1502年夏天的一天，一支由三艘船组成的阿拉伯商船队逐渐靠近印度西海岸的卡利卡特（印度喀拉拉邦一带）海域，船上装满了香料，丝绸，珠贝，食物等。船队的水手和船长都是虔诚的伊斯兰教徒，他们忧心忡忡，因为印度西海岸的海盗特别猖獗，这些亡命之徒不但抢劫船上的商品，连商船本身也不会放过。
阿拉伯商船队果然遇到几艘葡萄牙战舰，葡萄牙人打死了数十名船上的阿拉伯护卫，冲上了船。并将近千名阿拉伯水手和乘客逮捕，割耳断手，然后将这些残缺人塞满一只船推进海里，任凭它在海上漂荡。这样的海上劫掠，在十六世纪的卡利卡特常常发生。
海盗是一门古老的犯罪行业，自有船只以来，就有海盗的存在。在大航海时代，海上航行着各国满载黄金和其他货物的船只，海上列强为扩张本国实力，掠取殖民地，一些国家的私掠船可以随意攻击和抢劫别国的货船而不受惩罚。“私掠许可证”就是海盗行为合法化一个凭据。本国不增加预算情况下，凭空又多出一支能攻击敌国商船的海上力量。
奥地利作家斯蒂芬.茨威格曾说：“第一批从特茹河口起航驶往神秘远方的葡萄牙舰船，仅仅是想发现新的土地，而第二批舰船还想同新发现的国家进行和平贸易，到了第三批就已经是全副武装。”
葡人迈向中国的脚步从马六甲开始。在印度生活半个世纪的历史学家戈雷亚在《印度传奇》一书中称当时遇到Chinacota，意即“中国人的堡垒”，因为“黑长头发的白种”明朝人在东南亚一带也曾有过许多“官厂”。早在1504年，意大利人佐治在其《印度游记》中称葡萄牙船队与来自中国的白人相遇。一年后，葡萄牙国王唐.曼努埃尔一世向西班牙天主教国王写信时声称收到确切消息，在交趾（越南）一带有许多天主教徒，众多王国只服从一个叫做大中国的国王。1508年，葡萄牙国王唐.曼努埃尔一世要求舰队司令塞格拉：“你必须探明有关秦人的情况，他们来自何方、路途有多远？他们何时到满剌加或他们进行贸易的其他地方？带来些什么货物？……他们是基督徒还是异教徒？他们的国家大吗？国内是否不止一个国王？是他们的国土扩展到什么地方？与哪些国家为邻？”葡萄牙人看中明帝国的财富，也幻想中国像马六甲一样可以轻易落入葡人之手。
在十六世纪，葡萄牙人与别的海盗有所不同，除杀人放火、奸淫掳掠，还把在非洲贩卖黑人为奴的恶习带来，掳掠中国人口，进行转手倒卖。他们急于在中国沿海找块牢靠地盘，囤积赃物，也囤积人口。
而在十六世纪中叶，威震南海的不是西班牙与葡萄牙的舰队，而是明朝的海商。明朝倭寇之患源于海禁。海商汪直即是一例，据日本文献《铁炮记》记载，“大明儒生五峰”，也就是汪直，与西南蛮种贾胡（葡萄牙商）乘坐一艘大海船遭遇风暴，漂流到了日本种子岛。他们卖给领主时尧两梃“铁炮”，即鸟铳。这就是著名的“铁炮传来”事件。这一偶然事件也开启了日本的火枪时代。[26]
由于明朝的“片板不得入海！”的闭关政策，使得沿海居民无以为生，沿海的商人怕连累家人，隐姓埋名扮做“倭寇”，往返于日本、暹罗、西洋各国间进行民间贸易，这些“倭寇”也都是良民，由于生活贫困，为了谋求生路远赴海外。
海商为保护自己，私造双桅战船，不免以武犯禁，特色之一便是使用日本雇佣兵。由此，“倭寇”一词，并非都是来自日本的海盗，明史‘日本传’记载“大抵真倭十之三”，即真正的日本海盗不到总数的30%；而朝鲜正史‘世宗实录’记载“然其间倭人不过一二而本国民假著倭服成党作乱”，可见所谓的倭寇，80%以上不是真正的日本人，而是朝鲜人或中国人等冒名或混杂其间作乱。
