苏州河整治二期工程另一个重点是沿岸市政泵站雨天排江量削减工程，也就是雨水调蓄池。下暴雨时，早期雨水会冲刷、携带大量污染物，直接排入苏州河，这是苏州河重要的污染之一。新建的雨水调蓄池可以把最初半小时到一小时的肮脏雨水储存起来，不让它们流入苏州河，之后再把储存的雨水输送到污水厂处理。规划中的五个雨水调蓄池建成之后，将有7.52万立方米的初期雨水被收集处理后排放，大大减少雨水给苏州河带来的污染。
苏州河二期工程计划截流6条主要支流污染源636家，其中320家的污水将在年内被收集处理。如今的苏州河，黑臭现象已不复存在。专家指出，2004年苏州河主要水质指标监测数据中，苏州河主要水质指标化学需氧量、五日生化需氧量较1998年大幅降低，已稳定达到五类水标准，排入苏州河的污染负荷明显减少。
科技治水
在整治苏州河的过程中，现代科技发挥了巨大的作用。科技人员用开拓创新的精神，为江河清污工作交出一份又一份出色的答卷。
获得２００３年国家科技进步二等奖的项目《苏州河水环境治理关键技术研究》就是使苏州河干流消除黑臭的重要法宝。工欲善其事，必先利其器。为了掌握污染源的具体位置，项目组建立了全市污染源ＧＩＳ【地理信息系统】定向数据库，对全市近６万个水环境污染源在大比例尺地图上进行定位，使每个污染源的排放量，直排还是间接排放，排放变化等情况一目了然。这就像一个随时跟踪敌情的“作战地图”，使整治苏州河有了本明白账。项目组还建立了环境数学模拟技术，可随时了解水源情况，水质变化，用计算机进行数字试验，大大节省了人力财力。
对“病症”心中有数之后就可以对症下药，下一步工作就重点放在“治”上，也就是要截污治污，截断大量排放到干流的污水，将污染源纳管外排，减少工业废水和生活污水排入苏州河。项目组研发的微型顶管技术可以直接在地下施工铺设管道，不但改善了用开挖法施工的耗时耗力，还不破坏地上设施。
苏州河综合治理工程点多线长，开挖路面施工不仅严重影响交通，而且也会影响市容，在上海正举行重要国际会议期间，市有关部门要求施工不准挖开路面。施工单位针对曹安路和沪青平公路地下管线复杂、障碍物多以及流沙土地质给施工带来的困难，进行了多次现场试验，首次研制生产出小口径钢筋混凝土管道。施工中，先用带有雷达导向仪的定向钻机，按照设计轨迹，钻出一个通道，当通道达到预定的大小后，再将小口径钢筋混凝土管道逐节顶进，同时，在管道的周围进行加固处理。直径分别为30厘米和45厘米、每条长约60米的小口径钢筋混凝土顶管，作为截污支管，先后28次成功地从地下穿越车水马龙的曹安路和沪青平公路，而路面交通未受到任何影响。如此小口径的钢筋混凝土顶管施工在上海尚属首次，比采用同类规格的钢管费用降低40％左右，并能解决防腐等一系列问题。使用小口径钢筋混凝土顶管进行过路施工，为在交通繁忙、人口稠密的市区进行同类施工提供了成功的范例。
地下管道万涓汇合，通向建在石洞口的污水处理厂，这个世界上最大的脱氮除磷污水处理厂，每天可以处理４０万立方米污水。
水体生态系统重建工作也是苏州河整治的重要环节，而且最能直观体现整治工作效果。２００１年鱼儿再现苏州河，说明水质已有很大好转，但据专家介绍，出现属于清洁指示种的椭圆萝卜螺等底栖无脊椎动物，河水才算是真的清了。为此，项目组设计了综合调水方案，通过闸门群的调度，“涨潮关闸、落潮开闸”，使苏州河水由循环流动变为单向流动，防止了死水的淤积，而变成活水。２００２年一艘集充氧、加菌、加药等多种功能于一体的河道曝气复氧船投入使用，成为流动的“制氧车间”，提高了水体溶解氧含量，同时又筛选了大量本地菌种投入河道，帮助苏州河恢复自然的河道生态系统。
作为苏州河整治一期工程十项主要工程之一的河道曝气复氧工程，其主力军就是由河道曝气复氧船担当。这条为苏州河度身定造的“河道曝气复氧船”，外形酷似一只银灰色和浅蓝色相间的鞋子，总高度为３.６米，核心部分--制氧曝气装置位于长１２米、宽６米的工作舱内。据介绍，制氧装置每小时可以制出浓度为９０％的纯氧１５０立方米。
除制氧外，曝气复氧船自身也具备多项环保功能，船底有一台专门用于处理机舱含油污水的油污水分离装置，集粪舱用来收集厕所的生活污水，船上选用的柴油发电机组，其废气排放达到了国际先进水平。此外，曝气复氧船采取了得当的降噪措施，昼夜噪音不大于６５分贝。
