这个时期（1524—1548）的双屿港曾一度成为亚洲最大最繁华的海上国际自由贸易市场，被史学家誉为“十六世纪的上海”。双屿同时垄断了中日之间的贸易，变得“富庶异常”。这里的房价非常高昂，房产每所建造成本约4000至6000得克，由于外来商家不断涌入，房屋租金高达每年2000得克，一两年的租金即可抵建造成本。来自日本、西班牙的白银，从这里被源源不断地运到中国，换取中国的丝绸、瓷器、棉布等商品。
葡萄牙人与当地官员的相安无事并没有持续很长时间，明朝都察院右都御史朱纨到任浙江巡抚后，厉行海禁，与葡萄牙人矛盾愈演愈烈，最终局势失控，双方刀兵相见。
1548年，一个叫兰沙罗特.佩雷伊拉的葡萄牙人将几千达卡（欧洲货币）借给当地的中国人，但这几个人赖账不还，逃之夭夭。佩雷伊拉一怒之下纠集了三十多个恶徒，在夜幕中袭击了欠债者的村庄，抢劫了十多户人家，强奸妻女，并残杀了数十个百姓。此案震撼明朝，明朝都察院右都御史朱纨指挥浙闽军务，对双屿进行围剿。为免泄露军机，朱纨弃浙江兵不用，动用从福建带来的亲信部队“福清兵”。
朱纨先命一名副将扫清外围，逐步将双屿围困起来。岛上葡人与海商有恃无恐，竟派人与刚刚日本海盗互通款曲，企图里应外合，打明军一个措手不及。朱纨截获密信，将计就计，仅仅五个时辰，双屿的葡人与海商大败，明朝军队都指挥卢镗俘虏了闽人李光头及96名葡人，歙县许栋与汪直外逃。卢镗令军队一把大火把双屿港焚烧殆尽。而朱纨为绝后患，又以石木填塞了双屿港，双屿这个国际贸易走私港变成了废墟。
当时的倭寇领袖汪直并非草莽，他一直以儒生自许，他精通日语，在汪直麾下，有许多日本人效忠于汪直。汪直认为明朝闭关锁国，禁止海外贸易，是一大弊端，早晚会深后其害。1550年前后，汪直借着自己“平定海上”的功绩，屡次请求朝廷松动海禁，使海外贸易合法化，却遭明朝廷不断的偷袭和围攻。
汪直突围后逃亡日本，两年后率倭寇重返浙江一带，在沿海商民支持下，攻城略地，威震江浙，并在定海称净海王。明朝难以在军事上战胜汪直，就利用汪直不想对抗朝廷，只求开禁互市的心理，采取诱降办法。嘉靖三十四年，浙江总督胡宗宪先将汪直的母亲及妻儿作为人质，说降汪直，后汪直经过慎重考虑，决定归顺。1557年，接受汪直投降后，明朝改变主意，将汪直抓捕入狱。1559年12月汪直被斩于杭州官巷口，他临死时预言：“死吾一人，恐苦两浙百姓”。汪直死后，原来商人色彩浓重的武装集团，被逼成了真正的“寇”，东南大乱。
双屿之战后，明朝又经过大小数十战，将葡萄牙人赶出浙江海域。后来葡萄牙人跑到福建，被赶出，到广东，又被驱逐，最后才伺机在澳门定居下来。
澳门在明代称为“壕境”，有时也写成“濠境”，本地人多称为“蠔境”。这里沿海一带盛产生蠔，生吃和煲汤皆称美食中的一绝，相传还可滋阴补阳，男人吃了壮阳，女人吃了美容，粤人无不喜好这一口。由此看来，“壕境”应是“蠔境”。澳门原属广东香山，即现在的中山县，因此也被称为“香山澳”。葡人在澳门站住脚以后，很快与马六甲及印度洋沿岸连成一气，开通了以澳门为转运中心的几条重要航线，既有正常贸易，也有走私贩私，甚至掳掠人口贩卖。此时的明世宗朱厚璁沉浸于“道术”，不理朝政。葡人与明朝地方官员分享利益，彼此相安无事。1582年，明万历皇帝朱翊钧执政，因为喜欢上了利玛窦带来的西洋货，明朝海禁便听之任之。
16世纪中叶，葡萄牙海外帝国发展到鼎盛时期。葡萄牙在非洲东海岸和印度东、西部海岸拥有大批贸易据点，控制了印度洋岛屿锡兰（今斯里兰卡）、霍尔木兹、马六甲、香料群岛和澳门，并在日本拥有一个据点，在巴西也建立了一个立足点。在帝国之外，葡萄牙探险者的传教士曾涉足于遥远而神秘的越南和西藏。
