1998年至2000年3年间，上海顺利实施了支流截污、引清排污、河道曝氧、搬迁工厂、沿岸绿化等各项工程性、管理性措施。全市共整治相关河道8266条【段】，长度5397.2公里【其中市区河道88.2公里，郊区河道5309公里】，疏浚河道土方量3662.8万立方米【其中市区119.9万立方米，郊区3542.9万立方米】，截流污染源3175家，平均每天向苏州河少排污水30多万立方米。拆违或拆迁面积25.4万平方米，清除水面垃圾及水生植物49.2万吨；搬迁了苏州河市区段沿岸所有工业、运输、环卫码头和污染企业，调整了进出苏州河航道的往来船只走向，实施了苏州河上游6条主要支流的污水截流工程和白龙港合流污水治理二期工程、沪闵污水北排工程等建设项目；并组织水文、水闸、泵站、排水等机构，启动53座水闸，进行连续综合调水运行，引清排污，使苏州河水体得到明显改观，基本消除水质黑臭及苏州河与黄浦江交汇处的色差。
圆梦
2001年4月20日，上海《解放日报》一条以《苏州河治理工程介绍》为题的消息，报道了苏州河综合治理第一期工程的有关十大工程，让上海人读之心动：
苏州河的全面整治将先后实施１７项工程，其中一期工程由十项主要工程项目组成，预计２００４年底全面完成，工程总投资为人民币８６.５亿元，十项工程分别为：
一、苏州河支流污水截流工程：该工程主要收集苏州河中下游六条支流区域内１９个未建排水系统的地块共５９.７０万ｍ３／Ｄ污水。２０００年底建成骨干工程。
二、上海市石洞口城市污水处理厂工程：位于蕴川路以北，长江规划岸线南侧区域。工程规模一期按４０万ｍ３／Ｄ、远期按８０万ｍ３／Ｄ控制。污水处理采用二级生化处理、脱氮除磷并消毒后达标排放。预计２００３年完成一期工程。
三、虹口港、杨浦港地区旱流污水截流工程：该工程近期利用合流污水一期工程截流总管旱天余量，截流每天直排两港的４１.６６万吨旱流污水，远期纳入污水处理三期工程。工程截流管道总长约２９０００米，２００１年全面建成。
四、苏州河环卫码头搬迁及水域保洁工程：工程包括建设黄浦、静安、闸北三区的垃圾中转站和停车场；两座粪便排放站；１套水域保洁系统；１套环境卫生管理站及停泊点；１套搬迁过渡工程。
五、木渎港等苏州河七条支流建闸控制工程：工程主要对苏州河流域七条支流进行建闸控制，并对部分支流河道进行疏浚，增建、维修泵站和闸门。工程于19９８年正式启动。
六、综合调水工程：工程涉及苏州河南北两侧的可调控河网地区，涉及蕴南片、嘉宝北片、淀北片、青松大控制片共四个水利分片和建立苏州河水文水质监测系统。１９９８年开工，２００３年前建成骨干工程。
七、虹口港水系整治工程：主要对虹口港、俞泾浦、沙泾港、西泗塘、南泗塘、江湾市河和走马塘水域两岸进行防汛墙加固、改建与新建，并新建三座泵站、水闸及一座分隔涵闸。于１９９８年开工，２００３年完成。
八、苏州河底泥疏浚工程：工程对市区段苏州河底泥进行疏浚。疏浚后的污泥采取综合利用方式处置，现考虑与苏州河防汛墙改造工程同步实施，２００４年前完成。
九、苏州河防汛墙改造工程：工程建设范围自苏州河北新泾东侧至河口，河道总长约１６.７公里的两岸防汛墙，主要解决沿岸防汛墙年久失修、结构不稳定、多次加高影响景观等问题。工程于２００３年前完成。
十、苏州河河道曝气复氧工程：能在较短的时间内降低水体中有机污染物，提高水体溶氧水平，改善水体环境质量。工程范围自黄渡至河口共３５公里范围，重点在北新泾至河口１８公里河段。工程计划于２００２年启动，２００３年结束。
报道中介绍的这些工程，都是规划中的内容，如今早已一一兑现。这是无数上海人齐心协力共同奋战的结果，苏州河水也随之一天比一天少了混浊，多了清澈。
苏州河地区合流污水一期工程让上海人看到希望：只要用心治理，苏州河就不是一潭死水。这是一个需要毅力与恒心的过程，持之以恒的关键，在于明确的治理规划，以及相应制度的建立和完善。
2000年，苏州河黑臭现象基本消除。那年11月间，北大、清华、上海交大等高校在苏州河上赛艇，这是苏州河上举办的第一次大型水上活动。市民们奔走相告，争相前来观看。这不禁使人想起了英国泰晤士河上的牛津大学与剑桥大学的划艇比赛。泰晤士河也曾是一条被污染的河流，虽然情况远不如苏州河那么严重，但也因鱼虾死亡而曾引起英国人的担忧和惊叹，很多人认为泰晤士被污染难以逆转。我很多年前看到过关于泰晤士被污染的报道，心想，城市河流，大概难逃苏州河的命运，即便在发达国家，也是如此。然而泰晤士河却经历了由清变浊，又由浊而清的变化。几年后，关于英国人整治泰晤士河成效显著的报道，我也看到了。当时曾经感慨，什么时候，苏州河也能变清，并且也举行划艇比赛呢？想不到，这梦想一般的愿望，竟在苏州河上变成了现实。
