被华人称为小吕宋的西班牙菲律宾群岛殖民地首府马尼拉，这时还是座很年轻的城市。城内已建起许多西班牙建筑和城外“生理人”繁华的巴里安大市场，马尼拉城虽然不大，但它面向马尼拉湾和帕西格河的城墙与炮台却建得非常高大、宽阔坚固。这时设计时已考虑到抵御即将尾随其来的欧洲敌人，荷兰、英国等的舰炮攻击。城里有许多西式的教堂、修道院、市政建筑和供奴仆住的，用茅草、棕榈叶盖顶的木屋、高脚竹楼。这里，随处可见巡防的西班牙士兵和做完晨祷的黑袍传教士城里穿行。
此时的西班牙，十分期待与中国的贸易，甚至希望能征服中国。1573年，哥斯达黎加的西班牙征服者阿提达上尉致信西班牙国王菲利浦二世：“如果陛下有意对该国（中国）加以勘测，我只要有两条船，每艘250吨，每船有兵士40名，便可以从命。在勘测海岸之后，再经新西班牙（墨西哥）返国。我将确定如何在该地进行贸易和征服。”另一位西班牙军官更提出：“该国（中国）是很富庶而人口稠密的，如果陛下乐意调度，只要不到60名优良的西班牙士兵，就能够征服和镇压他们。”
1573年7月，菲律宾第二任总督拉维萨雷斯将手绘的吕宋与中国的沿海地势图和一本中国地图册《广舆图》一并寄给西班牙国王菲利浦二世，希望国王批准他征服中国。
拉维萨雷斯总督绝对没想到，4个月后，来自中国沿海“海盗”林凤的舰队，差点就打垮了西班牙舰队。西班牙人彻底放弃了攻打明朝的想法。林凤这次率62艘战船、2000名士兵、2000名水手有备而来。与西班牙舰队一样，林凤所率的也是一支殖民舰队：舰队中不仅有1500名妇女、儿童，还带了大量的牲畜、农具、种子等，显然是要扎根吕宋岛，建设新家园。1573年11月初，林凤离开台湾后，首先到达了伊罗戈群岛，在这里，西班牙人刚刚建立了一个小据点费尔南丁纳，由萨尔西多率兵镇守。11月23日，萨尔西多手下一艘运粮船被林凤截获，船上共有25名西班牙士兵，林凤除了留下一个活口外，其余全部杀掉。随后，舰队继续浩浩荡荡地驶向马尼拉。
林凤是明朝万历年间的海商，曾以澎湖为基地，开拓海上贸易，后为躲避明朝海军剿杀，来到马尼拉。
林凤的舰队在马尼拉湾的马里斯，与西班牙舰队做战，当地的土著（摩洛人）以为是中国人取得了胜利迅速在马尼拉附近集结了近万人，开始对西班牙人有所动作。林凤令庄公率领一千五百人分兵三队而进攻，战舰也在港外发炮助攻，后增兵五百，击毙西班牙驻菲律宾总指挥戈尹特，城未攻下，林凤退兵后在邦阿西楠省的林加延湾建都，自称国王。西班牙舰队集结兵力后进攻林凤，明朝政府乘机联合围攻。林凤苦战4个月，因粮械不继，一夜之间，率40余艘战舰巧妙突围，直抵台湾，后返潮州，不知所终。
在林凤与西班牙的战争中，西班牙背后有一个帝国在支持着；而林凤的背后却是一个准备不惜任何代价剿灭他的庞大的明帝国，因而最终西班牙人取得了胜利。表面上看这是林凤个人与西班牙之间斗争的失败，其实是这也是明王朝的失败，这一失败也揭示了未来中国的命运。因为两个帝国对于开放及扩张的意识相差万里。
当时西班牙还是欧洲第一强国。吕宋的一些华人生意兴旺，引起了嫉妒，又有谣传说明朝将入侵吕宋岛。1603年（万历三十一年）10月，西班牙军队采取先发制人的手段，大规模屠杀华人，从马尼拉一路追杀到八打雁。据《明史.吕宋传》记载，被杀华人多达2.5万人，按西班牙的估计也有1.5万人之多。为避免激怒明朝，引来战争，总督下令将所有抢来的华人资产，“悉封识贮库”，致信福建巡抚徐学聚，说：“华人将谋乱，不得已先之，请令死者家属往取其孥与帑。” 面对这一惨剧，万历皇帝得悉消息后“惊悼”，立即逮捕首倡到吕宋淘金的阎应龙、张嶷，并发文给菲律宾总督，指责他们“擅杀”，最后不了了之。
从1603年的大屠杀中，西班牙殖民者看到了明朝的漠视，同样的大悲剧在1639 年再度发生，菲律宾华人被屠杀多达22000 人之众。1565年，西班牙殖民统治菲律宾，菲律宾这个名字，就是来自西班牙国王菲利普二世的名字。1662年郑成功收复台湾后，遣使到菲律宾向西班牙总督递交国书，责其杀戮掠夺华人的罪行，严令其改邪归正，俯首纳贡，但西班牙人反而因此在马尼拉进行了第三次对华人的屠杀。郑成功大怒，决定挥师征讨，他一面抚恤安置从菲律宾逃到台湾的华人，一方面组织筹备军队，在筹备期间，于1662年6月病逝。
