1723年，雍正皇帝即位第一年。这年夏天，为了防止沿海渔船出洋沟通盗贼，雍正皇帝作了这样一个决定：“着将出海民船按次编号，刊刻大字，船头桅杆油饰标记。”并且规定，“福建船用绿油漆饰，红色钩字；浙江船用白油漆饰，绿色钩字；广东船用红油漆饰，青色钩字；江南船用清油漆饰，白色钩字。”
于是，所谓福建“绿头船”、广东“红头船”的称呼，从民间出现，这些名称作为一个符号渗入到历史中。这类商船通常船体较大，“体长二十余丈，阔七、八丈”， 每艘船可容数百人，载物重自数十吨至二百余吨不等。一般是双桅和单桅，远航船还有三桅。中桅高挂巨帆，上再叠帆，船头船尾每桅各有一帆，船舶乘风前进的速度也因此大大加快。遇上好风，四帆齐张，船行如飞，可远行于南洋诸岛。
从中国沿海开出的“红头船”、“绿头船”，扬帆世界各地，成为世界闻名的海上贸易大军，而许多人在贸易中，选择定居南洋，形成一波又一波的海外移民高峰。据粤海关文献统计，从1782年到1868年86年间，仅潮人从樟林古港出国谋生的，就达150万人之多。至于因天灾、时疫、饥荒而导致破产出国的人，更是与日倍增。
马来西亚的华族，大多自称为华人或唐人，在唐朝时期就已有少量唐人南下，宋朝与元朝期间，有大量败军或百姓开始迁居马来群岛，明朝时，郑和舰队多次在满剌伽停留，将满剌伽，巨港，泗水等营建成船队的大本营，并设军队驻防。满剌加苏丹国的国际贸易港的成功，导致许多邻国统治者的信仰改变，从传统的信印度教混合佛教改为信伊斯兰教。1961年伊斯兰教著名学者哈姆加长老曾明确写下一句令人深省的名言：“印度尼西亚和马来西亚伊斯兰教之发展，与中国一名虔诚穆斯林密切相关，这位穆斯林就是郑和将军。”
一些唐人和当地人通婚，在满剌伽定居并同化，繁衍开来。明朝衰败后，这些通婚的唐人后裔由于交通不便、明朝闭关政策等原因，开始与中国关系疏远，形成一支新的民族——娘惹峇峇族。娘惹峇峇保留各种大明的风俗仪式。
清朝时，许多反清复明人士逃到南海一代，贸易也使清朝沿海居民大量移民马来半岛各地，鸦片战争后，清朝战败，中英签署《南京条约》，清朝承认了国民前往海外谋生的权利，大量的清朝人输入到马来亚半岛成为矿工、种植工等。蒸汽船使用后，清朝南下数量剧增。这时到来的清朝移民人数已经大幅度超越早期的娘惹峇峇，被早期定居的人称为“新客”。1949年新中国成立后，由于国内的政策与国外的敌对，中国移民基本上停止。此后，马来亚华人人口完全依赖自然增长，而不是移民。
1965年8月9日，东南亚又有一个新国家独立。
马来西亚国会以126票赞成，0票反对，将新加坡逐出联邦，新加坡共和国正式成立。
新加坡位于马来半岛南端，由新加坡岛和附近50多个岛组成。南扼马六甲海峡咽喉，战略地位重要。面积618平方公里，常住人口超过400万，其中华人占总数76.89％。
记载新加坡早期历史的文字很少，称谓不一而足。三世纪，中国人称新加坡为蒲罗中，意为“半岛末端的岛屿”。1320年，元朝派人到“龙牙门”寻找大象，1325年龙牙门派使臣到中国。“龙牙门”就是新加坡南岸的海峡，古称SelatPanika米，今天的岌巴港。
1330年，元朝航海家汪大渊第一次来到新加坡岛，在《岛夷志略》一书中将新加坡称为单马锡，据《岛夷志略》记载，当时已经有华人在那里居住。
最早移居在新加坡的人是原始马来人的后代，他们从马来半岛迁到此地，以捕鱼和种植为生。13世纪时，新加坡岛上出现一个信诃补罗王朝（或称狮城王朝）。1365年的《爪哇史颂》中将新加坡叫做淡马锡(或海城)。《马来纪年》记述推断，这个王朝建于13世纪70年代，传5世，至14世纪末亡。
