正义试图让eBay介入的想法，促使雅虎高层很快下了决心。方案正如后来所披露的，雅虎以10亿美元外加在雅虎中国的资产，换取阿里巴巴集团40%的股份（35%的投票权），而马云则可以用这些钱，将一些小的投资人清理出去。最终，阿里巴巴的股权结构将是“三国鼎立”——雅虎公司（40%）、软银（30%），以马云为首的阿里巴巴员工持股（30%）——很明显，雅虎公司成为了阿里巴巴的大股东。
尽管协议早已签署，但对外却一直秘而不宣。马云想等到一个“吉利的时刻”——中国农历的“七夕”，一个牛郎织女久别重逢的日子。
不过，对雅虎中国的整合准备工作，自2006年7月初就开始秘密进行了。当时，马云成立了整合小组，成员包括阿里巴巴人力资源副总裁邓康明、首席技术官吴炯、阿里巴巴中文网站资深总监谢世煌等人。整合小组7月中旬就拿出了初步方案。
“其实从第一天收购雅虎，马云就有心理准备，所以马云一开始就说要给雅虎三年的时间，各种问题的调整需要时间，而且竞争的环境也很残酷，内部的整合又需要时间，所以我觉得对压力的预期，我是有很充分的准备。”后来出任雅虎中国总裁的曾鸣透露说。
2005年8月11日，并购消息正式宣布。
按照阿里巴巴的说法，此次收购情况如下：“阿里巴巴收购雅虎中国全部资产，同时获雅虎10亿美元投资，并享有雅虎品牌及技术在中国的独家使用权；雅虎获阿里巴巴40%的经济利益和35%的投票权。阿里巴巴收购的雅虎中国资产包括：雅虎的门户、一搜、IM产品、3721以及雅虎在一拍网中的所有资产。阿里巴巴获雅虎10亿美元注资后，董事会成员将发生变更，变更后包括四个董事会席位，阿里巴巴两席、雅虎一席、软银一席，具体则为阿里巴巴CEO马云、阿里巴巴CFO蔡崇信、雅虎创始人杨致远及软银董事长孙正义。”
对于整合后的雅虎中国公司，将全部交由阿里巴巴公司经营和管理，马云则在消息宣布时表示，他将出任雅虎中国公司总经理职位，管理雅虎中国的全部业务，他同时强调，在阿里巴巴收购之后，雅虎中国并不是一个合资公司，而是雅虎将全部中国业务转交阿里巴巴来管理。同时，马云还澄清了此前的“诸多不实报道”，并表示，此前关于雅虎将在两年后全部收购阿里巴巴的说法是不正确的。
此前的8月8日，《福布斯》报道称，雅虎计划以10亿美元收购中国最大的电子商务公司阿里巴巴35%的股份。
实际上，这宗交易在最初就充满了歧义：在中国，马云宣布的是阿里巴巴并购雅虎中国；而在美国，《福布斯》杂志的标题却是“雅虎收购阿里巴巴40%股份”。
为什么双方的理解会有如此大的分歧？