在300多年的殖民统治和战争中，西班牙传教士和西班牙军队同时推进，强行传播基督教。现在菲律宾80%以上的人口是天主教徒，穆斯林多居住在南部各岛。在棉兰老等岛屿上有强大的伊斯兰分裂力量。
17世纪，清朝取代明朝统治中国，此时苏禄苏丹国江河日下，国王正是东王的后代，他们希望依靠清朝，抵御西班牙人的进攻。1726（清雍正四）年，苏禄苏丹国王遣使“朝贡”，确认和清朝的“藩属”关系；1731年，苏禄苏丹国王亲自“来朝”并拜谒了苏禄东王墓；1733年，苏丹国王应在德州守墓的东王后代的请求，上书给雍正皇帝，希望给予这些人中国国籍，获得雍正的批准，现在“苏禄国恭定王”的陵墓仍矗立在山东德州，东王后代如今繁衍为安、温两姓，分别为二王子安都禄、三王子温哈剌之后，已传承了第21代，因苏禄人信伊斯兰教，被划为回族，大部分住在北营村，世代守墓，另一部分则散居江苏、河北、天津等地。
1753（乾隆十八）年，苏禄“老苏丹”上《请奉纳版图表文》，请求将清王朝将苏禄苏丹国的土地、丁户都编入清朝版图，这是因为苏禄正被西班牙入侵，希望依托中国，寻求庇护。
但这时乾隆皇帝奉行“闭关锁国”，对海岸线以外没有兴趣，甚至认为海外移民都是“汉奸”。苏禄希望成为“中国固有领土”的请求被谢绝，但双方的“藩属”关系依旧维持。1851（清咸丰元）年，西班牙人占领苏禄古都和乐，苏禄从此被西班牙控制。这一年也是中国太平天国金田起义的年份，以后的清王朝内战不断，自顾不暇。1840年鸦片战争以后，欧洲列强以厦门为据点大量掠运“契约华工”，充当开拓殖民地的苦力，使中国东南沿海一带，形成移民高潮。据统计，仅1880年至1909年间，由厦门出国的福建移民达2107012人，平均每年高达7万人。而这些华人以到菲律宾者为多。
在历史上，美国走向海外扩张之路，起点就是古巴与菲律宾。1898年4月，美国与西班牙的美西战争爆发，西班牙战败，结束了在菲律宾三百多年的统治，1898年6月12日，菲律宾宣布独立，在吕宋成立菲历史上第一个共和国。同年，美国发动侵菲战争，镇压菲律宾革命，从此菲律宾又沦为美国的殖民地。二战时菲律宾被日本占领，并宣布“独立”，成立伪政府。在太平洋战争期间，美国和日本在菲律宾发生过激烈的战争。它们不仅在海岛上进行陆战，而且在海上激战。苏里高、莱特岛海战是二战时最著名的海战。海战基本发生在菲律宾的东侧，即太平洋一侧。美军从硫磺岛、塞班岛推进过来，扫清外围，为最后攻占日本本土做准备。日本的海军主力最后在菲律宾近海被消灭。美国在菲律宾击败过两个海上大国：西班牙和日本。当时的西班牙已经衰弱，而日本刚开始崛起不久，实力都远不能和美国相比。战后，日本战败，菲律宾再次沦为美国殖民地。1946年7月4日，美国宣布给予菲律宾独立，两国签订“总关系条约”和“贸易协定”（又称贝尔协定），美国保持在菲律宾的经济和政治方面享有特权地位，菲律宾第三共和国成立并维持至今。
美国打败西班牙人，把这菲律宾变成了它的殖民地，并不是巧合，刚崛起的美国需要先打扫后院，然后在东南亚确定它的第一个落脚点。冷战结束后，美国才从菲律宾撤走它的空军和海军基地，但现在仍与菲律宾保持军事合作，每年在海上进行联合军事演习。美国的地面部队也曾进入菲律宾，帮助打击菲律宾群岛上的伊斯兰游击队。
在菲律宾南部，1968年南部穆斯林武装组织创立，打算将棉兰老地区建立独立的伊斯兰国家。1989年11月6日，“棉兰老穆斯林自治区”成立，包括巴西兰、马京达瑙、南拉瑙、苏禄和塔威塔威五省。2012年4月26日，菲政府和摩洛伊斯兰解放阵线签署协议，宣布同意该组织在菲律宾南部组建“政治实体”，但具体细节尚未议定。摩洛伊斯兰解放阵线（简称摩伊解）是菲律宾最大的穆斯林反政府组织。现有武装力量12500人，主要活跃在棉兰老岛。2000年4月摩伊解与菲律宾政府冲突升级为“全面战争”，摩伊解的营地被政府军全部攻占，其武装力量溃散后，继续以小股武装袭击政府军和民用设施。此后，在马来西亚协调下，双方进行多次非正式会谈，但至今没有明显进展。目前菲律宾南部苏禄故地局势仍十分微妙，至于“苏禄苏丹国”，在理论上一直存在，如今已传至17世，在当地享有崇高威望，但并无实权，如今的苏丹王室，仍然是当年苏禄东王的后裔。