曝气复氧船在世界其他河流治理工程中也曾发挥过巨大作用，英国泰晤士河河水水质在通过曝气复氧船堵污充氧后，得到了明显改善。上海的环保专家称，这座流动的制氧车间在苏州河上的投入使用，对苏州河水恢复清澈起到了推动作用，有了充足的氧气，河中鱼儿可望增多。此外，这个运动的制氧车间还增加了好氧菌的数量，而好氧菌对有机物的降解速度高于恶氧菌，能更快地降解河水中的有机物。
苏州河中的污染底泥不仅数量大，还含有多种有毒有害物质，是影响苏州河水质的重要因素之一。清除河底污泥，是治理苏州河非常重要的一个环节。负责清除河底污泥的项目组和施工队伍，为此动足了脑筋。除了研究疏浚底泥的方案，项目组还研发了利用底泥烧制建筑材料、陶制品、胶凝材料的配方和技术，对河底重污染底泥进行资源化、无害化处理，变害为宝。我看到过用苏州河底污泥制成的陶器，它们在灯光下闪烁着晶莹古雅的光泽，令人感叹现代人的异想天开和神奇的创造能力。
四大战役
整治苏州河，其实是一个牵动全上海所有河流水系的大战役，上海大地上的每一条河流，都被人们精心调节着，清理着，改造着，上海人称之为“万河整治行动”，而目标很明确：让上海的母亲河尽快恢复清澈。
2008年是上海全市“万河整治行动”三年计划的收官年。随着春节前的最后攻坚冲刺，上海“万河整治行动”圆满完成了既定目标，累计完成中小河道整治23245条段，17067公里，疏浚土方16863万方，完成三年计划总量的102%，也标志着历时20年的上海治水“四大战役”取得全面胜利。
从1988年上海市政府启动合流污水治理一期工程建设开始，在党中央国务院和历届市委、市政府的关心重视下，上海市水务部门把改善水环境面貌作为事关全局的首要任务，按照“截污治污、沟通水系、调活水体、营造水景、改善环境”的治水方针，连续发起“四大治水”战役，并相继取得重大胜利。
我们来看看这四大战役的规模和成果吧。
第一战役：消除苏州河黑臭。根据国务院“抓紧治理苏州河、黄浦江的污染，清除江河黑臭现象”的要求，1988年，上海市政府启动合流污水治理一期工程建设，以截断苏州河沿岸污染源为核心，并于1993年12月完成主体工程建设。为彻底消除苏州河黑臭，市政府又分别于2000年、2003年和2006年相继启动苏州河综合治理一期、二期、三期工程建设，工程累计总投资140亿元。水务部门以重塑江河的雄心壮志，以连续9年的不懈努力，夺取了苏州河综合治理战役的全面胜利。昔日黑似墨水、臭不可闻、令人掩鼻而过的苏州河，如今河道水质已经基本达到景观水标准，河水碧波荡漾、水中鱼虾回游，水生态得到逐渐恢复；河道边坡两岸花红柳绿、绿树成荫，成为两岸居民休闲、晨练、娱乐的亲水之处。
第二战役：推进中心城区黑臭河道和郊区骨干河道整治。为全面改善中心城区水环境面貌，在苏州河综合治理首战告捷后，水务部门立即组织力量向位于市中心城区的苏州河黑臭支流发起冲击，并通过连续三年的艰难治理，如期实现中心城区河道基本消除黑臭的阶段性目标，大多数市民对治理成果表示满意。在中心城区除污治黑的同时，郊区打响了骨干河道整治战，三年治理，取得了区域除涝、水资源调度、水环境承载、通航能力和水环境面貌得到同步提高的预期效果。
第三战役：发起市郊接合部和城镇化地区黑臭河道整治攻坚战。市郊接合部和郊区城镇化地区，是改革开放后经济增长的新高地，也是水环境污染的重灾区。这些地区排水设施先天不足，受工业化、城镇化以及外来人口不断增多等多种因素影响，多年来河道水环境一直处于严重病危状态，大量污水直排河道，并出现有河皆污、鱼虾绝迹、逐年变黑等恶化之势。为彻底改善这些地区的河道水环境面貌，市区联手、协同作战，于2006年初春发起了市郊接合部和郊区城镇化地区黑臭河道整治攻坚战。三年来，铺设截污管道、拆除沿河违章建筑、清除淤泥垃圾、修建护岸边坡、植草种树栽花等各种手段相结合，攻坚战取得阶段性胜利。整治后的河道面貌焕然一新，河中水清面洁，坡岸花草摇曳，而且还因地制宜地建成了一大批各具特色的景观河段，当年的黑臭河道如今成为了当地群众休闲喜爱之处。