汪直占据日本萨摩州的松蒲津，自称徽王，部署官吏，控制要害，周围“三十六岛之夷”都受他节制。汪直上书明朝，请求明朝官方开禁，允许合法的海外贸易。甚至愿意为明朝皇帝剿灭日本。岛夷不从，他则要征兵攻击日本，而且以夷攻夷，这是他向来的志向，“事犹反掌也”。然而，明朝皇帝认定汪直就是倭寇魁首，派舰队与汪直大战于东海，最终两败俱伤。
明朝第一次接触的西方船只，是最先抵达广东屯门岛的葡萄牙人商船。当时的欧洲商船都备有大炮，亦商亦军。1514年（明正德9年），葡萄牙船队司令阿尔瓦雷斯率一支船队到达珠江口沿岸，要求上岸进行贸易，未获明政府批准，后在水面上与中国商人交易。
由于无法上岸贸易，葡萄牙船队要找地方立足，便直接侵占“屯门海澳”（今香港、深圳部分地区），并在此修筑工事，设刑场，制火器，建立石碑，刻有葡萄牙国徽，并在岛上盖房屋，围树栅，做长期占领打算。
1517年，葡驻马六甲（满刺加）总督派舰队司令啡瑙.安德拉德与特使托梅.皮雷斯等人率船队驶抵广州，“放铳声如雷”，震惊全广州。因当时外国朝贡入明港口均无鸣炮行为，且葡萄牙又不属明朝规定的朝贡国家，地方官员禁示葡人登岸。葡萄牙人于是假扮成伊斯兰教徒模样，并宣称是向中国进贡的。
两广总督陈金得知后，先安排他们在驿站住下，并发现他们不是伊斯兰教徒，而佛朗机也不是历来进贡的国家。于是安排他们到光孝寺学习中国礼仪，同时将此事上奏朝廷。就在陈金上奏朝廷的三四个月间，葡萄牙人却借助经商在广州城中四处打探，获得了大量情报，并在元宵节期间趁守卫松懈，爬上了广州城墙，数清楚城墙上共有90个防卫箭楼。
陈金在给朝廷的奏折中特地言明“此人未可信”。上奏后，明武宗朱厚照对葡人不予接见，下令他们回国。但葡萄牙人通过贿赂驻守广州的三堂镇守太监宁城，得到入京许可，又贿赂内廷太监江斌见到了在南京巡视的明武宗。武宗接见了使团的翻译“火者亚三”，龙颜大悦，向他学习葡萄牙语，并批准葡萄牙使团进京等候。
葡萄牙使者最终靠翻译“火者亚三”结交上了明武宗朱厚照，得以滞留广东沿海，实际上一开始葡萄牙人船队用蕃货贿赂了当地官员，又和当地富商贸易，双方建立了关系；葡萄牙舰队司令啡瑙.安德拉德于1520年回到葡萄牙，他被当作“发现中国的英雄”受到热烈欢迎。啡瑙.安德拉德走后，他的弟弟西芒.安德拉德接替了司令职位，西芒狂妄自大，行事无礼，缺乏策略，他像对待非洲土著人那样对待中国人，在南头岛上建立殖民据点，私设法庭，排除中国管辖；支持海盗，贩卖人口为奴隶，奸淫妇女；拒纳关税，甚至侮辱明朝官吏，抢劫、勒索其他国家的商人等，当地还有流传甚广的掠食小孩的传说。连1521年接替他职位的卡尔沃也说他犯下了“无穷的罪行”。当时，奴隶贸易是航海时代欧洲人的一项普遍贸易，明朝之所以不愿意和西洋人通商，很大程度上也是由于这些西洋人到中国时普遍都有掳掠人口的劣迹，这无异超出中华文化圈对通商的定义。
马六甲国被攻占后，马六甲王子宾塘王公的使者穆罕默德来到北京，向宗主国明朝求援，然而，明朝皇帝朱厚照长期沉溺于玩乐，不理朝政，卧病三月后驾崩。明世宗朱厚璁即位，葡萄牙人在中国的劣行被大臣趁机报告给皇帝，朱厚璁在当时一批大臣建议下，对马六甲的沦陷做出回应：不许“佛郎机”（葡萄牙）入贡，同时翻译火者亚三被处死，葡萄牙出使中国的皮雷斯一行于同年春夏被押往广州，并作为人质投入大牢，皮雷斯后被囚禁在广州，病死狱中。