14世纪时，新加坡卷入了暹罗(泰国)与爪哇岛的满者伯夷王国争夺马来半岛控制权的战争。据马来文献《马来纪年》，1377年，爪哇岛麻喏巴歇王朝军队由海路侵入，当地被劫一空。暹罗军亦乘机而入，占为属地。1387年，室利佛逝王子拜里米苏拉流亡到新加坡自立为王，不久，他就被赶走，居民随拜里米苏拉逃亡到马六甲，建立了马六甲苏丹国，而新加坡则是马六甲王国的一部分。之后，新加坡岛一直是渔村。18世纪至19世纪初，新加坡是柔佛王国的属地。
16世纪以来，葡萄牙、荷兰和英国等殖民者先后来到马来半岛并展开争夺。为争夺对马六甲海峡控制权，1819年，英属爪哇殖民地副总督的T.S.莱佛士率舰队侵入了新加坡岛，迫使柔佛王国天猛公和英国人新扶持的苏丹订立条约，把新加坡割让给英国。1824年8月，新加坡完全沦为英属殖民地。1826年，英国把新加坡、马六甲和槟榔屿合并为海峡殖民地。
英国为打破荷兰的贸易控制，把新加坡开辟为自由港。1824年出入新加坡的商船只有3500吨，1865年增为153万吨，1930年增为3353万吨。新加坡很快超过马六甲而成为世界大港。英国人为了开辟新加坡，用诱拐等方法从中国、印度招来大批劳工，新加坡人口因而迅速增长。至19世纪中叶，在新加坡开设的英国大商行就有数十家，这些大商行还在新加坡开设炼锡厂和橡胶加工厂，使邻近各国的锡砂和橡胶运来加工，然后输往欧美等地。英国经新加坡从东南亚掠夺大量财富，使新加坡曾有英国东方宝石之称。到1860年，新加坡人口已经增长到80792人，其中华人占61.9%，马来人和印度人分别占13.5%和16.05%，其他人种，包括欧洲人，则占到8.5%。
首相温斯顿.丘吉尔曾称新加坡为“东方的直布罗陀”。新加坡在第一次世界大战时一直为英国控制，没有受到很大的影响。唯一一起事件是1915年的印度兵起义。驻扎在新加坡的印度穆斯林士兵听说要被派去攻打奥斯曼土耳其帝国后，他们将兵营里的英国军官全部杀害，准备起义。英国后从缅甸和柔佛调来军队，镇压了起义。一战结束后，英国在新加坡斥资五亿修建了一个海军基地。这个海军基地拥有世界上最大的船坞，并储存着能够支持整个英帝国海军六个月的油库。之后，英国又建了一个空军基地，协助保护海军基地。
1941年12月7日，日本攻击了珍珠港，太平洋战争开始。日本的目标是要攻占东南亚，取得这里的天然资源来应付自己的战争需要。新加坡，作为盟军在东南亚的据点，必须要被日本拿下。英国军事人员认为日军无法穿过马来亚浓密的森林，所以会从南部海域攻击新加坡。军方坚信新加坡是座堡垒，能够承受日军的攻击。
日军势如破竹地用轻型坦克穿过了森林。盟军节节败退，最后撤至新加坡，撤退时还将连接新加坡和柔佛的长堤炸毁。1942年1月31日，战争开始仅55天，日军占领了整个马来亚半岛。1942年2月8日，日本军队从柔佛进攻新加坡，2月15日，8万英军向日军投降，新加坡沦陷。日军把新加坡改名为贴南岛，1945年8月日本投降后，英国于9月5日又恢复对新加坡的殖民统治，虽然英军的回来受到欢迎，但是威信已大不如前。1946年1月，英国颁布成立马来亚联邦的白皮书，实行“新马分治”，保留新加坡为英国直辖殖民地。而槟城和马六甲则成为马来亚联盟的一部分，1948年成为马来亚联邦的一部分。
1948年4月，通过有限的选举成立新加坡立法议会，民选议员只有6名，次年又宣告“民选”市政局成立。