这一时期，葡萄牙人在东方的扩张有些“消化不良”。在16世纪初葡萄牙的人口只有150万，对于一个跨越欧洲、美洲、非洲、亚洲的帝国来说是远远不够的。葡萄牙将它在东方的领地分为12个军区，驻在各区的士兵人数差异很大，但通常人数都相当少，如在乔耳区只有50名一线葡萄牙军队，当然有大量的雇佣军作为补充。本已为数不多的人口，还在与当地人的冲突中大量消耗，兵力总是捉襟见肘。1515年，在与摩尔人的一次海战中，一次就有4000名葡萄牙士兵丧生，随船准备在北非殖民的葡萄牙人被俘，许多人甚至被当作奴隶卖掉。国王曼努埃尔视为奇耻大辱，发誓报仇，想改变现状，但人力和金钱十分匮乏，远征队最终没能组织起来。这也意味着葡萄牙对北非100多年的殖民活动以失败告终。由于兵力的不足，使葡萄牙人的殖民网络除几个关键地点外，都是以据点形式存在，根本无力控制内陆。1610年，葡萄牙在全球范围内只有6000名海员——人员太少以至于根本无法驾驭其全部船只。大量人口进入城市和参加远洋，又使葡萄牙农业衰落。1526年的一部讽刺剧讲到，葡萄牙的生肉从不列颠进口，白菜从比斯开进口。
美国加州大学历史学教授斯塔夫理阿诺斯在《全球通史》中这样描写了葡萄牙人的问题：“达.伽马在卡利库特……葡萄牙的贸易货物多半为零碎小物件和羊毛织物，不适合印度市场。实际上，葡萄牙人完全低估了印度文明的水平和高级程度。……葡萄牙（和整个欧洲）当时生产不出什么能使东方诸民族感兴趣的东西。欧洲制造品通常比东方产品质量差、价格高。达.伽马的一位同伴说：‘我们没能……使这些货物按我们希望的价格出售……因为在葡萄牙能卖得300里尔的一件很漂亮的衬衫，在这里仅值……30里尔’”。《全球通史》记载了葡萄牙人怎样完成“贸易”的：“行进中发现几条从麦加返航的无武装船只。他们捕获了这些船只，并且，在搬空船上的货物之后，禁止一切人将船上的任何摩尔人带出来，然后下令把船烧了。”
葡萄牙在极盛时期什么都创造了，唯独没有增加财富。葡萄牙对香料贸易的控制远远达不到独占的程度。由于海上风险较高，每年出发到印度的12艘船很多没有回来。葡萄牙曾在16世纪初期实现了对香料贸易的垄断，但很快地威尼斯人就表现了商人的顽强和灵活。他们经常作为私营商人跟随葡萄牙舰队出航。他们与穆斯林合作，在葡萄牙人控制范围之外又开辟了香料贸易的航线，除此之外，由于红海始终没有被封锁，威尼斯人先后与埃及人和奥斯曼土耳其人合作，继续使用这条航路。香料贸易的丰厚回报也吸引了法国、英国、德国的商人参与竞争，激烈的竞争导致香料的数量大增，价格也随之下跌。
相比较葡萄牙，西班牙在美洲的掠夺更加直接，为动员尽可能多的国民去进行海外掠夺，西班牙王室宣布：死囚或其他囚犯只要到“新世界”居住两年或一年以上，就可获得人身自由。于是在哥伦布等人的率领下，一批批凶神恶煞一般的西班牙人走向了世界。强大的海军使西班牙的海外征服如虎添翼，1571年，西班牙舰队在勒班多海战中击溃曾经不可一世的奥斯曼舰队，从此赢得“无敌舰队”的称号。在1588年同英军作战时，西班牙就出动战舰130艘，其中巨型舰就有60多艘，大炮1100门，兵员将近3万人。