2003年苏州河综合整治二期工程启动，主要目标仍然是治污。2003年4月的《解放日报》上，有一篇题为《明日苏州河：先睹未来苏州河四大亮点》报道，描绘了苏州河综合整治第二期工程完成后的美妙前景，市民争相传阅这篇给人带来美妙想象的报道：
苏州河环境综合整治二期工程在春日和煦的微风中启动了。
苏州河、黄浦江口将现“小瀑布”！河口水闸工程的蓝图引来了海内外人士的好奇目光。其实，除了河口水闸，苏州河二期规划中还有一系列鲜为人知的亮点。在不久的将来，苏州河上，绿树葱茏掩映粼粼碧波，河流与湖泊亲密接触，艺术岸线边白帆点点，工业博览馆乍现河畔……记者将带着你穿越时空，先睹未来苏州河四大亮点。
亮点一：梦清园水清木华
亮点二：银锄湖通吴淞江
亮点三：游艇码头八九处
亮点四：工业区变“博物馆”
据统计，苏州河沿线列入保护名册的市级以上文物保护单位以及市级优秀近代保护建筑达28处之多，此外还有37处公寓、里弄建筑以及仓库建筑被认定为具有保留价值。根据城市肌理，除昌化路段的工业建筑保护区外，苏州河沿线还划分出3个特色建筑区：吴淞路桥地区，体现河口历史风貌，建设具有国际水准、体现上海特色的都市休闲综合体；浙江路至乌镇路地区，将作为仓库工业建筑保护区，具有历史意义的仓库建筑将恢复原貌，形成苏州河畔的艺术展示区；华东政法学院区域，重点保护中西合璧的校园建筑。
这篇报道中对未来苏州河及其沿岸美妙风光的描绘和想象，现在大多已经成为现实。当年人们避之不及的苏州河，已经成为可亲可近的城市风景。
2005年二期工程完工之后，苏州河干流的截污能力已达到90％，苏州河水质大为改观。2007年，苏州河整治三期工程启动。2009年将实施苏州河中下游底泥疏浚，进一步恢复河道生态。从1988年苏州河河流污水治理一期工程奠基开始，20多年过去，上海市领导换了几任，苏州河治理却从未间断。20年中，治理苏州河投入数百亿元，苏州河开始美丽变身。
治理改造苏州河的过程，对上海人来说，是一个圆梦的过程。
建闸蓄雨
苏州河属于双向流动的潮汐河流，有涨潮，也有落潮。涨潮时，黄浦江水倒灌进苏州河，退潮时，苏州河便露出黑臭的面目。记得我儿时在苏州河游泳，总是挑选涨潮时分，退潮的苏州河，是一条污浊可怕的脏水河。用一道开启自如的闸门，控制潮水，是治理苏州河污水的重要手段。
上世纪90年代初，在苏州河口建造了吴淞路闸桥，对防汛和交通起到了很好的作用，但吴淞路桥水闸只能单向挡水，对截污清流起不了什么作用。在苏州河口新建一座全新的双向挡水排水的水闸，是苏州河综合整治第二期工程中最引人注目的大工程。这是一项施工技术异常复杂，集景观、环保于一身的大工程，接下这个工程的上海三航局亮出“誓以一流苏州河水闸工程回报社会”巨大横幅，表达了打造一流精品工程的决心。
从2003年开始动工的苏州河河口水闸工程，是一个异常艰巨困难的工程，施工过程几乎处处受限。一是苏州河口不能停航施工，100米宽的河口船只穿梭往来，留给施工的空当太小。二是跨汛期施工，26个月的工期中有两大汛期，紧而又紧的工期不允许在汛期停工。三是水下和地表下施工，水下防渗系统改造、防冲护地铺设、闸底板沉放固定等均在水下施工，质量控制与检测难度极大。四是噪声、震动、油雾等环保因素对施工限制多，施工会不会破坏环境，制造污染，尤其对墩墙与水下施工提出很高的要求。五是施工质量要求高，墩台设计精度为2毫米，3个墩台不是同时施工，要求3个水下搁置点最终水平误差在2毫米之内，难度可以想见。
在工程前期施工中，南北中三个墩面的沉井安放和打桩施工是重中之重。中墩沉井长13米，宽18米，中间打入24根直径60厘米的钢管桩，南北墩沉井长与宽为16米、30米，南墩沉入40根钢管桩，北墩做40根钻孔灌注桩，在南北两岸打地下连续墙、支护钢板桩、高喷、悬喷、灌砂等土体支护结构和采用多种支护手段，2003年9月30日，中墩施工率先开始。基坑开挖后，400多吨的沉井套箱沉放是个难题。项目部成立了QC攻关小组，保证沉箱均匀准位下沉。整整一个多月，沉井终于沉到离标高仅一米左右，暂停沉放，开始在沉井里打桩。