广东当局要求葡萄牙人退出国境。在中国做香料贸易，获利巨大的葡萄牙人是不甘心退出的，他们用武力回应中国的决定，向广东的海巡队发动攻击。屯门之战，是历史上中国与葡萄牙之间的首次交战，屯门隶属明朝广东布政使司广州府东莞县。舰队司令西芒.安德拉德在屯门盖房建栅，配以火药枪炮，俨然成一堡垒。1521年8月，广东海道副使汪鋐率队将葡萄牙人包围在屯门港内，经过40天的激战，终于迫使葡萄牙人趁雨夜分乘三艘小船逃跑。
葡萄牙人的兵力，据《澳门史》和葡人回忆录等资料曾记载，葡萄牙人在屯门的兵力最多不过700至800人。瑞典人龙思泰在《早期澳门史》中提到：“一队中国士兵围攻这座堡垒。如果不是一次对他极为有利的风暴非常及时地刮起，西芒将会死于饥饿。他利用这个时机，带着三艘船逃跑了”。
1522年，双方又在广东香山县的西草湾发生海战，此战结果是，中国俘获对方“船舰二艘，斩敌三十五人，活捉四十二人”。中方百户王应恩战死。
西草湾之战后，明朝为了根绝外患，实行锁国政策，禁止一切船舶入境。葡萄牙人在不可能进行合法贸易的情况下，与中国、日本海商相勾结在浙江沿海进行走私贸易，大获其利。
十六世纪初，西方依次崛起的海洋列强，都很清醒地认识到，流动的海水无法使人驻足，必须要建立陆地上的据点来控制贸易。葡人最先看中的，是浙江舟山一个名叫双屿（今浙江省舟山佛渡岛）的海岛。岛上重峦叠嶂，树木葱茏，地势险要，明初整饬海防，专门派出官兵在此驻守。此后朝廷武备废弛，岛上驻军撤离，只保留在地方官府吃空饷的花名册里。
葡萄牙人到广东沿海后，被明朝水师驱赶，之后才北上到达双屿，和早在双屿盘踞的“武装海商集团”勾结，在双屿有了立脚点。
由于明朝实行严厉的海禁政策，同时实行古怪和有限的贸易，即外国商人随“贡使”来到中国，由市舶司将其货物以“贡品”名义“朝贡”给朝廷，中国方面则把商品回赐给这些“仰慕天朝威仪”的外国人，贸易的规模、利润、效率统统不计。
明朝的商人，如果想私下与外国人做生意，那是不允许的，哪怕是交税也不行。因此当时双屿港变成了一个海上商人的“走私”根据地，而海商也被明朝称为“海寇”、“海盗”。
双屿的几个武装海商头目，一个集团是以闽人李光头为首，另一集团是以徽州府歙县许栋为首。许栋的海商集团最初与葡萄牙合作，后来又有日本私商入伙。
汪直是徽州府歙县人，与许栋是同乡，便加入了他的商业集团。这些人极具商业头脑和经营手段，在国际贸易中充当着中间商，原本他们可以安分守己的做生意，却在明朝“逼商为寇”的海禁高压下，不得不选择“武装走私”这条路。
双屿走私一直是明朝朝廷的眼中钉，但是因双屿海商与江浙地方官员、士绅有利益联系，明军的几次“剿匪”都不成功，再加之明朝嘉靖帝朱厚熜当政的前20年，为是否给自己生父皇帝谥号，与明朝文官集团争斗，爆发“大礼仪”事件，无暇顾及双屿。
1542年后，因葡萄牙开辟了对日直接贸易，把日本纳入到它的贸易范围，这里发展成为葡萄牙人从事日本、闽浙和马六甲三角贸易的基地。随着时间的推移，双屿的葡萄牙居留地逐渐扩大，“可以与印度的主要城市相比”，葡萄牙商人品笃曾在《远游记》一书中，描述1540年至1541年间的双屿港，葡萄牙人达到了1200人，这里有法官、公证官、议员、收税官，还有市场物价监察官、书记官、巡夜官等等人员，有教堂、医院等设施，“除绞架和市标外一无所缺”，此外“营房、战舰无所不具”，葡人和其他族裔的海商，建立了一个自治的市政机构，实际上把双屿当作了一个基地。