正因为有这样强大的实力，西班牙人对南美洲开始了一场血腥的杀掳，其中对墨西哥的征服尤为残忍。当时的墨西哥处于阿兹特克人的统治下，他们建立了一个北起得克萨斯和新墨西哥，南至哥斯达黎加的帝国。不过，这一切随着西班牙贵族科尔特斯的到来而颠覆了。科尔特斯于1520年底登陆。当时科尔特斯查点兵员：共508人，不包括船上的大副，司舵，水手（合计100余人）；16匹马；弩弓手32人，火枪手15人；铜炮10门，大小船只共11艘。整个阿兹特克帝国约有300万以上人口，其外围部落也有上百万人口，其中墨西哥武士约有15至20万人，外围部落更是全民皆兵。尽管阿兹特克人作出了英勇抵抗，但由于水源、粮源断绝，特诺奇提兰特城在坚守75天后，最终被攻破。这期间，阿兹特克人战死、饿死、病死24万人之多，尸体遍布城市角落。科尔特斯征服墨西哥的速度，其实也就是西班牙人征服南美洲的速度，它和葡萄牙在东方商业扩张的速度不相上下。之后不久，皮萨罗击败了印加帝国，征服秘鲁；弗拉迪维亚征服了智利。到1550年时，西班牙人已经征服了巴西除外的整个南美洲。 据估计，1521年到1544年间，西班牙平均每年从拉丁美洲运回黄金2900公斤，白银3.07万公斤。1545年到1560年间这一数字激增为黄金5500公斤，白银24.6万公斤。到16世纪末，世界金银总产量中有83％被西班牙占有。而到1570年，大屠杀和欧洲传来的流行病，美洲大陆的土著印第安人从此后急剧减少了90%。墨西哥地区的人口从2500万下降到265万，秘鲁的人口由900万下降到了130万。西班牙人在入侵菲律宾附近的岛屿时，每登上一个岛屿，他们就把该岛屿上的男人全部杀死，然后对女人予以强暴，而把整个岛屿变成混血之岛。
西班牙以建立庞大的殖民帝国为目标，掠夺金银，强迫大量当地居民为他们开采矿石。为了填补人口空缺，就开始从非洲进口黑奴，这样又造成一种新的类型的商业贸易，即奴隶贸易。西班牙除了掠夺金银和进行奴隶贸易外，还发展大种植园，生产单一农作物，这成为16世纪西班牙的三大财源。经过半个多世纪的南征北战，到16世纪，西班牙的疆域已经从欧洲的一个弹丸之地，而扩展到巴利阿利群岛、撒丁岛、西西里岛、那不勒斯王国。尼德兰、法兰斯—孔德、神圣罗马帝国、巴西以外的拉丁美洲、突尼斯、菲律宾也落入其魔掌之中，欧洲和美洲之间的大西洋尽在其控制之下。一段时间，五大洲中除了大洋洲以外，都有西班牙的领土，西班牙也由此成为一个“日不落帝国”。
1557年6月，葡萄牙国王若奥三世因心脏病去世。他的孙子塞巴斯蒂昂继位。新国王立志要领导国家复兴，首先的目标是征服摩洛哥，这是一个危险的任务，葡萄牙军队被诱进内陆，葡萄牙崛起于战争，也毁于战争，1578年8月5日，葡萄牙军队陷入包围，全军覆灭，国王也丧了命。西班牙国王菲利浦二世通过武力打败了葡萄牙国内的竞争者，于1580年被选为葡萄牙国王。葡萄牙不复存在。由于西班牙政府忙于当时欧洲的战争，一直未曾采取任何措施来维护葡属殖民地，葡萄牙多年经营的殖民体系趋于瓦解。从人口角度看， 1500年西班牙、葡萄牙人口分别为600万和100万，到1600年两国人口也分别才有800万、200万。这样少的人口，自然无法控制，管理殖民地。从十六至十九世纪，世界已经为海权强国所控制。葡萄牙、西班牙凭借拥有了航海经验及海上的军事实力，这两个国家最早先成为一流的海权强国。西班牙和葡萄牙代表着重商主义的早期阶段。葡萄牙没有多余的商品输出，因此他们是纯粹的建立殖民据点和商站，控制了印度洋一带。葡萄牙因国小、经济落后而侵略对象大多是人口密集的大国，因此采取以侵占军事据点为主，同时又采取垄断商路、建立商站、进行欺诈贸易的办法掠夺大量财富。