24根桩打完后，沉井离标高还有40公分无论如何沉不下去了，沉桩后的土体更密实了，无论怎样用高压水枪冲，沉箱动也不动。于是QC小组通过土体摩擦力的一系列计算，认为有360吨压力可以将它压到位。于是用反压千斤顶将电子控制液压压力调至360吨，终于一次压到位。
北墩邻近俄罗斯领事馆，打桩的噪声和震动势必影响俄领馆。怎么办？施工队改用沉井内做钻孔灌注桩，在把钢浮筒打入水下30米之后，32根灌注桩施工开始了。在上海地区做水下深度为－70米钻孔灌注桩是匪夷所思的事情，但他们终于取得了成功，并创造了上海滩做钻孔灌注桩水下深度的纪录。
在沉井安放和桩基施工的一年半中，施工单位的设点监测哨一直睁大了眼睛，观察两岸地表、深层和土体位移情况、监测环境保护点分布在黄浦公园、海鸥饭店、外白渡桥等处，他们每天提供大量测出的数据，为工程下一步施工提供依据。
为了减小对周边环境的影响，施工单位除了在北墩施工中采用钻孔灌注桩，在中墩和南墩施工中，又别出心裁，用起重船吊打液压振动锤压桩的办法，尽量避免了噪音、震动和油雾污染。施工项目部在沉井里用槽钢搭制一个施工平台，然后用多个榔头试打，一开始困难重重，一筹莫展。全上海没有能沉放－71米标高桩长的大能量的压桩设备。项目部用液压振动锤试打，打了一万多次后，桩的贯入度为零，就是下不去，后来换成一个英国产的56吨重锤，桩是下去了，但噪声大，震动剧烈，还是不行。经过反复试验，最后采用一个重量仅20吨的S150锤的能量和频率，成功了。施工队委托上海交大噪音研究所设计了一个消音罩壳罩在锤体外，又减小10分贝噪音。在近两年的施工过程中，外白渡桥上、黄浦公园内、上海人民英雄纪念塔下仍然游人如织，人们几乎没有觉察到，一个巨大的水下工程正在近在咫尺的地方轰轰烈烈地进行。
长99米、宽14米、吃水6米深、重达8200吨的闸底板制作、运输和安放，是水闸工程的压轴大戏，科技含金量极高，系工程成败于一身。大闸底板在外高桥的南造船基地制作，考虑到这个巨型封盖式钢浮箱在水中虽有千吨以上浮力，但底板与船坞底板之间会有巨大的附着力，等到闸底板起浮时，会不会被这股附着力如同大吸盘般吸牢。为了解决这一疑难问题，一批资深专家彻夜不眠研究对策，终于想出了对策：向贯通闸底板上下的100多个预留注砂孔注水，消除了大部分吸附力；在底板四周凿空60厘米，减小底板吸附面积；缓加水400吨，减小底板自重；准备10只100吨级千斤顶以防不测；提前注入3米深水，让底板充分浸润……2004年10月18日早晨，大底板在坞内徐徐浮起，悬在人们心上的石头落了地。大底板从外高桥经吴淞口进入黄浦江，等候在一年一次的高潮位抵达苏州河河口落位。由于闸底板呈L形不均匀几何状，底板起浮后拖运时保证平衡是又一个难题，若浮在江面上的闸底板两端有20厘米高差将无法顺利进入沉放位置，这些问题必须在拖带待命时解决好，如抵达现场再纠正时间将不允许。施工项目部在闸底板的相应位置及底板内部分分舱灌水或抽水进行调平。由于预案周密细致，措施有力，L形的大底板四平八稳。2004年10月29日上午，将近万吨重的巨大底板“兵临城下”，此时，正是苏州河全年的最高潮位。根据瞬时潮位，指挥部发出指令，闸底板于10时、11时、12时、13时依次进位。下午1时半，指挥部下达了最后到位的指令。5部绞车拉放有序，底板外侧的两艘拖轮簇拥着闸底板微微前移，缓缓靠在了南北边墩的限位槽内。下午3时40分，闸底板终于下沉到设计标高，准确到位，丝毫无误，工地上一片欢腾。
新建的苏州河河口水闸，功能和作用与吴淞路闸桥完全不同。河口水闸宽102米、高9米，位于外白渡桥边，是国内同类型中最大的水闸，可以抵御黄浦江千年一遇的潮汛。苏州河河口水闸能够灵活闭启，随时截流或放水。水闸启动时，还能调控苏州河水位。建河口水闸前，有关部门曾做过试验，一个污水团在苏州河里，要经过14天才能最终入海。有了苏州河河口水闸，涨潮时放下水闸，落潮时打开水闸，苏州河脏水自西向东流入大海，再不会在原地徘徊不前，确保流水不腐。通过综合调水，改变了苏州河因涨、落潮造成的河水回流，让河水变成由西向东单向流动，从而充分调用上游相对清洁的水源，使苏州河上、下游的水量分别增加2.5倍和3.3倍，这对改善苏州河水质发挥了显著作用。除河口水闸外，苏州河各支流上还有6座水闸，在苏州河消除黑臭过程中，各守一方。