第四战役：实施郊区万河整治。上海郊区河网密布、沟渠纵横、水系发达，属于典型的江南水乡。受工业化进程等影响，散布于宅前屋后的郊区2万多条河道也深受其害，并出现水质污染、河道淤浅、水系不通、水体不活等恶化状态。为重塑江南水乡风韵，全面改变郊区水环境面貌，市委、市政府把推进郊区河道整治写进了八届七次会议决议和“十一五”发展规划。市水务局及时作出了水环境治理重心向郊区转移的工作部署，并于2006年纪念“世界水日”之际，在向社会作出用三年时间全面完成郊区万河整治的庄严承诺声中拉开整治序幕。郊区中小河道点多、面广、线长，河道种类多，治理要求不同，市水务局在反复实地调研的基础上，及时确立了“因河制宜、分类整治”的治理方针，建立了项目责任制、工作例会制、工程监理制，以及政策牵引、立功竞赛、跟踪评估等工作机制。区县和相关部门积极配合、通力合作。通过三年的艰苦奋战，郊区21728条段16247公里河道得到全面整治，乡村水环境面貌发生可喜变化，河道蓄水、调水、自净能力得到明显提高。许多数十年来未曾整治的村宅河道重新焕发勃勃生机，郊区各地还因地制宜地建成了一大批小桥流水、水榭亭台、亲水回廊等颇具江南水乡风韵的滨水景观带。在建设环境友好型社会、建设社会主义新农村中，有力地发挥了先发效应。同时，为巩固治理成果，以市和区县实施“万人就业”、“千人就业”项目为契机，积极推进河道保洁队伍建设。目前，全市共建有河道保洁社216家，保洁巡视员136名，河道保洁员15988名，配备各类保洁船只3024艘。市管和区管河道保洁覆盖率分别达到74%和89%，镇管和村级河道保洁覆盖率分别达到99%和96%。
“九龙”和“一龙”
城市的江河治理和水利工程是一个极其复杂的问题。要治理好上海的这条母亲河，必须要解决机制和领导的问题，不能只有空头规划，要有务实有效的领导机构，有精明强干的专业队伍。
以前，上海管水的部门很多：专事水利行政管理的，是水利局；负责供水和城市规划区地下水开发和利用管理的，是公用事业管理局；专管排水与污水处理及公用防汛墙和驳岸等建设和管理的，是市政工程管理局；负责农田水利管理的，是农委；负责地下水管理的，是地矿局；专管水污染治理的，是环保局；负责海洋水资源管理的，是海洋局；还有管理水上航道和码头的港务局，等等。人称“九龙治水”。水的行政管理处于如此分割状态，多头管理、政出多门最终导致“水源地不管供水，供水的不管排水，排水的不管治污，治污的不管回用”，水资源利用和保护的统一属性被人为分割肢解。人们不明白，缺水由谁负责，水源和输水污染找谁，地面沉降如何解决，污水处理厂没有运行费怎么办……
分割而治导致用水效率低下的后果不言自明。2000年前，四面环水的大上海同全国大多数城市一样，水的行政管理处于部门分割管理状态。
2000年，上海成立水务局，“龙王”从九条减到一条，干部也从210名减到100名。水务局的官员在接受记者采访时很幽默地说：“现在，除了口水和香水之外，上海所有涉水事务全由水务局一家管理。”从此，上海实现城乡一体、水行业全覆盖的水务一体化管理，彻底改变了“九龙治水”的体制困局。
“一龙”治水，由繁而简，效率大为提高。以从太湖调水改善黄浦江取水口水质为例，以前，市自来水公司需向市政公用局、市建委、市农委、市水利局、水利部太湖流域管理局层层上报、转报，一次调水需经过6道关口审批，既耗费精力，又浪费时间。现在可以快速度一揽子解决，直接由市水务局与太湖局联系即可办成。
“龙王”少了，水治好了。上海市水务局提供的资料显示，防汛防台“四道防线”近几年成功抵御了数十次台风、暴雨、天文大潮的袭击；公共供水服务经受住了连年夏季持续高温和冬春咸潮入侵的考验；万元GDP用水量由2000年的238立方米下降到125立方米，中心城区工业用水重复利用率达到80.6%；全市污水处理率由“九五”期末的46.8%提高到2005年底的70%，中心城区河道基本消除黑臭，郊区水环境面貌普遍改善。
来自水利部的最新统计显示，截至2006年3月31日，全国组建水务局和由水利局承担水务管理职能的县级以上行政区已达1429个，占全国县级以上行政区总数的58.7%。在全国31个省级行政区中，除西藏外的30个省区市都开展了水务管理体制改革。
从上海的水务管理体制改革不难看出，体制创新极大地解放了生产力，为政府加强水资源宏观调控和统一管理提供了保障。水作为一种自然资源和环境要素，以流域或水文地质单元构成一个统一体。地表水和地下水之间相互转化，上下游、左右岸、干支流之间的开发利用相互影响，灌溉、供水、发电、航运等功能之间相互联系。这种特点就要求水行政管理必须变“多龙管水”为“一龙管水”，打破城乡之间、部门之间的水管理界限，将城市和农村、水源和供水、用水与节水、治污和回用一体化，才能从根本上解决我国面临的日趋严峻的水危机。